Эволюция сознания

Автор Некто_Владимир, июля 01, 2007, 23:13:01

« назад - далее »

Evol

Можно уточнить - касаемо диффузионного поля, в конечном итоге речь о поляризации электронно-дырочных пар? Или о режиме концентраций и наличии пограничного слоя?
Я не смог вникнуть в контекст.

василий андреевич

Цитата: Vladimirkox от марта 10, 2019, 11:42:25Я не понимаю, зачем Вам волны? Вы пытаетесь разложить какуюто функцию в ряд? Может, диффузионное поле - проще?
Диффузионное поле непрерывно, а у нас намечаются сугубо квантовые эффекты. Потому и горбатой экспонетны у Вас не получается.
  Источник (обязательно не восполняемый) находится в координате ноль по х, единица по у. Порционированное диф поле - это ниспадающая экспонента - чем больше частиц покидает источник, тем меньше частиц в нем остается. Следовательно, в среде по закону сохранения воссоздается виртуальное (отраженное) поле, как симметричная восходящая экспонента из координаты (0;0). Вот последнюю и можно считать тем, что могло бы зарегистрироваться в "интеллектуальном рое" равномерно распределенном в среде. Но рой как принимает на себя информацию от источника так и теряет ее, согласно закону распада. Рисуем третью кривую: пока приток информации от источника высок, экспонента роя растет, но по мере естественного обесценивания источника, рост замедляется и переходит к ниспадению - это и есть та информация, которой, в принципе, способен обладать рой. Но у нас не рой, а "точечный" приемник, выхватывающий из роя "пятно внимания". Какова форма этого пятна, зависящая от индивидуальных черт приемника (мембраны), такова и работа по отсечению второстепенного.
  Эта последняя работа отрицательна, т.к. работает не сама бацилла, а то, что нам хотелось бы понимать под сознательной средой. Результат работы - дивергентное расхождение ниш (пятно сознания минус горбатое распределение).

  По оси У дОлжно бы откладывать не длину волны, а обезличенную энтропию, как тепло деленное на произведение постоянной Больцмана и температуры. А по оси Х, не концентрацию, а информацию. Но это очень неудобно. Потому прошу поверить пока на слово, что температуру можно заменить на волновой вектор. Именно введение шкалы длин волн, позволяет "прощупать" информацию, как концентрацию виртуальных частиц сознания. Главное, что можно именно через волны протяженности перейти на операции с волнами сознания - они должны быть подобны по правилам линейной оптики. Т.е. бацилла имеет "карту".

  Как среагирует бацилла на карту, зависит от конфигурации пятна внимания - в общем случае оно фрактально в зависимости от белков распределенных в мембране. Тогда участки карты вплотную к бацилле будут обладать наибольшей рельефностью. Мы не можем рассчитать этой рельефности, но именно за счет неё будет происходить реакция бациллы, вполне закономерная с её точки зрения, но случайная с нашей внекоординатной точки зрения.
  По сути, фрактальность - это следствие волнового распределения функции вероятности Шредингера. Случайное занятие бациллой одной из вероятностей обнулит все остальные вероятности данного уровня масшабности фрактала, но сохранит более "пологие" уровни.

  Важно: путь в левую сторону сопровождается переходом на более энергичное функционирование (область частотного роста), что означает уплотнение в благоприятной нише. Если потенциальный рельеф -плато, это не предоставляет бацилле свободы выбора - придется отправлять дочку в спору, как бы в сторону низких частот (длинных волн), что бы самой остаться в области более высоких.

  Математику можно брать из теории Содди-Резерфорда по распаду радиоактивных ядер и теории черного тела.
  Если я буду очень подробно, то надо отдельную статью писать... Лучше разбираться кусочками, делая на каждом шагу фальсифицируемый прогноз. Пока я ответил про "анализ афферентных потоков информации". Но тогда все "мозги" бациллы в ее мембране, через которую проецируется голографическая карта сознания. А голограмма - сугубо волновое явление.

