ДНК-связывающие белки из олиго-нуклеотид-связыв. субъединиц

Alexy · октября 12, 2007, 15:04:05

Как называется ДНК-связывающий регуляторный белок, являющийся линейной последовательностью субъединиц, каждая из которых может связываться ("комплементарна") только с определенным(и) олиго-нуклеотидом(ами)? Разные белки этого типа отличаются друг от друга набором и последовательностью расположения субъединиц.

DNAoidea · октября 13, 2007, 00:01:25

а разве такой белок один? По-моему большинство ДНК-связывающих белков устроенны иимнно так- потому что обычно один мотив, связывающий опредлённую последоватлеьность ДНК слишком мал и высокой селективностью обладать не может

Alexy · октября 13, 2007, 01:00:29

Конечно не один - это я так пытался избежать "трехэтажных" фраз. :wink:

А Какова в среднем длина одной субъединицы таких белков? И длина олигонуклеотида, который распознается одной субъединицей?

Существует некая ограниченная "библиотека" субъединиц для построения всех разных белков такого типа?

DNAoidea · октября 13, 2007, 04:37:30

Невелика... про белок сказать затрудняюсь - но думается в предлеах 20 аминокилост, а в ДНК совсем мало - где-то около 10 примерно, то есть никакой специфичности такой часток обеспечить не может - чисто из вероятностных причин.

Alexy · октября 13, 2007, 04:41:43

20 АК - это субъединица?
Или это целый белок из нескольких субъединиц?

DNAoidea · октября 13, 2007, 04:45:43

не, это только фрагмент белка. мотив. Целый белок такого размера если какую структуру и сможет преобрести, но она будет довольно-таки диффузная.

Alexy · октября 13, 2007, 04:52:43

"никакой специфичности такой часток обеспечить не может - чисто из вероятностных причин" - это я не понял? Этот участок же видимо будет иметь большее сродство к определенному олиго-нуклеотиду, чем любая другая АК-ая последовательность такой же длины?

DNAoidea · октября 13, 2007, 04:58:24

Да, будет, но только 4^10 это всего только немного больше миллиона, следовательно в среднем на каждые 10 млн нуклеотидов будет приходится подобный участок - то есть даже в таком небольшом по размру геноме, как у Дрозофилы будет примрно 14 (или 16?) копий такого учатска, где попало, которые не служат какой-либо цели, а просто есть. И такая ситуцация дя орагнизма недопустима.

Alexy · октября 13, 2007, 05:10:27

Так ведь присоединяться будет целый белок, а не одна его субъединица (которая может в самостоятельном варианте и не присутсвовать в организме,а только как составная часть регуляторных белков)

DNAoidea · октября 13, 2007, 15:19:16

понятно будет, только будет липнуть куда угодно если у него есть последовательность распознающая только эти десять нуклеотидов

Сергей · октября 13, 2007, 21:42:49

Цитата: "DNAoidea"понятно будет, только будет липнуть куда угодно если у него есть последовательность распознающая только эти десять нуклеотидов

Причина, почему узнающие ДНК белки состоят из доменов – термодинамическая: вполне можно ожидать, что в процессе эволюции несколько доменов объединятся и образуют один домен, узнающий 16-20 пар оснований. Но такой белок будет иметь и высокое сродство к последовательностям, содержащим 1-3 ''неправильных'' пар, и на нахождение нужного места уйдёт слишком много времени.

Поэтому-то белки и содержат домены, узнающие короткие последовательности из 3-7 пар. Если рядом есть последовательность, узнаваемая другим доменом этого, или другого белка, будет кооперативное связывание, которое ещё стабилизируется и белок-белковыми взаимодействиями, а если нет – домен быстро диссоциирует и свяжется с другой последовательностью.

Alexy · октября 13, 2007, 23:39:11

А сколько олиго-нуклеотид-распознающих доменов обычно бывает в таких белках?

DNAoidea · октября 14, 2007, 04:36:14

не знаю... как тут однозначно ответить? Белков, связвающихся с ДНК тьма, и у каждого свои фокусы в общем-то. Думаю, что в пределах 10 видимо.

Сергей · октября 15, 2007, 20:34:08

Цитата: "Alexy"А сколько олиго-нуклеотид-распознающих доменов обычно бывает в таких белках?

Большинство узнающих ДНК белков прокариот (рестриктазы, репрессоры, активаторы) содержат один ДНК-связывающий домен, но узнают они полиндромную последовательность за счёт того, что белок состоит из двух субъединиц. У эвкариот некоторые транскрипционные факторы содержат по несколько ''цинковых пальцев'' (до десятка, если не ошибаюсь).

Вот наиболее известные ДНК-узнающие домены "спираль-поворот-спираль", "цинковые пальцы" и "лейциновая застежка":

http://www.cellbiol.ru/REVIEW/MolBiol/regulation/domen.shtml