Автор Тема: РНК - мир. Сомнение в первичности.  (Прочитано 32844 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн grumbler

  • Участник форума
  • Сообщений: 110
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #75 : Октябрь 17, 2009, 16:15:11 »
Странно, я за 30 сек прошел там регистрацию, так что глюк, видимо, закончился. Или весь ваш диапазон IP забанен из-за какого-то особо активного спамера/флудера. Попробуйте еще раз.
Цитировать
Но катализатор – это то, что, нечто промежуточно участвует в реакции и влияет на её результат, но, в конечном итоге, не расходуется (или в нашем контексте – расходуется мало).
В моем контексте - тоже не расходуется. И не просто влияет на результат, а ускоряет реакцию, снижая энергию активации. Если замедляет - это ингибитор.
Но неясно, как экранирование от быстрых молекул может ускорить целевую реакцию (хотя, вы правы, можно представить,  что ингибирует все или некоторые побочные).
Цитировать
Температура разрыва разрушения сахара (свекольный сахар) составляет 175-185 градусов. Эта температура – показатель силы типичной связи между мономерами полисахаров. У белков такая температура, вроде бы, существенно выше. Мне кажется, что у некоторых из них полная денатурация то наступит при температуре не много меньшей, чем температура разрушения сахара.
Эти цифры ни в том, ни в другом случае не имеют отношения к деполимеризации.

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 1170
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #76 : Октябрь 17, 2009, 17:47:00 »
Цитата: grumbler
Но неясно, как экранирование от быстрых молекул может ускорить целевую реакцию (хотя, вы правы, можно представить,  что ингибирует все или некоторые побочные).
Да: Вы хорошо выразились на счет ингибирования не целевых реакций.

Цитата: grumbler
Странно, я за 30 сек прошел там регистрацию, так что глюк, видимо, закончился. Или весь ваш диапазон IP забанен из-за какого-то особо активного спамера/флудера. Попробуйте еще раз.
Попробую.
Создал несколько тем с вопросом о силе связей между мономерами полисахаров, полипептидов, полинуклеотидов в нескольких других форумах.
Вот здесь http://www.anchem.ru/forum/read.asp?id=9594&recordnum=0
Сказали, что ответ «можно узнать в любом, мало-мальски приличном учебнике по биохимии».
На молекулярной биологии ещё создал http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=362739&st=0&p=957358
Но, пока, ответа там нет.

Оффлайн grumbler

  • Участник форума
  • Сообщений: 110
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #77 : Октябрь 18, 2009, 09:08:00 »
Alexeyy, вы видели эту статью: Nelson et al 2000 Peptide nucleic acids rather than RNA may have been the first genetic molecule http://www.pnas.org/content/97/8/3868.abstract ? Очко в вашу пользу. :) Но даже если сам аминоэтилглицин (АЕГ) легко полимеризуется при 100 С, то будет ли он образовывать гомополимер в присутствии глицина, этилендиамина и пр., которых гораздо больше, чем самого АЕГ? Сомневаюсь. И как потом обеспечивается модификация полиАЕГ именно нуклеотидуксусной кислотой, а не теми же аминокислотами?   


Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 1170
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #78 : Октябрь 20, 2009, 03:49:25 »
Спасибо за ссылку!
Статью раньше не читал. Вывод (аналогичный выводу статьи) делал исключительно теоретически.
Что касается рассматриваемого вопроса - не придаю особого значения деталям химии: разнообразие органической химии столь велико, что, почти наверняка, найдутся варианты, чтобы реализовались «нужные» формы и механизмы. Думаю, что, в нашем контексте, важно исходить из некого общего принципа, означающего общую направленность, вектор эволюции и принцип его реализации. А детали отбор, скорее всего, найдет без особых трудностей. А проблемы с деталями будут, наверняка, возникать ещё долго: уж больно сложен процесс эволюции.

П.С.: Вы не могли бы сделать для меня регистрацию (с логиным, примерно Alexey или Alexeyy или Alexeyyy и т.п.) в http://forum.xumuk.ru/index.php?s=c32de8b9b2310eb36af777d751bc9e20&showforum=40  ?
А то что-то ни в какую не удается пройти.

Оффлайн Alexy

  • Участник форума
  • Сообщений: 5648
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #79 : Октябрь 20, 2009, 11:23:27 »
Цитировать
Вы не могли бы сделать для меня регистрацию (с логиным, примерно Alexey или Alexeyy или Alexeyyy и т.п.) в http://forum.xumuk.ru/index.php?s=c32de8b9b2310eb36af777d751bc9e20&showforum=40  ?
А то что-то ни в какую не удается пройти.
Дайте свой емэйл, и я сделаю это.

