Шишкин М. А. // Онтогенез. 2006. 37: 179-198.

[Imperor]

...Поясните, только аргументировано. Не просто скажите, что эволюция — медленный процесс, а оцените ее скорость, количество генов, по которым отличаются виды и по которым идет отбор, количество потомков, возможные интенсивности отбора и докажите, что заложенные Р. Фишером, Дж. Холдейном, С. Райтом и другими основы математической теории неверны.

Да, этот конкретный подсчет был бы здесь весьма к месту. А то уже надоело читать аргументацию на уровне - "...этот великий ученый муж сказал то-то, а этот великий ученый муж считает по-другому".
Дмитрий Шабанов - не могли бы Вы, если имеется возможность, дать здесь ссылки на указанные Вами расчеты? С недавнего времени меня очень заинтересовала тема именно расчетов. Думаю, и другим читателям этой темы было бы интересно посмотреть на полный вариант "диллемы Холдейна". Так давайте украсим эту ветку соответствующими ссылками? Заранее спасибо.

DNAoidea и Питер!
Спасибо Вам за ответы на мои вопросы. Должен сказать, что я подозревал нечто подобное. Таким образом, я делаю вывод, что специфического генного механизма доминирования просто не существует? Доминирование происходит лишь на уровне синтезированных белков?
Но дело в том, что это наносит просто ужасный удар по СТЭ. В этом случае кошмар мистера Дженкина действительно возвращается. Чуть позже объясню это математически.
Более того, кроссинговер вообще становится необъяснимой загадкой. Попробуйте, плиз, математически замоделировать выгодность кроссинговера!  :lol:
Кроссинговер - это, по сути - "обмен не глядя". Возникает вопрос - а нафига живой системе обменивать свои выверенные отбором, и, самое главное, родные гены на "кота в мешке"?! Да еще и тратить энергию на это! [Ведь кроссинговер - реакция ферментативная - и подозреваю, весьма сложная].
DNAoidea! Если возможно, скиньте упоминаемую Вами ссылку по механизму кроссинговера, пожалуйста.
Всем тем, кто попробует объяснить выгоду кроссинговера повышением генетического разнообразия - у меня огромная просьба не ограничиваться общими рассуждениями, а попытаться смоделировать эту выгоду математически. И тогда посмотрим, будет ли польза от кроссинговера отдельно взятому "эгоистичному гену".
zK! Похоже, с этим пресловутым "доминированием" мы с Вами копнули тааакое...  :wink:

И наконец, Азазелю, боготворящему Докинса, посвящается  :lol: :
Цитата №1:

...В среднем следует ожидать, что каждый отдельный Голубь победит в половине турниров, а в половине проиграет. Поэтому его средний выигрыш за один турнир равен среднему между +40 и -10, т.е. +15. Таким образом, каждый отдельный Голубь в популяции, очевидно, существует вполне благополучно.

Цитата №2:

Средний выигрыш для любого индивидуума — будь то Ястреб или Голубь — в стабильной популяции, состоящей на 7/12 из Ястребов и на 5/12 из Голубей, равен 61/4. Но 61/4 гораздо меньше среднего выигрыша для Голубя в популяции из одних Голубей [15]. Если бы только все согласились быть Голубями, то это пошло бы на пользу каждому отдельному индивидууму.

Для тех, кто еще не въехал, поясню: 61:4 = 15.25  
+15.25 - это не "гораздо ниже", а немного выше +15.00
Так что, как говорится - "не сотвори себе кумира". Ибо кумиры тоже могут ошибаться.

[Basileus]

