Для DNAoidea временная тема. После прочтения - сжечь :)

Автор Imperor, октября 12, 2007, 19:26:42

« назад - далее »

Imperor

Цитата: "DNAoidea"
Цитата: "Imperor"
Цитата: "DNAoidea"Imperor - где та тема, где вы приводили "факты" говорящие простив отбора?
DNAoidea, похоже, этой темы больше не существует на форуме :) (грустная улыбка).
Кажется это было что-то про Марс. Может "жизнь на Марсе, возможные варианты" если не оишасюь она существует, но вообще там посты идут по принцыпу: "тихо, сам с собой я веду беседу".
Да, у меня тоже складывается ощущение, что я тихо сам с собою выдвигаю аргументы, привожу статьи (в том числе собственные), добываю ссылки интересные, а никто ссылок не видит, аргументов не читает, или читает через строчку, притом понимает так, как ему надо...  :shock:
Вот, например:
Цитироватьно вы после того посмотрел граффик сказали, что пусть разных вариантов последовательность домейны выполняющих одну функцию будет 100 в среднем
странно... и где это Вы эти "100 в среднем" выудили? Насколько мне помнится, я говорил вот так (причем, в своей статье, причем, опубликованной - т.е. из нее уже слова, как из песни, не выкинешь). Эта статья здесь уже приводилась в соответствующей ссылке. Итак:
ЦитироватьТ.е. ферментативная реакция – это нелинейный процесс, который может осуществляться большим количеством доменов с разной аминокислотной последовательностью. Но и тогда вероятность образования нового фермента продолжает не радовать. Например, допустим, что конкретную химическую реакцию может ускорять один миллиард (!) доменов различного строения.
Согласитесь, число 100 и число 1.000.000.000 - это числа несколько разных порядков? Или я и здесь ошибаюсь?
C "кислородом" Земли такая же грустная ситуация... Для кого писал, зачем писал?.. Никто, оказывается, ничего не читает.
Впрочем, незадолго перед уходом в отпуск, именно Вы, DNAoidea, заинтересовали меня идеями нейтральных мутаций, решающих проблему системных изменений. Я хотел это с Вами обсудить после отпуска. Но пришел сюда... А тут черт знает что творится. Я, например, уж и не знаю, куда мне постить. Ибо наш молодой и не в меру энергичный модератор поклялся стирать любые мои посты, не читая...
Поэтому я просто боюсь начинать нашу с Вами дискуссию. Ибо, например, в той же ветке - про "жизнь на Марсе" рассуждения о кислороде Земли, или белковых доменах Гильгамеш вполне может счесть не соответствующими тематике данной ветки и начнет стирать мои посты сразу по мере их появления.
А вообще, это, конечно, безобразие. Наверное, надо вводить возрастной ценз для занятий модераторством на серьезном научном форуме.

Alexy

Тема <<Жизнь на Марсе: напряжение нарастает" существует:
http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=170&sid=dbd604009c6d053ef6828123b1c57d33
Или какая-то другая имелась в виду?

