Банки Данных

Автор Алекс_63, апреля 22, 2010, 16:59:06

« назад - далее »

Vladimirkox

ЦитироватьЕсть в ине-те ещё что-нибудь подобное?
Вряд-ли  ;).

Но посмотрите http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=4345&page=5 там есть ссылки и dxdy.ru.

Алекс_63

Можно или нет, анализируя аминокислотную последовательность белка, определить его биологически активный центр?
Белый Ягуар

Vladimirkox

ЦитироватьМожно или нет, анализируя аминокислотную последовательность белка, определить его биологически активный центр?
С такими вопросами,  лучше - к структурным биологам обращаться, но они, даже имея результаты РСА, белок -белковые взаимодействия предсказать - не могут.  Т.е. если таковое имеется - покажут, как оно происходит, а вот будет ли оно - не предскажут ( ну, разве - иногда).

Алекс_63

Цитата: Vladimirkox от апреля 30, 2010, 06:56:02
ЦитироватьМожно или нет, анализируя аминокислотную последовательность белка, определить его биологически активный центр?
С такими вопросами,  лучше - к структурным биологам обращаться, но они, даже имея результаты РСА, белок -белковые взаимодействия предсказать - не могут.  Т.е. если таковое имеется - покажут, как оно происходит, а вот будет ли оно - не предскажут ( ну, разве - иногда).
В настоящее время на молекулярном уровне известны только два вида структурной симметрии: Принцип построения ДНК в виде двойной цепочки и триплетное кодирование аминокислот.
Я думаю что активный центр белков (пептидов) можно определить по его аминокислотной последовательности без знания его структуры. Для этого необходимо понять принцип организации его симметрии.
Т.е. белок биологически активен (живой), если он обладает симметрией. Замена его аминокислот на те, которые не влияют на его симметрию, также не влияют на его активность. И наоборот.
По этому поводу есть какие-нибудь соображения?
Белый Ягуар

Vladimirkox

Цитироватьбелок биологически активен (живой), если он обладает симметрией.
Тут, я  перестал Вас понимать >:(.  Вторичка - вторичкой, но - где симметрия у белков?


Вот - мультики (демонстрационная модель, а люди - уже над иммитационными трудятся) интересные про ферменты и лимфоциты
http://multimedia.mcb.harvard.edu/media.html
Цитироватьактивный центр белков (пептидов)
Это Вы про ферментативный центр? Дык, он из нескольких петель формируется, а на другой стороне глобулы - может образоваться нечто другое, с биологической-то активностью.



Алекс_63

Классные анимации.
Я такого ещё не видел.
Насчёт симметрии. Конечно на уровне белков вряд ли мы увидим что-либо типа билатеральной симметрии (и я и Вы и все другие животные именно ей обладаем).
Хотя, может быть, если модель рассматривать в многомерном пространстве, возможно симметрия будет более очевидна (современная физика склонна считать, что окружающее нас пространство не 3-х мерное, а 10-ти мерное).
Я не знаю, как увидеть симметрию на уровне белков, но я уверен в том, что она должна быть. Ибо всё живое симметрично.
То, что активные центры разнесены в пространстве, так и должно быть.
Ибо у всякого живого (белок в том числе) что-то в него поступает и что-то из него  выходит. Например в рибосому поступают пептиды, а выходит полипептид. Или например, белок что-то схватил и сразу что-то отпустил (вошло - вышло).
Жизненные интересы на входе и на выходе. Я об этом пытался рассуждать здесь: http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,2799.0.html

Белый Ягуар

DNAoidea

Цитата: Алекс_63 от апреля 30, 2010, 21:57:41
Классные анимации.
Я такого ещё не видел.
Насчёт симметрии. Конечно на уровне белков вряд ли мы увидим что-либо типа билатеральной симметрии (и я и Вы и все другие животные именно ей обладаем).
...
Я не знаю, как увидеть симметрию на уровне белков, но я уверен в том, что она должна быть. Ибо всё живое симметрично.
хм, тогда покажите в чём симметрична амёба, или дерево. ну у дерева есть худо-бедно...
некоторые организмы симметричны как мы потому что так удобнее жить, но белкам подобные резоны совершенно  чужды.
однако как из этого:
Цитата: Алекс_63 от апреля 30, 2010, 21:57:41То, что активные центры разнесены в пространстве, так и должно быть.
следует это:
Цитата: Алекс_63 от апреля 30, 2010, 21:57:41Ибо у всякого живого (белок в том числе) что-то в него поступает и что-то из него  выходит. Например в рибосому поступают пептиды, а выходит полипептид. Или например, белок что-то схватил и сразу что-то отпустил (вошло - вышло).
совершенно не ясно. выходить и входить можно и через одно место ;)

