Транспозоны

[feralis]

нУ ВОТ МОИ ПЯТЬ КОПЕЕК
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=3283&hl=Введите++ключевые++слова

а ВОТ ПРО 45 ПРОЦЕНТОВ

Transposon, Заглушающийся в тонкой строке микроба Caenorhabditis естественно RNAi
Titia Sijen, H Ronald. A. Plasterk

ИТОГ: Элементы Transposable - протягивается ДНК, которое может переместить и умножаться в пределах генома организма. Тонкий геном Caenorhabditis содержит кратное Tc1

КОНТЕКСТ: ...transposable элементов; например, 45% человеческого генома состоит из остатков transposon последовательности, поскольку 2% кодирует белок. Transposon последовательности включают 12% Коэффициент насыщения кирпича. тонкий геном; нескольких ДНК transposons, Tc1...

Природа 426, 310 - 314 Писем (20 Нояб. 2003) к Редактору

И ЕШЕ

ИТОГ: Хромосома 6 - метацентрическая хромосома, которая составляет около 6% человеческого генома. Готовая последовательность включает 166,880,988 комплементарных пар оснований нуклеиновых кислот, представляя самый большой

КОНТЕКСТ: ...пейзаж, обеспечивающий описанную подробно .детальный 'ископаемую запись' хромосомы. Содержимое повторения хромосомы 6 - 43.95%. Transposon-произошедшее повторения как например, длинные interspersed элементы (ЛИНИИ), перемычка interspersed элементы (СИНУСЫ), долго (длиной)...

Природа 425, 805 - 811 Статей (23 Окт. 2003)

ЕЩЕ
КОНТЕКСТ: ...Поскольку только 37.5% генома мыши признаны в качестве transposon-произойденное (Таблица 5), это искушает решать, что меньший размер генома мыши является следствием более низкого transposon деятельность с тех пор как расхождение человеческого и...

Природа 420, 520 - 562 (05 Дек. 2002) Геном Мыши


НАСЧЕТ РЕТРОВИРУСОВ Я ПРОЧЕЛ В ГЕНАХ И ГЕНОМАХ
сИНГЕР И БЕРГ

дА КСТАТИ ЕСЛИ ЧТО В ТОЙ КНИГЕ И УСТАРЕЛО ТАК ПЕРЕЧИСЛИТЕ

[DNAoidea]

Марков Александр
Действительно, к чему бы подобная симметрия, если она не востребована? То есть функция должна быть - раз такое существует. Кстати, это не принемает участие в процессе встраивания транспозона в хромосому?
Конечно, если говорить о транспозонах вообще - эти участки могут менять, скажем форму укладки петель хроматина, что может иметь значение для экспрессии генов. Интересно было бы посомтреть на вольбахию в каждом хозяине: там транспозоны будут рассполагаться по геному одинаково или нет? Но всё же думаю, что транспозоны не появились для этого: просто организмы научились их таким образом использовать и множество и их прыжки не случайны, но и не строгу управляемы. Думаю так, утверждать не берусь.
Фералис: оказывается у мышей не на столько уж и меньше транспозонов.

[feralis]

Берг полагает что ретротрансбозоны и ретровирусы имеют общего предка веть по сути ретротрансбозон отличается лишь неинфекционностью т е он передается лишь по вертикали те Менделю
почитал сейчас как бактериофаг работает с кишечной палочкой а поведение его как и транспозонов
Словом встраивается покуда геному бактерии кранты не приходит тогда фаг вырезается вместе
с фланкирующими частями днк и упаковывается
Вам трем мудрецам может все это и неинтересно
Да Питер
ретратрансбозоны класса 1 центральный сегмент кодирует обратную транскриптазу и окружен длинными концевыми повторами а на одном из концов{трансбозона} короткие инвертированые повторы
Извините за цитаты вы веть просто хотели проверить не держу ли я источник перед собой
вообще у Берга тут все мобильные элементы как я понял зовутся трансбозонами и далее уже идет классификация
питер к вам вопрос
Может ли трансбозон переносить гены ну хотя б у прокариот
я выписал два тома прокариот но покуда они еще до меня дойдут так что пожалуста ответте

DNAoidea
У вас же есть эта книга
я о Сингер и Берг говарю
Так какие новации ?Веть 10 лет прошло

Александр
Кратко Берг разделяет мобильные элементы на трансбозирующие . ретратрансбозоны двух типов и ретрагены
но говарит и о др но кратко например о FB-элементах дрозофиллы
Их встраивание вызывает мутации а вырезание реверсию к дикому типу
вообще о работе трансбозонов много писано тут
Но стоит ли цитировать вам о фланкировании и дупликации .экспрессии и амплификации генов
мне это вновинку

Ян меклевский
вы верно заметили что я из силовиков
я в СС служил/не путать с SS/так что коды для меня работа но о том молчок
мне б о вырождености кода ассемблера поговарить собственно генетика меня с этой стороны и интересует

[DNAoidea]

Новации в этом деле есть, но не принципиальные. Суть не переписывали заново.

