Автор Тема: Восстановление генома ЛУКА  (Прочитано 8125 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

DNAoidea

  • Гость
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #15 : Июнь 25, 2010, 18:37:12 »
Все возможные мутации, конечно, уже были, но вот что все возможные мутации закрепились в каждом из доживших до нас видов, у меня большие сомнения. В частности, то, о чём я писал выше, вроде бы, свидетельствует о том, что закрепились лишь около трети возможных мутаций.
ну понятно, что не все, но даже малой части уже достаточно, чтобы устроить нам 100% различия - дело в том, что темп мутаций обычно получается порядка 1 замены на нуклеотид на 100 млн поколений, а сколько поколений бактерий сменилось за 3 млрд лет? там каждый нуклеотид, будь замены нейтральными, успел уже по 100 раз заменится... даже если не 100 млн, миллиард, всё равно поколения-то бактерий это не человеческие, и длятся они ну сутки...
Так а какое нам дело до темпа мутаций? Если паззл статистически сложится, какая разница, как долго его куски между собой до этого перемешивались?
так всё дело в отборе - эллиминирует от мутации или нет. Если нет, то гомологи, которые мы отыщим между баткриями и археями - явно занесены горизонатльно, а если да, то это будет значить, что ЛУКА тоже имел такой ген. Уже что-то, но надо ещё узнать где что, что не так тривиально.

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1444
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #16 : Июнь 25, 2010, 18:53:29 »
ну понятно, что не все, но даже малой части уже достаточно, чтобы устроить нам 100% различия - дело в том, что темп мутаций обычно получается порядка 1 замены на нуклеотид на 100 млн поколений, а сколько поколений бактерий сменилось за 3 млрд лет? там каждый нуклеотид, будь замены нейтральными, успел уже по 100 раз заменится... даже если не 100 млн, миллиард, всё равно поколения-то бактерий это не человеческие, и длятся они ну сутки...

1. Некоторые археи делятся раз в 100, или даже 1000 лет. Соответственно, для них частоту мутаций уже надо уменьшить на 4-5 порядков.
2 (и главное). Очевидно, что большинство закрепившихся мутаций, это изменения 3-го основания при кодировании аминокислот, для которых эта позиция является вырожденной, и другие подобные замены, вносящие минимальные изменения в функционирование генома. Соответственно, утрируя, положим, что в каком-то фрагменте генома одно из таких вырожденных оснований 100 раз поменялось туда-сюда, а остальные основания остались теми же. Формально произошло 100 мутаций, а по факту данный фрагмент генома отличается от исходного лишь на одно основание. Да и вы сами говорили, что разные участки генома мутируют с разной скоростью, так что, усреднение здесь вряд ли приемлимо.

так всё дело в отборе - эллиминирует от мутации или нет. Если нет, то гомологи, которые мы отыщим между баткриями и археями - явно занесены горизонатльно, а если да, то это будет значить, что ЛУКА тоже имел такой ген. Уже что-то, но надо ещё узнать где что, что не так тривиально.

Так откуда ещё в конечном счёте могли появиться гомологи (пусть даже и занесённые путём HGT), как не из исходного генома ЛКУА?

