Шишкин М. А. // Онтогенез. 2006. 37: 179-198.

Автор Basileus, декабря 17, 2006, 12:24:18

« назад - далее »

Basileus

Господа. Предлагаю обсудить последнюю публикацию М.А. Шишкина в «Онтогенезе». Мне не слишком импонирует практика обсуждений на этом форуме, когда начинается с одного, потом перескакивает на другое, хорошо еще если без личных разборок. А в итоге все выливается в многостраничные треды, названию мало соответствующие. По мне так лучше отдельные топы по каждому конкретному вопросу, так и отыскать нужное и интересное будет гораздо проще.
Теперь ближе заявленному. У меня только сейчас дошли руки до ознакомления с этим опусом Шишкина. Впечатление не то чтобы нулевое, а как бы даже крайне отрицательное. После таких «трудов» закрадывается сомнение о качестве отечественной периодики вообще и журнала «Онтогенез» в частности. Очевидно, что никакой редактуры этот текст не проходил (возможно, правда, что финальная бумажная версия отличается от той, которую А.Марков выложил на сайте).
Вся статья строится на подмене (если не сказать подлоге) понятий. Читателю навязывается положение о том, что «задачей эволюционной теории <..> является объяснение органической целесообразности», отождествление СТЭ и генетики, а также примитивизация генетики до древней менделевской схемы «один ген – один признак». Вся священная война ведется именно с этой схемой, а не со СТЭ как таковой. Более адекватные современные представления о регулируемом характере онтогенеза, так или иначе детерминированном заложенной программой (со ссылками на Рэффа, Кофмена, 1986 и Гилберта и др., 1997) упоминаются лишь в самом финале как якобы неадекватная попытка «нового синтеза». Между тем с этого надо было начинать.
Собственно декларируемая ЭТЭ никоим образом не описана. Она в статье как бы напрочь отсутствует. Более того – отсутствует и хоть сколько-нибудь конструктивное описание эпигенетики как таковой. Все сводится к заклинаниям типа «системного характера», «как целое» и пр. При этом стандартные подходы клеймятся как «редукционисткие». Складывается впечатление, что никакой ЭТЭ и нет на самом-то деле. Некие новые объяснения только декларируются, никакой конкретики не дано, нет даже ссылок на работы, в которых эти новые объяснения разработаны подробно.
Отдельно хочется сказать об общем уровне работы. Здесь обсуждается традиционная генетика и современные якобы альтернативные ей направления. При этом львиная доля ссылок относится к 20-40-м годам прошлого века. Нуклеиновые кислоты упоминаются в тексте всего 6 раз, а общее обсуждение намеренно ведется на уровне белков и участков хромосом. Что это? Малограмотность автора, застрявшего на довоенном уровне генетики (не верю!), или сознательное нежелание столкнуть проталкиваемую всеми средствами концепцию с современной молекулярной парадигмой? Еще меня позабавила попытка серьезного обсуждения «традиций научного мышления» без минимального набора ссылок на Поппера, Куна и Лакатоса, что сводит весь этот раздел до уровня лирической отсебятины автора.
Каков итог? Меня убеждают в том, что вся теоретическая биология прошлого века шла неправильным путем, не замечаю я этого бревна в глазу исключительно потому, что его вообще принято не замечать, взгляд типа зашорен редукционизьмом-вейсьманизьмом-морганизьмом. Только взамен не предлагается ничего кроме абстрактных заклинаний. При этом сама эпигенетическая концепция выводится за рамки научной рациональности вообще, чего автор не замечает. «Общие свойства системы не имеют прямой корреляции с частными зависимостями внутри нее» – это те самые системные свойства, которые якобы являются панацеей от кризиса. И далее убойный аргумент: «непосредственное наблюдение над биологическими объектами открывает нам только эти конкретные зависимости, доступные для описания в терминах линейной причинности». Для меня это означает, что «системные» свойства ненаблюдаемы, не воспроизводимы со всеми вытекающими...
Тут то ли у меня действительно взгляд зашорен по самое «не хочу», то ли действительно вся эта эпигенетическая белиберда  высосана из пальца, то ли Шишкин ни бельмеса в эпигенетике не смыслит, а суется в рассуждения о судьбах теоретической биологии...

