Автор Тема: ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ  (Прочитано 82890 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн plantago

  • Участник форума
  • Сообщений: 671
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #150 : Апрель 21, 2007, 08:11:12 »
Кстати, вот такая книга недавно вышла: http://www.amazon.com/Origin-Mitochondria-Hydrogenosomes-William-Martin/dp/3540385010
И она, что интересно, есть в сети.
С уважением,
plantago

Оффлайн Марков Александр

  • Moderator
  • Участник форума
  • *****
  • Сообщений: 430
    • http://macroevolution.narod.ru
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #151 : Апрель 21, 2007, 12:57:38 »
Цитата: "plantago"
Кстати, вот такая книга недавно вышла: http://www.amazon.com/Origin-Mitochondria-Hydrogenosomes-William-Martin/dp/3540385010
И она, что интересно, есть в сети.


Есть в сети? А где??? Не покупать же за 200 долларов, в самом деле.

Прилагаю три статьи Мартина, которые он мне недавно прислал. В одной из них, кстати, очень наглядно сравниваются теории (все эти кусты с розетками, "кольцо жизни" и др). И он абсолютно прав, что стандартные подходы с построением деревьев для реконструкции происхождения эвкариот не годятся, т.к. ветвящееся древо - это совсем не та модель, при помощи которой можно описать симбиогенетическое происхождение эвкариот.

("кустом" или "розеткой" мы тут называем гипотезу, согласно которой от каких-то очень ранних клеток разошлись сразу три ствола: бактерии, археи, и еще какая-то не дожившая до наших дней третья группа прокариот, которая приобрела цитоскелет, фагоцитоз и бог знает что еще, а затем приобрела митохондриального симбионта и дала начала эвкариотам)

Вообще конечно очень интересно у Мартина с гидрогеносомами получается, и геном они нашли в гидрогеносоме - митохондриальный. Но все-таки непонятно, если изначальная роль митохондрий - синтез водорода, то как тогда у них потом появились электроннотранспортные дыхательные цепи и замкнутый цикл трикарбоновых кислот, причем все такое похожее на аэробных альфапротеобактерий? И куда девать сходство систем дыхания и фотосинтеза?

Мы с Куликовым некоторое время назад немного переписывались с Мартином, но он на эти вопросы нам не ответил.

Оффлайн plantago

  • Участник форума
  • Сообщений: 671
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #152 : Апрель 22, 2007, 04:32:03 »
Спасибо за статьи Martin.
А книга есть на gigapedia.org.
С уважением,
plantago

Оффлайн Imperor

  • Участник форума
  • Сообщений: 2790
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #153 : Май 02, 2007, 14:25:38 »
Александр Марков!
Я обещал высказаться по поводу Вашего аргумента, хотел перечитать кучу статей (но так и не успел...) и вот пока "хотел" :), мне пришло в голову довольно простое объяснение Вашего аргумента:

Вы пишете, что в пользу "химеризации" говорит тот факт, что биохимическая "сердцевина" эукариот является, преимущественно, архейной, а "периферия" - эубактериальной. Да, действительно, это сильный аргумент в пользу гипотезы химеризации...
Но с другой стороны, он может быть объяснен и интенсивным латеральным переносом генов.
Т.е., например, с самого начала было три формы жизни: эубактериальная, архебактериальная, эукариотная... (гипотеза "куста").
Или, например, эукариотная форма отделилась от архейной на самой-самой ранней стадии, пока еще не были окончательно сформированы характерные черты организации каждой из этих форм (гипотеза "розетки").
Далее эубактериальная форма жизни потихоньку вытеснила архейную в редкие экстремальные местообитания (где археи и остались)...
Эукариотная же форма жизни наоборот, приспособилась к жизни в эубактериальных экосистемах (например, на тех же бактериальных матах)...
Ввиду тесного сожительства, эукариотная форма жизни потихоньку обогатилась генами эубактерий через латеральный перенос.
Причем, "периферия" эукариот оказалась более подверженной данному переносу, чем "сердцевина", которая оказалась более устойчивой к этому латеральному переносу.
Разницу в устойчивости к латеральному переносу "периферии" и "сердцевины" тоже можно легко объяснить - ведь "сердцевина" представляет собой самые наиважнейшие, центральные биохимические циклы клетки, поэтому здесь встраивание чужих генов гораздо чаще приводило к фатальным последствиям.

Таким образом, я здесь предлагаю "химеризацию" Вашей гипотезы с гипотезой "куста" :) То есть, эукариотная форма жизни (ее уникальная организация), все-таки, была изначально (или почти изначально... раз с архейной сердцевиной)... но постепенно напиталась генами эубактерий... причем, особенно напиталась этими генами - "периферия".
В принципе, в Вашей статье Вы ведь высказываете, на самом деле, именно такую версию - у Вас эубактериальные гены начала поглощать, правда, архея, но уж больно она у Вас аномальная - эта архея :) - с целым комплексом эукариотных черт!
Т.е. я предлагаю считать, что интенсивная "химеризация" имела место, но только на уровне генов... Т.е. эта химеризация не сопровождалась одновременным изменением структуры клетки (превращением бактериальной организации в эукариотическую). Эукариотическая организация клетки должна была возникнуть независимо от бактериальной, причем изначально, ибо эти организации принципиально разные.