Алекс_63

#22
Цитата: DNAoidea от апреля 30, 2010, 22:52:31
совершенно не ясно. выходить и входить можно и через одно место
Попробуйте питаться и гадить одним и тем же местом ...
Плиз, Приведите пример!
Скажу больше, ось симметрии всегда проходит между точками входа и выхода. Т.е между оральным и анальным отверстиями.
Белый Ягуар

Алекс_63

Цитата: DNAoidea от апреля 30, 2010, 22:52:31
некоторые организмы симметричны как мы потому что так удобнее жить, но белкам подобные резоны совершенно  чужды.
А вот и искомая форма симметрии: Второе правило Чаргаффа: "В одной цепочке ДНК находится примерно равное количество комплементарных олигонуклеотидов небольшой длины. Отклонения около 1%".
Это здесь: http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,1614.0.html
А Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ещё как присутствует! Даже делать поправки на эффекты квантовой физики нет необходимости! Всё элементарно просто ...
Белый Ягуар

Vladimirkox

ЦитироватьПопробуйте питаться и гадить одним и тем же местом ...
Кишечнополостные пробовали - плоские черви появились.
ЦитироватьВ одной цепочке ДНК находится примерно равное количество комплементарных олигонуклеотидов небольшой длины. Отклонения около 1%".

ЦитироватьА Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ну при чем здесь белки?



Vladimirkox

ЦитироватьА Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ну, не заметил я симметрии, периодически просматиривая третичку. Скрытая периодичность http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=185063&st=50  - сгодится?

Алекс_63

Цитата: Vladimirkox от мая 03, 2010, 17:54:21
ЦитироватьА Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ну, не заметил я симметрии, периодически просматиривая третичку. Скрытая периодичность http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=185063&st=50  - сгодится?
То, что визуально нам не дано видеть, это ещё не преграда.
Честно говоря, я раньше предполагал, что симметрию на уровне белков не видно потому, что мы анализируем их в статике (например с помощью электронного микроскопа смотрим на белок в виде кристалла). Это сродни тому, как если бы посмотреть на фото силуэта человека заснятого в динамике. Вряд ли на фото будет видна какая-либо симметрия.
А вот сейчас начинают прорисовываться очень любопытные её формы на уровне белков и ДНК.
Спасибо за ссылку.
Эту работу с наскоку я не понял. Надо уделить время и внимательно почитать.
В двух словах. В чём там фишка?

 
Белый Ягуар

Vladimirkox

Цитироватьчто мы анализируем их в статике (например с помощью электронного микроскопа смотрим на белок в виде кристалла). :(
РСА - ренгеноструктурный анализ, это когда по дифракционным бликам реконструируют трехмерную структуру, белка в частности.
ЦитироватьВ двух словах. В чём там фишка?
Есть она там, или -нет,  специалисты ещё не выяснили.

Но если есть, то скрытая периодичность последовательности ДНК может отражать влияние водных кластеров (параметр определяющий длину периода) на третичную структуру белка в процессе трансляции, либо - использование принцина фрактальности (для экономии места на носителе, т.е. - ДНК) при записи инфы о пространственной сруктуре(фенотипе).

Алекс_63

У меня есть своеобразные соображения в отношении некодирующих последовательностей ДНК (интронов и т.п.), которые принято считать генетическим мусором.
Имеется огромное желание реализовать данную теорию в форме базы данных (базы знаний).
Такого рода база позволит моделировать не отдельный белок, а органеллы и организмы в целом в зависимости от времени. Т.е. вид организма в зародыше, в зрелом возрасте, в старости и т.д.
Конечно теория на грани фола, но по крайней мере, если она заработает, то Европейские базы будут в глубоком дерме ...
У кого-нибудь имеются предложения по данному вопросу?

Белый Ягуар

Питер

БД   по  интронам    давно  делает   Алексей  Федоров,  который   сидит в   Штатах.  Есть   и Intron Data  Base (IDB)
А  оно  вам  надо  ?