Эволюция Генома

astsergey · декабря 07, 2009, 22:28:50

Мне представляется интересным добавить в такой профессиональный форум еще один научный пласт знаний об эволюции организмов. И то суперсовременный и с явным привкусом `натуральности` - Генетические аспекты организмов. Медицина уже перешла на новые `генетические` рельсы и если это кто-то не понял , то тем хуже для его пациентов. Тоже самое относится и к современной эволюционной теории. Уже написан общий подход к модели образования живой организации материи (Ж - от `жизнь`) , наиболее адекватна РНК модель зарождения. Она умещается как во временные рамки так и в `сложностные` возможности неживой материи. Решая первые задачи ,по пути восстановления истории зарождения Ж, появился призрак двойничной организации первых геномов ... Стало ясно и логично - что самое древнее на Земле - сложные организмы. Микроорганизмы - хоть и простейшие, но прошедшие путь эволюции - несоизмеримый со сложными геномами .... Вот такое для затравки.

astsergey · декабря 12, 2009, 22:34:54

Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50
Мне представляется интересным добавить в такой профессиональный форум еще один научный пласт знаний об эволюции организмов. Стало ясно и логично - что самое древнее на Земле - сложные организмы. Микроорганизмы - хоть и простейшие, но прошедшие путь эволюции - несоизмеримый со сложными геномами .... Вот такое для затравки.

-- В 2004 году была написана следующая работа: `Oбразование современных форм геномов - Оптимизация` . В ней исследовался `Информационный компанент` в Геноме. Т.е., его вклад в формирование `лица` генома, его структуры и архитектуры. Предлагаю вашему вниманию:

ЭВОЛЮЦИЯ II
Oбразование современных форм геномов - Оптимизация
ВВЕДЕНИЕ
В этой работе проведен анализ направленности преобразований в геномах . С этой целью разработанна модель-принцип оптимального кодирования . Исследовано наличие соответствия между математической моделью и реальными геномами . В результате сделано заключение о соответствии модели спектрам распределения A,T и C,G мультиплетов в реальных геномах .
ОБЩАЯ ЧАСТЬ
ИНФОРМАЦИОННОЕ СОВЕРШЕНСТВО в генетике.
Продолжая общую идею IP ( Информационного Совершенства ) , автор
рассматривает вопросы кодирования в геноме .
Ясно ( ) , что источником разнообразия и эволюционного материала ДНК было
мультиплицирование различных по размеру кластеров (), целых хромосомм () и даже целых геномов (). Также очевидно , что геном вынужден 'защищаться' от произвольного 'использования' в нем адресных векторов (AV) .
Оптимальное кодирование
Рассмотрим следующюю проблемму в развитии генома ( родственную проблемме в информационных технологиях) – которую назовем 'оптимизацией кода' . Чтобы обеспечить 'гладкий' процесс развития через мутации ( которые неизбежно последуют мультиплицирование в геноме ) , геном , при наращивании своей длинны , должен был оптимизировать длинну 'адресного слова' . При слишком длинном адресном векторе , процесс их 'подгонки' ( 'присвоение нового адреса') резко замедляется , так как новый 'ген'
мешает работе старого , а старый новому . Обратно , при слишком короткой длинне , слишком легко , в разных местах генома , в процессе мутации , появляются ' нелегальные ' адресы : что резко усложняет работу генома , его адаптацию и его эволюцию . По этой причине , геном вынужден 'решать' проблемму оптимизации кодирования .
Можем записать следующее уравнение для всей информаци в геноме :
1. M = B * A^B ( A^B – информационный размер генома )
Где : M – физический размер генома ;
A - код ;
B - максимальный физический размер адресного слова (AV) .
Оптимум этого общего уравнения будем искать при условии : B*A = Const ( которое соответствует информационному размеру AV ) . Это условие является энергетическим тоесть , произведение `В*А`- является энергетическим `Квантом` информации в массиве `М` .
Мы будем искать его экстремумы. Тогда :
2. B * A = Const
максимум будет достигаться при :
3. A= e^(1-1/B)
То есть , при увеличении размера генома , 'А' – стремится к 'е' .
Тогда :
4. M = B * e^(B-1)
Первичная система была по-видимому бинарной (1) , то есть , сначала основной код был двойничным – А , Т(U) . Современная система четверичная - A,T(U),C,G . Интересно , чтобы выйти из этого положения ( и сохранить принцип оптимальности), природа должна была каким-то образом , в случае двойничной системы: 'увеличить' значение кода, а в случае четверичной : 'уменьшить' его . Автор предполагает, что один из наиболее
приемлемых вариантов в бинарной системе было – использование модифицирования одного из нуклеотидов А ( до А*- возможно С ? ) или Т ( до U ) . Совершенно не обязательно чтобы 'новые' нуклеиды были сразу 'вписаны' в копируемые комплементарные пары , а как сейчас : метилированные основания в ДНК расширяют возможности 'сжатия' системы управления и , производятся только на время реализации процессинга . Такой вариант предполагает наличие инструментария, а значит, видимо, существует 'альтернативная' модификация нуклеидов , с участием только ионов металлов , простейшей химии и РНК . Из уравнения (3) можно определить уравнивающий коэффициент , для размерности -
`Z` :
5. е = ZK или е/К = Z
Где : K – коэффициент размерности ( для (2),К = 1,44 ; для (4) К = 0,72 )
и уравнение (4) запишется в виде :
6. M = B* (ZK)^(B-1) или
Коэффициент 'K' – имеет смысл – уравнивающего коэффициента к основанию 'Z' до оптимального основания - 'е', или корректирующего коэффициента к размеру 'слова' .
Это значит , что если мы исследуем график разложения одноморфных геномов в координатах : Bi – Ln ( M) , то углы наклона будут соответствовать степени приближения или к двойничной (1/К = 0,693 ) , или к четверичной ( 1/К= 1.4 )системе .

