Транспозоны

[DNAoidea]

Ой, ну честно - это даже не статья в Nature...
Интрон второго типа, кодирующий обратную транскптазу? Посокльку этот фермент нужен для ретротранспозонов, то это, видимо, ретротранспозон и есть.

[Питер]

Интрон  типа II - ретротранспозон. Но с  другой  стороны  наличие   в  составе  ретротранспозона  ревертазы - не  обязательное условие, Alu    повторы, большинство LINE    повторов  ревертазу  не  кодируют.  Да  и   эндогенные  ретровирусы  также  часто  не  содержат нормальной ORF   для   ревертазы

[feralis]

Александр спасибо за сслылку на Свободу я там давно небыл
кстати вы смотрели мои файлы ?
Там что-то о обратимых и прямых повторах не знаю как вам а я считаю что это ответ на вашу загадку
Посмотрите на рисунки внимательно
кстати не верю что вы не знали правильный ответ
Само название ПРЯМОЙ уже говарит что знали
Кстати в каком номере журнала статья Кунина?У нас явно разные источники информации

Я спрашивал о появлении новых генов разумея все гены в т ч и спящие
Хотя ответ и интересен мне всеж интересно узнать не просто о выключении-включении а о полном вырезании из генома
или появлении новых генов пусть и неработающих

Питер
Вы самый строгий из моих собеседников
Но думаю что если я в деталях вам все опишу то и ответ будет очевиден
Вы мне напоминаете одного профессора который непрерывно повторял
-Неточность та же ошибка вот и ищите где вы ошиблись
Немногому он меня научил разве что самому все самому

[Марков Александр]

Sorry, давно сюда не заглядывал - завалили работой.
Большое спасибо всем за ответы etc.

feralis, ваши файлы я несколько раз пытался посмотреть - почему то не открываются.

кстати не верю что вы не знали правильный ответ
Само название ПРЯМОЙ уже говарит что знали

Что-то я не понял вашего намека. Не знал я ответа. Сейчас уже стало чуть яснее.

По-моему, так:
Палиндромные последовательности (в частности инвертированные концевые повторы МГЭ) могут быть нужны, в частности, вот для чего: для прикрепления двух белков, в определенной ориентации симметрично, с последующим их соединением (гомодимеризацией).
У транспозаз есть домен Leucine zipper, он как раз и используется для димеризации, два белка "состегиваются" этой лейциновой "молнией".
То есть по одной транспозазе присоединяется к каждому концу, потом они сближаются и "состегиваются".

Ну, как многие, наверное, догадались, у меня все эти вопросмы неспроста возникли: есть одна идейка, высказывать пока не хотелось бы, т.к. все еще слишком зыбко. Но вдруг подтвердится?

В  связи с этим у меня вопрос к микробиологу sss (и, конечно, ко всем, кто может быть в курсе). Где взять дайные по сайтам связывания прокариотических регуляторов транскрипции? Существуют ли такие данные вообще? Вот по эукариотическим транскрипционным факторам есть отличная БД Transfac, made in Novosibirsk by Kolchanov and Co, и другие источники есть, информация доступна. А по прокариотам?? Там, конечно, с транскрипционными факторами негусто (по сравнению с эукариотами), но все-таки немножко есть.

И еще вопрос: посоветуйте какие-нибудь хорошие программы для поиска палиндромов в геномах.

[sss]

В  связи с этим у меня вопрос к микробиологу sss (и, конечно, ко всем, кто может быть в курсе). Где взять дайные по сайтам связывания прокариотических регуляторов транскрипции? Существуют ли такие данные вообще?

Так сразу сказать не смогу, sorry. Надо проконсультироваться у коллег, которые занимаются генетикой микроорганизмов. Смогу связаться с ними не раньше, чем завтра-послезавтра. Может, кто из присутствующих тут молекулярщиков раньше ответит?

