РНК - мир. Сомнение в первичности.

Автор Alexeyy, августа 23, 2009, 05:28:55

« назад - далее »

Alexeyy

Цитата: Питер
Но  -  РНК (ДНК)   реплицируется  и  транслируется в   белок. Причем   простая   вариабельность   структуры  нуклеотидов   обеспечивает   транслирование  в  разные    белки.
Белок   реплицируется  -  но  как   на  одном  белке   может  синтезироваться    другой  белок  ?    Где в   белке   код ?
В последовательности аминокислот белка. Если в нуклеиновых кислотах структура белка зашита в вариабельности нуклеотидов, то в белке (как наследственном коде) – в вариабельности аминокислот. 


Цитата: Питер
По   поводу   стабильности  -    белки  достаточно  стабильны,  и  различные    взаимодействия    держат      третичную  структуру  очень  даже  хорошо  и    без   азотистых  оснований.
Белки, как и РНК могут образовывать цепи за счет водородных связей. Но в случае с РНК водородные связи возникают за счет азота (входящего в азотистые оснований), а в белках, в основном, за счет углерода. Т.е. в первом случае электрон оттягивает на себя азот, а во втором – углерод. Азот на это способен в гораздо большей степени, чем углерод. Поэтому диполь у водородных связей у азота сильнее поляризован, чем у углерода. Иначе говоря, водородные связи, которые дают нуклеотиды РНК сильнее водородных связей, аминокислот белков.

Совершенно аналогичная картина имеет место и для связей между звеньями цепей для РНК и для белков. 
Если в РНК эта связь обеспечивается, в основном, за счет электроотрицательности фосфора (остаток фосфорной кислоты), то в белках – за счет углерода. Фосфор, опять же, электроны тянет на себя сильнее. Чем углерод. Поэтому в нуклеиновых кислотах связь между их звеньями сильнее, чем в белках.

Цитата: Сергей
Alexeyy, двойные спирали ДНК и РНК одинаково устойчивы
Я и не говорил, что это не так.

Цитата: Сергей
Прежде чем строить великие теории возьмите какой-нибудь элементарный учебник молекулярной биологии и прочитайте.
Что ж... во многом критику принимаю. К сожалению, трудно объять необъятное. Хотя я вовсе не одержим идеей построить великую теорию первичности белков. Я просто занимаюсь некоторыми глобальными эволюционными вопросами и, как мне кажется, нащупал некоторую глобальную эволюционную закономерность. Речь сейчас не о ней. Просто я обратил внимание, что теория первичности РНК как-то в неё не очень вписывается и что по отношению к РНК должны быть первичны некоторые другие (менее надежные в описанном выше смысле) конструкции, на роль которых идеально подходят белки. Поэтому решил создать этот топик, чтобы услышать критику. Чтобы понять не абсурдна ли вообще сама идея. А также чтобы понять какие вопросы этой области следует более детально изучить, чтобы более четко самому понять и сформулировать проблему.

Alexeyy

Цитата: crdigger от сентября 24, 2009, 05:38:27
  Первожизнь возможно и не была жизнью в прямом смысле слова , вон есть тема про нанобактерии. Что-то вроде автокатализа кристаллизации кальциевого шарика вокруг липидной мембраны и и абсорбции органики на кристаллической матрице, еще медленнее растущее,чем нанобактерии. Набор белков к нуклеиновых кислот нестабилен.Он и у бактерий не особо стабилен с их беспорядочной половой жизнью.Явление многократно возникает само по себе.Процент "бактерий", которые самозародились,сравним с процентом "бактерий", которые размножились.
Подскажите, пожалуйста, ссылку.

Питер

Алексей, белки  -  очевидная  глупость.
Посмотрите  на  РНК.  Она   сразу  обеспчивает  и  репликацию (воспроизведение  себя),  и  трансляцию в   белок.
Белок  же   должен  сразу  нести   две  функции  -  и  реплицировать  себя,  и  кодировать  другие   белки.  Причем   этих  белков  должно  быть  более  одного  - если   мы  говорим  об  уровне   хотя  бы  протоорганизма. И  вопрос все  тот  же  - каков  может    быть  белковый  код ?
А  оно  вам  надо  ?