василий андреевич

#992
Цитата: Evol от марта 10, 2019, 12:54:33Я не смог вникнуть в контекст.
Трудно представить источник, как информационный. Я "вижу" его как ограниченный источник, "выстреливающий" в произвольных направлениях материальными порциями, например, сигнальными молекулами. Тогда поле молекул будет распределено в принимающей среде как ниспадающая экспонента. А вот если приемники сигнальных молекул - равномерный рой, то, если бы они не перизлучали, а только поглощали молекулы до насыщения, распределение стало бы подобно восходяще затухающей экспоненте. Но они излучают и излучают уже не те информационные молекулы, а нам надо именно "те". И у них остается не восходящая, а горбатая экспонента. Вот из последней роевой, горбатой экспоненты и требуется выделить конкретно-индивидуальную.
  Самое простое выделение - это площадь круга, с вытекающей из него "квадратурой".

Шаройко Лилия

#993
Я хочу добавить. Немного из другой оперы процессов, но происходящих в этом же поле действия любого одноклеточного и многоклеточного. Ферментативный катализ происходит на грани локальных и точечных процессов и в этом фрагменте лекции (я его перепечатала дословно со звука) видно как именно физические характеристики многих атомов влияют на процесс ферментативного катализа, который непрерывно происходит чуть ли не на каждом участке любой живой клетки
До этого фрагмента приведен простой пример - катализ проходящий через фермент белок меняет энергетику тем, что разбивает реакцию на несколько, каждая из которых не требует больших затрат, и тогда весть у всего процесса в целом меньшие энергетические затраты одномоментно, не требуется высокого скачка.



Далее участок лекции и под ней рисунок, который показывает преобразование энергии
_______________________________

Все молекулы субстрата образовавшие правильный комплекс с ферментом претерпевают химическое превращение в результате самопроизвольной релаксации фермента к новому конформационному состоянию.   
С термодинамической точки зрения общей движущей силой процесса является разность химических потенциалов субстрата и продукта. Однако она определяет лишь число встреч фермента и субстрата, но не сам активационный механизм превращения ферментно-субстратного комплекса.

Таковы современные представления об общих закономерностях ферментативного катализа.

Знания конкретных каталитических процессов требуют детального изучения электронного взаимодействия в активном центре между функциональными группами. Эти взаимодействия осуществляются на гораздо более коротких расстояниях по сравнению с ковалентными атом-атомными взаимодействиями, определяющими характер внутримолекулярной динамики белковой глобулы фермента.

Кроме того нековалентные взаимодействия реализуются в системе или системах состоящих из многих сотен атомов, в то время как электронные, чисто химические взаимодействия происходят в активном центре фермента между ограниченным числом атомов, принадлежащим функциональным группам.

Нековалентные взаимодействия приводят к конформационным изменениям, характерные времена которых намного больше чем времена колебательной релаксации, сопровождающей чисто электронный переход.
На первом этапе катализа определенные значения приобретают характер структурно-динамического взаимодействия фермент-субстрат. На втором – после образования комплекса основную роль играют квантово-механические процессы и взаимодействия между ограниченным числом атомов в группах активного центра.

Следовательно конформационно-динамический аспекты ферментативного катализа связанные с формированием химически активной конфигурации можно рассматривать независимо от квантово- механической природы элементарного акта разрыва связей субстрата в активном центре.

Это обстоятельство по видимому, отображает природу ферментативного акта как следствия электронно –конформационных взаимодействий в молекуле белка фермента.

Термодинамика ферментативной реакции понятна - ферменты ускоряют реакцию, увеличивая константы скорости. Обычно рассмотрение этого эффекта проводят в рамках теории переходного состояния или активированного комплекса. Нужно себе представлять, что реагент, находящийся исходно в основном состоянии образует комплекс, находящийся в переходном состоянии, этому состоянию соответствует максисмум на кривой на рисунке – изменение энергии реагента вдоль координаты реакции





_____________________________________________

Это иллюстрация к ответу на вопрос Владимира Коха - "зачем нам волны".