Дмитрий!
Искренне приветствую ваше присоединение к дискуссии. А то здесь дело уже на седьмой круг скоро пойдет...
Я полностью принимаю вашу критику относительно тона дискуссии, заданного мной в первом посте этого топа. Я уже упоминал непосредственные причины этого. Можно сказать, погорячился, не до конца разобравшись в ситуации. Однако долю вины за это я все же оставлю на авторе дискуссионной статьи. Теперь моя позиция несколько иная, изложена она в соседнем топе. И на самом деле, если не обсуждать непосредственно последнюю публикацию Шишкина, означенную в заглавии этого топа, то переместиться лучше туда.
Касательно дихотомии СТЭ/ЭТЭ, насколько я понял, вы полностью разделяете тезис Шишкина-Гродницкого о непримиримости этих конструкций. Однако как справедливо отметил plantago в начале этой ветки, для сопоставления нам понадобятся реперные точки, якоря, от которых можно отталкиваться. Иначе мы будем спорить не об ЭТЭ, которая довольно четко изложена в работах Шмальгаузена, Шишкина и Гродницкого, а будем ломать копья о формулировках СТЭ, что по сути будет уходом от исходной проблематики. plantago предложил две статьи немецких авторов, основанные на подробном анализе историографического материала и представляющиеся мне хорошими реперами: [Reif et al., 2000] и [Kutschera, Niklas, 2004].
Мне кажется, что никакой радикальной непримиримости нет. Есть желание оформить эпигенетическую теорию в роли «новой парадигмы», альтернативной СТЭ. Это явление имеет свои причины, в воздухе витает необходимость «перемен». Но тут важно правильно выбрать направление атаки и правильно расставить акценты. Противопоставление СТЭ/ЭТЭ – это не та линия разлома. Более реальной мне представляется дихотомия между классической и современной молекулярной генетикой. Причем СТЭ была разработана именно на положениях генетики классической, но раннего периода. То есть та самая пресловутая схема жесткой детерминации фенотипа генотипом относится к области первого этапа развития классической генетики и соответственно «примитивной» СТЭ. Эпигенетическая теория венчает классическую генетику и была создана незадолго до молекулярного прорыва. И этот прорыв сыграл забавную роль. Он оттащил внимание исследователей от перенесения концепций эпигенетической теории в СТЭ. То есть СТЭ осталась недоработанной. А осталась она недоработанной потому, что «примитивная» СТЭ просто-таки идеально вписалась в молекулярную генетику. Там ген отождествился с последовательностью ДНК, конкретное осязаемое выражение получили понятия аллелей, полиморфизма, кроссинговера и многое другое. Отсюда и вырастает некоторая обида приверженцев эпигенетической теории, которые остались верны ей несмотря на становление молекулярной парадигмы. Отсюда и рождается желание встать в жесткую оппозицию всему миру.
Только не надо этого делать. Современный ученый, мыслящий в молекулярных терминах, читая статью Шишкина в «Онтогенезе» получает массу отрицательных эмоций исключительно из-за формулировок, содержательное наполнение проходит мимо. Другую тактику избрать было бы гораздо более продуктивно. Противопоставлять надо не СТЭ и ЭТЭ, а классическую и молекулярную парадигмы, и подтягивать СТЭ к уровню классической генетики, оформленному как эпигенетическая теория Шмальгаузена-Уоддингтона.

P.S. Приведенные антиномии «критичного» характера не имеют и пусть и не без труда, но приводятся к унифицированному виду...

P.P.S. А Новый Год уже на носу, а мы все продолжаем наши глубококонцептуальные споры. Ну так и чтож. Тема живо трепещет, значит интересно ее развивать, значит не все еще потеряно... С новыми надеждами смотрим в будущее! Всех с Наступающим!

[Дмитрий Шабанов]

Дмитрий Шабанов - не могли бы Вы, если имеется возможность, дать здесь ссылки на указанные Вами расчеты? С недавнего времени меня очень заинтересовала тема именно расчетов. Думаю, и другим читателям этой темы было бы интересно посмотреть на полный вариант "диллемы Холдейна". Так давайте украсим эту ветку соответствующими ссылками?