DNAoidea

так, тему прочитал, о чём уведомляю всех участников (Модераторов в том числе, естественно) :D
Цитата: "Imperor"Да, у меня тоже складывается ощущение, что я тихо сам с собою выдвигаю аргументы, привожу статьи (в том числе собственные), добываю ссылки интересные, а никто ссылок не видит, аргументов не читает, или читает через строчку, притом понимает так, как ему надо...  :shock:
Имперор! я совсем не то хотел сказать! Я и не вас даже имел в виду, а перепутал тему с какой-то другой, где какой-то другой участник давал фотограффии булыжников с марса, говоря что это-де чьи-то яйца. Так что извените за это недоразумение.
Цитата: "Imperor"странно... и где это Вы эти "100 в среднем" выудили? Насколько мне помнится, я говорил вот так (причем, в своей статье, причем, опубликованной - т.е. из нее уже слова, как из песни, не выкинешь). Эта статья здесь уже приводилась в соответствующей ссылке. Итак:
ЦитироватьТ.е. ферментативная реакция – это нелинейный процесс, который может осуществляться большим количеством доменов с разной аминокислотной последовательностью. Но и тогда вероятность образования нового фермента продолжает не радовать. Например, допустим, что конкретную химическую реакцию может ускорять один миллиард (!) доменов различного строения.
Согласитесь, число 100 и число 1.000.000.000 - это числа несколько разных порядков? Или я и здесь ошибаюсь?
Хм, где вы писали, что пусть еть 10000 функциональных доменов, ну возьмём хоть миллион, включаю вариабельность. За точность цитаты не ручаюсь, а где это было, увы не помню, но предолжение с таким смыслом помню хорошо.
Цитата: "Imperor"C "кислородом" Земли такая же грустная ситуация... Для кого писал, зачем писал?.. Никто, оказывается, ничего не читает.
Вы же доказывали,что на первичной Земле кислорода было много...
Цитата: "Imperor"Впрочем, незадолго перед уходом в отпуск, именно Вы, DNAoidea, заинтересовали меня идеями нейтральных мутаций, решающих проблему системных изменений. Я хотел это с Вами обсудить после отпуска. Но пришел сюда...
Ну конечно, приятно, что-то заинтресовался твоей идеей (хотя что такого особенного в нейтральных мутациях, мне самому больше нравилась идея о "ненулевых активностях" - это я лично точно нигде не читал 8) ), ну так давайте, открывайте. Смелее :) . Если ничего не будет там того, что роизошло со скрытыми (так, наверное правильно?) темами, то ничего ж не случится.

Imperor

Цитата: "DNAoidea"Хм, где вы писали, что пусть еть 10000 функциональных доменов, ну возьмём хоть миллион, включаю вариабельность. За точность цитаты не ручаюсь, а где это было, увы не помню, но предолжение с таким смыслом помню хорошо.
Ааа. Вы вот о чем. Это я писал то, что прочитал в статье о доменах. Что всего известно около 10.000 семейств разных доменов. Так что "за что купил, за то и продаю". Естественно, что 10.000 семейств на всю живую природу - это исключительно мало. И, естественно, говорит об уникальности этих образований. Однако для моих рассуждений в статье это было непринципиально. Ибо я там вообще предположил миллиард вариантов. Все равно вероятность к нулю продолжает стремиться.

ЦитироватьВы же доказывали,что на первичной Земле кислорода было много...
Доказывал, и продолжаю доказывать :) Причем, подключил себе в помощь статьи авторитетных геологов (если помните). Кроме того, у меня есть такой мощный союзник, как планета Марс :) Она мне тут шепчет, что в ее атмосфере кислорода тоже много, что ее атмосферу вообще можно смело считать кислородной :)

ЦитироватьНу конечно, приятно, что-то заинтресовался твоей идеей (хотя что такого особенного в нейтральных мутациях, мне самому больше нравилась идея о "ненулевых активностях" - это я лично точно нигде не читал 8) ), ну так давайте, открывайте. Смелее :) .
Я тут думал над Вашими ненулевыми активностями, и мне некоторые мысли пришли в голову. Конечно, было бы интересно их обсудить с Вами. Но я это сделаю, только после того как нынешняя... скажем так, ситуация, прояснится.

