Физический смысл суммарной ПС родов

[Комбинатор]

Спасибо!!! :lol:
Кстати, обратите внимание на имя автора этого материала!
Я не знал, что он опубликован в интернете.

:lol:
Действительно смешено вышло. Вот что значит, обращать внимание в первую очередь на название, а не на фамилию автора.:?

Может быть, и пора, только необходимо иметь в виду, что до сих пор все подобные попытки не приводили ни к чему, кроме более или менее пустых спекуляций.

Александр, а Вы можете дать какие-нибудь ссылки на подобные попытки что бы, так сказать, не повторять чужих ошибок. На первый взгляд, то, что изложено в

http://macroevolution.narod.ru/kolch_susl.htm
и в
www.bionet.nsc.ru/chair/cib/ lectures/2003_2_gennets/text05.doc

в чём-то напоминает ТФС Анохина. Да и вообще, идея эволюции на информационном уровне в виде блочно-переборной схемы и периодических метасистемных переходов по Турчину становится всё более популярной. Из неё, кстати, видимо можно вывести и причины ускоркения эволюции.

[Марков Александр]

Главная проблема обычно возникает в привязке очередной кибернетической, математической или философской модели к конкретным биологическим реалиям.
Типичная ситуация бывает на конференциях по мат. моделированию в биологии.
Математик предлагает модель с кучей всяких формул, переменных, связей. Биологи спрашивают: все это очень интересно (правда, мы математику не поняли, но все равно), но вот как бы нам привязать эти ваши переменные к нашим численностям популяций, длинам хвостов, размерам геномов?...
На что математики обычно отвечают, что их модель - самоценна, что они и так сделали для биологов великое дело, а биологи теперь уж пусть сами придумывают, как эту замечательную модель привязать к их конкретике.

Аналогичная ситуация, на мой взгляд, и с недавно вышедшей книгой С.Н.Гринченко "Системная память живого". Здесь на форуме есть специальная ветка, посвященная ее обсуждению. Прочтите там мое интервью с автором, где я изо всех сил пытаюсь "притянуть" грандиозную кибернетическую конструкцию, созданную  автором, к конкретным мышам, клеткам, генам, изменчивости и т.д. И что из этого получается.

Кстати, кто автор этого текста:
http://www.bionet.nsc.ru/chair/cib/lectures/2003_2_gennets/text05.doc
?

[Комбинатор]

Аналогичная ситуация, на мой взгляд, и с недавно вышедшей книгой С.Н.Гринченко "Системная память живого". Здесь на форуме есть специальная ветка, посвященная ее обсуждению. Прочтите там мое интервью с автором, где я изо всех сил пытаюсь "притянуть" грандиозную кибернетическую конструкцию, созданную  автором, к конкретным мышам, клеткам, генам, изменчивости и т.д. И что из этого получается.

Я не имел в виду построения глубоких теоретических математических моделей, претендующих на роль "таблицы Менделеева для биологии".  В частности, моё мнение по поводу книги Гринченко во многом сходно с Вашим.  Но вот философское осмысление общих ПРИНЦИПОВ, проявляющихся при эволюции систем на разных уровнях организации,  на мой взгляд, уже назрело. То есть, я предлогаю идти не от голой мат. теории к практике, а как раз отталкиваясь  от биологических фактов попытаться ЭМПИРИЧЕСКИ нащупать нечто общее, проявлящееся при эволюции, и не зависящее от конкретного материального носителя информационных потоков.

Кстати, кто автор этого текста:
http://www.bionet.nsc.ru/chair/cib/lectures/2003_2_gennets/text05.doc
?

Я сам бы хотел это узнать...
Данный текст был найден Гуглом по совокупности нескольких ключевых слов.

Александр, пока из моих изысканий вырисовывается примерно такая картина ранней эволюции жизни на Земле:

- не позже, чем 3.8 млрд. лет назад - археобактерии
- 3.3-3.5 млрд. лет назад - цианобактерии
- 2.6-2.8 млрд. лет назад - эвкариоты
- 800 млн. лет назад - первые многоклеточные (немотоды?)
- 600 млн.  лет назад - кольчатые черви.

У Вас есть по этим цифрам какие-нибудь замечания или комментарии?