Ну, они везде, и постоянно влияют на все биохимические преобразования.

:)

Их закономерности радикально меняют результаты действий всех микроорганизмов

Vladimirkox

Цитата: Evol от марта 10, 2019, 12:54:33Или о режиме концентраций и наличии пограничного слоя?
По Х - расстояние, по У - концентрация.
А зачем пограничный слой? Будем считать ферментативный центр математической точкой, для первого приближения - достаточно.
Цитата: Шаройко Лилия от марта 10, 2019, 13:58:01Это иллюстрация к ответу на вопрос Владимира Коха - "зачем нам волны".Ну, они везде, и постоянно влияют на все биохимические преобразования.
Это - так, но при измерении макропараметров достаточно термометра и манометра, а не вычисления количества и скоростей молекул.

Шаройко Лилия

Цитироватьпри измерении макропараметров достаточно термометра и манометра, а не вычисления количества и скоростей молекул.

Это так, возможно я слишком увлеклась лекцией в которой сейчас сижу и начинаю видеть мир через призму микропроцессов и мне показалось, что у простейших, в которых макродинамика значительно отличается от крупных организмов типа человека такое влияние значительно больше.

Плюс мне очень понравилась развернутая Василием Андреевичем картина

Цитироватьчем больше частиц покидает источник, тем меньше частиц в нем остается. Следовательно, в среде по закону сохранения воссоздается виртуальное (отраженное) поле, как симметричная восходящая экспонента из координаты (0;0). Вот последнюю и можно считать тем, что могло бы зарегистрироваться в "интеллектуальном рое" равномерно распределенном в среде. Но рой как принимает на себя информацию от источника так и теряет ее, согласно закону распада.

Многие процессы на разных уровнях повторяются с изменениями и я подумала если взглянуть на эту картину с позиции энтропийных характеристик они станут яснее. (Там еще дальше в этой же лекции общая динамика энтропии таких процессов рассматривается.)

Пока, согласна, не вышло.
:)
Сорри за неуместное вмешательство с не законченными набросками мыслей.
Иду дальше учить матчасть и сообщество не беспокою больше

Evol

Достаточно термометра и манометра...
Это важно, можно, уважаемый Vladimirkox, подробнее?

Evol

Уважаемая Лилия, Вы, на самом деле, также высказались о важных вещах.
Не торопитесь, пожалуйста, увлекаться матчастью, лучше подумать, как все сказанное в предыдущих ответах, привести к наброску общей модели.

Шаройко Лилия

#998
Все это отдаленное сходство, хотя в простейших действительно молекулярные процессы играют значительную роль в силу близости общего уровня энергии всего организма простейшего и общего уровня энергии больших макромолекул - они становятся сопоставимы и выходят на конечно более значительную роль, чем у слона например.

Фрагмент реакции простейшего

ЦитироватьКак среагирует бацилла на карту, зависит от конфигурации пятна внимания - в общем случае оно фрактально в зависимости от белков распределенных в мембране. Тогда участки карты вплотную к бацилле будут обладать наибольшей рельефностью. Мы не можем рассчитать этой рельефности, но именно за счет неё будет происходить реакция бациллы, вполне закономерная с её точки зрения, но случайная с нашей внекоординатной точки зрения.
  По сути, фрактальность - это следствие волнового распределения функции вероятности Шредингера. Случайное занятие бациллой одной из вероятностей обнулит все остальные вероятности данного уровня масшабности фрактала, но сохранит более "пологие" уровни.

  Важно: путь в левую сторону сопровождается переходом на более энергичное функционирование (область частотного роста), что означает уплотнение в благоприятной нише. Если потенциальный рельеф -плато, это не предоставляет бацилле свободы выбора - придется отправлять дочку в спору, как бы в сторону низких частот (длинных волн), что бы самой остаться в области более высоких.