[Питер]

http://prodoric.tu-bs.de
БД   по  транскрипции  у  прокариот

http://elmo.ims.u-tokyo.ac.jp/dbtbs/
То же по B. subtilis

http://www.eez.csic.es/arac-xyls/

Транс  факторы   типа  helix-loop-helix

Удачи.

[Марков Александр]

Питер, спасибо огромное!

Выходит, у прокариот сайты связывания транскрипционных факторов такие же дурацкие, как у эукариот. Интересно, как транскрипционные факторы ухитряются не промахнуться мимо своего сайта, если распознаваемые ими последовательности нуклеотидов настолько коротки и "расплывчаты", т.е. допускают множество вариаций?

Посмотрим, например, сайты, к которым присоединяется белок CcpA у Bacillus subtilis
( http://prodoric.tu-bs.de/matrix.php?matrix_acc=MX000022 )

Видно, что этот белок "узнаёт" следующие последовательности:
TGAAAGCG
TGAAAACG
TGAATTCG
TGGAAGCG
TGTAAACG
TGTAAGCG
AGAAAGCG
TGACACCG

И как он, скажите на милость, ухитряется не промахнуться? Белок распознает некий довольно нечеткий паттерн, но ведь "подходящие" участки в геноме встречаются, можно сказать, на каждом шагу.

И у эукариот то же самое.

[sss]

Да, интересно. Получается, белок работает по маске ?G????CG.

[sss]

А если с учетом числа водородных связей - то 2G??2?CG

[Марков Александр]

Они все такие, sss. И у про-, и у эукариот. В них просто недостаточно информации, чтобы обеспечить присоединение ТФ именно в нужном месте, а не в 1000 других похожих, рассеянных по геному. Вот я и думаю - как ТФ все-таки находят правильные места? Где спрятана недостающая информация?

[Марков Александр]

А если с учетом числа водородных связей - то 2G??2?CG

А можно сказать и так. Есть "базовая последовательность" TGAAAGCG, причем второй, седьмой и восьмой нуклеотиды не могут изменяться, а в остальных шести позициях допускается в сумме не более двух отличий от базовой последовательности.

Но все равно, такие участки в геноме попадаются слишком часто. Казалось бы, такая важная вещь - регуляция генов, и следовало бы как-то поконкретнее указывать места, где должны присоединяться регуляторы, чтобы избежать ошибок.

[DNAoidea]

А Pfam по этому белку выдаёт, что это димер, а указанная последовательность не палиндром и не тандем, значит она ля одного мономера. А белок цепляется там, где такие последовательости две вместе, навернео поэтому и не ошибается.

[Питер]

Тут не  самый  плохой   консенсус  - бывают  и  хуже.  По-моему,  это  как  раз  имеет смысл. Во-первых,  при  жестком  консенсусе    любая  мутация в  сайте  буде  снимать  регуляцию  через   транс-фактор. При  мягком  такого  не  будет.  Во-вторых,  разные  сайты с  разным  сиквенсом  скорее всегго  имеют  разный аффинитет к  ТФ - и  тем  самым  один  и  тот же  ТФ   по-разному  регулирует  экспрессию   группы  генов. Что  тоже  может  быть  важно    для  организма в  целом.

[Комбинатор]

Тут не  самый  плохой   консенсус  - бывают  и  хуже.  По-моему,  это  как  раз  имеет смысл. Во-первых,  при  жестком  консенсусе    любая  мутация в  сайте  буде  снимать  регуляцию  через   транс-фактор. При  мягком  такого  не  будет.  Во-вторых,  разные  сайты с  разным  сиквенсом  скорее всегго  имеют  разный аффинитет к  ТФ - и  тем  самым  один  и  тот же  ТФ   по-разному  регулирует  экспрессию   группы  генов. Что  тоже  может  быть  важно    для  организма в  целом.

Я тоже так думаю. Кстати, все подварианты отличаются от "базового" TGAAAGCG не более, чем по двум позициям из восьми.