DNAoidea

  • Гость
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #154 : Май 02, 2007, 19:21:20 »
Конечно, всё может быть. Однако совсем раздельному изначальному происхождению всех трёх стволов мешает их глубокое единство по многим пунктам - генетический код, общие принцыпы рекликации, транскрипции трансляции и прочие... Поэтом, наверное панацестор всё-таки был, хоть ветви и разделились очень рано.

Оффлайн Марков Александр

  • Moderator
  • Участник форума
  • *****
  • Сообщений: 430
    • http://macroevolution.narod.ru
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #155 : Май 13, 2007, 20:42:14 »
Цитата: "Imperor"

Вы пишете, что в пользу "химеризации" говорит тот факт, что биохимическая "сердцевина" эукариот является, преимущественно, архейной, а "периферия" - эубактериальной. Да, действительно, это сильный аргумент в пользу гипотезы химеризации...
Но с другой стороны, он может быть объяснен и интенсивным латеральным переносом генов...


Ну так я об этом и говорю. В наших статьях с Куликовым именно эта версия и предлагается. Была древняя прокариотина, близкая к археям. Очень интенсивно заимствовала бактериальные гены. В итоге "архейной" осталась только сердцевинка. Между прочим, вы совершенно правы в своей догадке, только это не догадка, а установленный факт: РЕЖЕ ВСЕГО подвергаются горизонтальному переносу гены как раз тех функциональных групп (трансляция, транскрипция, репликация...), которые у эукариот - архейные.

Так что у нас с вами, по-моему, не осталось расхождений во взглядах :-))
Разве что, по-моему, этот интенсивный латеральный перенос вряд ли мог идти медленно и постепенно. Мы предположили, что это была такая "истерическая" реакция обитателей нижнего слоя бактериального мата на появление в верхнем слое оксигенных фотосинтетиков. Но это уже конечно нельзя доказать - это так, один из возможных сценариев. Ю.В.Чайковский в своей новой книге охарактеризовал эти наши домыслы как "нагромождение произвольных допущений". Ну и правильно, в общем-то :-)

Оффлайн plantago

  • Участник форума
  • Сообщений: 671
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #156 : Май 14, 2007, 06:49:24 »
Пара забавных новых теорий происхождения эукариот (в приложении), вторая статья также досупна по ссылке http://www.biology-direct.com/content/2/1/3
С уважением,
plantago

Оффлайн Imperor

  • Участник форума
  • Сообщений: 2790
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #157 : Май 20, 2007, 23:03:13 »
Цитата: "Марков Александр"
Так что у нас с вами, по-моему, не осталось расхождений во взглядах :-))

Ну, если только совсем чуть-чуть :) Вы пишете:
Цитата: "Марков Александр"
Была древняя прокариотина, близкая к археям. Очень интенсивно заимствовала бактериальные гены.

Я же предполагаю, что:
Была "древняя эукариотина" :), биохимически близкая к археям (но не структурно). Очень интенсивно заимствовала бактериальные гены.
Т.е., повторюсь:
Цитата: "Imperor"
Т.е. я предлагаю считать, что интенсивная "химеризация" имела место, но только на уровне генов... Т.е. эта химеризация не сопровождалась одновременным изменением структуры клетки (превращением бактериальной организации в эукариотическую). Эукариотическая организация клетки должна была возникнуть независимо от бактериальной, причем изначально, ибо эти организации принципиально разные.

А вот вынырнула эта "эукариотина" из подполья просто потому, что ей надоело там сидеть, или же, действительно, в результате кислородного кризиса - здесь вполне возможны оба варианта.

Оффлайн Марков Александр

  • Moderator
  • Участник форума
  • *****
  • Сообщений: 430
    • http://macroevolution.narod.ru
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #158 : Июнь 23, 2007, 10:37:42 »
Ну вот, Imperor, прямо вам подарок: полемическая заметка в последнем номере Nature, поддерживающая вашу точку зрения.

Хотя, вообще-то, мне кажется, спор не принципиальный: все согласны, что та тварь, которая проглотила будущих митохондрий, не была "обычной археей", что она сильно отличалась от обычных архей. Называть ее "эукариотиной" или "прокариотиной" - на самом деле дело вкуса. У нее были черты, свойственные только эукариотам (вероятно, мембранные стеролы, цитоскелет), и были черты, свойственные только прокариотам (изначальное отсутствие митохондрий; возможно, и ядра еще не было - хотя точно никто не знает). Поскольку эти существа до нашего времени все равно не дожили, доказать что-либо трудно.

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2807
ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ
« Ответ #159 : Февраль 19, 2008, 06:45:08 »
Цитата: "plantago"
2 эфраим: хороший обзор происхождения эукариот с датировками -- в последнем номере Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=j67523568675 ).
2 sss: нужна ли еще полная версия статьи из Science?

Не подскажете в какой именно статье?

Оффлайн plantago

  • Участник форума
  • Сообщений: 671
С уважением,
plantago