Роман Джиров · декабря 13, 2009, 13:09:02

Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50
///

Прошу прощения за оффтоп. Очень рад видеть Вас на этом форуме, надеюсь, Вы здесь надолго. . Если я правильно понимаю, Вы- Аст...ин Сергей. Я знаком с Вашими взглядами, они представляются мне весьма интересными и правильными, но, к сожалению, я весьма некомпетентен для обсуждения темы по существу, на Вашем уровне. Но мне очень интересна предстоящая дискуссия и я буду внимательным слушателем. Уверен, Вы найдете здесь весьма достойных собеседников, специалистов, общение с которыми будет полезно и Вам, и им.
Еще раз прошу прощения за оффтоп, но я просто рад приходу на форум нового интересного человека.

Alexy · декабря 13, 2009, 17:06:16

Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50

А можно ли скачать Вашу книгу?

astsergey · декабря 13, 2009, 23:50:11

Цитата: Alexy от декабря 13, 2009, 17:06:16
Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50
А можно ли скачать Вашу книгу?

-- К сожалению нет, ее просто еще нет, есть статьи.

astsergey · декабря 13, 2009, 23:51:07

Цитата: Роман Джиров от декабря 13, 2009, 13:09:02
Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50
///
Прошу прощения за оффтоп. ...Еще раз прошу прощения за оффтоп, но я просто рад приходу на форум нового интересного человека.

-- Благодарю Роман за ваше внимание.

Питер · декабря 14, 2009, 10:52:37

Ну тогда ссылочку на статью можно ?
Тот кусок, что написан выше - полный бред.

plantago · декабря 14, 2009, 14:36:05

Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 10:52:37
Ну тогда ссылочку на статью можно ?
Тот кусок, что написан выше - полный бред.

Полностью присоединяюсь.

astsergey · декабря 14, 2009, 18:27:59

Цитата: plantago от декабря 14, 2009, 14:36:05
Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 10:52:37
Ну тогда ссылочку на статью можно ?
Тот кусок, что написан выше - полный бред.
Полностью присоединяюсь.

