ЛУКА был эвкариотом?

[Комбинатор]

Дерево бактерий еще хуже, чем дерево эукариот, там вообще нет никакого общепринятого ветвления.

Что касается средней его части - во многом вы правы. Но в районе корня, консенсус, вроде, есть. Вначале (не позже, чем 4200 млн. лет назад) практически одновременно, от корня отделились Thermotoga и Aquifex, после чего наступила пауза длиной около 900 млн. лет. Потом началось быстрое ветвление, о некоторых ветках которого действительно до сих пор идут ожесточённые споры. Но с корнем (последним общим предков всех эубактерий), в отличии от эвакариот, особых разногласий, вроде, нет.

Дерево архей ветвится от основания, и, кстати, довольно стабильно.

Тоже готов поспорить. В районе всё тех же 4200 млн. лет разделилсь ветви Creanarcheota и Euryarcheota. Примерно в это же время отделилась ветвь наноархей (Nanoarcheota). Потом, опять же, была большая пауза длиной примерно 600 млн. лет, после чего началась очередная волна ветвления.

А вот когда (хотя бы примерно) жил общий предок всех эвкариот, и на кого он был похож из современных эвкариотических групп - полная неясность. При этом, в самом его существовании мало кто сомневается.

А у эукариот, по последним статьям Кавалье-Смита, возможно, есть базальные группы или группа.

Очень интересно! А у вас есть какие-нибудь ссылки почитать?

[plantago]

Те, кто работает с временнЫми привязками, очень часто берут одну, наиболее им удобную филогению
По корню бактерий почитайте хотя бы статьи Skophammer. Aquificales часто группируется с протеобактериями, Thermotoga с Firmicutes. Thermales ("Deinococcus-Thermus") более стабильно внизу.
По архебактериям посмотрите, например, деревья из приложения к последней статье из PNAS, где описана новая их группа. Корархеоты и ценархеоты гуляют по дереву как хотят. Базальные группы кренахреот тоже отходят гребенкой (мне проще всего сослаться на Вульфа, который строит их геномные деревья).
Кавалье-Смит -- вот его последняя статья: http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/early/2009/12/17/rsbl.2009.0948.abstract
Кстати, он укореняет бактерий и архей совершенно особым образом (как и Гупта).

[Комбинатор]

Те, кто работает с временнЫми привязками, очень часто берут одну, наиболее им удобную филогению
По корню бактерий почитайте хотя бы статьи Skophammer.

Если можно, лучше сразу со ссылками. Например. вот эта статья подойдёт:
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/23/9/1648
?

Aquificales часто группируется с протеобактериями, Thermotoga с Firmicutes. Thermales ("Deinococcus-Thermus") более стабильно внизу.

Опять же, не могли бы вы дать ссылки, или хотя бы названия работ и имена авторов?
Меня этот вопрос реально интересует! Я, честно говоря, думал, что, кроме всё того же Кавалье-Смита, Aquificales с протеобактериями уже никто не объединяет.

По архебактериям посмотрите, например, деревья из приложения к последней статье из PNAS, где описана новая их группа. Корархеоты и ценархеоты гуляют по дереву как хотят. Базальные группы кренахреот тоже отходят гребенкой (мне проще всего сослаться на Вульфа, который строит их геномные деревья).

Опять же, дайте, плиз, какую-нибудь инфу, какая последняя статья из PNAS имеется в виду?

Кавалье-Смит -- вот его последняя статья: http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/early/2009/12/17/rsbl.2009.0948.abstract
Кстати, он укореняет бактерий и архей совершенно особым образом (как и Гупта).

К сожалению, статья не в открытом доступе. Я правильно понимаю по размещённому Abstract-у, что Кавалье-Смит строит свои деревье, в основном, не по секвенированным геномам и гомологичным генам, а больше исходя из структурно-функциональных признаков?

P.S.

Статьи Skophammer и К. почитал. Подход, несомненно, интересный, но использовать только его для построения эволюционных деревьев, я думаю, не очень конструктивно. Например, не очень понятно, как в нём учитываеться вероятность широко распространённого у прокариот горизонтального переноса генов (в традиционных молекулярных методах датировки для этого специально разработаны методы тщательного предварительного отсева "подозрительных" на HGT участков генома). Есть и другие слабые места, см., например, коммент Гогартена к статье, описывающей этот подход:
http://astrobiology.nasa.gov/articles/evidence-for-a-new-root-of-the-tree-of-life/
Они, впрочем, и сами в начале указанной заметки признают, что их подход сильно отличается от традиционного (де-факто признавая, тем самым, существание этого традиционного подхода, которого придерживается большинство). Естественно, та информация о деревьях прокариот, которую я давал ранее, основана на более-менее общепринятой схеме, не учитывающей пока остающиеся в меньшинстве альтернативные подходы Шкопхаммера или Кавалье-Смита. Это не значит, что вероятность того, что они в итоге окажутся верными, равна нулю. Но брать их за основу при расчёте времени расхождения эволюционного дерева прокариот на мой взгляд на сегодняшний день было бы неправильным.

[plantago]

Понять, что "общепринято" в такой разветвленной и быстрорастущей области, как молекулярная филогенетика, очень непросто. Молекулярные часовщики, повторю, чаще всего просто берут то, что им удобно -- деревья, а не кусты, не учитывают LGT, не используют phylogenetic networks и т.п. Вообще, честно говоря, все эти time estimations попахивают шарлатанством. Но на них дают деньги. Впрочем, это моя личная точка зрения.
Cavalier-Smith -- ведущий мегасистематик мира. Gupta -- очень сильный микробиолог и специалист по геномике. Кунин -- просто гениальный человек, один из самых выдающихся современных биологов. Я думаю, их стОит послушать.
===
Про статьи -- давайте я уже дам Вам доступ к коллекции статей, а дальше уж Вы сами (с). Напишите мне ЛС, если хотите доступ.

[Комбинатор]

Понять, что "общепринято" в такой разветвленной и быстрорастущей области, как молекулярная филогенетика, очень непросто. Молекулярные часовщики, повторю, чаще всего просто берут то, что им удобно -- деревья, а не кусты, не учитывают LGT, не используют phylogenetic networks и т.п.

Я не сомневаюсь в Вашей компетентности, но всё-таки из статей "часовщиков" (например, Hedges & Battistuzz) у меня сложилось мнение, что они вначале сами строят деревья, тщательно учитывая при этом базы генов, подвергшихся LGT, а уже потом считают расстояния между ветками. Кроме того, деревья независимо строятся по гомологичным белкам, и по рРНК, и структура этих деревьев процентов на 80-90 совпадает, что косвенно говорит об адекватности их построения. Наконец, правильность молекулярных часов в большинстве случаев подтверждается палеонтологией.

Вообще, честно говоря, все эти time estimations попахивают шарлатанством. Но на них дают деньги. Впрочем, это моя личная точка зрения.

В приципе, на них теоретически денег почти не надо. Не нужно ни дорогостоящего оборудования, ни большого штата сотрудников. Все секвенированные геномы есть в свободном доступе в интернете. Соответствующее пограммное обеспечение тоже имеется. Теоретически остаётся лишь подать первое на вход второго.

Cavalier-Smith -- ведущий мегасистематик мира. Gupta -- очень сильный микробиолог и специалист по геномике. Кунин -- просто гениальный человек, один из самых выдающихся современных биологов. Я думаю, их стОит послушать.
===
Про статьи -- давайте я уже дам Вам доступ к коллекции статей, а дальше уж Вы сами (с). Напишите мне ЛС, если хотите доступ.

Спасибо, буду очень Вам благодарен!