[Марков Александр]

Марков Александр
Действительно, к чему бы подобная симметрия, если она не востребована? То есть функция должна быть - раз такое существует. Кстати, это не принемает участие в процессе встраивания транспозона в хромосому?

Не знаю, хотелось бы узнать.

Конечно, если говорить о транспозонах вообще - эти участки могут менять, скажем форму укладки петель хроматина, что может иметь значение для экспрессии генов.

Вот это, по-видимому, очень важный механизм. Кое-что об этом и о других механизмах влияния транспозонов на экспрессию генов говорится на форуме molbiol (см. ссылку, приведенную feralis). Вообще то, что перемещения транспозонов сильно влияют на экспрессию генов, это хорошо известно. См.: http://www-is.biotoul.fr/is/IS_infos/is_general.html#Control_of_neighboring_gene_expression

Что касается функции обращенных концевых повторов, то смысл их может быть в том, что ТРАНСКРИПТ будет образовывать благодаря им устойчивую структуру, т.е. транспозон будет складываться в "петлю с ножкой" на стадии РНК. Подобные вещи, похоже, действительно происходят, по крайней мере в некоторых случаях.

Интересно было бы посомтреть на вольбахию в каждом хозяине: там транспозоны будут рассполагаться по геному одинаково или нет?

Конечно, они располагаются по-разному. В мои ближайшие планы входит - попытаться найти закономерность в распределении транспозонов по геному, правда не у вольбахии, а у риккетсий разных видов. Хочу проверить, с одинаковой ли частотой попадаются транспозоны в окрестнестях генов с разной функцией. Например, не чаще ли они встречаются около генов, важных для адаптации к конкретному хозяину?

Но всё же думаю, что транспозоны не появились для этого: просто организмы научились их таким образом использовать и их прыжки не случайны, но и не строгу управляемы.

Я тоже так думаю.

Между прочим, сейчас вполне серьезно обсуждается гипотеза о том, что ИНТРОНЫ эукариот по происхождению являются прирученными мобильными элементами. (William Martin & Eugene V. Koonin. Introns and the origin of nucleus–cytosol compartmentalization // Nature. 2006. V. 440. P. 41-45)

Идея, собственно, такая.
В период становления эукариот шел интенсивный обмен генами, "центральный" (ядерный) геном инкорпорировал в себя кучу чужих генов - от внутриклеточных симбионтов - будущих митохондрий - и не только от них. Он должен был в процессе нахватать жуткое количество всякой заразы (мобильных элементов всех мастей). Их надо было срочно приручать и как-то организовывать. Часть из них превратилась в интроны; многие сохранили свою идентичность - остались мобильными элементами, а другие могли стать еще чем-то. Например, специализированными регуляторными последовательностями, чьей основной функцией стала регуляция экспрессии соседних генов. Они могли утратить мобильность при этом, а гены транспозаз могли потеряться или переместиться в другое место, и даже сменить функцию.

Может ли трансбозон переносить гены ну хотя б у прокариот

Могут, это хорошо известно. Например, известны транспозоны, включившие в себя ген, обеспечивающий устойчивость к какому-либо антибиотику (ген какого-то очередного варианта бета-лактамазы). Понятно, что такой транспозон, помогая выжить  своему хозяину (бактерии), получает большое преимущество и быстро распространяется.

Как транспозон может включить в себя какие-то дополнительные гены, чтобы потом их переносить вместе с собой? Очень просто: если две одинаковых копии IS окажутся в геноме рядом, то они могут потом переноситься вместе, как целое, прихватывая с собой все, что заключено между ними. У всей этой конструкции будут на концах обращенные повторы, как и положено.

[Питер]

Все-таки  все  повторы  на  концах  транспозонов  нужны  для  точного вырезания\встраивания. Тонкости (у  кого есть  вн\утренние  повторы, у  кого  нет,  длина  повторов,  степень  гомологии)  оличаются  у  разных  транспозонов  и  разных  видов  -   но  это  не суть важно.

А  что  такое "закономерность  распределения  транспозонв  по  геному"  у  ВИДА ?   С учетом  предполагаемой высокой  частоты  транспозиций  - сколько  планируется     оценивать  особей внутри  вида  для  для  оценки  такого   распределения ?

[DNAoidea]

"закономерность распределения транспозонв по геному"
Это думаю участки более богатыми транспозонами и менее - то есть, елси говорить о динамике - видимо существуют участки, куда транспозоны встраиваются с большей или меньшей вероятностью (ну и соответсвенно покидают). елси это дело разобрать, а ещё и сравнить у разных ораганизмов, то может быть получатся очень интересные вещи.

[Питер]

Наверняка  такое есть  -   просто   встраивание   будет  идти с  разной  частотой  в участки с  разным  АТ\ГЦ  составом.  
Но  вопрос  именно  о  виде   интересен    с  точки  зрения  оценки  того, что  твориться в  виде. По  крайней  мере  у человека  поздние  инсерции Alu - вещь  редкая  и  по всему  случайная.