DNAoidea

  • Гость
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #17 : Июнь 26, 2010, 02:06:42 »
1. Некоторые археи делятся раз в 100, или даже 1000 лет. Соответственно, для них частоту мутаций уже надо уменьшить на 4-5 порядков.
раз в тысячу лет??? если даже это правда (хотя совершенно невероятно), то подобные медлительные организмы едва ли могли играть заметную роль в эволюции - образовав сугубо боковые ветви... так что калибровать дерево исходя из настолько медлительных организмов (да даже и тех, которые делятся раз в год, такие точно есть) нельзя.
2 (и главное). Очевидно, что большинство закрепившихся мутаций, это изменения 3-го основания при кодировании аминокислот, для которых эта позиция является вырожденной, и другие подобные замены, вносящие минимальные изменения в функционирование генома.
в общем конечно, но помимо кодирования белков у ДНК есть и другие функции, а когда мы говорим о таких временах, то данный участок в какой-то момент да окажется в регуляторном регионе, или изменится предпочтение использования кодонов, и всё, мутации перестанут быть сугубо нейтральными. Дело конечно, мог бы спасти генетический дрейф в какой-то мере - который сгладит совсем уж маловредные мутации, но у бактерий это весьма проблематичная штука.
Соответственно, утрируя, положим, что в каком-то фрагменте генома одно из таких вырожденных оснований 100 раз поменялось туда-сюда, а остальные основания остались теми же. Формально произошло 100 мутаций, а по факту данный фрагмент генома отличается от исходного лишь на одно основание.
да, но в таком случае на данный момент мы будем иметь популяцию, несущую в себе обе эти замены притом примерно в равных пропорциях. И если такая ситуация будет со всеми участками, то у нас получится сравнение очень вариабельных и потому одинаковых множеств... то есть никак исходной последовательности выудить будет нельзя.
Так откуда ещё в конечном счёте могли появиться гомологи (пусть даже и занесённые путём HGT), как не из исходного генома ЛКУА?
ну почему же? со времён ЛУКИ много воды утекло, могли сформироваться и de novo - ЛУКА ж не нёс в себе протипы ВСЕХ современных генов и функциональных консенсузов, а потом разнестись горизонтально по всем углам...

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1444
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #18 : Июнь 26, 2010, 10:30:33 »
раз в тысячу лет??? если даже это правда (хотя совершенно невероятно), то подобные медлительные организмы едва ли могли играть заметную роль в эволюции - образовав сугубо боковые ветви... так что калибровать дерево исходя из настолько медлительных организмов (да даже и тех, которые делятся раз в год, такие точно есть) нельзя.

Так я и не предлогаю по ним что-то калибровать, лишь привожу доводы, что средняя частота мутаций это что-вроде средней температуры по больнице. 

в общем конечно, но помимо кодирования белков у ДНК есть и другие функции, а когда мы говорим о таких временах, то данный участок в какой-то момент да окажется в регуляторном регионе

В этом случае, скорее всего вообще останутся практически лишь нейтральные мутации, ибо если вредная мутация в протеин-кодирующем участке ещё может быть как-то скомпенсирована за счёт того, что у бактерии часто есть несколько паралельных путей для какой-то метаболической цепочки, то крах регулятоного участка, ответственного за настройку экспрессии целого блока генов всего оперона, с подавляющей вероятностью приведёт к летальному исходу. 

или изменится предпочтение использования кодонов

Здесь не понял, что имеется в виду.

да, но в таком случае на данный момент мы будем иметь популяцию, несущую в себе обе эти замены притом примерно в равных пропорциях. И если такая ситуация будет со всеми участками, то у нас получится сравнение очень вариабельных и потому одинаковых множеств... то есть никак исходной последовательности выудить будет нельзя.

Но нас ведь интересует не столько формальная исходная последовательность, сколько те функции, которые он кодирует. Пусть у нас в итоге будет хоть 1000 разных копий одного и того же участка, но если все они кодируют один и тот же белок, то нас, я думаю, это вполне устроит.

ну почему же? со времён ЛУКИ много воды утекло, могли сформироваться и de novo - ЛУКА ж не нёс в себе протипы ВСЕХ современных генов и функциональных консенсузов, а потом разнестись горизонтально по всем углам...

Другими словами, вы считаете, что те многочисленные публикации, в которых определяются белки, кодируемые ЛУКА (а их насчитали уже по крайней мере около 500), не имеют под собой никакой реальной почвы?

Оффлайн Сергей

  • Участник форума
  • Сообщений: 934
    • Просмотр профиля
    • http://groh.ru/gro/
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #19 : Июнь 26, 2010, 11:57:57 »

или изменится предпочтение использования кодонов

Здесь не понял, что имеется в виду.

Третья позиция в кодоне несет информацию о скорости синтеза белка. Если используется кодон, тРНК для которого в клетке мало, синтез идет медленно, и наоборот. Кроме того, кодоны подбираются так, чтобы синтез структурных доменов белка проходил быстро, а связки между ними - медленно, что дает время каждому домену белка собраться в правильную структуру (так белок решает проблему парадокса Левенталя).

http://nar.oxfordjournals.org/cgi/reprint/gkq495

 Поскольку в каждом организме свой набор гомологичных тРНК, который ещё и зависит от стадии деления клетки, и от внешних условий, то давление отбора будет иметь разные направления.

