Виды, созданные Искусственным Отбором

[zK]

Эй, ну что вы все навалились на бедного feralis'а?

Вот ужо он сейчас ответит: вначале расскажет какой-нибудь бородатый анекдот из личной жизни, а потом выложит дюжину JPG для скачивания по 200 кило каждый!

Кстати, я никак не пойму, что у всех за манера выкладывать тексты в виде JPG. Для подобных изображений существует формат GIF. И качество будет лучше, и размер меньше. А компрессор JPG создан для полутоновых картинок типа фотографий.

[zK]

Вопрос-то я ставил другой: как бы прикинуть, какого типа и размера получаются искажения в "кластеризации" организмов на виды - при самом-самом добросовестном использовании реально доступных биологам средств?

А в опросе про кластеризацию я не понял: искажения в чём?

Пардон, забыл оперативно ответить. Теперь с запозданием поясняю.
Вот, значит, выросло за много-много лет эволюционное древо. Но не в форме простого какого-нибудь тополя, внутри которого сосудистые пучки (а для нас это будут генеалогии отдельных особей) в основном просто дихотомически ветвятся, а в форме к примеру жедлезного дерева. Я был однажды в лесу железных деревьев - так там все соседние деревья сращены друг с другом стволами и ветвями - прямо в тех местах, где они случайно соприкоснулись. То бишь анастомозы получаются - как и рисовал Добржанский.
Прилагаю его классическую картинку, которой почему-то в и-нете не найти, а также аналогичную картинку из Иорданского, и еще одну из и-нета, показывающую анастомоз между царствами за счет симбиотического образования митохондрий и пластид. Ее я привожу просто потому что она мне нравится, а еще для feralis'а в связи с его вопросом: "Может поясните насчет прокариотических органелл?" И еще я привожу эти картинки как пример явной выгоды формата GIF по сравнению с JPG для контрастной графики и текстов (конвертацию из фотографий JPG легко осуществить в любой графической программе) - это я опять же feralis'у адресуюсь.

Ну ладно... Имеется в Природе такое вот какое-то запутанное эволюционное древо. И если бы оно нам было явлено во всей его полноте, то мы кластерным анализом гипотетически могли бы все его хитросплетения худо-будно для себя расклассифицировать - где такие-то ветки уже точно разошлиись, а где - еще не совсем. Понятно, что у ученых были бы на этот счет разногласия, но главное я вижу в другом, а именно в том, что в реальности мы таким древом не располагаем.

А располагаем мы всего-навсего его нынешним срезом толщиной в 200-300 лет, да еще отрывочными срезами из прошлого, которые нарыли палеонтологи. Но и нынешний срез мы знаем весьма отрывочно (по музейным коллекциям, которые все равно малы относительно всеобщей численности организмов) и неравномерно (для одних организмов изучено одно, для других - другое). Встает вопрос - какого рода стандартные ошибки мы будем допускать, пытаясь реконструировать по этим жалким данным истинное эволюционное древо?

Воспользуюсь технической аналогией. Допустим, я ботаник, сделал срез реального растения и сунул его под очень поганый микроскоп. У любой оптической системы есть специфические искажения - всякий там плохой фокус и радуга по краям, аберрация бочка/подушка и т.п. И на эти искажения при необходимости делается поправка путем построения соответствующих профилей, характеризующих данную конкретную оптику. Например сейчас даже для бытовых цифровых мыльниц имеется софт с оптическими профилями самых разных мыльниц, позволяющими скомпенсировать грубые искажения.

Вот и эволюционистам не худо было бы вооружиться подобным профилем, чтобы определять, какие искажения доступные методы изучения вносят в реконструкцию. Например, я бы сказал, что их "микроскоп" не то чтобы показывает все размыто или криво, а то ли слишком контрастно, то ли со слишком большим шумом, то ли с каким-то непонятным астигматизмом что ли? Но что-то я не замечал, чтобы кто-то пытался подобный профиль построить - хотя бы для главных искажений. А иначе трудно определить добротность и достоверность конкретных эволюционных построений.

[DNAoidea]

feralis, так этот самый том БЭС, откуда вы брали статьи у меня на полке стоит! И купил я его тут, в Израиле в 98 году, когда и приехал. Вообще эту книгу уважаю.
А одичание - ну это ещё вопрос где это сугубо заброшенность, а где возврат к дикой природе, ну лошади в Америке одичали, попав, конечно, не в антропогенные ландшафты, но с другой стороны исконно диких лошадей там не было, следовательно с этой стороны не было конкурентов, а вот ту, в Израиле бездомных кошек тьма тьмущая - это, конечно, заброшеннсть, но есть и дикие (на Кармеле есть) и иногда дикие кошки приходят кормится к людям, а порой домашние, правда, реже уходят в лес как дикие. Так что никаких чётких границ тут нет и, наверное, быть не может.
Заражение органеллы вирусом, теоретически возможно, но едва ли, а если речь идёт о митохондриях животных - то вообще едва ли - дело в том, что органеллы вещь очень специализированная на выполнении строго опредлённых функций, особенно митохондрии и кроме этого делать практически ничего не умеют, да и среда внутри митохондрии - упаси боже, так что это должен быть вирус, специализировавшийся именно на органеллах, про таких я не слышал. Но даже если такие и есть, то оставить кусок своей ДНК в органелле вирусу будет намного труднее, чем сделать тоже в ядре клетки - геномы органелл очень компактные и вынь оттуда самый маленький кусок - и органелла скорее всего погибнет. И всё-таки ни разу не встречал никаких упоминаний про интроны в органеллах - если они там всё же есть, то, скорее всего - это действительно перенос, может даже целого гена из ядра в органеллу. То есть в митохондриях у животных интронов нет точно, а у растений геномы органелл вообще побольше и изучены, наверное, похуже... А что такое прокариотические органеллы, которых я ещё и упоминал???
Далее, на счёт дерева: единственная возможность переплетения ветвей может быть горизонтальный перенос генов, однако насколько велика роль этого в эволюции пока толком не известно: про эукариот приходилось слышать мнения, что так этого совсем не бывает, хотя мнения, мягко говоря, были необоснованы. Искажения в картинке, которую мы видим и которая есть на самом деле- тут довольно сложно конкретно как-то оценить, в отличие от фотоаппарата, поскольку в случае с ним мы можем сравнить с тем, что мы видим, а тут с чем? Можно, конечно, сравнивать результаты разных методов, но ведь не узнать какой из самый правильный? Хотя кое-чего достигнть тут можно...

[zK]

А что такое прокариотические органеллы, которых я ещё и упоминал???

Это, как я понимаю, Вы обмолвились про без-интронный геном органелл в духе теории их симбиотического происхождения. А feralis и зацепился.

единственная возможность переплетения ветвей может быть горизонтальный перенос генов, однако насколько велика роль этого в эволюции пока толком не известно: про эукариот приходилось слышать мнения, что так этого совсем не бывает, хотя мнения, мягко говоря, были необоснованы.

Нет - переплетение ветвей - это любое гибридное происхождение видов (например зубробизон - если признавать его видом). Конечно, в широком смысле и это можно назвать горизонтальным переносом.

Искажения в картинке, которую мы видим и которая есть на самом деле- тут довольно сложно конкретно как-то оценить, в отличие от фотоаппарата, поскольку в случае с ним мы можем сравнить с тем, что мы видим, а тут с чем? Можно, конечно, сравнивать результаты разных методов, но ведь не узнать какой из самый правильный? Хотя кое-чего достигнть тут можно...

Есть другой способ - компьютерное моделирование. То есть строим более-менее полную компьютерную модель, а потом подходим к ее результатам с привычными убогими "фильтрами". И сравниваем "истинный" результат с "фильтрованным".

[DNAoidea]

В смысле пишем алгоритм, вкладываем в него известные нам параметры о биосфере и запускаем, а потом смотрим что выдет? Теоретически, конечно, возможно, может даже кто-то что-то похожее и делает, но вот заложить параметры так, чтобы они хотя бы претендовали на полноту, да ещё и чтобы изменялись сообразно с тем, как это происходит на самом деле. Задачка не из простых...