[Марков Александр]

Александр, пока из моих изысканий вырисовывается примерно такая картина ранней эволюции жизни на Земле:

- не позже, чем 3.8 млрд. лет назад - археобактерии
- 3.3-3.5 млрд. лет назад - цианобактерии
- 2.6-2.8 млрд. лет назад - эвкариоты
- 800 млн. лет назад - первые многоклеточные (немотоды?)
- 600 млн.  лет назад - кольчатые черви.

У Вас есть по этим цифрам какие-нибудь замечания или комментарии?

- не позже, чем 3.8 млрд. лет назад - архебактерии
Возражений нет. Палеонтология молчит, а по молекулярным данным метаногенные археи появились 3.8-4.1 млрд. лет назад.

- 3.3-3.5 млрд. лет назад - цианобактерии
Так думают многие палеонтологи. Ископаемые микроорганизмы такого возраста напоминают примитивных современных цианобактерий, но когда речь идет о таких предельно простых формах, и когда сохраняется только форма клетки, трудно говорить наверняка.
По молекулярным данным получается, правда, более позднее появление цианобактерий (2.6 млрд, см.:
http://www.macroevolution.narod.ru/paleobac.htm  )
Но, по-моему, какие-то кислородные фотосинтетики должны были появиться значительно раньше, иначе откуда кислород, необходимый для синтеза стеролов, остатки которых обнаружены в отложениях возрастом 2,7 млрд?

- 2.6-2.8 млрд. лет назад - эвкариоты
Наверное. Это по стеролам (2.7). Есть еще эвкариотоподобные остатки в Карелии в отложениях 3 млрд лет. Их сейчас А.Ю.Розанов переизучает. Но, возможно, это не настоящие эвкариоты, а какие-то другие микроорганизмы, не дожившие до наших дней, может быть, тоже произошедшие путем симбиогенеза из нескольких прокариот - кто знает?

- 800 млн. лет назад - первые многоклеточные (немотоды?)
По-видимому, многоклеточные появились раньше.
Из статьи М.А.Федонкина:
http://macroevolution.narod.ru/fed_met_rus.htm
Древнейшая возможная многоклеточная водоросль - Grypania (1.85 млрд. лет). Более хорошо сохранившиеся многоклеточные эвкариотические водоросли появляются 1.4 млрд лет назад и становятся более разнообразными и сложными 0.8-0.9 млрд. лет назад. В отложениях возрастом 1.4-1.5 млрд. лет обнаружена Horodyskia, которая трактуется как древнейшее колониальное многоклеточное животное с тканевым уровнем организации.

- 600 млн.  лет назад - кольчатые черви.
Возможно. Это получается венд. Хотя, однако, "в отложениях возрастом 1.0 - 0.74 обнаружены остатки червеобразных форм, по-видимому, тоже относящихся к Metazoa, в том числе сегментированная Parmia возрастом 1 млрд. лет." (из той же статьи). Нельзя утверждать, что пармия - настоящая аннелида, но похожа.

[Комбинатор]

- 800 млн. лет назад - первые многоклеточные (немотоды?)
По-видимому, многоклеточные появились раньше.
Из статьи М.А.Федонкина:
http://macroevolution.narod.ru/fed_met_rus.htm
Древнейшая возможная многоклеточная водоросль - Grypania (1.85 млрд. лет). Более хорошо сохранившиеся многоклеточные эвкариотические водоросли появляются 1.4 млрд лет назад и становятся более разнообразными и сложными 0.8-0.9 млрд. лет назад. В отложениях возрастом 1.4-1.5 млрд. лет обнаружена Horodyskia, которая трактуется как древнейшее колониальное многоклеточное животное с тканевым уровнем организации.

Я так понимаю, что разнобой в цифрах у разных авторов частично связан с отсутствием чёткой границы между колонией одноклеточных и многоклеточными, ведь дифференцация и специализация клеток, по-видимому, происходила очень медленно, и всегда возникает делема, что перед нами, очень продвинутая колония эвкариотов, или уже многоклетоный организм.

- 600 млн.  лет назад - кольчатые черви.
Возможно. Это получается венд. Хотя, однако, "в отложениях возрастом 1.0 - 0.74 обнаружены остатки червеобразных форм, по-видимому, тоже относящихся к Metazoa, в том числе сегментированная Parmia возрастом 1 млрд. лет." (из той же статьи). Нельзя утверждать, что пармия - настоящая аннелида, но похожа.