Сергей

Цитата: Alexeyy от сентября 25, 2009, 04:05:13
К сожалению, трудно объять необъятное. Хотя я вовсе не одержим идеей построить великую теорию первичности белков. Я просто занимаюсь некоторыми глобальными эволюционными вопросами и, как мне кажется, нащупал некоторую глобальную эволюционную закономерность. Речь сейчас не о ней. Просто я обратил внимание, что теория первичности РНК как-то в неё не очень вписывается и что по отношению к РНК должны быть первичны некоторые другие (менее надежные в описанном выше смысле) конструкции, на роль которых идеально подходят белки. Поэтому решил создать этот топик, чтобы услышать критику. Чтобы понять не абсурдна ли вообще сама идея. А также чтобы понять какие вопросы этой области следует более детально изучить, чтобы более четко самому понять и сформулировать проблему.

Alexeyy, углерод не образует водородных связей: у него нет неподелённой пары электронов:

http://www.himhelp.ru/section23/section3/section20/

Если в теорию факты не вписываются, то лучше отбросить теорию, иначе получится а-ля академик Фоменко.

То, что стало известно за последние 60 лет о химии живого, говорит за то, что репликатор можно построить только на основе нуклеиновых кислот (почитайте мои философствования на эту тему: http://www.groh.ru/gro/rel/id.html ). Кроме того, эволюция никогда не забывает найденных удачных решений. Таков уж её механизм: она отталкивается от того, что уже изобретено. Поэтому, изучение молекулярных механизмов современных живых существ даёт возможность понять историю их возникновения. И пока, имеющиеся факты говорят за то, что "в начале был нуклеотид".

Alexeyy

Цитата: Питер
Алексей, белки  -  очевидная  глупость.
Посмотрите  на  РНК.  Она   сразу  обеспчивает  и  репликацию (воспроизведение  себя),  и  трансляцию в   белок.
Белок  же   должен  сразу  нести   две  функции  -  и  реплицировать  себя,  и  кодировать  другие   белки.  Причем   этих  белков  должно  быть  более  одного  - если   мы  говорим  об  уровне   хотя  бы  протоорганизма. И  вопрос все  тот  же  - каков  может    быть  белковый  код ?
Меня удивляет вопрос о том, каков может быть белковый код. Думаю, код может быть построен по совершенно тому же принципу, что и у РНК.   Может я что-то не понимаю?
Да: белков должно быть более одного (примерно, столько же, сколько и нуклеиновых оснований).
По аналогии с транспортными РНК, вероятно, могут существовать транспортные белки, которые одним своим концом комплиментарны аминокислотам матричного белка (по аналогии с матричной РНК), а на другом содержат аминокислоту, которая, с помощью аналога рибосомы, прикрепляется к растущей белковой цепи.     

Что до репликации предполагаемого информационного белка (по аналогии с информационной РНК), то механизм я вижу таким же, как и у ДНК – за счет комплиментарности. Комплиментарности аминокислот. Их существует тьма тьмущая (если не ограничиваться наиболее распространенными среди живой природы). Если Вы имеете в виду ту проблему, откуда у аминокислот может быть комплиментарность, то я имею в виду, что из огромного количества аминокислот, наверняка, найдутся такой набор, среди которого будут только комплиментарные пары.  Ну а остальное – дело техники: репликация по матричному принципу.

Цитата: Сергей
Alexeyy, углерод не образует водородных связей: у него нет не поделенной пары электронов
А, нуда: в химии так принято считать, что он не создает поляризацию. Однако это, в некотором смысле, условность: все нейтральные молекулы взаимодействуют исключительно за счет поляризации даже если в них нет не поделенных электронов. То, что при взаимодействии с водородом углерод не образует не поделённых электронов и говорит, что соответствующий водород образует исключительно слабые поляризационные связи по сравнению с поляризационными водородными связями, возникающими между нуклеотидами в молекулах РНК. Что, в частности, и говорит о том, что предполагаемые информационные белки должны быть менее энергозатратны при репликации и трансляции. Хотя там взаимодействие между аминокислотами может осуществляться и за счет водородных связей, которые возникают за счет присутствия в некоторых аминокислотах кислорода. Но эти связи всё равно, если не ошибаюсь, слабее, чем водородные связи (между нуклеотидами) за счет азота.