[DNAoidea]

И "Гены и геномы" у меня есть! Правда всю читал лет пять назад, но помню, что что-то там уже немного устарело. Интроны в органеллах - да, я думаю, что попасть они могут туда только из ядра - поскольку представить что это будет чужеродная ДНК весьма трудно - вирусы, вы сами нашли, что органеллы поразить не могут, а эукариотические клетки ДНК просто так из среды наподобии бактерий не поглощают. Поэтому остаётся только из ядра. Про большие вирусы в генной инженерии, честно говоря ничего не слышал - наоборот слышал, что когда для генно-инженерной процедуры используют вирус, то стараются чтобы он был как можно меньше и ещё и содержал как можно меньше своих генов и как можно больше тех, которые необходимо перенести. Для растений использую агробактерию в качестве переносчика. Вообще, переносы ДНК в эволюции с помощью вирусов - лично мне кажется весьма распространены, но принято считать, что для многоклеточных, тем более тех, которые размножаются только половым путём, это не вполне актиуально, хотя вроде бы вирусу ничего не мешает оставить ДНК и в половых клетках. Вырезать кусок ДНК из генома клетки - конечно если вы вырежите какой-нибуть участок, содержащий компонент полимеразы или рибосомы, то клетка ножки протянет, но вот если в этом куске ничего не будет кроме сателлитной ДНК или транспозонов, то скорее всего ничего клетке не сделается. Хотя может нарушится способ укладки ДНК в хроматине и это нарушит правильную экспрессию генов, но это не очень вероятно.
Насчёт симбиоза - там были сложности у каких-то простейших - что-то там у них симбиоз был несколько раз...

[Baryonyx]

Кстати формат снимка связан с возможностями моего фотоаппарата

... после чего сжат jpeg'ом до совершенно нечитабельного состояния.
Купите сканер, в конце концов.

Baryonyx
Скажите прямо вы согласны с изложеным в статье Медникова?

ВОПРОС ВТОРОЙ К ВАМ
От работников янтарного комбината мне известно что Огромные коллекции янтаря с включениями
в Литве и польше почти полностью созданы из янтаря нашего карьера
Немалая часть Гарвардской коллекции тоже наша по происхождению
А вот местный музей янтаря жалок
И такая практика была десятилетиями
прошу прокомментировать

1. Странная постановка вопроса.. Да согласен. Возможно, я не слишком внимательно следил за дискуссией, но перечитав еще раз всю тему, так и не понял, почему вопрос адресован ко мне.

2. Вероятно, потому, что янтарь у вас добывают на экспорт. Нет?
Я постараюсь выяснить поподробнее.

plantago
Отправил Вам сканы. Мне, к сожалению, выложить некуда.

[plantago]

Сканы двух статей Шапошникова я получил (качество просто великолепное), сделал из них PDF (на 3 и на 5 Mb). Выложу к себе на сайт, как только обновлю архив (со дня на день).

[plantago]

Адресок надо форума по генетике но лучшего
Обидно что на этом форуме я в сути ничего и не узнал чем интересовался
а потому что кто знает тот с дилетантами не разговаривает

По генетике на русском языке нет ничего лучше чем molbiol.ru, хотя Вы там уже бывали, как я понял. С дилетантами там разговаривают, если те ведут себя адекватно и проявляют способности к обучению (см., например, топик http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=102745 )

Ну вот такой вопрос опять к всем
почему митохондрии растений не используют в кладистике?

Я уже ведь отвечал Вам на этот вопрос, и по-моему, вполне исчерпывающе:
http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?p=12914#12914

[Baryonyx]

Baryonyx
Почему я именно к вам с вопросом о Медникове?
Мне показалось вы разделяете взгляды номогенеза развиваемые Бергом да и Мейен хотел их обьеденить с СТЭ
Почитайте статью НОМОГЕНЕЗ в Биологическом ЭС
Коллектив авторов словаря отрицает научность этой теории
Отсюда и мое отношении к эволюционной теории Мейена
Кстати восхваляя его вы сами ему и навредили связав с номогенезом

Быть может, неправ БЭС?

Код Выделить Развернуть

Что же касается концепции стабилизирующего отбора, то сегодня у подавляющего большинства биологов представление о ней весьма смутное. А уж в учебниках — просто уголовное безобразие: там пишут ровно противоположное тому, что говорил Шмальгаузен. Обычно студентов и школьников учат, что стабилизирующий отбор «работает», отсекая крайние варианты, когда в течение длительного времени сохраняются постоянные условия среды. Так же трактует эту форму отбора и «Биологический энциклопедический словарь».
(с) А.С. Раутиан,
http://www.znanie-sila.ru/online/issue_1895.html
Абзацем выше там и номогенез затронут.
Против Раутиана, Вы, я надеюсь, ничего не имеете?
Что касается меня, то я сторонник ЭТЭ.