в лекциях соответствует (то есть, конечно, напоминает по механизму действия) фрагменту "Снижение свободной энергии активации химического превращения фермент-субстратного комплекса за счѐт эффекта сближения и ориентации"





и есть еще один из примеров того, что происходит на мембране





Учитывая тот факт, что большинство бацил -почвенные редуценты,

Бациллы (лат. Bacillus) — обширный (около 217 видов[1]) род грамположительных палочковидных бактерий, образующих внутриклеточные споры. Большинство бацилл — почвенные редуценты.

то в действительности выходим вероятно, (пока не берусь утверждать) на их реакции с гумусом. Реакции почвенных бактерий, точнее почвообразование, в котором у них(бактерий) ключевая роль, составляют ваще-то основу(фундамент) для формирования жизни на планете. По крайней мере в наш период геохронологической шкалы.



Гумус - это не солевой раствор, а весьма структурированный комплекс с основным ядром каждой молекулы и большим количеством непрерывно меняющейся ее периферии, встраивание в окружение конфигурации такой молекулы действительно может носить характер ключа и замка.

Но как я говорила это просто набросок мысли. Руку на отсечение не дам.
:)

Vladimirkox

#999
Цитата: Evol от марта 10, 2019, 15:01:21
Достаточно термометра и манометра...
Это важно, можно, уважаемый Vladimirkox, подробнее?
Можно http://sbml.org/Main_Page , там моделируют биохимические процессы с помощью диф.уров, как приращение концентрации за единицу времени, и, экстраполируя по времени, смотрят на поведение ферментативной системы. Квантово-механические нюансы на таком уровне псевдостационарности не нужны, тем более КМ не нужна при моделировании поведения популяции бактерий.

василий андреевич

  Насчет манометра и термометра. В углегеологии это застывшие данные. Как только переходим к воссозданию процесса эволюционного преобразования на уровнях свит, пластов, микрокомпонентов - давление становится неотличимо от температуры, а тепло от работы. (Как-то даже неопубликованную статью этому посвятил).
  И на арену выходят волны температур, сиречь, давлений. При этом вся толща начинала напоминать дождевого червя, конвульсивными движениями проникающего в недра.
  Однако все мои рассуждения о перераспределении тепла (теплоемкости, теплосодержания) на фоне положительной шкалы энтропии повисали в воздухе из-за нехватки объяснительной терминологии, и не удавалось перейти к реалистичному описанию эволюции в рамках СТЭ. С введением информации становится несколько легче, по-иному высвечиваются "квантовые эффекты", которых не должно быть на макроуровне физических тел.
Цитата: Evol от марта 10, 2019, 15:04:52Уважаемая Лилия, Вы, на самом деле, также высказались о важных вещах.
Присоединяюсь, Лилия. Потому как Вы, выдав рисунки по ферментативным процессам как раз показали возможность описания, например, сугубо квантового эффекта тунелирования. В термодинамике этот "перескок" описывается в виде "обходного пути" или рассуждений, что на макроуровне произойдет то маловероятное, к которому ведет наибольшее число вероятных событий на микроуровне.
  А на первом Вашем рисунке, где энергетический профиль с седловиной - это как раз то, что у меня получается как бы в зеркально отраженном варианте, если представить процесс в реалии, пропущенном сквозь линзу и спроецированном на сознании. Я намекал на такое через обычный для кристаллографов процесс отрисовки в обратных пространствах...

  Но замечаем ли мы, что вводя сознание в сферу эволюции несколько меняем приоритеты Дарвинизма, да и СТЭ заодно? По большому, выйдет, что феном может изменяться не только за счет мутаций генома...

Шаройко Лилия

#1001
Моделирование по ссылке наверное могло бы заинтересовать Талаша. Даже интересно было бы выслушать его мнение если ему не лень.