Для реконструкции таки лучше исходить из функции, а не из последовательности, поскольку у последовательности наверняка есть ещё много других функций, о которых мы пока ничего не знаем.


Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1444
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #20 : Июнь 26, 2010, 12:42:48 »
Третья позиция в кодоне несет информацию о скорости синтеза белка. Если используется кодон, тРНК для которого в клетке мало, синтез идет медленно, и наоборот.

Как то это слишком сложно (ведь в состав белка входят сотни аминокислот) и негибко. По идее, эволюционно должен был закрепиться гораздо более простой и гибкий путь регулировки степени экспрессии белков через воздействие на регуляторные участки.


Для реконструкции таки лучше исходить из функции, а не из последовательности, поскольку у последовательности наверняка есть ещё много других функций, о которых мы пока ничего не знаем.

Ну так а почему не попробовать и альтернативный путь - вначале восстановить последовательность (тем более, что это, похоже, вполне реально), а потом изучить её возможную функциональность? Это ведь одна из основных тенденций науки - пытаться исследовать проблему несколькими разными методами, а потом проверять, насколько сходятся полученные результаты!
 

DNAoidea

  • Гость
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #21 : Июнь 27, 2010, 03:04:52 »
Так я и не предлогаю по ним что-то калибровать, лишь привожу доводы, что средняя частота мутаций это что-вроде средней температуры по больнице.
 
ну вообще говоря да, но если мы говорим про реконструирование древних геномов, то нам надо знать эту скорость - иначе откуда мы узнаем, на сколько именно этот самый общий предок отличался от потомков?
В этом случае, скорее всего вообще останутся практически лишь нейтральные мутации, ибо если вредная мутация
...
о вредных тут и говорить нечего - речь только о том, что нейтральные мутации на таких промежутках времени когда-то да окажутся вредной, и отсеяться. Закрепятся таким образом только полезные...
Но нас ведь интересует не столько формальная исходная последовательность, сколько те функции, которые он кодирует. Пусть у нас в итоге будет хоть 1000 разных копий одного и того же участка, но если все они кодируют один и тот же белок, то нас, я думаю, это вполне устроит.
только как в таком случае узнать, на что был похож исходный белок, если гомологичные участки будут сидеть в весьма разных белках?..
Другими словами, вы считаете, что те многочисленные публикации, в которых определяются белки, кодируемые ЛУКА (а их насчитали уже по крайней мере около 500), не имеют под собой никакой реальной почвы?
честно говоря я этих публикаций не читал, и потому не знаю решают ли они как-то проблему горизонтального переноса генов... кое-какие решения у неё могут быть - то есть если мы видим два организма, резко отличные по одному гену и сильно похожие по другим или наоборот, то это явный признак переноса, но вот как применить такие вещи в отношении столь глубоко различных организмов как Археи и Бактерии?..
Как то это слишком сложно (ведь в состав белка входят сотни аминокислот) и негибко. По идее, эволюционно должен был закрепиться гораздо более простой и гибкий путь регулировки степени экспрессии белков через воздействие на регуляторные участки.
ну во-первых, в эволюции закрепляется обычно несколько альтернативных решений, а во-вторых, речь тут в основном о домейнах, а не о целых белках. В-третьих, частоты использования альтернативных кодонов у разных организмов и в разных генах отличаются иногда сильно - наберите codone usage и будет много данных. Ну а если организм использует больше одни кодоны, чем другие, то стало быть мутации в третьей позиции будут уже не такими уж и молчащими - иначе чем поддерживается подобная асимметрия использования?
« Последнее редактирование: Июнь 27, 2010, 03:09:47 от DNAoidea »

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1444
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #22 : Июнь 27, 2010, 14:32:58 »
ну вообще говоря да, но если мы говорим про реконструирование древних геномов, то нам надо знать эту скорость - иначе откуда мы узнаем, на сколько именно этот самый общий предок отличался от потомков?