Цитата: Сергей
Если в теорию факты не вписываются, то лучше отбросить теорию, иначе получится а-ля академик Фоменко.
В этом очень с Вами согласен.

Цитата: Сергей
То, что стало известно за последние 60 лет о химии живого, говорит за то, что репликатор можно построить только на основе нуклеиновых кислот (почитайте мои философствования на эту тему: http://www.groh.ru/gro/rel/id.html ).
Единственный аргумент, который там разглядел, в пользу того, что саморепликатор не на основе нуклеиновых кислот невозможно построить состоит в том, что «саморепликатор не на основе нуклеиновых кислот и белков будет менее эффективен, если вообще возможен».
В свою очередь, на сколько понял, аргумент в пользу того, что саморепликаторы на основе нуклеиновых кислот более эффективны, состоит в том, что они доминируют. Т.е., значит, отбор и привел к тому, что наиболее эффективно.
Однако, обращаю Ваше внимание на то, что эволюция продолжается и она продолжалась всегда. Всегда возникали новые формы жизни, вытесняя старые, менее эффективные. Динозавров, например, не осталось. В своё время они были очень даже эффективными (ключ их эффективности состоял в двуногости, которая давала большую скорость и неоспоримое преимущество, в своей нише, перед ползающими рептилиями). Динозавров сейчас нет. Потому, их биоценозы оказались менее эффективными по сравнению с последующими формам. Н из того, что их сейчас нет и сейчас они менее эффективны вовсе не следует вывод о том, что их не было и о том, что они были, для своего времени, эффективными.
Точно так же и с саморепликацией белков: из того, что таких белков, допустим, сейчас нет из-за их неэффективности вовсе  не означает того, что в прошлом их не было и что тога они были, для своего времени, весьма эффективны.

Цитата:  Сергей
Кроме того, эволюция никогда не забывает найденных удачных решений.
Ох, Сергей!
Тут я бы вспомнил Ваши же слова: «Если в теорию факты не вписываются, то лучше отбросить теорию».
Я с Вами согласен в том, что в совершенной живой природе запечатлены основные формы жизни, существовавшей от начала её возникновения до наших дней.
Но почему-то природа все-таки забыла, по крайне мере, в основной массе, такое удачливое решение, как РНК-мир. Да: возможно, где-то он сейчас все ещё существует в своей очень узкой нише (под землёй, скажем). И, как писал, я очень даже склонен так думать. Но почему вы исключается аналогичной возможности и для гипотетического самореплицирующегося мира на основе белков? Ведь чем древнее форма жизни – тем реже, в современно мире, её остатки. Если ещё РНК-жизнь не найдена, то чего удивительного в том, что и гипотетическая жизнь на основе кодирующих белков не найдена тоже (или хотя бы отдельные её механизмы)? 
Кстати, я не уверен, что даже где-нибудь в современных клетках не встречается саморепликация белка. Не исключаю, что этот процесс ещё просто не заметили из-за редкости, низкой интенсивности и не малосущественной роли. Про прионы тоже долго никто ничего не знал.

Большинство белков живых клеток, похоже, относительно слабо притягиваются друг к другу за счет того, что большинство их аминокислот не может образовывать «обычных» водородных связей (т.е. за счет отсутствия общих электронов).  Но некоторые белки аминокислоты водородные связи все же образовывать могут (за счет присутствия в них кислорода, соединенного полярной связью с водородом). Белки, состоящие, в основном, из таких аминокислот,  вероятно, и могут самореплицироваться. Только, на сколько понимаю, такие белки в природе – большая редкость. Но в эксперименте создать можно.  И уж маловероятно, что среди таких белков не найдутся комплиментарные пары. Так почему бы и не получиться на их основе репликации более эффективной в случае низкого уровня шума?