Вообще-то цифру в 600 млн. лет, как дату появления кольчатых червей, Вы мне сами назвали в начале этого топика. Ну что же, накинем ещё 400.

[Марков Александр]

Я так понимаю, что разнобой в цифрах у разных авторов частично связан с отсутствием чёткой границы между колонией одноклеточных и многоклеточными, ведь дифференцация и специализация клеток, по-видимому, происходила очень медленно, и всегда возникает делема, что перед нами, очень продвинутая колония эвкариотов, или уже многоклетоный организм.


Вообще-то цифру в 600 млн. лет, как дату появления кольчатых червей, Вы мне сами назвали в начале этого топика. Ну что же, накинем ещё 400.

Ну, я же предупреждал, что все цифры очень спорные
Разнобой возникает не только из-за "отсутствия четкой границы между колонией одноклеточных и многоклеточными", но и из-за трудности интерпретации древнейших ископаемых остатков. Особенно когда нет современных, живых аналогов этих организмов. Например, найден какой-то поперечно исчерченный червеобразный отпечаток. Может быть, это кольчатый червь, но можно предложить еще много других вариантов (и их, конечно, предлагают!). Ведь детали строения не сохраняются.

Поэтому приведенные мной цифры не стоит использовать как базу, основу для каких-то расчетов. Только для общей ориентации.

[Комбинатор]

Ну, я же предупреждал, что все цифры очень спорные
Разнобой возникает не только из-за "отсутствия четкой границы между колонией одноклеточных и многоклеточными", но и из-за трудности интерпретации древнейших ископаемых остатков. Особенно когда нет современных, живых аналогов этих организмов. Например, найден какой-то поперечно исчерченный червеобразный отпечаток. Может быть, это кольчатый червь, но можно предложить еще много других вариантов (и их, конечно, предлагают!). Ведь детали строения не сохраняются.

Поэтому приведенные мной цифры не стоит использовать как базу, основу для каких-то расчетов. Только для общей ориентации.

Всё же, если мы хотим заниматься какими-то оценками, хоть какие-то цифры, пусть спорные и очень приблизительные, это всё-же лучше, чем одни голые рассуждения вообще без цифр. Поэтому, предлогаю на Ваш суд свою очередную табличку эволюции от археобактерий до млекопитающих.
================================================

Время (млрд. лет назад),  класс организмов,  длина минимального генома (в мпо)

3.8 - 4.2                          археобактерии                           1.7
2.7 - 3.5                          цианобактении                           3.5
2.7 - 3.0                          одноклетночные эвкариоты     11 (дрожи)
1.0 - 1.5                          многоклеточные животные      30 (нематоды)
0.55 - .60                        хордовые                                     70
0.48 - 0.54                     позвоночные  (рыбы)                   400              
0.35 - 0.40                     амфибии                                         950
0.28 - 0.32                     рептилии                                       1100
0.20 - 0.24                     млекопитающие                           1700

================================================

Примечания.
1. Рассматривались лишь свободноживущие виды
2. При оценке времени появления принимались во внимание как палеонтологические данные, так и данные оценок на основе
молекулярной шкалы.

Само-собой, хотелось бы услышать Ваши комментарии к ней.

[Марков Александр]

Мой комментарий такой. Мне все это очень нравится.
Я бы на Вашем месте сделал следующее:
1) Тщательно проверил бы по литературе, действительно ли такую закономерность никто до Вас не обнаруживал и не обсуждал;
2) Если это действительно новая находка (пусть даже новая на на 100, а на 30%), можно было бы написать статью в журнал "Общая биология". Только, конечно, придется повозиться с обоснованиями каждой цифры (описать методику их определения), и по датировкам, и по размерам геномов, снабдить все ссылками.

Получается очень логичная картинка, например, очень резкий скачок в размере минимального генома при переходе от примитивных хордовых к позвоночным соответствует действительно скачкообразному росту сложности организации, что отразилось, в частности, в качественном усложнении иммунной системы.