Я прочла введение и насколько понимаю это полностью искусственная система на программах которая моделирует поведение популяций

ЦитироватьОсновное введение в SBML
Fruex → Fru
GLCex → Glc
ATP + Glc → ADP + HexP
ATP + Fru → ADP + HexP
2 HexP → Suc6P + UDP
Suc6P → phos + Suc
Fru + HexP → Suc + UDP
Suc → Fru + Glc
HexP → гликолиз
Suc → Sucvac

Можете ли вы предсказать, какой набор реакций, как это будет делать, когда вы запустите систему с различными начальными величинами?
Отправной точкой является понимание того, что вычислительное моделирование биологических систем больше не является второстепенной деятельностью — это требование для нас, чтобы понять наши огромные и постоянно расширяющиеся объемы данных. Эта реальность признана и подкреплена значительным увеличением в этом десятилетии числа журналов, книг и статей, посвященных вычислительной и системной биологии.
В своей основе, вычислительное моделирование ничем не отличается от моделирования, как это практикуется всеми учеными, будь то в биологии или в других местах. Дополнительным, но решающим шагом является приведение модели в формальную, вычислимую форму, которая может быть тщательно проанализирована с использованием моделирования и других математических методов.
Различные представления моделей полезны для различных целей. Графические диаграммы биологических процессов полезны для визуального представления человеку, но на уровне программного обеспечения для количественной оценки модели до такой степени, что ее можно моделировать и анализировать, необходим другой формат. Вот где приходит язык разметки системной биологии (SBML).
Проще говоря, SBML является машиночитаемым форматом для представления моделей. Он ориентирован на описание систем, в которых биологические объекты участвуют и модифицируются процессами, происходящими с течением времени. Примером этого является сеть биохимических реакций. Рамки SBML подходит для представления моделей, обычно встречающихся в исследованиях по ряду тем, в том числе клеточных сигнальных путей, метаболических путей, биохимических реакций, регуляции генов и многих других.
SBML для програмного обеспечения

SBML не представляет собой попытку определить универсальный язык для представления количественных моделей. Было бы невозможно создать универсальный язык, который подходил бы всем. Более реалистичной альтернативой является признание разнообразия подходов и методов, изучаемых в системной биологии, и поиск общего промежуточного формата — лингва франка—позволяющего передавать наиболее существенные аспекты моделей.
Принятие SBML предлагает много преимуществ, включая: (1) возможность использования нескольких инструментов без переписывания модели для каждого инструмента, (2), что позволяет модели быть опубликованы в форме, другие исследователи могут использовать даже в другой программной среде, и (3) обеспечение выживаемости моделей (и интеллектуальных усилий вложено в них) после окончания жизненного цикла программного обеспечения, используемого для их создания.

SBML нейтрален по отношению к языкам программирования и программному кодированию; однако он ориентирован на то, чтобы позволить моделям кодироваться с использованием XML. Поддерживая SBML в качестве формата для чтения и записи моделей, различные программные средства (включая программы для построения и редактирования моделей, программы моделирования, базы данных и другие системы) могут напрямую связываться и хранить одно и то же вычислимое представление этих моделей. Это устраняет препятствие для обмена результатами и позволяет другим исследователям начать с однозначного представления модели, тщательно изучить ее, предложить точные исправления и расширения, а также применять новые методы и подходы—короче говоря, делать лучшую науку.

Что вы можете с ним сделать?

Если вы биолог, заинтересованный в вычислительном моделировании, это может быть все, что вам нужно знать о SBML. Современные программные пакеты скрывают детали SBML и предоставляют интерфейсы, которые помогают сосредоточиться на задачах моделирования и анализа. Вы можете узнать о многих SBML-совместимых программных системах из нашего руководства по программному обеспечению SBML.
Если вы разработчик программного обеспечения или продвинутый Моделист, вы, вероятно, хотите узнать немного больше о SBML. Шаг до нашего более подробного резюме SBML.