Пожалуйста, кидаю ссылки по поводу дилеммы Холдейна. Саму статью (Haldane J. В. S. The cost of natural selection // J. Genet. 1957. Vol. 55. P. 511-524.) можно скачать на http://www.blackwellpublishing.com/ridley/classictexts/haldane2.pdf . Ее самое толковое обсуждение, которое мне известно, принадлежит Гранту. Оно есть тут: http://phys.protres.ru/~mlobanov/grant/g17.html. Когда поискал, что по этому поводу пишут в сети, расстроился: в основном эту тему поднимают креационисты, и при этом, как часто бывает, перевирают ужасно. И правоверные сторонники СТЭ, и креационисты очень бы хотели установить тождество одной довольно-таки догматической теории и всего эволюционного учения, как такового.
В нескольких словах об этой дилемме пишет Назаров:
«Лет через двадцать после своего возникновения селективная теория генетической структуры популяций и микроэволюции столкнулась с рядом трудностей и испытала значительные ограничения. Холдейн [Haldane, 1957] показал математически, что в популяции не может заменяться одновременно свыше 12 генов «более приспособленными» аллелями без того, чтобы ее репродуктивная численность не упала до нуля. Но у организмов тысячи аллелей! И как показал анализ природных популяций, полиморфные популяции отличаются по очень большому их числу. При учете вывода Холдейна — а он остается в силе и поныне [сноска автора: См., например, работы В. А. Ратнера [1977] и Б. М. Медникова [1987]. В гл. 10 будет показано, каким образом, согласно гипотезе Медникова, дилемма Холдейна может быть снята поливалентностью видов] — для реализации таких различий поэтапно потребовалось бы значительно больше времени, чем это в ряде случаев реально наблюдается в природе. Данное затруднение, вошедшее в историю под названием дилеммы Холдейна и многократно возникавшие в связи с различными популяционно-генетическими соображениями, было частично преодолено лишь с созданием М. Кимурой [Kimura, 1968] «нейтралистской» гипотезы, т. е. ценой отказа от идеи исключительно селективной природы популяционных процессов». (Назаров В. И. Учение о макроэволюции: На путях к новому синтезу. — М.: Наука, 1991.- 288 с.). Упомянутая ссылка на Медникова: Медников Б. М. Проблема видообразования и адаптивные нормы // Журн. общ. биологии. 1987. Т. 48, № 1. С. 15-26. К сожалению, ссылки на Ратнера Назаров не дает.

По поводу того, зачем нужен кроссинговер — первая мысль навскидку. Вы знаете, я сейчас пытаюсь разобраться с частичноклональным наследованием у зеленых лягушек (моя и моих коллег статья посерьезнее здесь:  http://www-biology.univer.kharkov.ua/seriesbiology/ukr/3(2006)/abstr_208.htm, а популярная здесь: http://www.macroevolution.narod.ru/shabanov_files/hybrids.pdf). Это гибридогенный комплекс, где межвидовые гибриды клонально (без рекомбинации) передают родительские геномы (сразу по 13 хромосомам) целиком в гаметы. Так вот, для гибридных форм весьма существенным обстоятельством является их вырождение в результате действия «храповика Мюллера» — накопления летальных в гомозиготе мутаций в геномах (и просто хромосомах) которые передаются без рекомбинаций. (Храповик — это такое колесо с загнутыми зубцами, которое может прикручиваться только в одну сторону; так и поломки в геноме при отсутствии рекомбинаций могут только появляться, но не исчезать). Не залазя в детали, скажу, что, по моему предположению, харьковские лягушки, с которыми я вожусь (я работаю в Харьковском университете) нашли способ «откручивать» этот храповик. У триплоидных гибридов (а у нас велика доля триплоидов) между двумя клональными геномами, как можно предполагать, происходит рекомбинация. В результате тот геном, где встречаются «поломки» гибнет, а другой — обновляется. На языке «эгоистичных генов» такие вещи, естественно, не объяснишь, а вот об эволюции генома говорить оказывается возможным. Кроссинговер нужен на организменном уровне, а не на генном!
Хочу обратить внимание, что я, будучи сторонником ЭТЭ, вовсе не собираюсь отрицать существование генов. Кстати, в моделях процессов в лягушачьих популяциях, которые мы сейчас делаем (увы, не сами — грамотность не позволяет — а с математиками) мы принимаем, что шансы на выживание и размножение особи напрямую зависят от ее генотипа, т.е. поступаем в соответствии с рецептами СТЭ. Знаете, почему это работает? Потому, что мы имеем дело с клональными геномами, которые передаются (в общем случае) как единое целое. Здесь не работают ни кошмар Дженкина, ни диллема Холдейна — есть только разные геномы (каждый из 13-ти хромосом и соответствующего количества генов). Вот только платой за это является действие храповика Мюллера (какие названия подобрались!). Думаю, что о выработке адаптаций организменного уровня гибридным лягушкам с клональными геномами мечтать не приходится — система управления развитием нецелостна. У них ведь, даже у диплоидов, два генома функционально различны: один обеспечивает развитие, а второй — элиминацию первого и собственную передачу потомству! Хотя... Надо будет подумать, может ли в такой ситуации идти эпигенетическая эволюция, и нельзя ли ее на этой модели поймать «за хвост». Всего доброго!