[Питер]

Главная проблема обычно возникает в привязке очередной кибернетической, математической или философской модели к конкретным биологическим реалиям.
Типичная ситуация бывает на конференциях по мат. моделированию в биологии.
Математик предлагает модель с кучей всяких формул, переменных, связей. Биологи спрашивают: все это очень интересно (правда, мы математику не поняли, но все равно), но вот как бы нам привязать эти ваши переменные к нашим численностям популяций, длинам хвостов, размерам геномов?...
На что математики обычно отвечают, что их модель - самоценна, что они и так сделали для биологов великое дело, а биологи теперь уж пусть сами придумывают, как эту замечательную модель привязать к их конкретике.

Аналогичная ситуация, на мой взгляд, и с недавно вышедшей книгой С.Н.Гринченко "Системная память живого". Здесь на форуме есть специальная ветка, посвященная ее обсуждению. Прочтите там мое интервью с автором, где я изо всех сил пытаюсь "притянуть" грандиозную кибернетическую конструкцию, созданную  автором, к конкретным мышам, клеткам, генам, изменчивости и т.д. И что из этого получается.

Кстати, кто автор этого текста:
http://www.bionet.nsc.ru/chair/cib/lectures/2003_2_gennets/text05.doc
?

Очевидно,  что   текст -  или  Колчанова,   или  кого-то  из  его   лаборатории. Но  скорее  всего  -  сам   Колчанов.

[Комбинатор]

Мой комментарий такой. Мне все это очень нравится.
Я бы на Вашем месте сделал следующее:
1) Тщательно проверил бы по литературе, действительно ли такую закономерность никто до Вас не обнаруживал и не обсуждал;
2) Если это действительно новая находка (пусть даже новая на на 100, а на 30%), можно было бы написать статью в журнал "Общая биология". Только, конечно, придется повозиться с обоснованиями каждой цифры (описать методику их определения), и по датировкам, и по размерам геномов, снабдить все ссылками.

Получается очень логичная картинка, например, очень резкий скачок в размере минимального генома при переходе от примитивных хордовых к позвоночным соответствует действительно скачкообразному росту сложности организации, что отразилось, в частности, в качественном усложнении иммунной системы.

Александр, большое спасибо за Ваше мнение, для меня оно очень важно. Дело в том, что я сейчас готовлюсь к выступлению на семинаре по космической философии в ГАИШ (кстати, может быть, имеет смысл кинуть объявление об этом семинаре, который состоится 22 апреля и на этом форуме?) по проблеме технологической сингулярности, и одной из стержневых мыслей должна стать идея о том, что наша технологическая цивилизация это лишь очередная форма эволюции, естественным образом  продолжающая эволюцию информации, начавшуюся много ранее, чем 4 млрд. лет тому назад. Эволюция систем с памятью, реализованной на основе ДНК, является, на мой взгляд, важным этапом этого глобального процесса.

По поводу статьи - конечно, мысль заманчивая, но, к сожалению, у меня очень большой напряг со временем! К тому же, я по образованию физик, работающий в настоящее время в области распознавания рукописного текста, то есть, конкретных биологических знаний у меня очень мало и все они довольно поверхностны. Поэтому, такую статью в серьёзном биологическом журнале мне просто не потянуть. Если Вы согласны, что при предложенном мною подходе реально наблюдается зависимость между длиной ДНК и сложностью биологической организации класса, и у Вас или кого-нибудь из Ваших учеников возникнет желание написать статью на эту тему, то я буду только рад (в науке важно не кто, а что  :wink: ). Ссылки на все источники, которыми я пользовался, приведены в этом топике, но если понадобится ещё какая-нибудь помощь с моей стороны, в плане поиска доп. информации, я постараюсь её оказать.
Кстати, в своём докладе, я собираюсь сослаться и на Вашу работу по исследованию кривой суммарной ПС родов. На сколько я понимаю, вначале Вы предпологали её экспоненциальный характер (см. соотв. статью в Палеонтологическом Журнале за 2001-ый год), и только позже пришли к выводу, что данная кривая гораздо более естественно описывается гиперболической зависимостью. Есть ли у Вас публикации, в которых об этом написано, или лучше ссылаться непосредственно на "ТАЙНЫЕ МЫСЛИ ВСЛУХ" на Вашем сайте?