Цитата:  Сергей
И пока, имеющиеся факты говорят за то, что "в начале был нуклеотид".
Какие факты?

Gilgamesh

Alexeyy, я задам бестактный вопрос. Вы по специальности биохимик? Химик другой специальности? Если нет, то нет, конкретизировать не прошу.
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Сергей

Цитата: Alexeyy от сентября 26, 2009, 13:17:52
Но почему-то природа все-таки забыла, по крайне мере, в основной массе, такое удачливое решение, как РНК-мир.

В том-то и дело, что не забыла. У ВСЕХ живых организмов белки синтезирует рибосома, в которой основные матричные, структурные и каталитические функции выполняет РНК. Отсюда и следует, что и белки, и ДНК явно вторичное изобретение.

DNAoidea

ну так и ретровирусы никто не отменял (вон какой шум сейчас из-за одного из них...), да и энзимы есть - РНК-зависимая РНКаза, скажем, так что примеров вагон, а насчёт саореплицирующихся белков - нема, да и комплементарные аминокислоты тоже куда-то подевались (в принципе они конечно могут быть - хотя бы если как радикал прилепить те самые азотистые основания от нуклеиновых кислот), но в нынешних белках таких нет напрочь.

Alexeyy

Цитата: Gilgamesh
Alexeyy, я задам бестактный вопрос. Вы по специальности биохимик? Химик другой специальности?
Нет.

Цитата: Сергей
Цитата: Alexeyy
Но почему-то природа все-таки забыла, по крайне мере, в основной массе, такое удачливое решение, как РНК-мир.
В том-то и дело, что не забыла. У ВСЕХ живых организмов белки синтезирует рибосома, в которой основные матричные, структурные и каталитические функции выполняет РНК. Отсюда и следует, что и белки, и ДНК явно вторичное изобретение.
Сергей,  с Вами согласен, что некоторые элементы РНК-мира в современной природе присутствуют.
Но Вы делаете подмену: если в рибосоме основные матричные, структурные и каталитические функции выполняет РНК и если даже белки и ДНК – явно вторичное изобретение (с чем не согласен) то это ещё не мир РНК. Вы прекрасно понимаете, что мира РНК в природе сейчас не наблюдается. Она его забыла. 

Цитата:  DNAoidea
ну так и ретровирусы никто не отменял (вон какой шум сейчас из-за одного из них...), да и энзимы есть - РНК-зависимая РНКаза, скажем, так что примеров вагон

Да, конечно: элементы есть, но самого мира нет. Речь то идет о том, что природа, некоторые вещи, может забыть. Кстати, все эти элементы РНК-мира можно рассматривать и как элементы гипотетического мира на основе белка. Потому, что для него, вероятно, должны существовать те же структурно-функциональные блоки, что и для современного мира, только на другой основе.

Цитата:  DNAoidea
... а насчёт самореплицирующихся белков - нема, да и комплиментарные аминокислоты тоже куда-то подевались (в принципе они конечно могут быть - хотя бы если как радикал прилепить те самые азотистые основания от нуклеиновых кислот), но в нынешних белках таких нет напрочь.
За то такие белки (у которых в аминокислотах к радикалу прикреплены  азотистые основания от нуклеиновых кислот), как выше писал, синтезированы искусственно. Причём они могут выполнять функции РНК. Их даже так и назвали – РНК с белковым сахаро-фосфатным остовом. Я как –то сразу не догадался, что это есть просто белок, состоящий из особых аминокислот в которых присутствует радикал азотистых оснований.
А из того, что таких белков не наблюдается в современной природе ещё не значит, во-первых, что их не было, во вторых, что их, действительно сейчас в живой природе нет.
Те РНК, которые существовали на заре эволюции, наверняка, тоже сейчас не наблюдаются в живой природе. Но отсюда не следует, что их не было.

Сергей

Цитата: Alexeyy от сентября 27, 2009, 04:07:19
мира РНК в природе сейчас не наблюдается. Она его забыла. 

И не может наблюдаться: их вытеснили более приспособленные организмы.

Цитата: Alexeyy
За то такие белки (у которых в аминокислотах к радикалу прикреплены  азотистые основания от нуклеиновых кислот), как выше писал, синтезированы искусственно. Причём они могут выполнять функции РНК. Их даже так и назвали – РНК с белковым сахаро-фосфатным остовом. Я как –то сразу не догадался, что это есть просто белок, состоящий из особых аминокислот в которых присутствует радикал азотистых оснований.
А из того, что таких белков не наблюдается в современной природе ещё не значит, во-первых, что их не было, во вторых, что их, действительно сейчас в живой природе нет.

Alexeyy, эти соединения построены не из альфа-аминокислот, у которых один углерод между амино и карбоксильной группой, а из бета - содержащих цепь из двух атомов углеродов. Белки на такой основе сделать нельзя. Не стройте пустых теорий, ни на чем не основанных.



Gilgamesh

ЦитироватьНет.

Угу. А беретесь поучать биохимика с 30 летним стажем изучения биополимеров насчет процессов синтеза как "дела техники". Я не знаю, какие по этому поводу испытывают эмоции, но лично мне это кажется весьма забавным. Даже слишком.
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Alexeyy

Цитата: Сергей
Цитата: Alexeyy
мира РНК в природе сейчас не наблюдается. Она его забыла.
И не может наблюдаться: их вытеснили более приспособленные организмы.
Ну так вот и я о том же: на основе только того, что в современном мире что-то не наблюдаются (мир на основе белка или РНК) не верно делать вывод о том, что этого не было.

Цитата: Сергей
Цитата: Alexeyy
За то такие белки (у которых в аминокислотах к радикалу прикреплены  азотистые основания от нуклеиновых кислот), как выше писал, синтезированы искусственно. Причём они могут выполнять функции РНК. Их даже так и назвали – РНК с белковым сахаро-фосфатным остовом. Я как –то сразу не догадался, что это есть просто белок, состоящий из особых аминокислот в которых присутствует радикал азотистых оснований.
А из того, что таких белков не наблюдается в современной природе ещё не значит, во-первых, что их не было, во вторых, что их, действительно сейчас в живой природе нет.

Alexeyy, эти соединения построены не из альфа-аминокислот, у которых один углерод между амино и карбоксильной группой, а из бета - содержащих цепь из двух атомов углеродов. Белки на такой основе сделать нельзя. Не стройте пустых теорий, ни на чем не основанных.

Сергей, я с Вами согласен, в том, что такие белки в живой природе не являются распространенными. Однако в специфических случаях (например, в антибиотиках) они присутствовать могут.

А потом, разве это  так важно? Речь идет о принципиальной возможности. Природа миллиардами лет экспериментировала и для текущего момента эволюции подобрала более-менее оптимальное сочетание. Кто может с уверенностью сказать каково оптимальным было сочетание на заре жизни? Кто может с уверенностью сказать, что редко используемое сегодня не было широко распространено в очень далёком прошлом?

П.С.:
Вообще-то я ещё не уверен, в том, что так называемые РНК (на основе белков) последнее время не были синтезированы именно на основе белкового остова в обычном смысле (т.е. состоящего из алфа-аминокислот).
Во всяком случае в популярной обзорной статье С Григоровича, на которую дал ссылку feralis (http://www.nkj.ru/archive/articles/4770/ ), написано:
«Несмотря на высокую популярность идеи РНК-мира, сторонники белковой теории также не сдают свои позиции ...На практике было также показано, что пептидная (читай - белковая) цепь может служить заменителем сахарофосфатного остова в нуклеиновых кислотах».
Хотя, вероятно, действительно он имел в виду белки на основе бетта-аминокислот.
Впрочем, это не принципиально...