[Tinkoff]

Имперор

/Для тех, кто еще не въехал, поясню: 61:4 = 15.25 /


Докинз
«Средний выигрыш для любого индивидуума - будь то Ястреб или Голубь - в стабильной популяции, состоящей на 7/12 из Ястребов и на 5/12 из Голубей, равен 6 1/4. Но 6 1/4 гораздо меньше среднего выигрыша для Голубя в популяции из одних Голубей [15].»


5/12*15= 6.25 (или 6 и 1/4)

Понятно, что 6.25 меньше 15

[Tinkoff]

Дмитрий Шабанов

/Если Вы знаете абсолютную истину, зачем Вы тратите свое время на тех, кто ее не знает?) /

Я ничего не говорил о абсолютной истине, я только сказал что СТЭ доказана.

/Часть аргументов — проекции. Вы (спасибо) отзывались обо мне намного вежливее, чем о Шишкине, но при этом почему-то возуверились, что я — креационист/

Потому, что вы повторяете их аргументы.

/ Да, креационисты повторяют аргументы сторонников иных, чем СТЭ теорий/

Они повторяют не сторонников других теорий, которых они не знают, куда им, а вульгаризированные аргументы из научно-популярной литературы (дарвинисткой).

/ Кстати, хочу оговориться: я уважаю верующих людей, хотя и не готов к ним присоединиться. Но искренняя вера не нуждается в псевдонаучных «подтверждениях». /

Я говорил не о всех верующих, а только части, креационистах.

/ Чтобы сказать всем, что «кошмар Дженкина» снимается СТЭ, /

Кошмар Дженкина, как я уже сказал ранее, приводя Тимирязева, есть не кошмар, а сложность, фиксация нового.

/ Чтобы включить стабилизирующий отбор в СТЭ, его из отбора, повышающего устойчивость проявления адаптивных признаков, превратили во что-то наподобие движущего отбора, направленного в середину. С моей точки зрения, эта подмена, уже вошедшая во множество сводок и учебников (упрек — не Вам!), является примером ловкости рук без всякого мошенства. /

Просто, под одним названием скрывается разные оттенки, причем тут мошенничество?
Отбор, явление многогранное, всякое его деление есть условность.

/ Поясните, только аргументировано. Не просто скажите, что эволюция — медленный процесс, а оцените ее скорость, количество генов, по которым отличаются виды и по которым идет отбор, количество потомков, возможные интенсивности отбора и докажите, что заложенные Р. Фишером, Дж. Холдейном, С. Райтом и другими основы математической теории неверны/

Так зачем вам нужен отбор  по 13 генов и выше?

/ потом объясните, почему за 40 миллионов лет возникло 40 родов и 300 видов хоботных — животных с малочисленными популяциями, низкой плодовитостью и длительным сроком созревания! /

Морфопространство ограничено.  Посмотрите у Гродницкого.

/ Помните разочарование, когда выяснилось, как мало генов у человека и у остальных существ?/

Да, креационисты очень расстроились. Человек то оказывается довольно прост.

/ На самом деле, самый серьезный водораздел между нами, как мне кажется, — это Ваша вера в то, что гены — проект/

В эволюцию верить нельзя, верить можно в Бога.

/ Эти гены — не план, а переключатель, дающий в нужный момент команду на дифференциацию. /

«Оплодотворенное яйцо - это то узкое горлышко, которое в процессе эмбрионального развития расширяется, превращаясь в триллионы клеток взрослого слона. Не имеет никакого значения ни общее число клеток, ни число специализированных клеточных типов, кооперирующихся для выполнения невообразимо сложной задачи обеспечения жизнедеятельности взрослого слона: усилия всех этих клеток направлены на достижение одной конечной цели - образование новых единичных клеток, яйцеклеток и сперматозоидов. Слон не только начинается с одной клетки - оплодотворенного яйца»

НЕВАЖНО, что есть ген, гены.
Есть клетка, в ней, каким-то образом, закодирован организм. НЕВАЖНО КАК.
Хоть с помощью «души».
Если конечно Вы не будете настаивать, что специальный Ангел руководит по карте техпроцесса эмбриональными путями.

