Граф эволюционного древа

[Alexy]

Буду Вам очень благодарен!

[mastax]

А вы знаете статью Burlando "The fractal geometry of evolution" и сообщение Minelli et al. "Supraspecific taxa: is their size distribution fractal?"

[Set O. Lopata]

Большое спасибо за книгу Ю.В.Чайковского "Эволюция" М.: Центр системных исследований ИИЕТ РАН. 2003. 472 с.

Вы бы могли подсказать, где можно скачать его же «О природе случайности» (2004)?

Легко! :smt044
http://www.kudrinbi.ru/modules.php?name=Biblio&Down=432

[plantago]

Гениально! А то я и вправду сканировать собрался. У самогО Чайковского файла не осталось.

[Set O. Lopata]

Да! Google иногда помогает

[plantago]

Хитрость в том, что я знаю про сайт Кудрина. Но я пытался скачать у них Любищева ("Линии Платона и Демокрита...") и выяснилось, что там лежит лишь предисловие и оглавление. И про Чайковского думал так же. Сорри за оффтоп.

[Basileus]

Поковырялся в литературе. Из того, что можно разобрать насчет реальности высших таксонов понял следующее: никто эту самую реальность толком-то всерьез и не отстаивает. Есть разночтения насчет реальности как таковой, но это-то меня собственно и не интересуют. Главное - что критериев выделения таксонов нет. Логичным средством их выделения могло бы быть срезание кластеров по филогенетическому древу на каком-то временнОм уровне, но гдеж такое дерево взять..
Интереснее ситуация с законом Виллиса и распределением Ципфа. Тут существует две с половиной точки зрения. По одной - закон Виллиса отражает некоторую важную структурную характеристику филогенеза и потому очень важен. По второй - это просто отражение вероятностной природы филогенеза. Первая точка зрения сформулирована собственно Виллисом и широко обсуждается до сих пор. Вторая точка зрения применительно к филогении сформулирована Кафановым и Сухановым, поддержана Чайковским. У биологов такая постановка вопроса вызывает изжогу и отторжение, отсюда довольно безуспешные попытки разговорными моделями ее опровергнуть (статьи Павлиного и Позднякова в ЖОБе)..
Еще очень забавно - многие авторы употребляют термин ранговое распределение в контексте филогении. При это речь обычно ведется о распределении родов по количеству видов в них. При чем тут ранги? В исходной лингвистической проблематике частот слов в тексте действительно рассматриваются ранги, но никак не здесь.
Но что самое интересное - почему-то все абсолютно уверены, что "ципфовость" филогенетического древа является проявлением его фрактальности. Видимо, это идет от того, что к распределению Ципфа приложил руку Мандельброт. Но у него речь всегда идет не собственно о фрактальности, а о безмасштабности. Действительно, применительно к графам и сетям сейчас активно обсуждается вопрос об их безмасштабности, многие реальные сети обладают этим свойством. Но непосредственно с самоподобием сетей и их фрактальностью это не связано. Сеть может быть идеально самоподобной, но регулярной (например, дерево Кейли), а потому ни о какой "ципфовости" там даже речь не заходит.
Такие вот неутешительные итоги "анализа литературы"  :?

[plantago]

Логичным средством их выделения могло бы быть срезание кластеров по филогенетическому древу на каком-то временнОм уровне, но гдеж такое дерево взять..

Вы вот эту http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/96/13/7358 статью видели?

[Basileus]

В очередной раз спасибо за ссылку. Именно это я и имел в виду. На самом деле идея-то не такая уж и оригинальная. Я бы даже сказал - банальная. Иной профессиональный статистик скорее удивится, почему это классификация не строится именно так. Все на поверхности.
Вот реализация такого проекта будет сопряжена с огромными трудностями. Тут и общая инерционность мышления, и разногласия между узкими специалистами по разным группам, да и отсутствие собственно фактологической основы.
В принципе, можно было бы попытаться ограничиться текущими "таксонами" некоторого ранга (например, семействами) и запустить глобальный проект типа "Генома человека" по вскрытию основания древа. Только тут тоже возникнет проблема выбора конкретного материала для анализа, то есть какие конкретно виды и популяции брать. Опять же - насколько репрезентативен будет такой выбор, ведь вполне возможно, что текущие "таксоны" надо разбивать...
Насколько я понимаю, пока молекулярные филогении строятся разными группами исследователей по разным методикам для разных групп организмов явно разного ранга. То есть для того чтобы собрать эту разрозненную информацию в некое подобие единой схемы придется приложить огромное количество усилий и копий.