Во-первых, можно посмотриеть чисто статистически, какие варианты (диалекты) фрагментов генома встречаются чаще.
Во-вторых (что более надёжно) можно ижти сверху-вниз - вначале пытаться реконструировать общих предков наиболее близких видов, разошедщихся относительно недавно. Когда это сделано, реконструировать уже их предков, то есть, как бы спуститься ниже ещё на один уровент иерархии веток дерева. И так и далее итерационно повторять эту процедуру, спустившись, в итоге к самому корню дерева.

 
о вредных тут и говорить нечего - речь только о том, что нейтральные мутации на таких промежутках времени когда-то да окажутся вредной, и отсеяться. Закрепятся таким образом только полезные...

Как раз по последним данным, львиная доля закрепившихся мутаций, это нейтральные или слабовредные мутации в генах, кодирующих наиболее редко экспрессирующиеся белки. По крайней мере, это справедливо для бактерий.

только как в таком случае узнать, на что был похож исходный белок, если гомологичные участки будут сидеть в весьма разных белках?..

Зато из будет много. Грубо говоря, если у вас есть 1000 копий одного и того же текста, в каждом экземпляре которого случайным образом изменена треть букв, то вы без труда восстановите исходный текст.

честно говоря я этих публикаций не читал, и потому не знаю решают ли они как-то проблему горизонтального переноса генов... кое-какие решения у неё могут быть - то есть если мы видим два организма, резко отличные по одному гену и сильно похожие по другим или наоборот, то это явный признак переноса, но вот как применить такие вещи в отношении столь глубоко различных организмов как Археи и Бактерии?..

Вот, например, пара статей на эту тему, сразу же выданные Гуглом:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18508609
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16431085
Там только Abstract-ы в открытом доступе, но, на сколько я понимаю, у вас есть возможность получить к ним доступ.

ну во-первых, в эволюции закрепляется обычно несколько альтернативных решений, а во-вторых, речь тут в основном о домейнах, а не о целых белках. В-третьих, частоты использования альтернативных кодонов у разных организмов и в разных генах отличаются иногда сильно - наберите codone usage и будет много данных. Ну а если организм использует больше одни кодоны, чем другие, то стало быть мутации в третьей позиции будут уже не такими уж и молчащими - иначе чем поддерживается подобная асимметрия использования?

Я же не берусь утверждать, что удастся полностью восстановить геном ЛУКА в оригинальном виде. Но даже если получится найти хотя бы несколько дополнительных генов ЛУКА, которые в результате эволюции были утрачены, а их кусочки хаотично разбросаны по геномам разных видов земной биоты, я считаю, это уже было бы неплохо. А для решения этой задачи нуклеотидные замены по третьему основанию триплетов, не меняющие кодирование аминоксслот несущественны.
 

DNAoidea

  • Гость
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #23 : Июнь 27, 2010, 20:01:23 »
Во-вторых (что более надёжно) можно ижти сверху-вниз - вначале пытаться реконструировать общих предков наиболее близких видов, разошедщихся относительно недавно. Когда это сделано, реконструировать уже их предков, то есть, как бы спуститься ниже ещё на один уровент иерархии веток дерева. И так и далее итерационно повторять эту процедуру, спустившись, в итоге к самому корню дерева.
можно конечно... но только при каждом шаге будет расти неопредлённость, и до чего она дойдёт когда мы дойдём до ЛУКИ?
Как раз по последним данным, львиная доля закрепившихся мутаций, это нейтральные или слабовредные мутации в генах, кодирующих наиболее редко экспрессирующиеся белки. По крайней мере, это справедливо для бактерий.
хм... во-первых о каком времени расхождения идёт речь? понятно, что чем оно меньше, тем нейтральных будет больше. Кстати, для эукариот доля нейтральных будет существенно выше чем для про- - ведь у них генетический дрейф действует полноценно, а не только как некое его слабое подобие через конъюгацию...
Зато из будет много. Грубо говоря, если у вас есть 1000 копий одного и того же текста, в каждом экземпляре которого случайным образом изменена треть букв, то вы без труда восстановите исходный текст.
бесспорно, но - в случае с текстом мы знаем из каких слов он состоит и какого рода связки между ними, а в случае с ЛУКой мы это-то и хотим установить - то есть отправная точка весьма слабая - только в виде современных организмов, для самых "базовых" генов это конечно немало, но у ЛУКи же могли быть и другие...
честно говоря я этих публикаций не читал, и потому не знаю решают ли они как-то проблему горизонтального переноса генов... кое-какие решения у неё могут быть - то есть если мы видим два организма, резко отличные по одному гену и сильно похожие по другим или наоборот, то это явный признак переноса, но вот как применить такие вещи в отношении столь глубоко различных организмов как Археи и Бактерии?..
Вот, например, пара статей на эту тему, сразу же выданные Гуглом:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18508609
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16431085
Там только Abstract-ы в открытом доступе, но, на сколько я понимаю, у вас есть возможность получить к ним доступ.
спасибо. из института есть доступ, завтра посмотрим. если будет время...
Но даже если получится найти хотя бы несколько дополнительных генов ЛУКА, которые в результате эволюции были утрачены, а их кусочки хаотично разбросаны по геномам разных видов земной биоты, я считаю, это уже было бы неплохо.
ну это конечно было бы неплохо - может так удастся открыть не только ископаемые организмы, но и "ископаемые" гены...

