Происхождение механизма синтеза белков в РНК мире

[Комбинатор]

Принимая во внимание трудности связанные с естественным синтезом и стабильностью`C`...дадите ресурс могу скинуть.

Вроде бы, по последним данным с естественным синтезом 'C' как раз всё ОК:
http://elementy.ru/news/431082

[Сергей]

На начальной стадии развития живой материи на Земле происходил рост полимерных структур из смеси мономеров пронуклеотидов. Естественно принять , что синтез последовательностей из нуклеиновых оснований на этой стадии описывался обычным кинетическим уравнением .

Это как раз противоестественное допущение. Проходил не просто "рост полимерных структур", а раст самореплицирующихся структур. Соответственно и уравнения должны быть другими.

[astsergey]

Принимая во внимание трудности связанные с естественным синтезом и стабильностью`C`...дадите ресурс могу скинуть.

Вроде бы, по последним данным с естественным синтезом 'C' как раз всё ОК:
http://elementy.ru/news/431082

-- Да, конечно, с этой работой я знаком. Но Цитозин все равно слабо устойчив. Этот `комбинированый механизм` просто добавляет `краски` в `химические` абиогенные возможности природы. Мои 50 млн.лет  на зарождение жизни рассчитывались исходя из неспецифичности присоединения гликолей к нуклеидам, ведь кромве одного, нужен еще и второй компанент .. Теперь `козыри` - у простейших  `прокариотов` сохранились `стоп ` и `старт` кодоны : AUU и UUA. У старейших геномов высших организмов - непропорционально огромные `платформы` АТ. Фитоплазма и т.п. - образования близкие по организации к чему-то РНК - подобному ~ 80-85 % АТ. Синтезированы чистые АТ - микроРНК `энзимоподобные` - т.н. `рибозимы` ...

[astsergey]

На начальной стадии развития живой материи на Земле происходил рост полимерных структур из смеси мономеров пронуклеотидов. Естественно принять , что синтез последовательностей из нуклеиновых оснований на этой стадии описывался обычным кинетическим уравнением .

Это как раз противоестественное допущение. Проходил не просто "рост полимерных структур", а раст самореплицирующихся структур. Соответственно и уравнения должны быть другими.

-- Странно, откуда взяться `само-` когда еще все чистая химия .. Вот я и строю этот мостик между химией и `само-`. Ваши возражение просто несерьезно.

[Комбинатор]

-- Да, конечно, с этой работой я знаком. Но Цитозин все равно слабо устойчив.

Не могли бы вы всё же привести ссылочку на какие-нибудь более конкретные данные типа устойчивости разных нуклеотидов в неких "абстрактно-нормальных условиях", подтверждающие это? 

Теперь `козыри` - у простейших  `прокариотов` сохранились `стоп ` и `старт` кодоны : AUU и UUA.

Хотелось бы всё же поконкретнее понять в чём здесь "козырность"?
Ведь кроме указанных, у прокариот есть и "стоп" - "старт" кодоны AUG, GUG, UUG, UGA.

У старейших геномов высших организмов - непропорционально огромные `платформы` АТ.

Всё же если мы говорим о зарождении жизни, мне кажется, в этом смысле гораздо показательнее геном того же LUCA. А в его рРНК доля CG, судя по всему, составляла более 75%. См, например, http://elementy.ru/news/430955

[Сергей]

Странно, откуда взяться `само-` когда еще все чистая химия .. Вот я и строю этот мостик между химией и `само-`.

Чистая химия закончится на уровне динуклеотида: ему термодинамически выгоднее образовать циклический динуклеотид, чем образовывать полимер.

[astsergey]

-- Да, конечно, с этой работой я знаком. Но Цитозин все равно слабо устойчив.

Не могли бы вы всё же привести ссылочку на какие-нибудь более конкретные данные типа устойчивости разных нуклеотидов в неких "абстрактно-нормальных условиях", подтверждающие это? 

------ Такие работы имеются , это одни из первых - попробую отрыть ..
Теперь `козыри` - у простейших  `прокариотов` сохранились `стоп ` и `старт` кодоны : AUU и UUA.

Хотелось бы всё же поконкретнее понять в чём здесь "козырность"?
Ведь кроме указанных, у прокариот есть и "стоп" - "старт" кодоны AUG, GUG, UUG, UGA.
-- В науке принят тезис: если более простая система реально существует, то ее образование более вероятно, чем более сложной. Вообще то, мне странен ваш вопрос. Вы же искали в кодонах пептидов большее присутствие C и  G ? Тогда зачем вы давали на этой основе свои доводы? Ученые придерживающиеся РНК-зарождения, следуют по описанным мной принципам. Потому что они суть экспериментальное доказательство. Учтите, что моя работа появилась задолго до появления последних фактов.

У старейших геномов высших организмов - непропорционально огромные `платформы` АТ.

Всё же если мы говорим о зарождении жизни, мне кажется, в этом смысле гораздо показательнее геном того же LUCA. А в его рРНК доля CG, судя по всему, составляла более 75%. См, например, http://elementy.ru/news/430955.

Вот 75 и 85 ?? кто больше ?! Посему, наличие ензиматических РНК `двойничного` типа ? какое еще лучшее доказательство ? Хотя, теоретически, возможно это же на базе С и G. Но тут, может плохую роль сыграть неустойчивость цитозина. Ведь смотрите - энзиматический эффект (любой) связан с определенной передислокацией электронной плотности из активных сайтов будущих реагирующих областей (!?) к катализатору, т.о., в один момент, мы имеем нечто различное - чем перед реакцией. Посему, неустойчивость одного важного участника катализа - может сделать невозможной в полной мере осуществления всей необходимой цепи для возможности зарождения Жизни. У меня есть первая работа написанная в 2003 году где я рассматривал эти вопросы. Именно там я предположил, что микроРНК имеют уникальные каталитические свойства. В последующие годы это прекрасно подтвердилось. Там же я предположил, что должен существовать механизм синтеза пептидов и преобразования аминокислот - РНК + ионы металлов + стенки из сульфидов, силикатов фосфатов.
Т.н. - `прорибосомный` комплекс - он явно должен содержать `куски` существующих рРНК. может воистину без `С`...

[Питер]

А  какие  у  микроРНК  каталитические  свойства  ?  Не   путайте      круглое с  красным  -   микроРНК и  малые  РНК   не  одно  и  то  же.

[astsergey]

А  какие  у  микроРНК  каталитические  свойства  ?  Не   путайте      круглое с  красным  -   микроРНК и  малые  РНК   не  одно  и  то  же.

-- Надеюсь не путаю, еще в 2004 году, я написал третью работу - в марте 2005 - ее уже прочитал  скажем Кондрашов. В ней главное, кроме сказанного, обнаруженные огромные микроРНК поля. Которые сейчас уже тоже начинают открывать. Я хочу попросить вас - отвечать предметно. Чувствуется, что к генетике вы не имеете отношение, так надо как-то поскромнее ? Не находите ? МикроРНК - это все что поменьше тРНК. Почитайте указанного автора, про U2, U6. А вы знаете что такое `малые` РНК ..?

[Питер]

А  какие  у  микроРНК  каталитические  свойства  ?  Не   путайте      круглое с  красным  -   микроРНК и  малые  РНК   не  одно  и  то  же.

-- Надеюсь не путаю, еще в 2004 году, я написал третью работу - в марте 2005 - ее уже прочитал  скажем Кондрашов. В ней главное, кроме сказанного, обнаруженные огромные микроРНК поля. Которые сейчас уже тоже начинают открывать. Я хочу попросить вас - отвечать предметно. Чувствуется, что к генетике вы не имеете отношение, так надо как-то поскромнее ? Не находите ? МикроРНК - это все что поменьше тРНК. Почитайте указанного автора, про U2, U6. А вы знаете что такое `малые` РНК ..?

Может  быть, вы  тоже  ответите  предметно,  какие  именно    реакции   катализируют  микроРНК ? В   чем ее  уникальные  каталитические  свойства ?

Для  справки -  хотя   я  и  не  люблю   WIKI.   
МикроРНК
http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA

Малые  ядерные  РНК  (U2 et   cetera)
http://en.wikipedia.org/wiki/Small_nuclear_RNA

Почуствуйте  разницу ... 
Именно    с  ГЕНЕТИЧЕСКОЙ   точки   зрения   нельзя   говорить  вообще  о     некодирующих  РНК  небольшого    размера  - микроРНК,   мяРНК,  мяоРНК. 

Да,   насчет  отношения  к  генетике  -   можете  поряться  по    ресурсу,  я  как-то    тут   полностью  представлялся.
А  так     -   специальность  03.00.26,   д.б.н.

[astsergey]

А  какие  у  микроРНК  каталитические  свойства  ?  Не   путайте      круглое с  красным  -   микроРНК и  малые  РНК   не  одно  и  то  же.

-- Надеюсь не путаю, еще в 2004 году, я написал третью работу - в марте 2005 - ее уже прочитал  скажем Кондрашов. В ней главное, кроме сказанного, обнаруженные огромные микроРНК поля. Которые сейчас уже тоже начинают открывать. Я хочу попросить вас - отвечать предметно. Чувствуется, что к генетике вы не имеете отношение, так надо как-то поскромнее ? Не находите ? МикроРНК - это все что поменьше тРНК. Почитайте указанного автора, про U2, U6. А вы знаете что такое `малые` РНК ..?

Может  быть, вы  тоже  ответите  предметно,  какие  именно    реакции   катализируют  микроРНК ? В   чем ее  уникальные  каталитические  свойства ?

Для  справки -  хотя   я  и  не  люблю   WIKI.   
МикроРНК
http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA

Малые  ядерные  РНК  (U2 et   cetera)
http://en.wikipedia.org/wiki/Small_nuclear_RNA

Почуствуйте  разницу ... 
Именно    с  ГЕНЕТИЧЕСКОЙ   точки   зрения   нельзя   говорить  вообще  о     некодирующих  РНК  небольшого    размера  - микроРНК,   мяРНК,  мяоРНК. 

Да,   насчет  отношения  к  генетике  -   можете  поряться  по    ресурсу,  я  как-то    тут   полностью  представлялся.
А  так     -   специальность  03.00.26,   д.б.н.

-- Представленная информация по микроРНК - вызывает смех. Она - никакая, потому что существуют и более короткие и гораздо более длинные. В смолРНК вообще никакой информации.. Господин доктор, странные источники ? Может своими словами ? Так вот, микроРНК всежки -набор длинн. Ввиду того, что вы взяли на себя право пользоваться неопределенными понятиями: посмею объяснить вам что нет разницы между смолРНК и микроРНК - она - суть жонглирование словами.. Фундаментальная длинна `В` - из `той` статьи (M=B*A^B) имеет отношение к размеру именно микроРНК. Известно, что существуют гораздо более длинные РНК , тРНК , рРНК - они суть набор `инструментов` для исполнения функций. Большинство известных nсRNA с большой длинной - расщепляются на множество микроРНК для исполнения функций (ингибирования, активирования и т.д.). Эти множества и были найдены еще в 2004 году и названы `процессинговыми полями РНК`. Видите ли, известно, что и статьи Нобелевских лауреатов не пускали в печать - не говоря уж о коррупции в Наших изданиях.. где науку вообще выкинули за борт, оставили только копии званий.. Посему будут печататься в Западных .. Стыдно даже упоминать о них.

-- Насчет вашей идеи: что с `генетической точки зрения ` (?!?!) ни чего себе ?! НЕЛЬЗЯ говорить  вообще  о     некодирующих  РНК  небольшого    размера  - микроРНК,   мяРНК,  мяоРНК.  -- это вообще перл.. наверно надо о вас ? Это вам, а вообще-то уже очень много .http://jbiol.com/content/pdf/jbiol174.pdf

[Питер]

Именно    с  ГЕНЕТИЧЕСКОЙ   точки   зрения   нельзя   говорить  вообще  о     некодирующих  РНК  небольшого    размера  - микроРНК,   мяРНК,  мяоРНК. 
Еще   раз  повторяю  эту  простую   мысль. Нет   некодирующих  РНК   ВООБЩЕ.  Есть  конкретные    не  кодирующие  РНК с    РАЗНОЙ    функцией.  И  функции  микроРНК  отличаются  от  функций  мяРНК  и  фунций siRNA.

[astsergey]

Именно    с  ГЕНЕТИЧЕСКОЙ   точки   зрения   нельзя   говорить  вообще  о     некодирующих  РНК  небольшого    размера  - микроРНК,   мяРНК,  мяоРНК. 
Еще   раз  повторяю  эту  простую   мысль. Нет   некодирующих  РНК   ВООБЩЕ.  Есть  конкретные    не  кодирующие  РНК с    РАЗНОЙ    функцией.  И  функции  микроРНК  отличаются  от  функций  мяРНК  и  фунций siRNA.