DNAoidea

На меня эта статья произвела точно такое же впечатление:
- во-первых, я думаю, что вся эпигенетика находится в рамках СТЭ и отдялять эпигенетику от генетики бессмысленно хотя бы потому что тогда онтогенез провалится между ними.
- во-вторых, крайне трудно понять чем же являются мтериальные носители того, о чём говорит автор, а также, если даже не материальные носитеи, но какие именно процессы описывает предложенная модель (если это слов вообще уместно) - хоть бы примеры какие-нибуть из реальности привёл бы.
- в-третьих, думаю, что само возникновение пресловутой теории и её противопоставление СТЭ вызвано тем, что просто очень льстит самолюбию создать теорию противопоставляемую такой глыбе как СТЭ, особенно при том, что, что такое таоке ДНК авторы этой теории как будто не понимают...

zK

Дайте пожалуйста ссылку для выхода к этой статье.

Игорь Антонов


DNAoidea

Это вообще что:
Цитата: "Шишкин"Позиция теории по всем этим вопросам однозначно вытекает из отождествления ею менделевских факторов с хромосомными локусами в силу которого мутация рассматривается как акт создания элементарного менделевского различия. А поскольку такое различие должно контролировать пару альтернативных (ал-лельных) наследственных признаков, то мутация приравнивается к появлению нового устойчивого фенотипа.
и далее:
Цитата: "Шишкин"Это означает, что для синтетической теории вопрос об устойчивости нормального фенотипа и реализующего его онтогенеза вообще не является предметом рассмотрения; эффект всякого генетического изменения по определению считается ею наследственным, т. е. устойчивым. Хотя и признается влияние на него внешней и внутренней среды, сам факт его существования в виде особого маркера полагается очевидным и не зависящим от отбора (последний лишь оперирует такими наследственными признаками). Подлинной причиной появления нового признака считается мутация, а не отбор.
:shock:  :shock:  :shock:  :shock:  :shock:  :shock:  :shock:  :shock:
Я бы и больше смайлов поставил...
Но я не понимаю: что есть действительно дев теории СТЭ - одна это которую принимают все, и другая, которую придумал Шишкин???
Это где он такую трактовку мутаций видел???
Просто более, абсурдное извращение теорий я видел только у креаценистов...
И вообще, кто сказал Шишкину, что создать новую теорию - значит опровергнуть старую???

plantago

Очень хорошо, что появился такой топик. Но надо разобраться. Статья Шишкина (и другие его статьи) у нас есть. А СТЭ? На какие современные источники по СТЭ опираются DNAoidea и Basileus? Приведите ссылки, пожалуйста (лучше статьи, а не книги -- доступнее).
С уважением,
plantago

plantago

Немного облегчаю задачу:
вот эта http://www.evolutionsbiologen.de/synthetic_theory.pdf статья подходит как отправная точка дискуссии?
Можно идти сразу на стр. 58 (18-ю страницу файла).
И, думаю, вот эта одна из последних статей Майра:
http://links.jstor.org/sici?sici=0022-2372(199602)77%3A1%3C1%3ATMET%3E2.0.CO%3B2-Z
Но не у всех, наверное, есть доступ. Могу скачать и выложить.
С уважением,
plantago

DNAoidea

СТЭ могу привести в пример две монографии - "fundamentals of molecular evolution" Dan Graur,Wen-Hsiung Li и "Evolutionary biology"Douglas J. Futuyma. Где это в электронном виде - не знаю, сам читал в бумажном.
Или необходимо именно по проблематике? Тогда я пас. Пресловутое несоответствие палеотологических данных положениям СТЭ (т. е. роль мутаций в ходе эволюционного процесса) слишком натянуто и малообосновано. (во всяком случае в изложении Расницына и Шишкина), а положения саммой СТЭ у этих авторов поданы как-то странно...

