Неандертальцы - подвид сапиенса или отдельный вид?

[Питер]

Давайте      посмот ри м   на  текст
We first used a method referred to as IBDmix to identify introgressed Neanderthal sequences in 2000 modern humans sequenced by the 1000 Genomes Project. We found that sequences identified by IBDmix as Neanderthal in African individuals from the 1000 Genomes Project are significantly enriched in regions of high heterozygosity in the Neanderthal genome, whereas no such enrichment is observed with sequences detected as introgressed in non-African individuals. We show that these patterns are caused by gene flow from modern humans to Neanderthals and estimate that the Vindija and Altai Neanderthal genomes have 53.9 Mb (2.5%) and 80.0 Mb (3.7%) of human-introgressed sequences, respectively. We leverage human-introgressed sequences in Neanderthals to revise estimates of the amount of Neanderthal-introgressed sequences in modern humans. Additionally, we show that human-introgressed sequences cause Neanderthal population size to be overestimated and that accounting for their effects decrease estimates of Neanderthal population size by ~20%. Finally, we found evidence for two distinct epochs of human gene flow into Neanderthals.

И   несколько  замечаний.
Первое   -   2000  сапиентных  егномов,    ТРИ  неандера  и  ОДИН   денисовец.   Точность     оценки    сложно  оценить  ...  Добавим    10  геномов  неандеров (только  неоткуда)  -    удивимся.
Второе  -    нет  речи  о  генах.  Есть human-introgressed sequences  -  а  это  не  одно  и  тоже.  И  поток    был    двунаправленнным  -  но   слабым.  И  опять  же  это  не    поток  от  современных  людей  -  это  поток,  который   был  тогда. 
Третье  -  картина      видообразования  всегда   сложна.
Четвертое  -  пигмей  из  Африки  и   эскимос  из  Гренландии        чисто  по  фенотипу   один    вид  ?   
 

[sanj]

нет жестких критериев. Но какие-то  таксономические определения должны быть. Иначе невозможно разговаривать.

ну как же нет жестких критериев, вся зоологическая систематика на них построена. но вот что касается себя любимого, то сапиенс как-то мямлить и путаться начинает...

[Gundir]

А тут выясняется и смешиваются и вполне себе жизнеспособно. Но по поводу неандера по прежнему никто толком ничего не говорит и громко подвидом не признает.

А собака и волк - один вид?

[Питер]

Один. Но если взять инопланетянина и показать ему Алабая и чиха -то он по фенотипу опишет два вида.

[Gundir]

Один. Но если взять инопланетянина и показать ему Алабая и чиха -то он по фенотипу опишет два вида.

А что Вы скажете про "кольцевые" виды?

«Кольцевыми видами» называют комплексы близкородственных форм, постепенно расселявшихся вокруг какой-либо географической преграды, причем крайние, наиболее сильно разошедшиеся формы, встретившись по другую сторону преграды, уже не могут скрещиваться, хотя всё еще соединены непрерывным рядом взаимно совместимых разновидностей. Зеленая пеночка Phylloscopus trochiloides считается хорошим примером кольцевого вида. Детальный генетический анализ 95 птиц из 22 районов подтвердил существование вокруг Тибетского нагорья кольца постепенно переходящих друг в друга форм с единственным резким переходом в северной части кольца, где встретились два наиболее сильно разошедшихся подвида, viridanus и plumbeitarsus. Однако история формирования кольцевого ареала оказалась более сложной, чем предполагала классическая схема. Поток генов вдоль кольца прерывался как минимум однажды в его юго-западной части, а подвиды viridanus и plumbeitarsus, как выяснилось, все-таки иногда скрещиваются, несмотря на мощные поведенческие изолирующие механизмы и пониженную приспособленность гибридов.

https://elementy.ru/novosti_nauki/432285/Zelenaya_penochka_nesovershennyy_koltsevoy_vid_so_slozhnoy_istoriey

[sanj]

А тут выясняется и смешиваются и вполне себе жизнеспособно. Но по поводу неандера по прежнему никто толком ничего не говорит и громко подвидом не признает.

А собака и волк - один вид?

Не спец по волкам-собакам..
пишут Canis lupus - Обыкновенный волк, Canis familiaris - Собака. Т.е. зоологи их классифицируют как разные виды. Но также пишут что виды внутри рода Canis скрещиваются. Известно, что волк и собака скрещиваются и дают плодовитое потомство и вроде даже какие-то породы собак вывели прилитием генофонда волков.

В общем тут получается такой же вопрос как и с сапиенсом.

[Alexeyy]

я могу согласиться с т.зр. Питера, что кром и неандер - один вид. А гейдельберг - другой?

Думаю, другой.

[Gundir]

Думаю, другой.

А что делать с тем фактом. что многие кости непонятно к кому отнести. то ли это еще гельдербергис, то ли уже неандерталец? Четких критериев, что считать чем просто нету.

[npvol]

Критериев нет. И в ближайшие дни мы их не найдем. Тот, который нам внушали ещё в школе (представители одного вида могут скрещиваться и давать плодовитое потомство, а разных – не могут хотя бы чего-то) не работает. Это было видно, конечно,  и раньше. Современные генетические инструментарии не помогли.  Палеонтологические, археологические данные в этом смысле беспомощны и бесполезны...

[Alexeyy]

Думаю, другой.

А что делать с тем фактом. что многие кости непонятно к кому отнести. то ли это еще гельдербергис, то ли уже неандерталец?

Смотря для каких целей применения исследования.

[Питер]

Надо  всегда   помнить,    что    биоинформатический   анализ  вещь в  себе.  Надо  очень  детально    смотреть  использованные    алгоритмы   для    анализа  IBD    на   дистанции  нескольких  тысяч  поколений.   Например,    вероятность   кроссинговера в     в  разных  точках  генома   считается   одинаковой  или    горячие  точки  как-то  выделены   при  расчетах ?   как   быть с  точностью  сиквенсов   -    тут    как-то  учитывается   кратность  чтения   конкретного  места в  геноме  в  современной   ДНк  и  ДНК   древней ?  Ну  и  КРИТЧЕСКИ   мало  древних  геномов.

[npvol]

Надо  всегда   помнить,    что    биоинформатический   анализ  вещь в  себе.  Надо  очень  детально    смотреть  использованные    алгоритмы   для    анализа  IBD    на   дистанции  нескольких  тысяч  поколений.   Например,    вероятность   кроссинговера в     в  разных  точках  генома   считается   одинаковой  или    горячие  точки  как-то  выделены   при  расчетах ?   как   быть с  точностью  сиквенсов   -    тут    как-то  учитывается   кратность  чтения   конкретного  места в  геноме  в  современной   ДНк  и  ДНК   древней ?  Ну  и  КРИТЧЕСКИ   мало  древних  геномов.

Ну, а если бы на эти вопросы были ответы, и древних геномов было бы достаточно, как бы Вы определили "ВИД"?

[npvol]

Если нет принципиальных возражений считать сапиенсов и неандертальцев одним видом (то есть они прекрасно скрещивались и нередко давали потомство), то можно спуститься еще ниже – к эректусам.  Они не могли скрещиваться с вышеупомянутыми  только по хронологическим соображениям (их разделяет около миллиона лет)? Семя эректуса могло бы развиться в матке современной женщины в существо в свою очередь «плодоносящее»?

[Питер]

Если нет принципиальных возражений считать сапиенсов и неандертальцев одним видом (то есть они прекрасно скрещивались и нередко давали потомство), то можно спуститься еще ниже – к эректусам.  Они не могли скрещиваться с вышеупомянутыми  только по хронологическим соображениям (их разделяет около миллиона лет)? Семя эректуса могло бы развиться в матке современной женщины в существо в свою очередь «плодоносящее»?

Давайте   без  прекрасно  и  нередко  -  они как-то скрещивались  и как-то  давали  потомство. И  с   эректусами   вопросов  тем  более  много.   Ну  и   разница  в   возрасте  сказывается   -    много  больше чем  у  современнных  селебрити.

[npvol]

Давайте   без  прекрасно  и  нередко  -  они как-то скрещивались  и как-то  давали  потомство.

очень согласен. А по существу?