Цитата:  Сергей
Не стройте пустых теорий, ни на чем не основанных.
Сергей, я с Вами полностью согласен в том, что построение теории без всяких на то оснований – методологически гиблое дело. И мне глубоко противен такой поход. Т.е. для теории должны быть хоть какие-то основания. Либо экспериментальные, либо теоретические, либо то и другое.
Я изложил обоснование теоретическое. Напомню, состоящее в том, что белки образуют более слабые, чем РНК связи. И что, на ранних этапах эволюции (когда роль информационного шума была ещё не велика), они, как носители информации могли дать преимущество менее энергозатратного катализ других белков и быть менее энергозатратными при репликации.
Единственное возражение, которое я разглядел против такой гипотезы состоит в том, что природа, в силу отбора, должна была найти оптимальный вариант. И коль носители информации сейчас построены сейчас на основе нуклеотидов, то это было так и всегда.
Но, по-моему, я убедительно показал, что в эволюции оптимальный вариант на сегодняшний день вовсе не обязан быть оптимальным вариантом на день вчерашний.
Другие возражений (против первичности белков, способных по принципу РНК, нести информационный код) какие ещё есть?

Ну, да РНК ещё могут выполнять каталитические функции так же как и белки. Ну синтезирует РНК в рибосоме белки. Но как отсюда следует то, что существовало такое состояние эволюции, когда РНК выполняли и функции белков и наследственного кода? Почему, например, отсюда не следует просто то, что ДНК когда-то не было, а его функцию выполняла РНК, а белки выполняли функцию катализаторов? Т.е. без первичности РНК по отношению к белку. Может быть, я какой-то момент не понимаю или не знаком с какими-то другими фактами?


Цитата:  Gilgamesh
Угу. А беретесь поучать биохимика с 30 летним стажем изучения биополимеров насчет процессов синтеза как "дела техники".
Gilgamesh, я с Вами полностью согласен в том, что реализация информационного когда на основе белка, в случае если будут найдены комплиментарные белки, есть задача чудовищной сложности. Имелось в виду то, что эта задача, технически не многим более сложная (а может быть и менее), чем реализация с нуля (т.е. если бы об этом ничего не было известно из экспериментов с живыми организмами) варианта информационного кодирования на основе РНК. 
Во всяком случае, сколько вот уже дискутируем, об этом никто из специалистов не сказал в качестве аргумента против первичности гипотетического белкового кода.

Истина в науке не определяется голосованием по человек/стаж/летам.
Бывает, что длительное изучение какого-то вопроса приводит к не вольному формированию стереотипов, которые могут невольно приводить к просмотру некоторых очевидных, для сторонних наблюдателей (бывает и дилетантов) истин. У меня бывало такое не редко. Когда дилетанты меня ставили в тупик, задавая вопросы, ответы на которые, по моему профилю, большинству кажутся очевидными. К своему удивлению, в подобных случаях, я не редко не мог ответить на вопрос. И раздумье над ответом меня, бывало, приводило, к осознанию того, в таких вопросах вовсе не все так очевидно, как принято считать в силу некоторых традиций. Я, бывает, с наслаждением общаюсь с не особо сведущими в моей области людьми, с удовольствием выслушиваю критику и очень серьёзно пытаюсь обдумывать свои ответы в диалоге. Иногда это наводит на мысли, которые, казалось бы, очевидны, но которые можно, без свежего взгляда, упустить из вида.


Gilgamesh

Зато отсутствие проблесков истины выявляется фактологическими ошибками и незнанием, на которые может указать человек, который предмет дискуссии ручечками трогал, вертел и разбирал.

Удачи в разработке проблемы, в общем...
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Сергей

Цитата: Alexeyy от сентября 28, 2009, 05:43:26

Я изложил обоснование теоретическое. Напомню, состоящее в том, что белки образуют более слабые, чем РНК связи.

Alexeyy, для матричного синтеза должна быть жесткая матрица. Нуклеиновые кислоты этим свойством обладают. Даже однотяжевые олигонуклеотиды из-за стекинга оснований в растворе образуют палочки. Белки и пептиды, из-за гибкости пептидного остова сворачиваются в клубок. Ну нельзя сделать матрицу из пластеллина - расплющится сразу же.

Alexeyy

#44
Gilgamesh,
Да, не приятно может быть специалисту общение с человеком, который делает фактологические ошибки и ещё мнит о себе что-то.... Я по себе это тоже очень хорошо знаю по общению с дилетантами в моей области. Однако в междисциплинном исследовании без фактологических ошибок обойтись, наверно, сложно. Его (междисциплинного исследования) ценность состоит в том, что оно из одной дисциплины может привнести в другую нечто новое, ранее не используемое и, при определенных условиях, кардинально меняющее отношение между привычными вещами могущее дать ценный результат. Так что эти новые отношения, при наличие некоторых фактологических ошибок, может создавать ощущение полного бреда. И это, действительно, может быть бредом. Но может и содержать некоторое очень ценное зерно.


Сергей,
согласен с Вами в том, что каркас большинства природных белков не образует жесткой, линейной структуры и что без неё считывать информацию проблематично.
Но ведь и в белках стекинг встречается тоже! На сколько понимаю, просто среди природных аминокислот не так много таких, которые содержат ароматические структуры, которые бы обеспечивали стекинг.
Но было бы невероятным, если бы среди огромного множества возможных аминокислотных радикалов не нашлись бы такие, ароматические фрагменты которых обеспечили белкам, примерно, такую же прочную линейную структура, как и у РНК. Взять хотя бы выше обсуждаемые белки с радикалами от азотистых оснований. У которых, проблемы с жестким каркасом не возникает.
Опять же: кто знает какие были белки в очень далёком прошлом? Почему бы и не те, которые обеспечивают необходимую рассматриваемую жесткость?

Кстати, она, как понимаю, в гипотетическом мире РНК несколько мешает пластичности каталитических функций. Что означает ещё одно преимущество гипотетического белкового мира над миром РНК.

Жесткий каркас, на сколько понимаю, нужен для того, чтобы не было путаницы в последовательном считывании кода. Т.е. иначе транспортная РНК (или гипотетический транспортный белок) просто запутается в перемешанной, неупорядоченной структуре носителя информации (свернутый белок), с которой он последовательно её считывает.  Однако, в принципе, это может обеспечить не только линейная структура. Спиральная структура, с линейной вторичной структурой это обеспечить может тоже. А олигопептиды вполне могут образовывать такие спирали. Что зависит от особенностей их аминокислотного состава. По-моему трудно представить, что, при необходимости, в природе не возникли бы белки с преобладанием нужного состава (для реализации нужной спиралевидной структуры).
Хотя, наверно, такая линейно-спиральная структура будет менее жесткой, чем стекинговая структура ДНК (т.к. за спиральную структуру отвечают водородные связи, которые, наверно, послабее, чем стекинговые связи, возникающие за счет перекрытия ароматический p-электронов). Однако, белки образуют  и более слабые водородные связи, чем РНК. И поэтому при считывании с таких гипотетических белков информации (с помощью гипотетических транспортных белков) будет и слабее повреждающее действие. И, соответственно, будет слабее негативный эффект от менее жесткой (по сравнению с РНК) структуры матрицы.

Примерно, то ж самое я бы сказал и в отношении линейной структуры мышечных белков. Хотя, согласен, что жесткость каркаса и в этом случае будет послабее. К тому же в рассмотренных двух случаях водородные связи аминокислот завязаны сами на себя. Что, наверно, затруднило бы считывание информации. Однако как знать! Эту проблему экспериментально решить ещё никто не пробовал. А эта область, как показывает практика, полна сюрпризов!

Но в любом случае, как писал вначале, проблема жесткой линейной структуры белка (с целью его использования вместо РНК) вполне решаема путем должного подбора аминокислотных радикалов.

П.С.: Почему-то в пользу гипотезы РНК-мира часто приводят тот факт, что в основе синтеза белка рибосомой лежит РНК. Однако при этом совершенно умалчивается тот факт, что в грибах синтез белка осуществляется аналогом рибосомы, состоящим, если не ошибаюсь, исключительно из белка. По-моему если приплюсовать сюда упомянутые белки с азотистыми основаниями (или иначе РНК с остовом из белка), то получается весьма правдоподобная картина возможной первичности белка по отношению к РНК.