Происхождение кембрийских существ от эдиакарских/вендских

[Шаройко Лилия]

Питер в ветке про антропогенез пишет, что анализ генома проводится по человеку в датировках не больше 150 тыс лет. Иногда чуть больше, до 200-250 тыс по митохондриальной ДНК, если я правильно запомнила.
Может по простым геномам это не так, но все таки сотни миллионов лет большая цифра.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Секвенирование_древней_ДНК

Деградация ДНК
Обычно после смерти организма ДНК расщепляется эндогенными нуклеазами. Этого не происходит, если нуклеазы оказываются быстро разрушены или инактивированы, например, вследствие обезвоживания останков, низких температур или большой концентрации соли.[10] Даже в этом случае ДНК со временем повреждается в результате случайного гидролиза или окисления. К гидролитическим повреждениям относятся разрушение фосфатного остова цепи, депуринизация (соответствующая позиция остается без азотистого основания) и дезаминирование. Чаще происходит дезаминирование цитозина в урацил, метилированный цитозин (5-метил-цитозин) дезаминируется в тимин; реже аденин превращается в гипоксантин, который комплементарен цитозину, а не тимину, что ведет к неправильному прочтению при секвенировании. Эти повреждения происходят и в живых клетках, однако там они устраняются в процессе репарации. Кроме того, возникают поперечные сшивки между цепями спирали ДНК из-за алкилирования или сшивки ДНК с различными молекулами в результате реакции Майяра. Как и разрывы цепи, поперечные сшивки мешают амплификации при ПЦР[5][10]. Перед секвенированием древнюю ДНК подвергают специальной обработке, чтобы удалить продукты дезаминирования и поперечные сшивки. Средняя длина амплифицируемых фрагментов древней ДНК часто не превосходит 100 пар нуклеотидов, причём для находок из одного места раскопок средняя длина фрагментов убывает с увеличением возраста находки. Современные протоколы секвенирования древней ДНК учитывают эту особенность; в частности, вместо отжига праймеров на фрагменты ДНК к концам фрагментов присоединяются адаптеры, а праймерами служат олигонуклеотиды, комплементарные адаптерам[11].

При низких температурах деградация ДНК идет медленнее, что обеспечивает хорошую сохранность ДНК в образцах, найденных в районе вечной мерзлоты. Однако считается, что даже в идеальных условиях ДНК не может сохраняться на протяжении более 1 млн лет

Или это какие то генетические анализы более современных или даже доживших потомков, похожих по морфологии на найденные отпечатки в камне и окаменелости?
Или комбинированные исследования(и морфологические и генетические)?
Может быть сохраняются фрагменты генома?

Вероятно  филогенетика использует современные организмы но в описании об этом нет ни слова:

https://ru.wikipedia.org/wiki/Молекулярная_филогенетика

Молекулярная филогенетика — способ установления родственных связей между живыми организмами на основании изучения структуры полимерных макромолекул — ДНК, РНК и белков. Результатом молекулярно-филогенетического анализа является построение филогенетического дерева живых организмов.

Близкое родство между живыми организмами обычно сопровождается большой степенью сходства в строении тех или иных макромолекул, а молекулы не родственных организмов сильно различаются между собой. Молекулярная филогения использует такие данные для построения филогенетического древа, которое отражает гипотетический ход эволюции исследуемых организмов. Возможность анализировать и подробно изучать эти молекулы появилась только в последние десятилетия XX века.

https://ru.wikipedia.org/wiki/Филогенетическое_дерево

Хотя филогенетические деревья, построенные на основе последовательностей генов или всего генома особей различных видов, могут дать представление об эволюции, у них есть серьёзные ограничения. Филогенетические деревья не обязательно (и вероятно никогда) не дают полного и абсолютно правильного описания эволюционной истории. Данные, на которых основана реконструкция дерева, всегда отражают реальную эволюционную историю с некоторой погрешностью. Из-за этого дерево, построенное на основе ограниченных данных (например, последовательности единственного гена или белка), требует скептического отношения к себе, потому что дерево, построенное на основе другого независимого источника данных, нередко будет отличаться от первого.

Горизонтальный перенос генов, а также гибридизация между видами затрудняют использование деревьев для описания эволюции. В случаях, когда подобные эволюционные события сыграли большую роль в эволюции изучаемой группы, предлагается использовать более сложные методы описания, например филогенетические сети[en].

Как правило, реконструкция филогенетического дерева представляет собой оценку филогении особенностей (например, эволюционной истории какого-либо отдельного гена), а не филогении организмов, из которых были отобраны эти особенности, хотя в идеале обе филогении должны быть близки друг к другу.