Эволюция и рост SBML

Развитие SBML не остановился—это активная область сегодня. Процесс разработки SBML определяет подход к развитию, ориентированный на сообщество. Мы приглашаем вас принять участие!
Развитие SBML стратифицировано для того чтобы организовать архитектурно-акустические изменения и versioning. Основные издания SBML называются уровнями и представляют собой существенные изменения в составе и структуре языка. Модели, определенные на более низких уровнях SBML, всегда могут быть представлены на более высоких уровнях, хотя может потребоваться некоторый перевод. Обратное (от более высокого уровня к более низкому уровню) иногда также возможно, хотя и не гарантировано. Уровни остаются различными; допустимый документ уровня SBML 1 не является допустимым документом уровня SBML 2. Незначительные изменения SBML называются версиями и представляют собой изменения на уровне для исправления, корректировки и уточнения языковых функций. Наконец, документы спецификации неизбежно требуют незначительных редакционных изменений, поскольку пользователи обнаруживают ошибки и неясности. Такие проблемы исправляются в новых выпусках данной спецификации SBML.

Последнее поколение SBML, Уровень 3, является модульным в смысле наличия определенного базового набора функций и дополнительных пакетов, добавляющих функции поверх ядра. Этот модульный подход означает, что модели могут объявлять, какие наборы функций они используют, а также программные средства могут объявлять, какие пакеты они поддерживают. Это также означает, что разработка SBML уровня 3 может осуществляться модульным способом. Процесс разработки для уровня 3 разработан вокруг этой концепции. Разработка пакетов уровня SBML 3 сегодня является постоянной деятельностью, при этом пакеты создаются для расширения SBML во многих областях, которые его основная функциональность напрямую не поддерживает. Примеры включают модели, виды которых имеют структурные и/или переменные состояния, модели с пространственно неоднородными отсеками и пространственно зависимыми процессами, а также модели, в которых виды и процессы относятся к качественным сущностям и процессам, а не к количественным.

Мне это просто ни о чем не говорит, кроме того, что такое моделирование является каким то схематичным отображением реальности и имеет смысл в том случае если нужно выбрать метод исследований, например популяции простейших, обкатать его на цифрах, и затем проверить в реальности.

С большими популяциями крупных животных ничего проверить нельзя и это вроде как чистая схоластика. Если такие методы используются для экологических расчетов например при строительстве заводов, то хотелось бы узнать, вроде это должно быть вредно так как система пол-палец-потолок усредненых цифр температуры по больнице в чистой математике да еще и наплевавшая по словам Vladimirkoxа, если я его правильно поняла на биофизику и биохимию широко используется....то ....эээ...

не хотелось бы оказаться в мире, где это норма.

Но может я просто не понимаю совершенно что там происходит на самом деле.

Если Vladimirkox не поленится пару фраз сообщить на простом человеческом как это работает в реальных исследованиях, то было бы неплохо. Конечно если он захочет тратить свое время на чайников

Шаройко Лилия

ЦитироватьПрисоединяюсь, Лилия. Потому как Вы, выдав рисунки по ферментативным процессам как раз показали возможность описания, например, сугубо квантового эффекта тунелирования. В термодинамике этот "перескок" описывается в виде "обходного пути" или рассуждений, что на макроуровне произойдет то маловероятное, к которому ведет наибольшее число вероятных событий на микроуровне.

Мне пока сложно сделать такие выводы, я просто пока вижу, что мозаика может быть сложится если идти в этом направлении, но так как продолжаю думать, что обобщения свойств уровней таким образом как они приведены в программе моделирования в предыдущем сообщении это что-то мне не совсем понятное, то наверное все таки еще поизучаю матчасть прежде чем делать дальнейшие выводы даже для собственной системы координат.

Что касается геологических процессов, то знакомство с ним по почвоведению меня приводит к мысли что картина как бы живого геологического горизонта, под влиянием температуры и каталитических процессов совершающего работу и приводит в большому количеству волнообразных процессов, которые собственно и есть почвообразование - физическое, геохимическое, биологическое (первичные бактерии-хемосинтетики) выветривание.

Это действительно волновой процесс и энтропия там ярко рулит, но физическую картину этого в деталях формул я представляю смутно.

