Страсти по панспермии и абиогенезу

[sss]

Всем. Вынужден ответить Имперору. Это - в последний раз. Имперор, просвещайтесь и перестаньте нести всякую чушь в присутствии специалиста. Вы всё больше превращаетесь в Хемотрофа & Маслаева.
Первые попавшиеся ссылки.

Rates of spontaneous mutation.Drake JW, Charlesworth B, Charlesworth D, Crow JF.
Laboratory of Molecular Genetics, National Institute of Environmental Health Sciences, Research Triangle Park, North Carolina 27709-2233, USA. drake@niehs.nih.gov

Rates of spontaneous mutation per genome as measured in the laboratory are remarkably similar within broad groups of organisms but differ strikingly among groups. Mutation rates in RNA viruses, whose genomes contain ca. 10(4) bases, are roughly 1 per genome per replication for lytic viruses and roughly 0.1 per genome per replication for retroviruses and a retrotransposon. Mutation rates in microbes with DNA-based chromosomes are close to 1/300 per genome per replication; in this group, therefore, rates per base pair vary inversely and hugely as genome sizes vary from 6 x 10(3) to 4 x 10(7) bases or base pairs. Mutation rates in higher eukaryotes are roughly 0.1-100 per genome per sexual generation but are currently indistinguishable from 1/300 per cell division per effective genome (which excludes the fraction of the genome in which most mutations are neutral). It is now possible to specify some of the evolutionary forces that shape these diverse mutation rates.

1/300 на геном на деление при 10^3 генов у стандартной бактерии близко к 10^(-6) на ген на деление, которые я испльзовал в расчётах.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&uid=9560386&cmd=showdetailview&indexed=google

The spontaneous mutation rate varies. Large gene provide a large target and tend to mutate more frequently. A study of the five coat color loci in mice showed that the rate of mutation ranged from 2 x 10-6 to 40 x 10-6 mutations per gamete per gene. Data from several studies on eukaryotic organisms shows that in general the spontaneous mutation rate is 2-12 x 10-6 mutations per gamete per gene. Given that the human genome contains 100,000 genes, we can conclude that we would predict that 1-5 human gametes would contain a mutation in some gene.

http://www.ndsu.edu/instruct/mcclean/plsc431/mutation/mutation3.htm
Комментарии излишни.

Уважаемые коллеги. Отныне я по понятным причинам не буду отвечать Имперору и комментировать различный бред. Он может писать что угодно. Отсутствие моих ответов прошу расценивать не как признание его правоты, а как элементарную брезгливость.

[Imperor]

см. выше. этот пост - дубляж

[Imperor]

quote="Genetics. 1998 Apr;148(4):1667-86."]
Rates of spontaneous mutation.Drake JW, Charlesworth B, Charlesworth D, Crow JF.
Laboratory of Molecular Genetics, National Institute of Environmental Health Sciences, Research Triangle Park, North Carolina 27709-2233, USA. drake@niehs.nih.gov

sss. Это Вы к чему вообще? Я разве говорил, что Вы ошиблись с частотой мутаций у бактерий? Нет. Не говорил. А говорил я вот что:

Перемножили то Вы правильно. Вот только не то, и не с тем.

Т.е. я говорил (и продолжаю говорить), что Вы даже "не въехали" в суть обсуждаемой проблемы.
И после того, как данный "специалист" изумительно ярко продемонстрировал, что вообще не умеет читать (и понимать) чужие посты, он еще что-то там про брезгливость лопочет.
Кстати, я по-прежнему, сдержал свое правило - Вы уже два раза высказались в мой адрес в нелицеприятном свете. Но я эти выпады проигнорировал. Однако сейчас Вы превысили лимит (3 раза ). Так что умейте держать удар, и думайте, прежде чем всякую ерунду писать.

[sss]

Всем. См. мой пост на предыдущей странице.
Последний ответ. Цитата из "Элементов", на которые дал ссылку Имперор.
"Однако двойной мутант имеет резко повышенную устойчивость, поскольку его бета-лактамаза за счет второй мутации эффективно гидролизует цефотаксим, а за счет первой — не теряет термодинамическую стабильность. Понятно, что в ходе адаптации (в условиях жесткого отбора на устойчивость к цефотаксиму) первая из этих мутаций может быть зафиксирована лишь после второй."
Вероятность двух мутаций одновременно 10^(-6)*10^(-6)=10^(-12) на одно деление.
В 1 г. почвы содержится 10^9..10^11 бактерий.
В кишечнике человека содержится содержится 10^14..10^15 бактерий, которые делятся каждые 20-30 минут.
Бактерии очень легко обмениваются генами - с помощью плазмид, фагов и просто поглощая фрагменты ДНК из лизировавших клеток. Обмен происходит как между представителями одного вида, так и между разными видами.
Повышение выживаемости даже на 1% (а не в 100 000 раз) уже очень заметно для отбора в популяции бактерий.

Всё. Полный игнор.

[Imperor]

Вероятность двух мутаций одновременно 10^(-6)*10^(-6)=10^(-12) на одно деление.