/ Вы шутите? Вы не знаете примеров развития без проекта? Организм не делается кем-то, он делает себя сам. Вот, например, Вы. Существует проект, детализующий развитие Вашей психики, Вашего мнения? Или Вы (как личность) меняетесь сами, испытывая разнообразные воздействия (как со стороны Вашей наследственности, так и со стороны среды)? /

см. выше

/ А Четвериков показал, что особи, фенотипически принадлежащие к норме, генетически чрезвычайно различны./

Кто говорил что не нужно ссылаться на генетику 30 годов?

С точки зрения эволюции, само собой будет «Сходство же «результата» и НЕ сходство «проектной информации» противоречит не дарвинизму, а ЭВОЛЮЦИИ вообще.».
Это правило, как бы вам, креационистам не хотелось обратного.

/ что решение СТЭ — единственно возможное (несмотря на все логические затруднения, противоречие фактам, математическую несообразность...) проще/

НЕ сходство «проектной информации» противоречит не дарвинизму, а ЭВОЛЮЦИИ вообще.».

[DNAoidea]

Таким образом, я делаю вывод, что специфического генного механизма доминирования просто не существует? Доминирование происходит лишь на уровне синтезированных белков?

Да, это так, насчсёт кошмара Дженкина в молекулярном исполнеии читал одну статью:
http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/94/15/8058
там речь идёт о том, что кроссинговер повышает количество мутаций - в результате конверсии гена, которая неминуемо происходит при нём, если есть аллели в том месте, где кросинговер произошёл. Но ведь это же и повышает количество гомозигот и по полезным мутациям.
Видимо это, а также то что кроссинговер увеличивает количество комбинаций мутаций и делает его эволюционно оправданным.
Насчёт множества генов, управляющих одним признаком: а почему если их, допустим, 12, то это сводит отбор по аллели на нет? Почему игнорируется возможность того, что в каждом из этих генов может быть мутация, которая "улучшает" этот признак? Это заявление выглядит немного странно, тем более, что пимеров того, что единичная мутация влияет на определённый признак предостаточно (и не обязательно его разрушает). Насчёт хоботных - довод звучит как-то голословно - считать надо тут. В принцыпе нестыковкой СТЭ было бы следующие: если мы выделили ДНК у двух видов, и досаточно точно знаем, когда у них жил общий предок, и посчитаем сколько мутаций имеются между ними и это число будет превосходить максимально возможный для этих организмов темп мутирования (последние опредляется по тому, сколько каждое поколение будет возникать новых мутаций - если слишком много, то "поломки" в результе тех, которые деструктурируют геном будут слишком вероятны). Однако надо брать несколько участков генома - чёрт знает, в нём могут быть горячие пятна мутаций.
а да, Имперор, на описание кросинговера у меня не ссылка, а книга, взял её я с молбиола, а там что-то этой ссылки сейчас не вижу. Сама книга большая - 12 мв и во вложение не влезает.

[Дмитрий Шабанов]

Дмитрий!
Искренне приветствую ваше присоединение к дискуссии. А то здесь дело уже на седьмой круг скоро пойдет...

Только дискуссию Вы сами перетянули в другое место (кстати, с несколько тенденциознім названием): http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=1502 . Отвечаю там.

С точки зрения эволюции, само собой будет «Сходство же «результата» и НЕ сходство «проектной информации» противоречит не дарвинизму, а ЭВОЛЮЦИИ вообще.».
Это правило, как бы вам, креационистам не хотелось обратного.

Вы удивительно чуткий собеседник! И как это Вам удается спорить без каких бы то ни было намеков на обратную связь? Восхищаюсь Вами!

[Tinkoff]

Дмитрий Шабанов

Понятно.
Значит вы считаете
«Специальный Ангел руководит по карте техпроцесса эмбриональными путями»

Но, дело в том, что Ангел существо сверхъестественное, наука же объясняет только естественным образом.
Так что Ваша гипотеза, не научна. Уж извините.

[zK]

Привет, поздравляю всех с наступившим!
Вот я отвалился от праздничного стола - сыт, пьян, носвтабаке. И пока всё семейство повалилось спать, сунул сюда свой носвтабаке.

Первое моё ощущение - ужас. Слушайте, будь вы креационисты или дарвинисты - побойтесь Бога! Прилагайте ваши бесконечные простыни как файлы для скачивания, а на страничку выводите только вершины своих айсбергов. А то один написал войну и мир, другой прокомментировал каждую фразу предыдущего  и добавил свою карамазовщину... Короче надо - сестра таланта все-таки.