Vladimirkox

Цитата: Шаройко Лилия от марта 10, 2019, 18:11:32Если Vladimirkox не поленится пару фраз сообщить на простом человеческом как это работает в реальных исследованиях, то было бы неплохо. Конечно если он захочет тратить свое время на чайников
Хорошо известна реакция Белоусова-Жаботинского, где в реакционной сети возникают автоколебания. Отличие её от биологических реакций в том, что продукт реакции является катализатором. В большинстве биологических реакций фермент не образуется в результате ферментативной реакции, а является результатом экспрессии генов. Т.е. если в реакции Белоусова-Жаботинского мы имееем дело с хим.китетикой описываемой реакциями второго порядка, то ферментативные процессы - реакции первого порядка, следовательно, брюсселяторы в них(каскад MARK и пр.) не возникнут.
А вот в реакциях связанных с внутриклеточным депонированием кальция брюсселяторы могут возникнуть. Т.е. нам удалось съузить поле для продуктивного поиска, например -  при поиске причин п.есмейкерной а.ктивности н.ейронов, и причин, влияющих на частотные характеристики п.а.н.

Шаройко Лилия

Как сейчас сложно выглядит простой человеческий
:)
Это не упрек конечно, все правильно, просто видимо мой уровень значительно хуже ожидаемого

я попытаюсь изложить как я вижу ситуацию с такими программами.

на странице реакции Белоусова — Жаботинского

https://ru.wikipedia.org/wiki/Реакция_Белоусова_—_Жаботинского#Брюсселятор

Брюсселятор

Колебательная динамика модели «брюсселятор» и моделирование с её помощью волн

Простейшая модель, предложенная Пригожиным, которая имеет колебательную динамику.

I   A   →   X   
II   B + X   →   Y + D   
III   2X + Y   →   3X   (автокатализ)
IV   X   →   E
V   A + B   →   E + D


Я пока ситуацию после ваших слов вижу так:

В этом проекте создана программа, в которой моделируется развитие событий в общем виде. Без автокатализа. Линейное движение в определенном направлении. И надеюсь не только такие простейшие, а учитывающие разные посторонние воздействия.

Исследователь, чтобы воспользоваться ей скачивает к себе программу или наоборот закачивает на сервер проекта исходные данные своих исследований.
Я просто в новостях (наших русских и зарубежных) постоянно такую картину вижу( мы рассчитали в математических моделях поведение популяций от бактерий до масштабных переносов вещества в процессе природных сукцессий (я поэтому спрашивала про применение такого в экологии при больших строительствах и прогнозировании воздействия этих производств на близлежащие территории), поведение фотонной сферы черных дыр, развитие эволюционного поведения газопылевого облака при рождении звезд и т.д. и.т.п) , и насколько понимаю проектов таких как этот должны быть сотни как минимум.

Например мы изучаем работу сердца

Нейроны пейсмейкеры (водители ритма), которые широко известны среди людей знающий нерофизиологию как формирующийе сердечный ритм, и не только его.
Исследователь подставляя в программу исходные данные видит как должен развиваться процесс. Теоретически. Я в науке никогда не работала поэтому внутренней кухни не представляю.

По моим чайниковским предположением данные полученные таким образом могут служить только примерным ориентиром для прогнозирования процесса в реальности.

А настоящую реальность мы можем и должны наблюдать в исследованиях из реальных природных явлений. И сравнивая эти вещи хоть как то ориентироваться в том что на самом деле происходит. Например Росскосмос запустил только за последний год несколько программ мониторинга земли с разрешением какой-то очередной повышенной точности с большого количества мелких спутников, полностью покрывающих Землю, и у НАСА такие вещи тоже работают, японцы и китайцы тоже имеют такой взгляд сверху, индусы точно не помню, но тоже вроде развивают это направление.

Конечно это отчасти прикрытие для военного наблюдения, но научные исследования таким образом тоже ведутся и динамика экологии мониторится постоянно.

Что касается микроисследований, то тоже нанометодов море. Наверное сочетание математических моделей и реальных наблюдений должно создавать отражение менее кривого зеркала, чем чистое моделирование.