-- Вы ребята мне напоминаете Мембрану, у вас такие же уникальные методы доказательств... Уважайте себя, стыдно так `ляпать`... Но могу сообщить, что статья докладывалась на семинарах в АН в Болгарии, ее читали в Сибирском Отд АН и некоторые самые большие генетики мира. В отличие от вас они такое не заявляли, просто признали, что интересно... наверное, менее грамотны чем вы ?? Коль скоро вы высказались: у вас не осталось выбора, нужно доказать бредовость ?? Не находите ? Иначе, я назову вас неграмотными...

Питер · декабря 14, 2009, 18:50:26

Еще раз - ссылочку можно на Вашу статью, опубликованную в нормальном журнале ? Хотя бы в русскоязычном.
Еще раз - написанное выше Вами бред.

Ван · декабря 14, 2009, 19:44:03

Мне не слишком трудно представить себе, что некий код (т.е. сама по себе последовательность нуклеотидов) имеет какой-то имманентно-довлеющий характер в организации генома. Но вот то, что геном направленно ищет пути оптимизации собственной организации (структуры), представляется штукой надуманной.

astsergey · декабря 14, 2009, 22:31:08

Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 18:50:26
Еще раз - ссылочку можно на Вашу статью, опубликованную в нормальном журнале ? Хотя бы в русскоязычном.
Еще раз - написанное выше Вами бред.

-- Еще раз, явно кроме сказанного вами, другими `знаниями` вы не располагаете. Учите математику и учитесь доказывать каждое свое слово. По вашему, если это напишет Кондрашев - это будет нормально, если я - бред ?! Сударь, вас грустно читать, вы явно родом из Мембраны... По опыту, такие товарищи как вы - носят большой минус ресурсу /пологаю таких надо безжалостно банить - за несправоцированную грубость/. Объясняю: не имея достаточно образования, они всему сразу дают высшую оценку `по наитию` ... так как другого им не дано. Подобное завело в тупик Мембрану ..

astsergey · декабря 14, 2009, 22:50:34

Цитата: Ван от декабря 14, 2009, 19:44:03
Мне не слишком трудно представить себе, что некий код (т.е. сама по себе последовательность нуклеотидов) имеет какой-то имманентно-довлеющий характер в организации генома. Но вот то, что геном направленно ищет пути оптимизации собственной организации (структуры), представляется штукой надуманной.

-- Восхитительно :`имманентно-довлеющей` ?! - не потрудитесь объяснить заложенный вами смысл в эту пустоту слов ? `Но вот то, что геном направленно ищет пути оптимизации собственной организации (структуры), представляется штукой надуманной.` - К сожалению, товарищи в ресурсе не дружат с математикой и логикой. Что касается `направленности`, такая `линия` существует - нужно читать Нэчерл. Жалко, что вы все разговариваете `на пальцах`. Оптимизация - термодинамическое (информационное) абсолютное давление, которое, опосредованно, через различные механизмы реализуется в общей линии развития : как информационной части , так и `архитектерного` исполнения организмом. Иначе ... мы бы с вами дальше червиев не ушли ..

Gilgamesh · декабря 15, 2009, 04:32:28

Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.

Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?

Питер · декабря 15, 2009, 10:18:47

Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 04:32:28
Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.

Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?

Гильгамеш, надо просто ПРОЧИТАТЬ текст.
Цитата
Можем записать следующее уравнение для всей информаци в геноме :
1. M = B * A^B ( A^B – информационный размер генома )
Где : M – физический размер генома ;
A - код ;
B - максимальный физический размер адресного слова (AV) .
Оптимум этого общего уравнения будем искать при условии : B*A = Const ( которое соответствует информационному размеру AV ) . Это условие является энергетическим тоесть , произведение `В*А`- является энергетическим `Квантом` информации в массиве `М` .
По-моему, достаточно. Вводится некое число понятий, никак не определенных. Определен только физический размер генома. Что есть код ? Что есть физический размер адресного слова ? Что есть информационный размер ? А дальше - жонглирование, опять же без каких-бы то ни было доказательств.
А статей - увы - так и не приведут. Потому как они не пройдут даже достаточно мягкую рецензию в наших более-менее нормальных журналах - таких как "Генетика" и "Молекулярная биология".