Но есть и позитив. Впервые я отрефлексировал вот какую приятность этого форума. В обычной очной жизни всё линейно - есть соратники, а есть противники.
А тут ощущаешь себя элементом таблицы Менделеева, когда в одной теме с кем-то ругаешься по какому-то пункту, а в другой теме - почти по тому же пункту выступаешь с тем оппонентом на одной стороне против третьего. Причем группы и периоды этой таблицы плавают от раза к разу - и не за счет чьей-то беспринципности, а за счет многомерности мировосприятий, которая до интернета была невилима - по крайней мере мне.

Вообще, я давно хотел где-нибудь обозначить следующую мысль. Со школы нас учат, что мировоззрение должно быть целостным. Но с некоторых пор я стал думать, что такого не бывает. Может, конечно, это пагубное влияние новой культуры клипов разного рода. Но по-моему скорее дело в обезьяньей природе человека. Мы же исходно практики палки и веревки! А с точки зрения практика вполне практично заниматься несколькими своими узкими профессиями, а промежутки между ними залеплять всякими поделками - где креационизмом, где СТЭ, где ЭТЭ, где ОТО, где УК.

Ну ладно. Пора кончать хмельные излияния. Надо успеть перед сном запечатлеть в буквенной форме несколько конкретных мыслей. Из-за обширности предшествующих постов я затруднюсь точно сослаться, кому я отвечаю. Кажется в основном ДШ. Итак:
_______________________________________________________

1. Было упоминание о проблемах в СТЭ с генетической детерминацией макроэволюционных признаков.
Ну ведь нет таких признаков. Эволюция, когда делает признак, еще не знает, будет он для Шишкина или любого из нас макроэволюционным или нет.

2. Про то, что дарвинист это тот, кто придерживается взглядов 19 века - я так понимаю, что взглядов самого Дарвина.
А я бы сказал, что так было бы правильно. Да! - не требовалось ему (великому) отличать стабилизирующий отбор как чего-то особенного.

3. Про соотношение количества информации в генотипе и "читающей его зиготе".
Может кто знает калькуляции на этот счет?
Я интуитивно полагаю, что в ДНК все-таки на несколько порядков больше мегабайт, чем в прочей цитоплазме яйцеклетки.

4. Про соотношение количества информации в генотипе и дефинитивном организме и про мультипотентность генотипа.
Тут я предлагаю Азазель сменить термин "проект" на "операционная система". Это не моя идея. Но при таком слововыражении снимается масса наивных вопросов, ассоциированных с жесткостью слова "проект", которое в обыденном смысле приравнивается слову "чертеж". Но не чертеж генотип, а операционная система.

5. Что математический аппарат СТЭ доказал ее несостоятельность.
Ну так у Шишкина нет математической модели вообще. Тогда как можно сравнивать количественную модель СТЭ с БЕСколичественной моделью Шишкина?
Могу предложить следующую альтернативу.
Допустим, мы хотим когда-нибудь построить правильную количественную модель эволюции (надеюсь, мы этого хотим).
Так откуда до этой цели ближе - от математической модели убогого сэра Фишера или от словесности мудрого профессора Шишкина?

6. Про кроссинговер.
В отличие от доминирования, с адаптивным значением кроссинговера я не вижу проблем. Тут сложен механизм, но не смысл.
Смысл рекомбинации раздельных хромосом, я надеюсь, тут всем понятен. (это то же самое перемешивание для существования в потоке энергии, которое я парой страниц раньше иллюстрировал тонущими планктонными водорослями).
Вот.
И можно было бы поместить каждый ген в отдельную хромосому. Тогда они расщеплялись бы совсем независимо. Но с точки зрения естественного отбора то те, то другие гены становится невыгодно расщеплять всегда. Одни лучше расщеплять реже, другие чаще. Как эволюции это сделать?
А соединить в хромосомы, но не жестко, а с кроссинговером.
Это отлично сформулировано у Докинза, хотя и в более скучных хандбуках четко прописано.
Математическая модель кроссинговера не просто есть, а именно она послужила толчком к открытию самого явления кроссинговера Морганом - когда он обнаружил, что при дигибридном скрещивании сцепленность не 100-процентна.

[DNAoidea]

zK, со всем согласен, только вот на это:
l

Я интуитивно полагаю, что в ДНК все-таки на несколько порядков больше мегабайт, чем в прочей цитоплазме яйцеклетки.