[DNAoidea]

А почему состав разный? что поддерживает это? С какой целью? И я говорил  оразных, но близках видах поскольку это может указывать на механизм эволюции с помощью этого - то есть изменения частот встраивани-выстраивания.
А если будут отклонения от АТ\ГЦ , надо же будет искать другие механизмы...

[feralis]

про вырезание мобильного элемента почитал
как я понял оно обычно чисто и исправляет мутации но главное управляется геномом хозяина
Иногда остается инверсионный след
словом все происходящее с трансбозонами управляемо
а ретротраснсбозоны отличаются от вирусов отсутствием  возможности кодировать оболочку прочее как тут Сингер пишет один к одному

Александр
вы пишете о приручении мобильных элементов
А чем они были до приручения ?
как я понял это были вирусы
В митохондриях дрожжей не более генов чем у человека хотя размер генома 80 тыс пар
А все из за интронов которые ведут себя как транспрозоны причем у одних штампов они есть а в др штампе вида в томже гене их нет
Как вы там собираетесь что-то анализировать вам виднее но надеюсь сообщите тут о результатах

Берг прямо пишет что Р-элементы дрозофиллы можно использовать как векторы для любого гена
Он же говарит о появлении в геноме Р-элемента как возможности получения репродуктивной изоляции популяции мух
Вот вам и связь трансбозонов с эволюцией хотя сам же замечает что никаких селективных преимуществ этот элемент не дает в сравнеии с популяцией без него
Куда я клоню?
Думаю лет через 10 появится регуляторная инженерия и причем реальны станут виды созданные искуственно
Встраивание мобильного элемента в кодирующий или регулирующий участок часто приводит к экспрессии\репрессии но обычно результаты сложнее в т ч может запустить работу молчавшего гена рядом
и тд и тп
Ну ладно все это изучается
У меня вопрос
разница между человеком и шимпанзе лишь в мутациях в генах и возможно всех этих амплификациях и экспрессиях но назовите мне ближайший по родству организм где обнаружены
именно гены которых у человека нет?

Если транспозоны произошли от вирусов и стали своеобразными геномными подобиями клеточных органелл то факт наличия их в митохондриях органелл указывает что
было время когда либо сами органеллы поражались вирусами либо это было когда они были свободноживущими клетками
А перенесение части генов в ядро лишило возможности поражения вирусами органелл

[DNAoidea]

"Если транспозоны произошли от вирусов "
Думаю, что логичнее предпоожить наоборот - вирусы, поскольку облигатные внутриклеточные паразиты, то обязаны произойти из клеток и транспозоны - наилучшие кандидаты на их предка, хотя конечно транспозоны могли превращаться в вирусы много раз и наоборот, то есть тут, думаю, существует постоянная миграция элементов.
"У меня вопрос
разница между человеком и шимпанзе лишь в мутациях в генах и возможно всех этих амплификациях и экспрессиях но назовите мне ближайший по родству организм где обнаружены
именно гены которых у человека нет? "
Несколько трудно ответить на этот вопрос - для этого нужно взять пробы с каждого гена и проверять гибридизацию их с геномами других организмов. Не думаю, что кто-то делал это инменно чтобы выяснить у кого же есть гены, которых нет у нас. Нудно это.

[feralis]

Так как эта тема вызвала интерес других посетителей форума то решил я что не будет вреда
если я подвешу несколько снимков страниц книги апостолов этой интересной темы в генетике
Сингера и Берга
страници эти поясняют некоторые моменты дискуссии
Надеюсь модератор и Питер меня не заругают за засорение их страниц

[feralis]

советую смотреть снимки  в XnView
он бесплатный

[Питер]

Кто  о чем, а я все  о  том же  -   о терминологии.  Фералис,   ну  давайте  не  булем  говорить  о  транспозонах вообще.  Потому как они  слишком  разные  по  происхождению,  эволюции  и  возможным  функциям.  Давайте всегда   говорить точно,  о  чем  речь.  Ибо классические  транспозоны встречаются   далеко  не у всех  видов  живых существ. также как  и   ретротранспозоны встречаются   далеко  не  всюду.  Поэтому  нет  общего  ответа  на  вопрос, как  возникли  транспозоны вообще. Или  что  возникло  из  транспозонов  вообще.
Кстати, не  воспринимайте  статью  Кунина в Nature как  истину. Это  -  гипотеза,  очень  остроумная.  Но  "за" там маловато  данных.  Как впрочем  и "против".

[Марков Александр]

назовите мне ближайший по родству организм где обнаружены
именно гены которых у человека нет?

Шимпанзе, конечно.
Вот заметка о генах, которые у шимпанзе работают, а у человека отключились (превратились в псевдогены, вышли из строя):
http://www.svobodanews.ru/Article/2006/02/26/20060226155807937.html


Вот у прокариот есть интроны типа II, которые обладают мобильностью, кодируют обратную транскриптазу. Можно ли их называть ретротранспозонами или они принципиально отличаются от эукариотических ретротранспозонов?
И какие еще есть типы интронов у прокариот, и обладают ли они тоже мобильностью?