Интересные новости и комментарии

Автор Дж. Тайсаев, января 15, 2009, 02:31:37

« назад - далее »

Шаройко Лилия

Вот мне с первого сообщения тоже так показалось, но кто мы такие чтобы нарушать чужую свободу быть тем кем каждый считает нужным в определенный период времени.
:)
В любом случае, даже если я ошибаюсь Страж всегда желанный гость в теме космоса.
По статье - некоторые мысли в этом направлении(влияние на появление жизни) уже встречала но в формулировках что такой метеоритный удар и перепад температур и энергетического баланса может сдвигать равновесие в обычном течении органических реакций и создавать необычные комбинации молекул для которых такая неординарная биофизическая конфигурация требует дополнительной энергии. Получение  энергии из внешней среды увеличивает статистическую вероятность появления таких веществ в разы.

Серый Страж

Цитата: Alexeyy от ноября 02, 2020, 11:25:07
О! ... да, кажись, Серый Страж, я Вас где-то уже и много раз встречал, но в прошлой жизни :)
А теперь встретились и в этой жизни? :)

Серый Страж

Цитата: Шаройко Лилия от ноября 02, 2020, 11:45:09
В любом случае, даже если я ошибаюсь Страж всегда желанный гость в теме космоса.
Хорошо. Сейчас закину чуток в эту тему. Но, возможно, информация уже устаревшая и здесь на форуме она обсуждалась... ::)   

Это я так предполагаю из вот этого (выделенный текст):
Цитата: Шаройко Лилия от ноября 02, 2020, 11:45:09
По статье - некоторые мысли в этом направлении(влияние на появление жизни) уже встречала но в формулировках что такой метеоритный удар и перепад температур и энергетического баланса может сдвигать равновесие в обычном течении органических реакций и создавать необычные комбинации молекул для которых такая неординарная биофизическая конфигурация требует дополнительной энергии. Получение  энергии из внешней среды увеличивает статистическую вероятность появления таких веществ в разы.

Шаройко Лилия

Да, насколько я помню это было в нескольких исследованиях и сейчас мне сложно найти без точных формулировок их названий и имен авторов. Тема размещения конечно не имеет значения, и приглашение всегда в силе.

АrefievPV

История дупликаций консервативных генов уточняет начальные этапы эволюции эукариот
https://elementy.ru/novosti_nauki/433728/Istoriya_duplikatsiy_konservativnykh_genov_utochnyaet_nachalnye_etapy_evolyutsii_eukariot
ЦитироватьСтановление эукариотической клетки представляется сейчас в виде модели, основанной на симбиогенезе. Одним из важных шагов в понимании этого процесса было открытие асгардархей (Asgardarchaeota, см. также новость Описан новый надтип архей, к которому относятся предки эукариот, «Элементы», 16.01.2017) — особой группы архей, обитающих в настоящее время в районах глубоководных черных и белых курильщиков. Предполагается, что именно эти организмы могли некогда «приручить» альфа-протеобактерий, превратив их сначала из добрых и полезных соседей в эндосимбионтов, а затем и в клеточные органеллы митохондрии, при этом встроив часть их генов в собственный ядерный геном.
Цитировать
Рис. 2. Схема становления эукариот, показывающая интервал от разделения прокариот с эукариотами и до последнего общего предка эукариот. Четыре различных процесса внесли вклад в формирование генома эукариот: наследование, инновации, дупликации и горизонтальный перенос (его на рисунке нет). Авторы обсуждаемого исследования сфокусировали свое внимание на этом интервале эволюции консервативных генов. Схема из статьи K. Makarova et al., 2005. Ancestral paralogs and pseudoparalogs and their role in the emergence of the eukaryotic cell

АrefievPV

#2105
В маленьком прудике. Новейшие подтверждения теории Дарвина
https://ria.ru/20201119/kletki-1585239503.html
ЦитироватьХимики в лабораторных условиях получили из небиологических веществ структуры, способные самостоятельно питаться и размножаться. А физики доказали: первые клетки, возникшие таким образом, скорее всего, появились в периодически пересыхающих водоемах. Таким образом, теория Чарльза Дарвина о самозарождении жизни в маленьком прудике подтвердилась.

Элементарные ячейки жизни

Все организмы на Земле состоят из клеток — элементарных ячеек жизни. Главные функции, отличающие живое от неживого — метаболизм, рост, реакции на раздражители, адаптация, воспроизводство и передача генетической информации, — реализуются благодаря протекающим в клетках физическим и химическим процессам.