О! Я вижу, в рассуждениях sss наметился определенный прогресс Он, наконец-то, уловил суть проблемы и теперь мыслит в нужном направлении.
Однако, к сожалению, наш sss в стремлении уничтожить на месте "альтернативщика", теперь просто поторопился. И расчеты снова неверны. Он просто забыл:
1. Что ген у нас тоже состоит из чего-то... (например, из нуклеотидов).
2. Забыл, что в статье велась речь о:

...пять вполне конкретных мутаций...

и при этом не рассматривались другие ("неконкретные" мутации каждого гена).
3. И поэтому sss просто перемножил вероятность одной мутации с другой! Браво!  :lol:

Между тем:

1. Ген состоит из множества нуклеотидов. И замены этих нуклеотидов могут привести к самым разным мутациям, а не только к одной (для каждого гена), рассматриваемой в статье.

2. Поэтому нужно перемножать не вероятность одной мутации с другой, а вероятность удачной замены нужного нуклеотида (внутри заданного гена). И так - по каждому из пяти генов, рассматриваемых в статье.
Частота замены конкретного нуклеотида для Escherichia coli составляет 5.4 * 10^-10. Следовательно, частота двух удачных замен ~ 2.5*10^-21
А уж пяти удачных замен......  :wink:
На самом же деле, какую-либо точную оценку в данном конкретном случае вообще получить очень сложно, ибо непонятно, сколько разных вариантов замен разных нуклеотидов внутри заданного гена могут привести к одной и той же мутации, а сколько - к другой.

3. Вероятность удачной замены нуклеотидов с помощью мутаций более крупных блоков - не выше вероятности мутации по одному конкретному нуклеотиду.

4. Рассказывая о двойном мутанте, наш sss опять благополучно "забыл", что тройной мутант (а также четверной, и пятерной) вполне могут опять всё разрушить (см. статью).

Ну, что sss? Вы, наконец, признаётесь, что неправы в своей оценке способностей бактерии "жрать хлорорганику"? Или теперь мы будем Ваш следующий "распоследний" пост ждать?

[Комбинатор]

Что-то я не очень понял, неужели для того, что бы определиться, что панспермия не имеет отношения к биологической эволюции, нужно было думать две недели? :shock:
Я согласен, что дискуссия (как, впрочем, и на многих других топиках) часто отклонялась от темы, но переносить её по этому поводу в другой раздел, вместо модерирования не соответставующих заявленной теме (да и просто нарушающей правила поведения участников) сообщений, на мой взгляд, не самое лучшее решение...

[Imperor]

Что-то я не очень понял, неужели для того, что бы определиться, что панспермия не имеет отношения к биологической эволюции, нужно было думать две недели? :shock:
Я согласен, что дискуссия (как, впрочем, и на многих других топиках) часто отклонялась от темы, но переносить её по этому поводу в другой раздел, вместо модерирования не соответставующих заявленной теме (да и просто нарушающей правила поведения участников) сообщений, на мой взгляд, не самое лучшее решение...

Я полностью поддерживаю Комбинатора. Эту ветку жаль переносить в небиологические. Потому что она именно биологическая. Причем в ней присутствует очень много интересных данных именно по панспермии.
Лучше уж перенести мои посты и sss куда-нибудь в другое место. Либо пусть даже удалить. Я за эти посты не держусь, мне просто надоело то высокомерие, с которым sss судит оппонентов, даже не удосуживаясь понимать их посты.
Так что можете последние посты смело удалять. А ветку вернуть на место, которое она вполне достойна.

[Alexy]

Оставьте последние посты в отдельной ветке в небиологических разговорах, так как они содержат полезные расчеты с пояснениями, чего на форуме не хватает.

А про панспермию верните обратно в биологическую часть форума.

[Alexy]

Предпоследний пост Имперора подводит черту под принятым в СТЭ представлением о распределенной равномерно по длине генома и по времени интенсивностью мутагенеза.
Хотя оценка частоты замены 5 конкретных нуклеотидов для Escherichia coli (5.4^5 * 10^-50 =~ 4.5 * 10^-47 на одно деление) наверное несколько занижена из-за того, что

непонятно, сколько разных вариантов замен разных нуклеотидов внутри заданного гена могут привести к одной и той же мутации, а сколько - к другой.

Но и в статье на элементах приведен явно очень "хороший" случай, когда отличия между белками с разными функциями только 5 АК-т, да еще и существуют "эволюционные пути", состоящие из отличающихся друг от друга одной аминокислотой белков, таких что каждый следующий белок "пути" имеет более высокую приспособленность.

[DNAoidea]

Imperor - честно говоря не понимаю почему вы считаете пять мутаций когда речь идёт о двух и причём тут то, что ген состоит из чего-то? Для каждого из нуклеотидов есть вероятность замены.

[Tinkoff]

Комбинатор

как астрофизик по образованию, не могу с этим согласиться. Поведение звезды в разных условиях и её эволюция достаточно точно просчитываются даже не на самых мощных современных компьютерах.
Но даже для самой примитивной бактерии это пока ещё далеко за пределами возможностей вычислительной техники.
Звезда, это объект, пассивно реагирующий на изменения во внешней среде.