plantago

Цитируемые Вами книги (лучше все-таки статьи, пожалуйста) не относятся напрямую к источникам по СТЭ, поскольку являются не монографиями, а учебниками. Кроме того, насколько я могу судить, там обсуждается и нейтрализм Кимуры, который к СТЭ не относится. В немецком обзоре по СТЭ  (см. мой пост выше) эти книги не цитируются (хотя вышли раньше).
Впрочем, приведите _конкретные_ положения СТЭ по вышеупомянутым изданиям. Тогда хотя бы появится предмет для спора, которого пока нет.
===
Хотел бы добавить к предыдущему посту, что если уж обсуждать соотвествие или несоответствие с СТЭ, то надо обратиться не только к наиболее заметным и более или менее современным ее последователям (E. Mayr, V. Grant), но и к столь же заметным оппонентам (M. Kimura, S.J.Gould, А.А.Любищев). Вот ссылки на более или менее современные их публикации:
http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/88/14/5969
http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/96/21/11904
http://lub.molbiol.ru/02_12.html
===
2 Basileus: Что есть эпигенетика? Опять-таки прошу источники. Наверное, Вы имеете в виду вот это http://www.nature.com/ng/journal/v33/n3s/full/ng1089.html ? И, просто кстати, K.Popper критиковал СТЭ (см., например, сборник  Evolutionary Theory: Paths into the Future. 1984.)
===
И: нашел даже еще более современный обзор по СТЭ, написанный к столетию Майра: http://www.uni-kassel.de/fb19/plantphysiology/niklas.pdf Они, кстати, цитируют книгу Futuyma (1998), но как пример по нейтрализму :-)))
С уважением,
plantago

Tinkoff

Basileus

/ Все сводится к заклинаниям типа «системного характера», «как целое» и пр./
/ Итак, согласно Комбригу, атеисты должны поддерживать именно РПЦ, бороться вместе с креационистами, с «шарлатанами  и лжеучеными»  биологами-«эволюционистами».
/

Вот именно.

Basileus

plantago, лично я теорию эволюции изучал по известному учебнику Яблокова и Юсуфова. Ну еще могу в качестве источников моих представлений о СТЭ привести литературу по популяционной генетике, из того что есть под рукой – сводка Хедрика.
Спасибо за предложенную ссылку, очень интересно, но тяжеловато на первый взгляд. На изучение этого труда тоже потребуется время  :wink:
Насчет критики СТЭ Поппером – это я в курсе. Но я говорил об общей теории развития научного знания. О том, что без обсуждения концепции Поппера-Куна-Лакатоса серьезное обсуждение этой проблематики вообще сомнительно. Взгляды Поппера на ТЭ я и не обсуждаю...

DNAoidea

Обсуждается, да, но никто не говорил, что нейтральных мутаций не существует, поэтому отделять накопления нейтральных мутаций от эволюции вследствии фиксации мутаций не имеет смысла. Возражения по СТЭ, которые я читал у Расницына, относятся имено к нейтральное теории эволюции.
Пункты СТЭ:
- случайность мутаций
- отбор и фиксация мутаций
- изменение признаков в связи с мутациями или новыми комбинациями признаков.

plantago

Чтобы не было эффекта "ниасилил", предлагаю выжимку из двух упомянутых обзоров
Из: W.-E. Reif, Th. Junker, U. Houfeld. The synthetic theory of evolution: general problems and the German contribution to the synthesis // Theory Biosci. (2000) 119: 41--91
Synthetic theory of evolution accepts:
1.1) Mutations (that are random with respect to the adaptive needs of the organism)
1.2) Selection (restricted largely to the level of the individual) as the main directing force of evolution
1.3) Recombination in sexually reproducing populations
1.4) Isolation
1.5) Drift (random loss of genes from the gene pool in small populations or in populations whose size or geographic distribution changes rapidly)
1.6) Speciation is predominantly allopatric or parapatric
1.7) Evolution is gradual
1.8) Macroevolution ... does not require special mechanisms
1.9) Developmental, historical and constructional constraints ... do not lead to non-adaptive evolution
===
Synthetic theory of evolution rejects:
2.1) Macromutations
2.2) Lamarckian inheritance and Geoffroyan mechanisms
2.3) Progressive evolution as an inherent trend
2.4) Teleology (goal oriented evolution)
2.5) Cyclic evolution (evolution of higher taxa in strict analogy to the life cycle of an individual)
2.6) The autonomous evolution and unfolding of higher taxa
2.7) Orthogenesis (rectilinear evolution and internally driven evolution)
2.8) Autogenesis = autonomous evolution of taxa without interaction with the environment
2.9) Ageing of the genome
2.10) Types as actors in evolution
2.11) Saltations: jumps from an ancestral taxon to a descendant taxon
===
===
Из: U. Kutschera, K. J. Niklas. The modern theory of biological evolution: an expanded synthesis. Review // Naturwissenschaften (2004) 91:255–276
A. The units of evolution are populations of organisms
B. Genetic and phenotypic variability ... [are due] by genetic recombination
C. Natural selection is the most important force that shapes the course of phenotypic evolution
D. Speciation can be defined as a "step of the evolutionary process (at which) forms ... become incapable of interbreeding"
E. The evolutionary transitions in these populations are usually gradual
F. Macroevolution ... is nothing but an extrapolation of microevolution
Плюс приложена картинка.
Таким образом, взгляды DNAoidea включаются в СТЭ, но сама теория шире. Теперь надо выяснить, что, собственно, утверждает Шишкин, что он понимает под СТЭ (что-то другое?) и где его взгляды противоречат пунктам приведенного перечня.
Еще, наверное, придется выяснять, что участники дискуссии понимают под СТЭ (что-то третье?). Надо только от Шишкина не удаляться.
Замечу еще, что схемы "один ген -- один признак" не было даже у Менделя ( http://www.mendelweb.org/Mendel.html )
С уважением,
plantago