Но чтобы все это заработало, должна была появиться сама клетка. По мнению ученых, этому предшествовало накопление в окружающей среде органических веществ и возникновение в процессе их синтеза пребиотических форм — протоклеток, которые стали связующим звеном между живой и неживой материей.

Их следов нет в геологической летописи. Хотя бы потому, что не сохранились горные породы возрастом три с половиной — четыре миллиарда лет. А именно в тот период зарождалась жизнь на Земле.

Протоклетки должны были содержать как минимум два обязательных элемента: способную к саморепликации молекулу с наследственной информацией и оболочку, ограждающую ее от окружающей среды. Генетическая структура протоклеток была очень примитивной — ученые считают, что до определенного момента они только питались и размножались, никак не видоизменяясь.

В 2011 году биологи из Токийского университета создали в лаборатории из набора органических веществ синтетические аналоги протоклеток. В результате полимеразной цепной реакции (ПЦР) удалось добиться их полноценного самопроизвольного деления — аналогичного тому, что происходит в естественных условиях.

Возникавшие при делении новообразованные клеточные структуры были полностью идентичны первичным: вместе с оболочкой они наследовали от материнских "клеток" весь набор генов, определяющий их функции. Такие "организмы" еще нельзя назвать живыми, ведь у них нет эволюционной составляющей. Но они очень похожи на простейшие формы, появившиеся миллиарды лет назад.

Для приготовления первичного субстрата протоклеточных структур, или, по-научному, коацервата, авторы взяли десятки органических компонентов, соотношение которых предварительно рассчитали на компьютере. Соединившись, эти вещества сформировали в субстрате коацерватные пузырьки с катионной оболочкой и элементами ДНК внутри.

Несмотря на прорывной характер исследования, его результаты не доказывают возможность абиогенеза — происхождения живого из неживого. Дело в том, что ферменты, пептиды и нуклеиновые кислоты, которые ученые использовали в качестве компонентов, были биологического происхождения — то есть образованы живыми организмами.

ДНК не способна к самовоспроизведению без участия определенных ферментов — специфических белков, которые катализируют все этапы ее репликации. Японским ученым удалось создать ее в лаборатории, но, опять же, с использованием биологических компонентов.

Материал для первых клеток

В новом исследовании ученые из Института наук о Земле и жизни при Токийском технологическом институте в сотрудничестве с коллегами из Малайзии, Чешской Республики, США и Индии решили найти потенциальные механизмы образования первых клеток "с нуля" — только в ходе химических процессов, без участия биологии.

Они изучили широкий спектр соединений, которые могли сформироваться в результате пребиотических реакций в условиях ранней Земли.

И обнаружили, что многие из этих веществ — эфиры, амины, азиды, имиды и другие — при определенных условиях полимеризуются легче, чем биологические соединения. А некоторые даже спонтанно создают клеточно-подобные структуры — компартменты. По мнению авторов, цепочки полимеров внутри таких компартментов, закручиваясь, могли образовать уникальные трехмерные формы — прообразы белков или РНК.

Как известно, белки, представляющие собой гибкие цепочки полимеризованных аминокислот, играют роль катализаторов химических реакций в клетках. В живых организмах они синтезируются с помощью заложенного в РНК универсального кода. Как и когда он появился, ученые пока не знают. Но результаты исследования указывают — многие полимеризованные молекулы могут образовывать похожие цепочки и аналогичные каталитические формы.

Пример самовоспроизводящегося цикла полимеризации небиологических химических веществ

Для получения полимерных цепочек в лаборатории авторы использовали периодическую смену сухих и влажных условий. При испарении разбавленного раствора, как правило, начинался процесс полимеризации, но не все образовавшиеся полимеры выдерживали сушку. Некоторые распадались. А другие при добавлении воды продолжали самовоспроизводящийся цикл синтеза. В этом авторы видят самое раннее, еще на уровне молекул, проявление эволюционного отбора, который впоследствии стал неотъемлемым признаком всех живых организмов.

Просмотрев такие "эволюционно сильные" полимеры под микроскопом, исследователи с удивлением обнаружили: в некоторых образовались компартменты размером с клетку, содержащие от десяти до двадцати атомов. По мнению ученых, со временем эти клеточно-подобные агрегаты после долгих химических преобразований могли стать полноценными клетками — самоорганизующимися структурами, состоящими уже из миллионов атомов.

