Суперконсервативные элементы генома

[Питер]

Приехал   из  Праги (только с поезда)  с    конференции    Европейского  общества  генетиков  человека   и  услышал  там  суперинтересный  доклад  о  сверхконсервативных   участках  генома.  Блоки  длиной  до  700    пар  нуклеотидов с   консервативностью   практически  100 % у позвоночных  от  человека    до    рыб.  Блоки  явно  обладают  функциональной  актиновстью.   Подробности  -  попозже, если  будет  интерес.

[mastax]

Конечно интересно! И у растений?

[olenellus]

Очень интересно! Ждём подробностей :roll:

[Москвич]

Питер,
дык это....об этом и статья есть.
"Highly Conserved Non-Coding Sequences Are Associated with Vertebrate Development"
http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0030007

[Питер]

И   еще  есть -   просто  там  был  принципиально   новый  кусок  по   поводу   перехода   LINE    повтора  из  генома  кистеперых  рыб (целаканта) в  высоко   консервативный   кодирующий  экзон  у  прочих  позвоночных.

[Марков Александр]

И   еще  есть -   просто  там  был  принципиально   новый  кусок  по   поводу   перехода   LINE    повтора  из  генома  кистеперых  рыб (целаканта) в  высоко   консервативный   кодирующий  экзон  у  прочих  позвоночных.

Некодирующий повтор перешел в кодирующий экзон? И какой белок при этом получился?

[Питер]

Поли (С) связывающийся  белок  РСВР2.  Играет  роль в  регуляции    трансляции  через  регуляцию  стабильности   транскрипта.

[mastax]

Питер
А мутации в этих генах к чему приводят? Только к летальности?

[Питер]

У    мышек   гомозиготный  нокаут  летален.  Гетерозиготы   практически  нормальны.

[mastax]

Летальность на какой стадии?

[Питер]

Эмбриональная.   Но  точнее   (день,  стадия) -    сказано    не  было.

[Марков Александр]

Поли (С) связывающийся  белок  РСВР2.  Играет  роль в  регуляции    трансляции  через  регуляцию  стабильности   транскрипта.

Вообще это очень удивительно. Получается, у кистеперых рыб была какая-то некодирующая последовательность, которая в результате мутации вошла в состав экзона, и стала интерпретироваться клеткой как кодирующая. Должен был бы получиться полный нонсенс, а вместо этого получился полезный белок с совершенно определенной функцией. Который очень удачно "встроился" в существовавшую систему генных и белковых сетей, взаимодействий и т.д.  С точки зрения обычных и широко распространенных рассуждений, основанных на теории вероятности, это как раз и есть случайная самосбсорка "самолета" из мусора на городской свалке.
Что это означает? Как это интерпретировать? "Просто вот такая случайность"? Или, может быть, система внутриклеточных взаимодействий организована таким специальным образом, что при появлении нового, случайным образом "собранного", белка вероятность того, что ему найдется применение, не так уж мала? Что существуют механизмы, повышающие вероятность самосборки из мусора самолетов и др. полезных вещей? Что в наших рассуждениях о вероятностях и случайностях в биоинформатике существует какой-то принципиальный прокол?

Интересно, а если начать перемещать в экзоны другие некодирующие последовательности - гены тРНК или рРНК, например, - тоже будут получаться "осмысленные белки" с какой-то не бесконечно малой вероятностью?

[Питер]

Скорее  все  было   наоборот  -  был  какой-то  белок и  ген  этого  белка.    Который   в  результате   процессов  ретротранспозиции   размножился    и  стал у  целаканта    повтором с   очень  высокой  копийностью.   В  другой  линии     эволюции   он  так  и  остался  белом с   своей  функцией.  Вот  консервативность  и  правда  поражает    -  с  какой  силой  должны  идти  процессы  геноконверсии  у целаканта  для  поддержания   столь высокой  гомологии.  Хотя  может  это  и  не  так  -   скорее всего  секвенировано  не  так  много  копий.  У  человека  все-таки Alu  тоже  весьма  высоко  консервативны -  хотя  и   не  супер ...
Да  и   вообще  очень высокая  консервативность  указывает  на  высокую  значимость этого     белка  в  процессах  регуляции  основных   биопроцессов -  таких  как  стабильность  транскрипта  и  трансляция

[Cirill]

появились ли какие-нибудь новые данные про роль сверх-консервативных участков генома?

может кто-нибудь из участников просветит, что такое "геноконверсия"?, гугл выдает только... а впрочем, даже задокоментирую кадром

[Молодой]

Попробуйте написать генная конверсия.