Следует также скептически относиться к включению в дерево вымерших видов, информация о которых полностью или частично основана на последовательностях ДНК. Хотя небольшие фрагменты «древней ДНК» сохраняются дольше 100 000 лет, но, за исключением некоторых особых случаев, длина таких фрагментов недостаточна для использования в филогенетическом анализе.

В некоторых организмах эндосимбионты могут иметь эволюционную историю, отличную от истории хозяина

[василий андреевич]

Вероятно  филогенетика использует современные организмы

Именно так. Бактерии, археи, эукариоты здравствуют поныне. У них можно выделить "общий геном", который теоретически присуждается общему предку. И уже другое дело, что эукариоты не отделись от гипотетического ЛЮКа, а стали конвергентами бактерий и архей.
  О секвенировании генома фоссилий глубже 50 тыс.лет можно не мечтать. Другое дело, что есть надежда восстановить цепочку, когда атомы, допустим, углерода замещены на атомы кремния при том, что сама цепочка осталась неизменной. Это как в консервах, сохранилась структура, хотя не понять, где оболочка банки, а где содержимое.

  Эдиакарий - это такие типы строения, которых нед в фанерозое. И в фанерозое нет таких типов строения, которым можно поставить в предтечу эдиакарские типы. Потому и "взрыв", как рождение, якобы, изниоткуда.

  Хотим найти "мелочь", которая была незаметной в эдиакарии, а в фанерозое расцвела - найдем, но толку в решении кардинального вопроса не получим.
  Есть немногочисленные сквозные типы строения, но больше таких, что сгинули навсегда, а те, которые пришли им на смену, как бы не имеют предтечи.

  И ладно бы только "кембрийский взрыв" - мы и в антропогенезе, зачастую, суем в качестве предка сборную солянку из множества "обезьян".

[Шаройко Лилия]

как в консервах, сохранилась структура, хотя не понять, где оболочка банки, а где содержимое.

Гыгы

Если это был стеб на тему того как наивные люди типа меня думают, что генетическое древо жизни создано было на основе настоящих древних геномов, то да, я вот такой наивный человек, до слов Питера мне просто в голову не приходило интересоваться этим направлением(сколько сохраняется ДНК) и я действительно думала, что каким то очередным научным чудом анализируются останки. Поэтому мне кажется этот момент стоит уточнять для читателей, просто чтобы мифов было меньше.

Про замещение кремнием я вроде бы читала, может быть даже это Ваши тексты были.

Еще мы когда то в теме про космос и экзожизнь это обсуждали и там были статьи о сохранении отдельных фрагментов ДНК миллионы лет без уточнения сколько этих миллионов, но тогда это был не основной вопрос и я забыла сколько именно. И там стояла задача не идентификации организма, а только самого факта, что это было какое то ДНК. Теоретическая задача для гипотетического нахождения экзожизни перенесенной с других планет, образцов ДНК в фрагментах марсианских метеоритов насколько я знаю не найдено, только следы чего-то, условно похожего на останки клеточной структуры..
 
Про остальное ниже консервы:
Я думаю сетка вместо привычного нам древа, про которую говорил Арефьев в теме заметок про антропогенез может быть решает вопрос. Я здесь размещала в начале темы статьи,

Про кембрий пока нашла на Элементах три статьи одна Наймарк, довольно старая 2016

и 2022 года Сергея Ястребова и 2019 Журавлева(я его лекции размещала как то )

в одной из них насколько помню,  говорится, что кембрий зародился в недрах вендской фауны, а стрессовая ситуация условной земли снежка могла сработать по классике "что нас не убивает".

[василий андреевич]

просто чтобы мифов было меньше

Про "консервы", это я о том, что периодически (на других форумах) обсуждаются идеальные условия для сохранения фрагментов ДНК, дескать, можно искать в костях динозавров. Вот и находят, но уже не ту молекулу, оставляя надежду, что кто-то придумает, как "по тени восстановить свет".
  У всех ныне живущих можно найти в ДНК фрагмент бананаЛЮКа, что означает не консервацию этих фрагментов от естественного разрушения и трансформации, а восстановление после каждого нарушения. Значит ли это, что есть минимальная "молекула выживания"?
  Если да, то глобальные вымирания являются закономерным актом предела накопленных ошибок, то есть, достигая максимума разнообразия, допустимого энтропийной вариабельностью, геобиосфера избавляется от новейшего в пользу проверенного.
  Как назвать "тень", которая остается после уничтожения носителей наиболее сложных геномов? Подходит ли термин "новая среда" для накопления новых ошибок?