Ранняя жизнь и её возникновение.

Автор Alexeyy, ноября 08, 2020, 11:51:48

« назад - далее »

Шаройко Лилия

#75
Тогда понятно. Я все таки хочу закончить чтение, я всего лишь во второй половине второй статьи по археям, а потом хочу вернуться к статье

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/

Она все в открытом доступе, судя по анотации, фрагмент которой я привела очень интересна и на многие мои вопросы отвечает.
За ссылку спасибо огромное.
Думаю после полного прочтения уже делать какие то замечания.
Чтобы больше скоропалительных выводов не делать.
По второй статье с Элементов (по ссылкам Павла) Асгардархеи  вообще отдельная ветка и с археями у них только общий предок, но именно у них вся эта солянка с бактериями (слияние с образованием общей совместной жизни бактерии внутри археи как отдельной органеллы в том числе митохондрий) могла происходить судя по геномам в статье 2017. Но конкретно в этой найденной в 2019 не случилось

https://elementy.ru/novosti_nauki/433521/Obnaruzhen_zhivoy_predstavitel_asgardar

ЦитироватьДругая новость — гораздо более печальная. Электронная микроскопия показала, что в клетках прометеоархеума нет никаких внутренних включений, напоминающих эукариотные органеллы (рис. 1, d). То есть ни эндоплазматической сети, ни аппарата Гольджи, ни ядра, ни фагоцитоза у локиархей пока не нашлось, и нет даже ничего похожего. Это означает, что никакими «полуэукариотами» они не являются. «Начинка» клетки у них прокариотная.

Но она зафиксирована по описанию  этой статье 2019 года зато живьем со всеми атрибутами, а не просто гипотезы как в 2017.

Но это тоже промежуточный вывод, поэтому я хочу остановиться с печатанием и дальше просто читать. И сделать паузу просто побродить без чтения по дому, дать мозгам обработать прочитанное.

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 19:42:43Я все таки хочу закончить чтение, я всего лишь во второй половине второй статьи по археям, а потом хочу вернуться к статье ...
Да Вам виднее...

Шаройко Лилия

#77
Похоже не получилось с такой же скоростью двигаться дальше, в принципе про археи наверное понятно, Павел вероятно имел ввиду сценарий японцев




ЦитироватьНовый сценарий происхождения эукариот. На стадии 1 асгардархея, питающаяся аминокислотами (AAs), поддерживает синтрофные отношения только с метаногенной археей. На стадии 2 океан обогащается кислородом и сульфатами, поэтому к синтрофии присоединяются сульфатредуцирующая бактерия и альфа-протеобактерия, причем сульфатредуктор вытесняет метаногенную архею. На стадии 3 взаимозависимость асгардархеи и альфа-протеобактерии усиливается, и первая охватывает вторую своими выростами (как и предполагали Баумы). На стадии 4 эти выросты сливаются, и альфа-протеобактерия оказывается заперта внутри асгардархейной клетки, которую теперь уже можно смело назвать протоэукариотной. На стадии 5 альфа-протеобактерия начинает паразитировать на своем архейном хозяине, выкачивая из его клетки АТФ с помощью встроенного в мембрану транспортера (AAC). Но любой транспортер такого рода можно «раскрутить» в обратную сторону, и после своего окончательного порабощения альфа-протеобактерия, ставшая митохондрией, начинает, наоборот, отдавать хозяйской клетке избыток собственного АТФ, что мы и видим на стадии 6. Многие другие метаболические детали, указанные на схеме, в тексте не обсуждаются (они все равно могут еще измениться). Иллюстрация из обсуждаемой статьи в bioRxiv, с изменениями

Но дальше мой мозг закончился. Прошу прощения Алексей, вероятно завтра сделаю попытку еще вечером, я уже со вчерашнего дня что-то полностью новое для себя читаю непрерывно, похоже это мой потолок.
Завтра днем дизайн третьего этажа, совсем другие нейроны будут задействованы. А то уже такое чувство, что эта серия статей детектив, где постоянно меняются подозреваемые, каждый обвиняется в похищении органел на основании совокупности косвенных улик, потом через каждый абзац новые улики разрушающие предыдущую картину, группа (ис)следователей  ничего не понимает в происходящем...
Начинаешь думать, что в конце пятой серии выяснится, что все органеллы, включая несчастных митохондрий украл дворецкий
:)

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 23:52:58Прошу прощения Алексей
Я не считаю Вас виноватой и, поэтому, мне неприятно слышать, как Вы просите прощения. Меня это раздражает.