могу возразить. Мне кажется, что несколько трудно сравнивать информацию, содержащуюся в цитоплазме и ту, что находится на ДНК - ДНК содержит в себе "слова" то есть гены, организм - это "книга" этих генов, а автор этой книги - это цитоплазма, которая должна взять каждый ген "правильно" и сделать из всего этого нечто удобоваримое. Сформировалась эта самая цитоплазма из предыдущего организма. (Кстати, там очень много, где писать можно: это ведь и цитоскелет, и мембранны, и концентрации в цитозоле) Поэтому сколько там информации в цитоплазме - остаётся только догадываться. А то ведь получается одна довольно странная вещь: допустим, что значимых участков на ДНК 100 млн. пар нуклеотидов, и это ведь только 50 мегабайт - маловато, по-моему - на один диск 10 организмов влезет!

[zK]

Посчитать конечно эту информацию трудно. Но можно подойти с другого конца. Известно же, что до экспрессии (или при удалении ядра) эмбрион многоклеточных животных доходит примерно до гаструлы (точно не помню). Т.е. так называемый читатель сам по себе "весит" в байтах не больше этой гаструлы, а весь остальной "вес" дефинитивного организма набирается из раскрутки "операционной системы" генотипа.

[Дмитрий Шабанов]

Известно же, что до экспрессии (или при удалении ядра) эмбрион многоклеточных животных доходит примерно до гаструлы (точно не помню). Т.е. так называемый читатель сам по себе "весит" в байтах не больше этой гаструлы, а весь остальной "вес" дефинитивного организма набирается из раскрутки "операционной системы" генотипа.

Я отправляюсь куда-то (организм развивается). Адрес записан у меня в записной книжке (переключатели — в геноме). Записная книжка (геном) пропали. Я доехал до необходимой станции метро и остановился (развитие дошло до гаструлы и прекратилось). Значит вся моя сложность и вся информация в моей психике не превосходит по количеству описание маршрута на ту станцию метро, где я остановился (информационное содержание развивающейся системы не выше сложности, необходимой для создания гаструлы).
Конечно, количество информации (значимой!) отличается на порядки, и преобладает позиционная, структурная, конформационная, биохимическая, (полевая?), (еще какая-то?) информация в самой яйцеклетке.

Было упоминание о проблемах в СТЭ с генетической детерминацией макроэволюционных признаков.
Ну ведь нет таких признаков. Эволюция, когда делает признак, еще не знает, будет он для Шишкина или любого из нас макроэволюционным или нет.

Согласен, формулировка не удачна. Я имел в виду, что для макроэволюции важно возникновение новых признаков, а не утери уже имеющихся из-за поломок и не переключения между двумя стабилизированными нормами (как в случае с пресловутым горохом).
Не понимаю, зачем противопоставлять Фишера и Шишкина, выясняя, кто из них круче — по-моему, это детский подход. Один гений создал целую науку, но зашел в тупик. Другой — нашел выход из этого тупика, лежащий в иной плоскости. Зачем решать, кто сильнее - слон или кит?

[Tinkoff]

zK

/Тут я предлагаю Азазель сменить термин "проект" на "операционная система". Это не моя идея. Но при таком слововыражении снимается масса наивных вопросов, ассоциированных с жесткостью слова "проект", которое в обыденном смысле приравнивается слову "чертеж". Но не чертеж генотип, а операционная система. /

Можно подумать что речь идет о рекламной компании.
Речь идет о существе проблемы.
Да, проект, чертеж.


Докинз
«Представим себе громадное здание, где в каждой комнате стоит шкаф, содержащий созданные архитектором чертежи, по которым это здание строилось»
«Чертежи» для человеческого тела составляют 46 томов; у других видов число томов иное. Эти «тома» называются хромосомами.»
«Я воспользуюсь аналогией с чертежами, свободно чередуя язык метафоры со словами, обозначающими реально существующие объекты»
«Но если ДНК действительно представляют собой чертежи для построения организма, то как эти планы реализуются?»



Даже современный ОС, гибкие и динамичные, при серьезных установках, застрагивающий фундамент, так как нельзя (достаточно сложно) менять фундаментальные части, ведь для их замены требуется  полное функционирование системы,  а значит фундамент нельзя менять, требуют перезагрузки.
После которой, система строится заново, начиная с фундамента.