zK

Вот я только что прочел обсуждаемую статью М.А. Шишкина. Уже давно его не читал и обнаружил, что это те же самые идеи, которые он проталкивает с незапамятных времен. Мое отношение сугубо негативное. Перечислю только некоторые свежие впечатления.

1) На стр. 188 сказано, что редукционизм, с которым борется Шишкин, является свойством англо-американского мышления. Из этого я делаю нехитрый вывод, что Шишкин считает свою (якобы Шмальгаузеновскую) Эпигенетическую ТЭ своего рода РУССКИМ подходом. Не люблю я этого.

2) На стр. 184 Эпиг.ТЭ представлена как единственная адекватная интерпретация дарвиновского учения. А по мне она вовсе даже АНТИдарвинизм, потому что мне кажется, что сам Дарвин воспринял бы эту целостность как новый кошмар Дженкина. Дарвина же мучило именно смешение кровей в одно целое. А Син.ТЭ спасла положение именно благодаря дискретным наследственным факторам, от которых Шишкин предлагает опять отказаться.

3) Вообще, статья Шишкина - это примерно то же самое, как в век цифровых компьютеров агитировать за возврат к попыткам 30-летней давности строить аналоговые компьютеры. Подумайте - ведь это же форменное скотство строить цифровые компьютеры, базирующиеся на англосаксонских принципах редукционизма!

4) Вообще не верю я в науку без редукционизма. И не поверю Шишкину, пока он вместо отвергаемой им на стр. 192 редукционистской трактовки перехода от многоножек к насекомым не предложит что-то этакое эпигенетическое, но не на философском уровне, а конкретно.

5) По-моему, Шишкин как-то идеологизированно понимает слова "норма реакции", хотя они имеют абсолютно холодный и точный смысл в мат-стат'е

6) Шишкин все время борется против "линейно-каузальности". Но вот уж это-то он точно приписывает Синт.ТЭ без всяких оснований. Никакой линейности там не требуется. Достаточно, чтобы каждый конкретный ген имел хоть какую-то проекцию на фенотип.

7) И не надо нам рассказывать, что менделирование каждого конкретного признака - это отдельное достижение эволюции. С тех пор как сфрмировался хромосомный аппарат, менделирование - есть тип наследования ПО УМОЛЧАНИЮ. А вот отклонения от него - да - требуют специальных ухищрений со стороны эволюции.

DNAoidea

Цитата: "plantago"
Таким образом, взгляды DNAoidea включаются в СТЭ, но сама теория шире.
За что? А, наверное потому что у меня было всего три пункта, а тут больше. Но я просто написал три, которые кажутся мне наиболее важными - так сказать "краеугольные".
А так вообще я считаю, что не суть важно что именно передаёт информацию, главное, что сбои в этом случайны. То есть изменения могут носить (в принцыпе) и эпигенетический характер, но это ни как не противоречит СТЭ - с какой стати? Ведь по большому счёту речь идёт только о носителе. Хотя, последнее не совсем так. Также, "макромутации" тоже никак не противоречат СТЭ и также в некоторых случаях (полиплдия, например), образования нового вида (то есть репродуктивно изолированной группы особей) может быть и скачкаобразным.
Цитата: "plantago"
Теперь надо выяснить, что, собственно, утверждает Шишкин, что он понимает под СТЭ (что-то другое?)  
Лично у меня создалось впечатление, что он хочет сказать, что основной момент макроэволюции (не люблю этот термин) - это изменение путей онтогенеза, который вроде как бы происходит путём перемещения пути развития из одной "долины" в другую. В этом утверждение самом по себе никакого противоречия СТЭ нет.
Однако, Шишкин пишет так расплывчато, что понять что он хочет сказать тяжело, поэтому вполне может быть, что он утверждал нечто совсем иное.