Этапы возникновения первых клеточных структур из небиологических веществ в условиях ранней Земли: 1 - периодическая смена сухих и влажных условий в мелководном водоеме создала среду для полимеризации химических веществ; 2 - на каждом этапе пересыхания в субстрате формировались сгустки полимеров - компартменты; 3 - последующие самопроизвольное деление и самосборка компартментов привели к возникновению протоклеток

Нестабильность — условие для жизни

То, что циклическое чередование влажных и сухих периодов способствует появлению в химической системе сложных пребиотических соединений, подтверждают и физики.

Американские ученые из Университета штата Пенсильвания вместе с коллегами из Притцкеровской школы молекулярной инженерии Чикагского университета изучили на синхротроне APS Аргоннской национальной лаборатории Министерства энергетики США, какие фазовые изменения претерпевают полимерные компартменты в циклах гидратации-дегидратации.

Авторы исследовали коацерваты полиэлектролитов в жидкой среде, имеющей такой же состав, как и вода в пруду. Они смоделировали условия, когда "пруд" то пересыхает, то снова наполняется дождевой водой. И выяснили: в первом случае концентрация нуклеиновых кислот и солей увеличивается, во втором — уменьшается. Внутри же полимерных компартментов она не меняется.

Это указывает на то, что в первичных клеточно-подобных структурах среда была постоянной, что способствовало поддержанию циклов химических реакций. По мнению исследователей, это стало ключевым фактором постепенного формирования внутри протоклеток сложных самовоспроизводящихся полимерных соединений, таких как РНК.

Сегодня химикам известно: в природе повторяющиеся циклы гидратации-дегидратации облегчают сборку молекулярных строительных блоков — аминокислот и нуклеотидов — в пептиды и белки за счет снижения термодинамического барьера, который в обычных условиях препятствует полимеризации.

Примеры таких природных систем — неглубокие водоемы в регионах, где дожди периодически сменяются засухами, или эпизодически действующие термальные источники типа гейзеров.

Но удивительно, что первым идею о зарождении жизни в "мелком, прогретом солнцем пруду" высказал Чарльз Дарвин еще в середине XIX века.

Три составляющих и необходимые условия для зарождения жизни
P.S.
Цитироватьв некоторых образовались компартменты размером с клетку, содержащие от десяти до двадцати атомов
Может, не атомов, а молекул?

АrefievPV

Ретроны — важная часть врожденного иммунитета бактерий
https://elementy.ru/novosti_nauki/433730/Retrony_vazhnaya_chast_vrozhdennogo_immuniteta_bakteriy
ЦитироватьИзраильские ученые в ходе многоступенчатых экспериментов расшифровали функции и механизм работы ретронов — загадочных генетических элементов у бактерий. Ретроны кодируют химерную молекулу, состоящую из РНК и одноцепочечной ДНК, и вместе с ними — ген обратной транскриптазы. Оставалось загадкой, зачем бактерии такие странные химеры. Как выяснилось, они осуществляют широкую противовирусную защиту бактерий. В отличие от системы приобретенного иммунитета, связанного с системой CRISPR, ретроны являются одной из частей врожденного иммунитета у бактерий. В состав ретронов помимо предшественника комплекса из РНК и ДНК, а также обратной транскриптазы, входит ген эффекторного белка. При инфицировании бактериальной клетки этот эффектор активируется и очень быстро убивает клетку, так что вирусы не успевают размножиться и заразить соседей. Данное исследование показывает широчайшие перспективы возможного использования ретронной системы для решения как медицинских задач, так и для понимания эволюции живого мира.

АrefievPV

Возможно, точка начала старения лежит в первом месяце эмбрионального развития
https://elementy.ru/novosti_nauki/433732/Vozmozhno_tochka_nachala_stareniya_lezhit_v_pervom_mesyatse_embrionalnogo_razvitiya
ЦитироватьВопрос о том, является ли старение неотъемлемым свойством жизни, до сих пор остается открытым. Искать на него ответ можно, например, пытаясь найти универсальные для всего живого механизмы старения. А можно зайти с другой стороны — попробовать найти точку начала старения и проверить, совпадает ли она с началом жизни организма. Гарвардский биолог Вадим Гладышев выдвинул гипотезу «нулевой точки старения», которая, по его мнению, у человека находится где-то на второй неделе эмбрионального развития. Из этого предположения можно вывести немало следствий — как о принципах старения всего живого, так и о новых способах продления человеческой жизни.
P.S. В тексте статьи есть ссылка:
Предложена универсальная модель старения одноклеточных организмов
https://elementy.ru/novosti_nauki/433656/Predlozhena_universalnaya_model_stareniya_odnokletochnykh_organizmov

АrefievPV

Привожу сразу две ссылки на одну и ту же новость - подача материала немного разная (даже, чуток взаимодополняющая).