Поэтому неверно представлять себе проект как нечто работающие и функционирующие.
В чем то работающем, сложно или даже невозможно что-то менять.
USB устройства, можно включать при работающем ПК, но остальные шины, требуют обесточивания компьютера. Ибо чревато.


Проектирование и производство, функционирование должны быть четко разделены .

«Эволюция сложных органов такого далеко продвинувшегося в своем развитии вида, как человек или мокрица, от более простых органов их предков происходила постепенно. Однако органы предков не превращались в буквальном смысле в органы потомков. Они не только не делали этого. Я хочу подчеркнуть, что в большинстве случаев они и не могли бы это сделать. Степень изменения, которая может быть достигнута путем прямого превращения, подобно перековке «мечей на орала», ограничена. Действительно, для радикальных изменений необходимо «вернуться к чертежной доске», отказаться от прежнего проекта и начать сызнова. Когда инженеры возвращаются к чертежной доске и создают новый проект, они не обязательно отказываются от идей, лежавших в основе старого проекта. Однако они и не стараются в буквальном смысле превратить прежний физический объект в новый. Прежний объект слишком обременен грузом истории. Возможно, вам удастся перековать мечи на орала, но попробуйте-ка «перековать» турбовинтовой двигатель в ракетный! Это вам не удастся! Вы должны выбросить Турбовинтовой двигатель и вернуться к чертежной доске. »

[Дмитрий Шабанов]

zK
Проектирование и производство, функционирование должны быть четко разделены .

Мы обсуждаем состояние дел в действительности, или мнение отдельного человека, о том, как он конструировал организмы, если бы ему досталась эта роль?
Кто, кому и что должен?
Возьмите любую современную сводку по молекулярной биологии и убедитесь, что геном — не внешний для клетки программый ввод, а ее часть, динамически измеющаяся и перестраиваемая в ходе самого развития. Вспомните и о редактировании генетических текстов в ходе отногенеза, и о их эпигенетической модификации, и о роли конформационных перестроек макромолекул... Не надо застревать на давно пройденном этапе понимания генетики и молекулярной биологии.

[zK]

Дмитрию Шабанову.

1. Я живо представил себе поездку на поезде с потерянным адресом. Теперь Вам осталось совсем немного - доказать, что эта метафора адекватна эмбриональному развитию. Кто строит креод и кто кладет рельсы?

2. Сравнивать возможности слона с китом имеет наипрямейший смысл, когда стоишь перед выбором, на ком из них совершить путешествие из Петербурга в Москву. В данном случае железнодорожная метафора вполне уместна, т.к. выбирая между СТЭ и ЭТЭ мы прикидываем возможности выстроить аккуратную количественную теорию эволюции.

Азазели

Да уж, зря я Вас втравил в рассуждения про ОС. Каюсь - я согрешил, т.к. ввел Вас в искушение писать то, в чем Вы уж совсем ничего не понимаете. Ну при чем тут USB? И умоляю, никогда не употребляйте слово "шина" при программистах кроме как в разговорах об автотранспорте!

___________________________________________

Пару слов всем не про транспорт.

Немножко утрируя, хочу выдвинуть еще одно обвинение в адрес ЭТЭ. Эта теория только прикидывается вариантом дарвинизма, а на самом деле им не является. Объясняю.

1. Для дарвина и СТЭ основой является стремление организмов к неограниченному размножению при ограниченных ресурсах. ЭТЭ свободно обходится без этого - там главной проблемой считается трудность существования вне термодинамического равновесия, а трудность эта имеет место быть и для одиночного организма. Т.е. для ЭТЭ естественный отбор не обязателен. Если снять ограничение по ресурсам, то механизм Дарвина и СТЭ перестанет работать, а механизм ЭТЭ будет продолжать работать - если он вообще есть в природе. Вот и основа для экспериментальной проверки.

2. По ЭТЭ (особенно это видно в концепции стабилизирующего отбора) каждая отдельная особь фактически содержит в себе весь спектр видовой изменчивости. Грубо говоря, клонируя любой отдельный индивид можно получить всю норму реакции вида (поганое понятие). Так что множественность популяции, принципиальная для Естественного отбора по Дарвину и по СТЭ, не имеет для ЭТЭ принципиального значения. И стабилизирующий отбор в понимании СТЭ - не отбор вовсе.