DNAoidea

Цитата: "Imperor"
Ааа. Вы вот о чем. Это я писал то, что прочитал в статье о доменах. Что всего известно около 10.000 семейств разных доменов. Так что "за что купил, за то и продаю". Естественно, что 10.000 семейств на всю живую природу - это исключительно мало. И, естественно, говорит об уникальности этих образований.
а, ну так лучше уже... вот тот факт что семейств немного как раз и говорит о том, что изначально, в первичном океане предковых белков было очень мало. а ведь есть ещё суперсемества, так их ещё меньше. Надо бы заглянуть туда, посмотреть сколько.
Цитата: "Imperor"Однако для моих рассуждений в статье это было непринципиально. Ибо я там вообще предположил миллиард вариантов. Все равно вероятность к нулю продолжает стремиться.
может быть миллиард для семейства маловатао будет. Скорее всего. правда сколько ни говори, всё равно вероятность будет оставаться небольшой. И это опять подтверждение идеи об "островах". :D  - остров-то имеет гораздо более ограниченный обхём чем всё пространство возможных белков.
Цитата: "Imperor"
Доказывал, и продолжаю доказывать :) Причем, подключил себе в помощь статьи авторитетных геологов (если помните). Кроме того, у меня есть такой мощный союзник, как планета Марс :) Она мне тут шепчет, что в ее атмосфере кислорода тоже много, что ее атмосферу вообще можно смело считать кислородной :)
Ну даже если на Марсе и есть (только совсем не уверен, уж если бы нашли в заметном количестве, то наверняка бы шум подняли и стали бы искать фотосинтеков) то всё равно ни о чём не гворит - планеты-то схожие, но вот атмосяера - это доли процента от массы коры, и утверждать что количество элементов в них настолько сходно не имеет оснований.
Цитата: "Imperor"Я тут думал над Вашими ненулевыми активностями, и мне некоторые мысли пришли в голову. Конечно, было бы интересно их обсудить с Вами. Но я это сделаю, только после того как нынешняя... скажем так, ситуация, прояснится.
хорошо. мне самому эта идея очень нравится 8)

Alexy

"ненулевыми активностями" - что это такое, просветите пожалуйста?

DNAoidea

Ну это в одной из дискуссий, я предположил, что для начала эвоюции белктов какому-нибуть то ли олиго- то ли поли- пептиду необходимо преобрести некую активность - к примеру дуплексам цепочек нуклеиновых кислот требуется катализатор репликации, и вокруг них крутитст масса аминокислот, которые порой случайно сбиваются в пептиы, так вот чтобы такой пептид был бы подхвачен эолюцией ему нужно хоть как-то катализровать удвоение - ну хоть среду чуть более подходящей делать, или нуклеотиды на себя тянуть чтобы цепокам лешче себя строить было - вот это и есть ненулевая активность, с другой стороны надо чтобы и цепочки нуклеиновой кислоты как-то помогали пептидам создаваться - опять же хоть аминокилоты свзяывать, чтобы локально повышать концентрацих вокруг себя. Вот это и етсь "ненулевые активности" - то есть делать что-то, неважно насколько эффективно, лишь по теме - на безрыбье и рак рыба, и потому потом это самое зацепится отбором самоудваивающихся дуплексов и пошло поехало...

DNAoidea

Цитата: "Imperor"Не. Я задумался о ненулевой активности не в свете проблемы происхождения жизни, а в свете проблемы эволюции фермента.
Ну так поскольку новые ферменты не возникают de novo то очень быстро мы приходим к происхождению жизни. В принцыпе - я считаю, (из-за предположеия об "островах ненулевых активностей") что именно тогда, в Первичном океане были заложены консенсусы (очень широкие) всех соверменных ферментов и в последствии они только модифицировалиб, но ни разу не случалось чтобы из случайной последовательности ДНК (ну это уде полная фантастика) или из полностью деструктурированного мутациями белками возникло что-то совершеннно новое, к чему не было никаких предпосылок - всегда нечто подобное в той или иной степени должно быть.
Цитата: "Imperor"Но сейчас мне кажется, что рассуждать об эволюции отдельного фермента с ненулевой активностью просто не имеет смысла. И это в корне меняет обсуждаемую проблему.
Ну может в какой-то мере и так - потому что отбираются всё-таки обычно (!!!) не сами фермаенты, а организмы, поэтому какая бы вдруг высокая активность у конкретного фермента не была бы, если это находится внутри рамок, налагаемых дрейфом на отбор, или вообще портит организм, то ничего не выдет - в лучшем случае будет только вариабельность по этому признаку. Однако... если мы имеем дело с мобильными элементами, которые могут размножаться сами по себе и при этом несут некие ферменты, которые помогают им размножаться, то мы попадаем уже несколько в иную область с немного иными законами. Не знаю конечно, насколько подобные ферменты могут быть полезны организму, но в принцыпе очень много чего тут возможно...