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1311
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #80 : Октябрь 20, 2009, 11:55:19 »
Спасибо за ссылку!
Статью раньше не читал. Вывод (аналогичный выводу статьи) делал исключительно теоретически.
Что касается рассматриваемого вопроса - не придаю особого значения деталям химии: разнообразие органической химии столь велико, что, почти наверняка, найдутся варианты, чтобы реализовались «нужные» формы и механизмы. Думаю, что, в нашем контексте, важно исходить из некого общего принципа, означающего общую направленность, вектор эволюции и принцип его реализации. А детали отбор, скорее всего, найдет без особых трудностей. А проблемы с деталями будут, наверняка, возникать ещё долго: уж больно сложен процесс эволюции.

П.С.: Вы не могли бы сделать для меня регистрацию (с логиным, примерно Alexey или Alexeyy или Alexeyyy и т.п.) в http://forum.xumuk.ru/index.php?s=c32de8b9b2310eb36af777d751bc9e20&showforum=40  ?
А то что-то ни в какую не удается пройти.

Икехару   вы    скорее  всего  тоже  не  читали ...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19468323?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DiscoveryPanel.Pubmed_Discovery_RA&linkpos=2&log$=relatedarticles&logdbfrom=pubmed
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1431
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #81 : Октябрь 21, 2009, 10:47:53 »
Мне не понятно, почему не пытаются подойти к вопросу образования кода типа РНК исходя из тех же эволюционных посылов, которые используются при объяснении всего существующего разнообразия из существования клеток? Т.е. не понятно, почему не пытаются найти процессы, которые эволюционно могли бы привести к образованию кода типа РНК, а пытаются найти то, как этот код мог бы возникнуть скачком.

Ну почему не пытаются, пытаются.
Вот, например, статья как раз на эту тему - "Coenzyme autocatalytic network on the surface of oil microspheres as a model for the origin of life":
http://home.comcast.net/~sharov/biosem/biosem.html#papers


Оффлайн Gilgamesh

  • Moderator
  • Участник форума
  • *****
  • Сообщений: 10100
    • Просмотр профиля
    • http://gilgamesh-lugal.livejournal.com
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 1170
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #83 : Октябрь 22, 2009, 04:43:40 »
В следующий раз сообщения перетаскивать не буду. Буду стирать. G.
« Последнее редактирование: Октябрь 22, 2009, 15:20:20 от Gilgamesh »

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 1170
    • Просмотр профиля
Re: РНК - мир. Сомнение в первичности.
« Ответ #84 : Октябрь 24, 2009, 10:32:49 »
Цитата: grumbler
Alexeyy, вы видели эту статью: Nelson et al 2000 Peptide nucleic acids rather than RNA may have been the first genetic molecule http://www.pnas.org/content/97/8/3868.abstract ? Очко в вашу пользу.  Но даже если сам аминоэтилглицин (АЕГ) легко полимеризуется при 100 С, то будет ли он образовывать гомополимер в присутствии глицина, этилендиамина и пр., которых гораздо больше, чем самого АЕГ? Сомневаюсь. И как потом обеспечивается модификация полиАЕГ именно нуклеотидуксусной кислотой, а не теми же аминокислотами?

Вы знаете – подумал, что такие крупные эволюционные метаморфозы должны происходить вымирания старых форм и замещения их новым. Например, динозавры сначала вымерли, а потом их место заняли млекопитающими. Хотя и те и другие возникли, практически, одновременно. Только млекопитающие долгое время находились в экотонах или в каких-то подобных нишах.

Так что я сейчас подумал, что РНК-жизнь (на основе кода РНК) и  белковая жизнь (на основе белкового кода типа АЕГ) могли возникнуть, практически, одновременно. Возможно, даже независимо. А, может быть, какие-то примитивнейшие формы жизни на основе белкового кода как-то постепенно проэволюционировали и дали РНК-код. Например, путем постепенной модификации аминокислот. Т.е. путем появления у них новых групп атомов и постепенном закреплении этого в коде. Т.е. не все сразу, а какое-то постепенное доращивание. Эдак можно и нуклеотид рассматривать как радикал аминокислоты. Наверно, в такой плавности эволюционного перехода, увеличивающего устойчивость кодирующего полимера и разнообразие его свойств ничего не может быть удивительного?

В общем предполагаю, что такая примитивная РНК-жизнь (которая не исключает в своем составе белки) существовала где-то в особо экстремальных условиях, где была очень высока вероятность повреждения кодирующей полимерной цепи.

Далее, по мере эволюции, по мере роста требований к информационной защищенности (вследствие усложнения каталитических свойств и роста разнообразия катализируемых процессов) РНК-клетки (или РНК-протоклетки) могли, как вирусы, внедриться в относительно сложные клетки на основе белкового генетического кода и постепенно, начали подчинять их себе, вытесняя родной белковый код. Который, в конце концов, вероятно, выродился в  НРС-синтазу, а код на основе РНК стал доминировать.