Да о Янтарном комбинате
Как я понял вы спец по насекомым
Значить должны быть в курсе о таком сотрудничестве с др гос когда лучшее за валюту уходит
и это давно очень давно повелось наверное в 1945 г когда Сгорела коллекция кенигсбергского янтаря и ее решили не востанавливать
И все это покрыто мраком секретности
Говарят находки с включениями сразу отбирали на экспорт и вы там в Москве приезжая в Гданьск могли и не знать что это могло б быть на вашем столе

Я по перми специализируюсь. Про янтари так вот сходу мало чего могу сказать. Повторюсь: постараюсь выяснить подробности и про ваш комбинат, и про все остальное, но наверное это стоит вынести в отдельную тему и в другой форум, здесь вроде как проблемы эволюции обсуждаются. PaleoNET, я думаю, подойдет.
А коллекция Калининградского музея янтаря, насколько мне известно, на сегодняшний день недостатка в экспонатах не испытывает.

[Panthera Atrox]

Я считаю, что можно искуственно вывести пещерного льва и саблезубого тигра.

[plantago]

Статьи Шапошникова (1961, 1966, 1984) выложены в моем архиве, раздел "misc" -- см. http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?p=20494#20494

[Nestor notabilis]

Я считаю, что можно искуственно вывести пещерного льва и саблезубого тигра.

Лучше это перенести в ветку о вымерших кошачьих, Атрокс.

[Ligula]

Уважаемые господа, в рамках данной темы предлагаю рассмотреть проблему эпигенетических изменений, чтобы дополнить процесс обсуждения.
Небольшой ликбез (для тех, кто далек от генетики развития) из лекции д.б.н. Т.А. Ежовой (Кафедра генетики МГУ), которую я имел удовольствие слушать этим летом.

Для начала несколько определений:

Эпигенетика – ветвь биологии, изучающая причинные взаимодействия между генами и продуктами, образующими фенотип (К. Уоддингтон 1947)

Эпигенетика – это механизм, посредством которого гены формируют фенотип. Под эпигенетическими процессами следует понимать все процессы, относящиеся к экспрессии и взаимодействию генетического материала (Л.И. Корочкин 2005, светлая ему память)

Эпигенетическая регуляция – наследственные и ненаследственные изменения в экспрессии конкретного гена без каких-либо  структурных изменений в его нуклеотидной последовательности (В.С. Баранов 2005)

А теперь суть:

Эпигенетические изменения (эпимутации) - наследуемые изменения уровня экспрессии генов (длительные модификации!!!), не связанные с изменением нуклеотидной последовательности ДНК и РНК (и сохраняющиеся после исчезновения фактора, вызвавшего эти изменение).
Не подчиняются менделевским закономерностям наследования, проявляют нестабильность (реверсии к дикому типу).

Молекулярные основы эпигенетических изменений:
1.  метилирование ДНК  
2.  модификация структуры хроматина:
        - изменение уровня метилирования и ацетилирования гистонов
        - группа Polycomb генов
3.  малые РНК (микроРНК и интерферирующие   РНК)

В общем, с истинностью выделения некоторых видов могут быть серьезные проблемы, если игнорировать данный механизм.

[Питер]

Проблема  тольков  одном  - в  отсутствии   реально  описанных  эпимутаций.  Наследуемых  из  поколения в  поколение.  Ну  и   ряд  проблем, связанных с   резким  изменением  спектра  метилирования  ДНК,   связывания с  ДНК  гистонов  и  прочая  и  прочая  в  процессе  оогенеза  и  сперматогенеза.
М  второе.  Что  первично  и что  вторично ?  Первична  опять  же  структура  генома  -  так как  если у вас в  ДНК  нет CpG   динуклеотида,  то  и  метилирования  не  будет.  И  так  далее   -  сайты  связывания   микроРНк,  сами микроРНК  и их  экспрессия   определяются   первичной  структурой  генома.