[Марков Александр]

Кстати, в своём докладе, я собираюсь сослаться и на Вашу работу по исследованию кривой суммарной ПС родов. На сколько я понимаю, вначале Вы предпологали её экспоненциальный характер (см. соотв. статью в Палеонтологическом Журнале за 2001-ый год), и только позже пришли к выводу, что данная кривая гораздо более естественно описывается гиперболической зависимостью. Есть ли у Вас публикации, в которых об этом написано, или лучше ссылаться непосредственно на "ТАЙНЫЕ МЫСЛИ ВСЛУХ" на Вашем сайте?

Вы правы, сначала я предполагал экспоненциальный характер зависимости, потом обнаружил, что лучше подходит гиперболическая модель. Собирался что-то об этом написать, но так и не собрался. Только кратко упомянул, что "Модель гиперболического роста зорошо подходит для описания роста разнообразия ФМБ, если это разнообразие оценивать при помощи величины суммарной ПС родов" в статье:
А.В.Марков. Новый подход к моделированию динамики разнообразия фанерозойской морской биоты // Журн. общей биологии. 2001. Т.62. № 6. С. 460-471. (стр. 462).

Что касается объявления, то да, разумеется, надо дать объявление, для этого тут есть специальная ветка "Объявления".

[Николай]

У Вас довольно увлекательная идея, Комбинатор.
Можно продолжать её и дальше... 1-й (условно) этап - химическая эволюция, итог которой - жизнь; 2-й - эволюция биологическая (эволюция жизни, поклон Дарвину), итог которой - человеческий разум, как необходимое условие для труда=преобразования среды; 3-й этап - эволюция человеческого общества и технологий (имхо, ничего лучше марксизма, с его "классовой теорией" и сменой формаций, в зависимости от уровня развития производительных сил в обществе, не придумано); 4-й этап - ... 4-й этап условно был когда-то "коммунизмом", и о том, каким он будет, можно только догадываться.
Но это всё так, мои и не только мои измышления... Я немного о другом. У нас незаслуженно забыта диалектика, как принцип. Как метод изучения, если хотите. Можно описать и изучить ЛЮБОЕ развитие/движение (она для того и создана). Жаль только, что была сильно дискредитирована в советское время, когда её превратили в какой-то идиотизм наши горе-политики.

[Комбинатор]

Вы правы, сначала я предполагал экспоненциальный характер зависимости, потом обнаружил, что лучше подходит гиперболическая модель. Собирался что-то об этом написать, но так и не собрался. Только кратко упомянул, что "Модель гиперболического роста зорошо подходит для описания роста разнообразия ФМБ, если это разнообразие оценивать при помощи величины суммарной ПС родов" в статье:
А.В.Марков. Новый подход к моделированию динамики разнообразия фанерозойской морской биоты // Журн. общей биологии. 2001. Т.62. № 6. С. 460-471. (стр. 462).

Что касается объявления, то да, разумеется, надо дать объявление, для этого тут есть специальная ветка "Объявления".

ОК.

[Комбинатор]

У Вас довольно увлекательная идея, Комбинатор.
Можно продолжать её и дальше... 1-й (условно) этап - химическая эволюция, итог которой - жизнь; 2-й - эволюция биологическая (эволюция жизни, поклон Дарвину), итог которой - человеческий разум, как необходимое условие для труда=преобразования среды; 3-й этап - эволюция человеческого общества и технологий (имхо, ничего лучше марксизма, с его "классовой теорией" и сменой формаций, в зависимости от уровня развития производительных сил в обществе, не придумано); 4-й этап - ... 4-й этап условно был когда-то "коммунизмом", и о том, каким он будет, можно только догадываться.

Вот примерно обо всём об этом я и собираюсь обменяться мнениями в ближайшую пятницу (см. соотв. объявление).

[pavel]

Комбинатор
К сожалению я несмогу побывать на семинаре с вашим выступлением. Но можно обменяться мнениями и на этом форуме в этой или другой теме. Сначала необходимо кое-что уточнить:
Раз вы согласны со схемой приведенной Николаем то:
Что такое для вас химическая эволюция? Когда она начилась и когда она закончиться (или закончилась)?
Согласны ли вы с тем что химическая и биологическая эволюции – это эволюции материи? Если да то является приведенная Николаем эволюция человеческого общества и технологий тоже эволюцией материи? Если да то что у нее за субстрат эволюции?