Как астрофизик, вы не можете не согласиться  с астрономом И.Шкловским, который назвал
звезду «отлично отрегулированная машина» .

sss

Немножко о цифрах, о которых иногда забывают.
Потомство среднестатистической бактерии за 1 (один) год при благоприятных условиях может составить 10^5274 особей.
Потомство одноклеточного эукариота за 1 (один) год может составить порядка 3*10^439 особей.
Насколько знаю, число атомов во Вселенной существенно меньше - порядка 10^81.
Подчёркиваю - речь шла не о миллионе/миллиарде лет. Речь шла об одном годе

.


Какой смысл в этих «расчетах»?
Что за «благоприятные условия»?
Если атомов  10^81, как может быть бактерий 10^439, ведь бактерии состоят из многих  атомов?

Очевидно, что нужно рассматривать реальные популяции, а не фантастические.

А для меня это означает, что "сложные автоматы, реализуемые и моделируемые техническими средствами" не являются адекватной моделью живых систем, поскольку не обладают соответствующими физико-химическим свойствами. См. пример с образованием кристалла "вопреки" теории вероятности

Полностью  согласен.

Вот именно, Антонов тут обвиняет биологию, что якобы там переносят из технических систем на биологические.
На самом деле, именно, сам Антонов, переносит технические выводы ИМ полученные на биологические объекты.

[Tinkoff]

По поводу Имперора.
sss называет его «альтернативщиком».
Однако, вся его «альтернатива» есть Господь Бог.
Это не научная альтернатива, и по этому вообще не альтернатива.

[Imperor]

Imperor - честно говоря не понимаю почему вы считаете пять мутаций когда речь идёт о двух и причём тут то, что ген состоит из чего-то? Для каждого из нуклеотидов есть вероятность замены.

Ну, во-первых, речь там идет не о двух, а о пяти мутациях, которые повышают устойчивость бактерии к антибиотику в 100000 раз.
Но, во-вторых, да, я признаю, что в предпоследнем своем посте допустил неточность. Меня сбил с толку sss своим последним уверенным расчетом по двум генам (для данной статьи). На самом же деле, в статье идет речь о 5 мутациях внутри одного гена.
Впрочем, данная неточность совершенно не меняет ни результатов расчета, ни выводов, которые можно из них сделать.
Становится очевидно, что в случае адаптации бактерии к антибиотику, ни о каких случайных мутациях (равномерных по всему геному) даже речи быть не может (Аlexy тут, безусловно, прав). А шел интенсивный, сконцентрированный мутагенез на одном конкретном участке ДНК.
Хотя, на самом деле, здесь возможны два варианта:
1. "Разум" системы (версия Игоря Антонова).
2.  Гипотеза "базы скилов для конструктора Лего".

[Alexy]

А что такое скилы? Это запчасти какие-то?

[sss]

Комбинатор
По-моему, тема себя просто исчерпала. Участники обменялись мнениями, получили новую информацию. Лично я под давлением "астрономических аргументов" изменил свою точку зрания от "крайне маловероятно" на "вполне возможно". И, наконец-то, узнал, что такое ЭТЭ.
Тем не менее, остаюсь сторонником "земной" версии, поскольку для меня именно такая версия лучше согласуется с подходом "старика Оккама" (с). Относительно разного понимания Оккама (применительно к эволюции биологических систем) физиками и биологами хорошол написал Еськов. Видимо - это одно из различий пресловутых "физического" и "биологического" мышления. Я счтитаю, что это нормально.

Дальше начинается толчея воды в ступе, поскольку для дальнейших теоретических рассуждений на тему Панспермия vs Абиогенез_на_Земле у нас не хватает экспериментальных данных. Я бы сравнил это с попыткой выяснить, какая из построенных по одним и тем же двум точкам парабол лучше. ИМХО, нужна "третья точка".

Оставьте последние посты в отдельной ветке в небиологических разговорах, так как они содержат полезные расчеты с пояснениями, чего на форуме не хватает.

Все без исключения приведённые здесь расчёты (включая поиск исходной информации в интернете) могут быть сделаны буквально за считанные минуты любым мало-мальски грамотным школьником. Так что их научная ценность равна нулю. Можно безболезненно удалять.

Imperor - честно говоря не понимаю почему вы считаете пять мутаций когда речь идёт о двух и причём тут то, что ген состоит из чего-то?

Вероятно, иначе трудно обосновать необходимость Интеллектуального Дизайна (Информационной Матрицы) для происхождения и эволюции Жизни. Неужели Вы ещё не поняли?  
Для освежения Вашей памяти - цитаты непосредственно с этого топика.

Imperor:
Однако, к сожалению, абиогенез - это буйная фантазия людей, весьма далеких от химии и термодинамики.  
sss:
Например, директора Института Геохимии и Аналитической Химии им. Вернадского В.И. академика Галимова Э.М. Что и говорить, действительно крайне далёк и от химии, и от термодинамики.

Автор очень избирательно подходит к подбору, восприятию и интерпретации информации, в чём Вы и сами уже неоднократно убеждались.  :wink: