Облик древних антропоидов

Автор langust, июня 06, 2009, 21:49:38

« назад - далее »

langust

Что же касается двух десятков отличий на 2000 пар за полмиллиона лет, то как правильно сказал Ярослав - даже много. Часто - гены (даже их кодирующие части) могут быть длинней, а количество закрепленных в них мутаций меньше.
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

langust

Цитата: Злата от мая 11, 2010, 16:46:51
Человеческий ген может отличаться от неандертальского и в 1000 нуклеотидов.
Это никак не связано с различиями между разными людьми ДРУГ ОТ ДРУГА (12 позиций) и разными неандертальцами ДРУГ ОТ ДРУГА.
ЦитироватьПри этом я совсем не согласна с Вашей цифрой 22.
Бывает, что не нравится та или иная цыфирь... . Но придется смириться. Даже если интуиция вам подсказывает, что в рассматриваемом гене можно встретить значительно больше мутаций, чем говорят, то знайте, что вы просто пытаетесь учесть все  мутации, которые возникли в относительно недавний период времени.  Причем, чем больше выборка, тем большее количество позиций с изменениями можно обнаружить... . Так, знайте, что это незакрепленные мутации и их можно встретить только в одном экземпляре, или в нескольких - у ближайших родственников. Они как появились, так и исчезнут. Например, у вас наверняка в каких-то участках есть такие, которые появились только у вас лично, но вероятность их закрепления в геноме человечества практически равна нулю - генетический дрейф вымоет их в течение жизни всего то нескольких поколений. Особенно, если такие мутации вредны или хотя бы нейтральны. Они, кстати, легко определяются статистически на больших выборках. Впрочем, может вам страшно повезет и эта (тринадцатая!) мутация закрепится в геноме большого количества людей эдак через  сто ... тысяч лет  ::)
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

langust

Однако же далеко не все важные гены неандертальцев попали в наш геном
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

langust

Для этого подраздела наиболее интересными генами являются второй, который влияет на пигментацию кожи, и второй снизу, отвечающий за анатомию. То есть, неандертальцы были "белокурыми бестиями" с изрядной толикой рыжей шерсти по всему телу. А череп представлял собой плоский шлем с забралом над глазами. Этакий Эрик Рыжий - истинный ариец  ;D
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

Ярослав Смирнов

Цитата: langust от мая 12, 2010, 08:55:15
Для этого подраздела наиболее интересными генами являются второй, который влияет на пигментацию кожи,
Меланостатин далеко не только за пигментацию кожи отвечает.
Нам лунный свет работать не мешает.

langust

#305
ИМХО, наиболее точное представление о неандертальцах показывает на своих рисунках Николай. Тут и мощность телосложения, и соответствующий рост, и обильное рыжее оволосение... . И еще деталь - почему-то все художники тщательно пытаются скрыть за шевелюрой покатость лба. А ведь эта "пришибленность" черепа, как после удара увесистой дубиной по черепушке, и является визитной карточкой неандертальца.
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

Ярослав Смирнов

Вот ещё одна реконструкция неандерталоида:
Нам лунный свет работать не мешает.

Злата

Цитата: langust от мая 11, 2010, 20:06:55

Поэтому, если убрать из рассмотрения эти 22 позиции, то останутся только такие, которые никак не могут быть разными.
Даже я понял... :'( :'( :'(
Ничего подобного !
Допустим, есть ген/последовательность 2000 или 20 000 нуклеотидов (неважно).
Допустим, у всех (обследованных) людей в этом гене нуклеотиды совпадают ДРУГ С ДРУГОМ, кроме позиций 5,7,10,127,355 (5 штук).
Допустим, у трех расшифрованных неандертальцев есть отличия ДРУГ ОТ ДРУГА в позициях 38,68,74 (3 штуки).
Это вовсе не означает, что НЕАНДЕРТАЛЬСКИЙ ген отличается от ЧЕЛОВЕЧЕСКОГО не больше чем в 8 позициях.
Вполне возможно, что есть еще разница в позициях 115, 220 и 320. Причем у всех трех неандертальцев эти позиции одинаковы, и у всех людей - тоже одинаковые.  И именно ЭТИ различия - таки отличают неандертальца от человека.
Причем заранее никак нельзя сказать (базируясь на цифрах 3+5), СКОЛЬКО будет именно ТАКИХ различий.
Именно про это я и спрашивала, да не получила ответа.
Если это науке пока неизвестно - ОК, подождем. Но Вы так и не поняли вопрос.

Я вообще не говорю сейчас о "биологии". Что там вымывается генным дрейфом или не вымывается.
Я говорю о принципиальной возможности.
Если есть 2 РАЗНЫХ вида, то несомненно должны быть где-то участки генома, которые ОДИНАКОВЫ для всех представителей данного вида, но отличаются от соседнего родственного вида.

ЦитироватьПричем, чем больше выборка, тем большее количество позиций с изменениями можно обнаружить...
Да, конечно.
Но это "две большие разницы" - позиции с изменениями, ОБЩИЕ для всей выборки (допустим, неандертальцев или рыжих) и РАЗЛИЧАЮЩИЕСЯ ВНУТРИ ВЫБОРКИ.

Если мы ищем "характерное для вида/подвида", то нам интересно ОБЩЕЕ для всех, но отличающееся от ДРУГОГО ВИДА.

Шли по лесу и встретили программистку

Злата

Цитата: langust от мая 12, 2010, 02:54:36
Бывает, что не нравится та или иная цыфирь... . Но придется смириться. Даже если интуиция вам подсказывает, что в рассматриваемом гене можно встретить значительно больше мутаций,
Мне интуиция ничего не "подсказывает". Тем более, что я - не профессионал.
Такие вещи определяются не интуицией, а информацией.
Интуиция подсказывает, что, вероятно, есть некие "позиции", которые отличают именно неандертальца от современного человека. Если таки люди НЕ произошли от неандертальцев, оставшихся "тупиковой ветвью".

КОЛИЧЕСТВО таких позиций никак нельзя вычислить из количества позиций, разных у РАЗНЫХ людей и разных у РАЗНЫХ неандертальцев. Эта цифра может быть найдена только экспериментально. Она вполне может оказаться БОЛЬШЕ суммы двух последних.
Либо она (цифра) у нас уже есть - либо появится в недалеком будущем.
Шли по лесу и встретили программистку

langust

Таки у нас просто разный методологический подход к "арифметике" генома. Ведь представленные примеры выше предельно упрощены и никто не пытается найти разницу между двумя неандерами.
Тогда еще более упрощенный пример.
Сократим для пущей наглядности количество нуклеотидов до ста.
Установим априори тот факт, что мы ТОЧНО знаем последовательность для ОБЩЕГО предка человека и неандертальца.
Простоты же ради обозначим эту последовательнось в качестве ряда цифр, каждая из которых шифрует конкретную пару оснований (например, номер 55 означает, что на этом месте у ПРЕДКА была связка А-Т, а на месте под номером 4 - C-G).
Итак мы имеем предковую цепочку 1-2-3-4...-99-100
Прошло полмиллиона лет...
У  неандертальцев изменились только первые три нуклеатида. Причем это максимум. То есть у некоторых есть такая последовательность:
А-Б-С-4-5-6-...-99-100
У других сокращенные варианты: (А-Б-3-4-5-6-...-99-100) (А-3-4-5-6...-99-100)
Попутно заметим, что сначала произошла и закрепилась у части населения мутация А, потом среди них появилась (и закрепилась!) мутация Б на втором месте и наконец (максимум) у части населения закрепилась мутация с на третьем месте... . У кого то вообще не произошло мутаций, а у части населения, например, во второй позиции могла появиться повторная мутация и все эти неандеры имели такую последовательность: (А-Д-С-4-5-...-99-100)
Почему не предлагается изменений в других позициях? Да потому, что мы заранее ограничили эти позиции, в которых могут происходить изменения (с первого по третье места для удобства).
То же и для людей: только уже пять мутаций и опять же для простоты поместим их рядышком.
(1-2-3-К-Л-М-Н-О-9... -99-100) , а так же наиболее вероятные комбинации с "выпадением" некоторых изменений.
Так как мы изначально зафиксировали все места, где могут появиться мутации относительно генома общего предка, то в остальных позициях геном не изменится и там останется только такая последовательнось: ... 10-11-12-13-...-99-100.
Этот пример и приводился выше, только длина гена была не 100, а 2000, и мутаций было не 3, 5, а 10,12. Да и позиции, ясный пень не подряд шли.
В нашем примере максимально отличие человеческого гена от неандертальского составляет... 8 нуклеотидов. На всех остальных позициях сохраняется предковая форма, как у неандертальцев, так и у людей.
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

Злата

Цитата: langust от мая 12, 2010, 11:55:06
Таки у нас просто разный методологический подход к "арифметике" генома. Ведь представленные примеры выше предельно упрощены и никто не пытается найти разницу между двумя неандерами.
Эээ, погодите.
Давайте не будем городить новый пример, а вернемся к старому. Какая разница, сколько нуклеотидов в этом гене ?
Это не упрощает и не усложняет ничего.