-- Не надо с умным видом выпутываться из сказанного бреда. Вы до сих пор не потрудились представить что-нибудь качественное из информации, я уж не говорю о вашей , вашей нет. Могу лишь напомнить что еще в 2004 г я писал про эти огромные РНК-поля. Тогда, такие как вы, вообще отказывали РНК в существенной роли в Геноме. Теперь, вы уже ловите рыбку в мутной воде ваших слов. Напишите одну формулу, модель ?! Но вашу (!), как мощный инструмент и как адресное слово они описаны задолго до публикаций в журналах. И видит бог - в этом не моя вина.

[Питер]

Из    Вики,   дальше  рыть   не  хочу. МикроРНК
In genetics, microRNAs (miRNAs) are single-stranded RNA molecules of 21-24 nucleotides in length, which regulate gene expression. miRNAs are encoded by genes from whose DNA they are transcribed but miRNAs are not translated into protein (i.e. they are non-coding RNAs); instead each primary transcript (a pri-miRNA) is processed into a short stem-loop structure called a pre-miRNA and finally into a functional miRNA. Mature miRNA molecules are either fully or partially complementary to one or more messenger RNA (mRNA) molecules, and their main function is to down-regulate gene expression. The first miRNA was described in 1993 by Lee and colleagues in the Victor Ambros lab[1], but the term microRNA was only introduced in 2001 when the abundance of these tiny regulatory RNAs was discovered and reported in a set of three articles.[2][3][4] It is now known that miRNAs regulate the expression of more than half of all human protein-coding genes, and that the proper functioning of certain miRNAs is important for preventing cancer and other diseases.[5]

Малые  ядерные   РНК (snRNA)
Small nuclear RNA (snRNA) is a class of small RNA molecules that are found within the nucleus of eukaryotic cells. They are transcribed by RNA polymerase II or RNA polymerase III and are involved in a variety of important processes such as RNA splicing (removal of introns from hnRNA), regulation of transcription factors (7SK RNA) or RNA polymerase II (B2 RNA), and maintaining the telomeres. They are always associated with specific proteins, and the complexes are referred to as small nuclear ribonucleoproteins (snRNP) or sometimes as snurps. These elements are rich in uridine content.

Вы    разницу       понимаете ?  Или  нет ?  Даже  на   уровне  Вики  она  очевидна.

[astsergey]

Из    Вики,   дальше  рыть   не  хочу. МикроРНК
In genetics, microRNAs (miRNAs) are single-stranded RNA molecules of 21-24 nucleotides in length, which regulate gene expression. miRNAs are encoded by genes from whose DNA they are transcribed but miRNAs are not translated into protein (i.e. they are non-coding RNAs); instead each primary transcript (a pri-miRNA) is processed into a short stem-loop structure called a pre-miRNA and finally into a functional miRNA. Mature miRNA molecules are either fully or partially complementary to one or more messenger RNA (mRNA) molecules, and their main function is to down-regulate gene expression. The first miRNA was described in 1993 by Lee and colleagues in the Victor Ambros lab[1], but the term microRNA was only introduced in 2001 when the abundance of these tiny regulatory RNAs was discovered and reported in a set of three articles.[2][3][4] It is now known that miRNAs regulate the expression of more than half of all human protein-coding genes, and that the proper functioning of certain miRNAs is important for preventing cancer and other diseases.[5]

Малые  ядерные   РНК (snRNA)
Small nuclear RNA (snRNA) is a class of small RNA molecules that are found within the nucleus of eukaryotic cells. They are transcribed by RNA polymerase II or RNA polymerase III and are involved in a variety of important processes such as RNA splicing (removal of introns from hnRNA), regulation of transcription factors (7SK RNA) or RNA polymerase II (B2 RNA), and maintaining the telomeres. They are always associated with specific proteins, and the complexes are referred to as small nuclear ribonucleoproteins (snRNP) or sometimes as snurps. These elements are rich in uridine content.

Вы    разницу       понимаете ?  Или  нет ?  Даже  на   уровне  Вики  она  очевидна.

-- С вами все ясно, дальше Вики мы не двинемся. Собственное не понимание вы сваливаете на других. Наверно неэтично писать тут то что все видят ? и не ваше ? К сожалению, разговор с вами не продуктивен. Впредь, еще более неэтично показывать свой диплом в качестве аргументов... Ведь все знают их цену в России...