Кислородная терапия под давлением удлинила теломеры клеток крови пожилых людей
https://nplus1.ru/news/2020/11/20/aging-telomere

Кислород останавливает старение
https://www.nkj.ru/news/39881/

Alexeyy


АrefievPV

Алгоритм DeepMind предсказал структуру белка по аминокислотной последовательности
https://nplus1.ru/news/2020/12/01/alpha-fold
Цитировать

Предсказанная алгоритмом и экспериментально полученная структура белков

Разработчики из DeepMind представили вторую версию алгоритма для предсказания трехмерной структуры белка по последовательности аминокислот — AlphaFold 2. Алгоритм определяет структуру белка со средней точностью в 92,4 балла из 100, то есть может правильно определить расположение в цепочке 92,4 процента аминокислотных остатков — больше, чем любой другой подобный алгоритм. Подробнее о разработке рассказывается в блоге DeepMind.
P.S. Интересно, доберутся ли до прогнозирования трёхмерных структур нуклеиновых кислот?
Или, даже шире - доберутся ли в прогнозировании, по составу смеси химических элементов и алгоритму изменения физических параметров этой смеси, до структуры живой системы (хоть в самом простом варианте)? ::)

Alexeyy

Уверен, что доберутся: после должного развития квантовых компьютеров. Думаю, это будет целый переворот в конструировании систем с заданными свойствами на основе расчета на молекулярном уровне (нанореволюция). И, думаю, это произойдёт гораздо раньше, чем мы это можем себе сейчас представить и, думаю, мы будем тому свидетелями.

Толком не понял о каких процентах шла речь ...

АrefievPV

Цитата: Alexeyy от декабря 01, 2020, 15:00:04
Толком не понял о каких процентах шла речь ...
Как я понял, речь идёт о процентах совпадения месторасположения ("координат", так сказать) аминокислоты в трёхмерной структуре. За 100% принимают результаты полученные в эксперименте (с помощью рентгеноструктурного анализа или ядерного магнитного резонанса).

Кстати, по рисунку (гифке) видно, где расчётный метод выдаёт ошибочное месторасположение - зелёные и синие нити расположены в разных местах (хоть и недалеко друг от друга).

АrefievPV

Репрограммирование вернуло остроту зрения пожилым и травмированным мышам
https://nplus1.ru/news/2020/12/02/osk-vision-restored
ЦитироватьПоврежденные глаукомой нейроны сетчатки впервые заставили регенерировать. Этого результата добились американские биологи с помощью технологии частичного репрограммирования: они ввели в глаза мышей вирусные векторы с генами факторов Яманаки, которые не перевели нейроны в зародышевое состояние, но восстановили их работоспособность. То же самое удалось провернуть и со стареющими животными — факторы Яманаки вернули им прежнюю остроту зрения. Это исследование опубликовано в журнале Nature. Судя по всему, за омолаживающий эффект здесь отвечает деметилирование: под действием факторов Яманаки в клетках восстанавливается «молодой» набор эпигенетических меток на ДНК. А вот каким образом клетка «помнит» о том, какой набор меток соответствует ее молодости — пока совершенно неясно.

АrefievPV

Терпение нашли в орбитофронтальной и префронтальной коре головного мозга
https://nplus1.ru/news/2020/12/02/brain-patience
ЦитироватьЯпонские ученые провели эксперимент на мышах и выяснили, что за принятие решения о том, стоит ли ждать награду (то есть терпение), в головном мозге, помимо ядер шва, отвечают еще два участка, связанных с ними серотонинергической системой: орбитофронтальная и медиальная часть префронтальной коры. При этом информацию о возможной награде эти участки обрабатывают по-разному: орбитофронтальная кора оценивает потраченное на ожидание время, а префронтальная — оценивает ситуацию в целом. Итоги исследования опубликованы в журнале Science Advances.