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1444
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #24 : Июнь 27, 2010, 20:17:59 »
можно конечно... но только при каждом шаге будет расти неопредлённость, и до чего она дойдёт когда мы дойдём до ЛУКИ?

Пока это на практике не испробовано, трудно сказать, но сам факт, что сотни генов Луки, пусть и в несколько видоизменённом виде, дошли до наших днй, оставляет определённую надежду, что эта попытка может оказаться не полностью бессмысленной.

хм... во-первых о каком времени расхождения идёт речь? понятно, что чем оно меньше, тем нейтральных будет больше. Кстати, для эукариот доля нейтральных будет существенно выше чем для про- - ведь у них генетический дрейф действует полноценно, а не только как некое его слабое подобие через конъюгацию...

Речь идёт о временных интервалах в миллиарды лет. См., например, последнюю статью Кунина:
http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/37/4/1011


бесспорно, но - в случае с текстом мы знаем из каких слов он состоит и какого рода связки между ними, а в случае с ЛУКой мы это-то и хотим установить - то есть отправная точка весьма слабая - только в виде современных организмов, для самых "базовых" генов это конечно немало, но у ЛУКи же могли быть и другие...

Я не имел в виду использование контекста. При большом количестве экземпляров текста будет работать даже тривиальная статистика.

ну это конечно было бы неплохо - может так удастся открыть не только ископаемые организмы, но и "ископаемые" гены...

Ну так о чём и речь! ))

Оффлайн Алекс_63

  • Участник форума
  • Сообщений: 398
  • Алексей
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #25 : Июль 02, 2010, 16:52:11 »
Попробуйте догадаться самостоятельно.
Хотя, на форуме что-то подобное уже обсуждалось ...
Извините, разгадывать шарады времени нет.
Если вы про комплиментарность одноцепочечной ДНК, то там уровень симметрии гораздо ниже 2%, особенно это заметно как раз на достаточно длинных последовательностях.
Нет.
Обратите внимание на 2-ое правило Киргоффа.
Белый Ягуар

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1444
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #26 : Июль 02, 2010, 17:07:09 »
Попробуйте догадаться самостоятельно.
Хотя, на форуме что-то подобное уже обсуждалось ...
Извините, разгадывать шарады времени нет.
Если вы про комплиментарность одноцепочечной ДНК, то там уровень симметрии гораздо ниже 2%, особенно это заметно как раз на достаточно длинных последовательностях.
Нет.
Обратите внимание на 2-ое правило Киргоффа.


Ещё раз повторяю, у меня нет ни времени, ни желания разгадывать загадки о связи законов протекания тока в электрических цепях и симметрии генома бактерий.


Оффлайн Алекс_63

  • Участник форума
  • Сообщений: 398
  • Алексей
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #27 : Июль 02, 2010, 18:57:21 »
у меня нет ни времени, ни желания разгадывать загадки
Там нет ни каких загадок.
Прочтите здесь:
http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,1614.75.html
Каждый живой организм имеет свою симметрию.
Двуполое размножение живых существ, возможно только в том случае, если их симметрии практически совпадают.
Второе правило Чаргаффа гласит: "в отдельной цепи ДНК количество A ≈  количеству T, количество G ≈ количеству C".
Искомая симметрия определяется на генном уровне  соотношением: (A+T)/(G+C), где А- это есть сумма всех нуклеотидов А по всей отдельной цепочке всего генома организма (с учётом всех интронов и т.д.). Количество нуклеотидов T, G, C подсчитывается аналогичным образом. Полученное соотношение их количеств при делении, даёт искомую характеристику симметрии.
Чтобы получить более тонкую характеристику симметрии необходимо ту-же операцию проделать для олигонуклеотидов.
Поскольку, в одной цепочке ДНК находится примерно равное количество комплементарных олигонуклеотидов небольшой длины.
Хочу обратить Ваше внимание на интронные зоны - они необходимы организму для коррекции своей симметрии. Ими нельзя пренебрегать, ибо получатся совсем другие данные.
Для Вас проверить это не составит ни какого труда.
« Последнее редактирование: Июль 04, 2010, 20:47:52 от Алекс_63 »
Белый Ягуар

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1444
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #28 : Июль 02, 2010, 20:29:32 »
у меня нет ни времени, ни желания разгадывать загадки
Там нет ни каких загадок.
Прочтите здесь:
http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,1614.75.html
Каждый живой организм имеет свою симметрию.
Двуполое размножение живых существ, возможно только в том случае, если их симметрии практически совпадают.
Второе правило Чаргаффа гласит: "в отдельной цепи ДНК количество A ≈  количеству T, количество G ≈ количеству C".
Искомая симметрия определяется на генном уровне  соотношением: AT:GC., где А- это есть сумма всех нуклеотидов А по всей отдельной цепочке всего генома организма (с учётом всех интронов и т.д.). Количество нуклеотидов T, G, C подсчитывается аналогичным образом. Полученное соотношение их количеств при делении, даёт искомую характеристику симметрии.
Чтобы получить более тонкую характеристику симметрии необходимо ту-же операцию проделать для олигонуклеотидов.
Поскольку, в одной цепочке ДНК находится примерно равное количество комплементарных олигонуклеотидов небольшой длины.
Хочу обратить Ваше внимание на интронные зоны - они необходимы организму для коррекции своей симметрии. Ими нельзя пренебрегать, ибо получатся совсем другие данные.
Для Вас проверить это не составит ни какого труда.

Давайте ближе к теме. Положим, в геноме встретилось одинаковое количество последовательностей TTAATTAAG и TTAATTAAС. Какой из них был у Лука и почему?

Оффлайн Алекс_63

  • Участник форума
  • Сообщений: 398
  • Алексей
    • Просмотр профиля
Re: Восстановление генома ЛУКА
« Ответ #29 : Июль 02, 2010, 22:00:53 »
в геноме встретилось одинаковое количество последовательностей TTAATTAAG и TTAATTAAС. Какой из них был у Лука и почему?
Ни тот, ни другой.
Их симметрия значительно отличается от нашей симметрии.
Хотя это не исключает, что эти фрагменты могли  появится в дальнейшем как составная часть более длинной последовательности.

Представьте себе ёжика с иголками, свернувшегося в клубок. Торчащие иголки - это "вектора эволюции", назовём их векторами симметрии. Каждый вид организмов в своём развитии движется по своему вектору, согласно изначально выбранной его предками типом симметрии. Чем длиннее такая "иголка ёжика" - тем значительнее живой организм, находящийся на "острие иголки" эволюционировал. Все его эволюционные предки располагаются на этой иголке. Чем ближе к центру, тем древнее предки.
Вас скорей всего интересует именно та "иголка", на которой расположены люди, а точнее млекопитающие.
Если присмотреться к этим "иголкам", то вместо иголок мы увидим пучок иголок по типу ветки дерева.
Т.е. вектор симметрии не постоянен и со временем, в ходе эволюции, незначительно меняет своё направление.
Обратите внимание на то, что все живые существа, которые находятся на этом "ёжике" питаются друг другом. Но не всеми подряд и не хаотично, а согласно вектору своей симметрии.
Белый Ягуар