Цитата: langust от мая 09, 2010, 17:26:29
Для простоты возьмем определенный участок генома (например, ген) и предположим, что у всех неандертальцев он одинаков, кроме 10 нуклеотидов - на этих местах могут быть точечные изменения (но не обязательно во всех этих местах одновременно). А у разных людей тот же ген будет варьироваться исключительно в 12 разных позициях (уже других), а в остальных местах будет сохранена первоначальная последовательность. Это означает, что за время раздельного существования оба таксона накопили в этом гене 22 мутации. 
Если Вы внятно выразились и я верно Вас поняла, то 10 нуклеотидов (в данном гене) - это разница МЕЖДУ ДВУМЯ НЕАНДЕРТАЛЬЦАМИ, а не между неандертальцем и современным человеком.
Если Вы имели в виду что-то ИНОЕ - объясните.

ЦитироватьУстановим априори тот факт, что мы ТОЧНО знаем последовательность для ОБЩЕГО предка человека и неандертальца.
Это категорически невозможно.
Хотя бы потому, что и у "общих предков" было разнообразие мутаций, в том числе случайных, незакрепленных.

ЦитироватьТо же и для людей: только уже пять мутаций и опять же для простоты поместим их рядышком.
(1-2-3-К-Л-М-Н-О-9... -99-100) ,
Для всего этого процесса надо СНАЧАЛА найти эти мутации.
Чтобы найти - надо знать исходное состояние. А его как раз у нас НЕТ.
Вы же (в процитированной фразе) говорите не о разнице с "исходным состоянием", а "между двумя неандерами" (10) и "между двумя людьми (12).
Так вот - сумма этих двух чисел НЕ ДАЕТ "общего количества накопленных мутаций". В нее не вошли как раз те мутации, которые "закрепились" и стали общими ДЛЯ ВСЕХ ЛЮДЕЙ. Стали видовым признаком.

Меня интересуют факты, а не фантазии. Именно потому, что я - дилетант.
Что УСТАНОВЛЕНО НАУКОЙ, а что "вроде бы так должно получиться"...
Шли по лесу и встретили программистку

langust

Цитата: Злата от мая 12, 2010, 12:12:51
Эээ, погодите.
Давайте не будем городить новый пример, а вернемся к старому. Какая разница, сколько нуклеотидов в этом гене ?
Это не упрощает и не усложняет ничего.
Замените последние две цифры на 1999-2000, а также удлините последовательность замен до 10 и 12, то вернемся к предыдущему примеру. Упрощает - и мне писать меньше, и вам читать удобнее.
Цитировать
Цитата: langust от мая 09, 2010, 17:26:29
Для простоты возьмем определенный участок генома (например, ген) и предположим, что у всех неандертальцев он одинаков, кроме 10 нуклеотидов - на этих местах могут быть точечные изменения (но не обязательно во всех этих местах одновременно). А у разных людей тот же ген будет варьироваться исключительно в 12 разных позициях (уже других), а в остальных местах будет сохранена первоначальная последовательность. Это означает, что за время раздельного существования оба таксона накопили в этом гене 22 мутации.  
Если Вы внятно выразились и я верно Вас поняла, то 10 нуклеотидов (в данном гене) - это разница МЕЖДУ ДВУМЯ НЕАНДЕРТАЛЬЦАМИ, а не между неандертальцем и современным человеком.
Если Вы имели в виду что-то ИНОЕ - объясните.
Я внятно выразился, а вы неправильно поняли. 10 позиций это количество мест, где вообще могут располагаться закрепленные в гене мутации для ВСЕХ неандертальцев. А 12 позиций определяют ВСЕ возможные места для ВСЕх современных людей, где возможно расположение закрепленных в этом гене мутаций.
Цитировать
ЦитироватьУстановим априори тот факт, что мы ТОЧНО знаем последовательность для ОБЩЕГО предка человека и неандертальца.
Это категорически невозможно.
Хотя бы потому, что и у "общих предков" было разнообразие мутаций, в том числе случайных, незакрепленных.
Конечно, в данном примере несколько упрощено. Но будем считать, что это самый последний усредненный неандерталоид, после которого племена разделились на... полмиллиона лет. Все незакрепленные мутации давно исчезли, как у нашего племени, так и у неандертальцев. Можно даже его назвать Неандерталоидным Адамом. Если бы удалось выкопать его косточки и отсеквенировать геном, то это был бы эталон. Сейчас в качестве эталона используют некий усредненный геном шимпанзе (разумеется, без многочисленных одиночных незакрепленных мутаций).
Цитировать
ЦитироватьТо же и для людей: только уже пять мутаций и опять же для простоты поместим их рядышком.
(1-2-3-К-Л-М-Н-О-9... -99-100) ,
Для всего этого процесса надо СНАЧАЛА найти эти мутации.
Чтобы найти - надо знать исходное состояние. А его как раз у нас НЕТ.
Вот и сравнивают участки: шимпа, неандера и человека. Работа, конечно, скрупулезная, но отличные участки находят и довольно точно определяют, что неандертальский вариант  А-Б-С-4... -100 соответствует нашему 1-2-3-К-Л... . И если у кого-то из современных людей обнаружат первый вариант, то нет сомнения - он привнесен в наш геном неандертальцем посредством смешения.  

Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

langust

Цитата: Злата от мая 12, 2010, 12:12:51
Меня интересуют факты, а не фантазии. Именно потому, что я - дилетант.
Что УСТАНОВЛЕНО НАУКОЙ, а что "вроде бы так должно получиться"...
Золотая вы наша! Где же это вы увидели здесь фантазии? Все, что мы здесь обсуждали, это вовсе не генетика, и даже не... кибернетика. Это всего лишь арифметика, не более того.
Вы же сами попросили объяснить... . И сами же по-своему интерпретируете вполне адекватные слова. Если написано для ВСЕХ, то почему вы уверены, что только для ДВОИХ? Если написано, что различия среди неандертальцев, то вы почему то думаете, что сравнивают с... людьми.
И насчет дилетантизма: повторяю, нету тут особой "генетической" составляющей - только простые арифметические действия. Впрочем, хорошая мысль, надо бы привлечь к разговору специалистов, но похоже им надоело рассказывать банальности и никто пока не проявил желания поучаствовать. Хотя я уже выразил благодарность Ярославу, - немного разгрузил меня... .
И все-таки попросил бы вас четко ставить вопросы, а то приходится гадать. Ведь трудно же предположить, что слово "все" можно интерпретировать как "двое".
Насчет "вроде бы так должно получиться". В каком месте было написано или выдана не установленная наукой информация? На самом деле часто бывает, что многое гипотетично и ничего здесь не поделаешь. Какой конкретно ответ или приведенная цифра вас не устраивает?
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

langust

Мы рассмотрели только предельно упрощенный пример, как в принципе можно определить, что тот или иной ген был привнесен в человеческий геном на позднем этапе антропогенеза.
А вот какой процент различий есть в геномах разных людей исследуется уже давно. Уже более десятилетия назад  было установлено, что в среднем два любых человека, живущих на планете, генетически отличаются друг от друга всего лишь на ... 0,1%. Кстати, эта цифра не очень то и варьируестя, если с одной стороны взять двух людей из соседних подъездов, или сравнить геном москвича с геномом жителя... Огненной Земли (почему-то всем понравилось сравнивать именно с ним  ;)). То есть, наши аутосомы настолько перемешаны, что процент отличий будет примерно одинаков. Поэтому, если сравнить геномы всех пятерых людей, которые были исследованы в Институте им. Макса Планка, то получится та же самая цифра. То же самое и для всех трех неандертальцев. Во всяком случае, как люди, так и неандертальцы различаются по сравнению с шимпанзе (генетически) примерно одинаково - на 1,2%. Но если сделать попарное сравнение всех вариантов неандерталец-человек, то разница для разных пар и для разных участков генома будет составлять 0,16...0,1%. Даже есть участки генома, где у людей разных рас отличий было найдено больше, чем между парой человек-неандерталец! 
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

langust

Цитата: Ярослав Смирнов от мая 12, 2010, 10:30:59
Вот ещё одна реконструкция неандерталоида:
Не вижу ничего неандертальского... . разве что плохо просматриваемая за прической покатость лба... . Да и та в пределах допустимого для нашего вида. И надбровий особо не заметно. Даже подбородок скрыт бородкой. Шея хоть и накаченная, но длинная. Пропорции ног - более похожи на европейские. Просматривается талия, как у нас. Оволосение - обычное для европеоидов.
Вывод: типичный сап!  ;D
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра