Банки Данных

[Алекс_63]

Раньше, когда я работал в Институте Иммунологии (Микробиопром), я имел дело с банками данных нуклеотидных последовательностей и белков. В настоящее время, я с ними не работаю, но возникает потребность.
Кто подскажет, какие в настоящее время банки данных пользуются авторитетом и почему?
Также хотелось бы их приобрести для работы. Мои уже страшно устарели.
Также хочется узнать информацию относительно программ, которые работают с банками данных.
Кто в теме, отзовитесь.

[Питер]

Любучаны ?
А  так  - NCBI.

[Алекс_63]

Любучаны ?
А  так  - NCBI.

Они самые.
Вы с базой данных National Center for Biotechnology Information работаете?
И в каком состоянии находятся наши отечественные банки?
Я так понимаю, что в "полном дерме"?

[Питер]

Отечественных  банков  нет  и  никогда  не    было  по  сути.
Работаем  с EMBL, SwissProt,  GDB  и  кучей   других     БД.  Все   зависит  от  конкретной    задачи. 
Есть    еще  Entrez - очень    удобный  вариант с  выходом    на   кучу  БД.

[Алекс_63]

С "GenBank"-ом работаете?
Я с ним работал. Честно говоря, я уже многое подзабыл. Хочется подучиться.
Вы можете в этом помочь?

[Vladimirkox]

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=391573

А еще в EMBL/EBI  переодически проходят интерактивные курсы провышения квалификации по биоинформатике.

[Алекс_63]

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=391573

А еще в EMBL/EBI  переодически проходят интерактивные курсы провышения квалификации по биоинформатике.

Спасибо.
Интерактивные курсы где находятся?
Есть ли что-нибудь на русском?

[Vladimirkox]

В Европейской Молекулярно-Биологической лаборатории и в Европейском Биоинформационном институте.  На русском - слабо, ИМХО проще английский выучить, чем кое-кого убедить работать.

[Алекс_63]

Вы имеете ввиду это: http://www.embl.org/
http://www.ebi.ac.uk/embl/xml/
А где страница курсов обучения?

[Vladimirkox]

Угу.
http://www.ebi.ac.uk/training/

[Алекс_63]

Спасибо.
В своё время, при работе с банками данных, мы могли в основном только посмотреть гомологию по аминокислотной последовательности белков. Да ещё транслировать белки из банков данных нуклеотидных последовательностей.
Что сейчас позволяют делать банки данных?
В чём принципиальное отличие между банками данных разных фирм?

[Vladimirkox]

Что сейчас позволяют делать банки данных?

Моделировать метаболизм как систему диф.уров  - Системная биология.

Структурная биология - трехмерная структура и самооргаризация Ж.М.

Филогенез белков, данных-то - накопилось.

С олигосахаридами - ничего не понятно, но - данные накапливаются.

В чём принципиальное отличие между банками данных разных фирм?

Особых отличий - нет, так - различный пользовательский интерфейс и область интересов + вероятность  независимости верификации данных.

[Алекс_63]

Что сейчас позволяют делать банки данных?

Моделировать метаболизм как систему диф.уров  - Системная биология.

Структурная биология - трехмерная структура и самооргаризация Ж.М.

Филогенез белков, данных-то - накопилось.

Мы в своё время пытались моделировать вторичную структуру белков. Но это всё "вилами на воде". Для реализации работающей модели, необходимо знать принципы структурирования.
Во многом структура определяется рибосомой, а также иными белками, которые могут влиять на процесс трансляции белков.  
Я не думаю, что что-то принципиально изменилось. И это скорей всего те-же "вилы на воде".
Что реального достигнуто в этой области?

Моделирование метаболизма - задача не менее сложная. Для её реализации необходима принципиально иная структура банка данных. Скорей всего это уже будет не банк данных, а база знаний.
Вы в состоянии что-нибудь прояснить по этому вопросу?

Я думаю, что для построения работающей модели, необходимо начинать её строить с самого начала (с нуля). С самого простого. Например с олигосахаридов (я думаю что они были предшественниками нуклеотидов и белков). Банк данных должен основываться на базе знаний - жизненных интересах живых объектов и принципах функциональной и структурной симметрий. Тогда многие белые пятна сразу исчезнут хотя бы в первом приближении.
А строить сначала пол крыши, затем под крышу подводить фундамент, поставить окна, а потом строить стены - это всё мартышкин труд. Вряд ли что у них толкового получится. Так, пыль в глаза и отсутствие возможности что-либо прогнозировать ...

[Vladimirkox]

Во многом структура определяется рибосомой, а также иными белками, которые могут влиять на процесс трансляции белков. 
Я не думаю, что что-то принципиально изменилось. И это скорей всего те-же "вилы на воде".
Что реального достигнуто в этой области?

Дока в этой области - Nastia c Molbiol.ru ИМХО, на нейросаенс.ру - этим занимается tac. По мне - эта задача посложнее "движения трех  небесных тел", потому как там - диполи в кластеры слипающиеся, а по сему - боюсь сунутся.

Моделирование метаболизма - задача не менее сложная. Для её реализации необходима принципиально иная структура банка данных. Скорей всего это уже будет не банк данных, а база знаний.
Вы в состоянии что-нибудь прояснить по этому вопросу?

Ну, для времени пока ПД генерируются - нормально (до генетических сетей копать - нет необходимости).  Нормальная среда програмирования - DBSolve, BioUML. Международный стандарт SBML, в ЕМБЛ - есть страничка этому посвященная. А база знаний - накапливается в виде курируемых и некурируемых мат.моделей, Сильков занимался проектом клетка ин силико.
Что касается принципиально иной структуры банка данных - посмотрите BRENDA (давал же ссылку), но принципиально нового - не заметил, хотя для системных биологов - интерфейс удобный ИМХО.

С самого простого. Например с олигосахаридов

А  Вы их можете их нараз синквенстнуть как ДНК? А что-то типа доменной организации, как у белка - выявили ?
Поинтересуйтесь сколько мономерных остатков сахаров на натриевом канале, и посчитайте информационную емкость. У меня получается - что информационная емкость олигосахаридных остатков сравнима с ДНК.

Вон там вон была дискуссия
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=348388&st=0
Пришлось потом обьяснять ВОЛКОВУ, что его последний факт работает не -контр, а -про. Т.е. эксперименты с нейроминидазой по кардиомиоцитам указывают на олигосахариды как на возможные "возрастные маркеры" клеток. Но это было в другой теме, когда ИНГРИД из Кельнского института нейрофизиологии где-то альтернативное гликозилирование нашла .

[Алекс_63]

Вон там вон была дискуссия
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=348388&st=0

Спасибо за ссылку на интересный форум.
Есть в ине-те ещё что-нибудь подобное?