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Зарождение жизни на Земле обычно ассоциируется с какими-то необычайными катаклизмами. Дело в том, что биологические молекулы устроены сложно, а химические соединения в «дожизненные» времена были довольно простыми. В лабораторных условиях «слепить» биологические молекулы из простых компонентов – задача не из легких, и долгое время считалось, что подобные реакции требовали огромного количества энергии и могли протекать лишь в исключительных условиях – с помощью сильного УФ-излучения, на фоне сверкающих молний и пылающих вулканов.
Но кто сказал, что сложные биологические молекулы на самом деле образовались за один прием? Вероятно, на деле все происходило в несколько этапов и с множеством промежуточных веществ, которые, в свою очередь, помогали процессу «жизнестроительства» продвигаться дальше, вплоть до появления биомолекулы. Такой точки зрения придерживаются исследователи из Технологического института Джорджии, предложившие сценарий возникновения первых белков на нашей планете.
По мнению Джея Форсайта (Jay Forsythe) и его коллег, все началось с депсипептидов – белковоподобных молекул, содержащих в своём составе, кроме аминокислот, ещё и гидроксикислоты. Так называют структурные аналоги аминокислот, которые часто находят на метеоритах и в которых не было недостатка ни тогда, ни сейчас. (Например, к гидроксикислотам относят лимонную, молочную и яблочную кислоты.) Гидроксикислоты гораздо легче связываются с аминокислотами, чем аминокислоты – между собой. С другой стороны, их связи с аминокислотами очень легко разрушаются водой, тогда как связи аминокислот друг с другом в водных растворах очень устойчивы.
Если представить, что депсипептиды то «высыхают», то опять попадают в воду, гидроксикислоты из них будут вымываться, а в освобождающиеся места будут встраиваться аминокислоты с «водостойкими» связями, и через какое-то время депсипептиды будут состоять уже только из одних аминокислот. Стоит подчеркнуть, что сами по себе, без посредничества гидроксикислот, аминокислоты при обычных условиях соединяться не стали бы, особенно в такие большие структуры.
Это не просто отвлеченная гипотеза – превращение депсипептидов в белки исследователи наблюдали в лабораторном эксперименте. Более того, оказалось, что таким способом можно получить молекулы самого разного строения, а где есть разнообразие, там есть и эволюционный отбор. В естественных условиях такая реакция могла происходить где-нибудь в прибрежной зоне мелких, насыщенных органическими веществами водоемов, на камнях, куда депсипептиды приносило волнами и где они высыхали на солнце, а затем с брызгами и дождем снова «сползали» обратно – и так много раз подряд. Полностью результаты исследований опубликованы в Proceedings of the National Academy of Sciences.
Спасибо за эту информацию! Кажется, про такое я пропустил. Куча всяких экспериментальных работ было за последние лет надцать по абиогенному синтезу белков (пептидов), но чтоб такой простой механизм ... Здорово!
  Хотя проблему возникновения живых белков это не решает: живые белки - это же определённый, биологически адаптированный код. В том проблема и состоит, чтобы научиться его воспроизводить (хотя бы вероятностно). Тогда как белки описанной работы - это какие-то случайные последовательности аминокислот.

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Как возникла жизнь на Земле: раскрыт секрет появления белков в мире РНК
Андрей Жуков  4
16.05.2022
Эта работа – очень важная. Но название популярного анонса - громкая заманиловка для читателя (в которой есть лишь доля правды).
Белки в мире РНК - это ведь не просто некая случайная последовательность аминокислот, а некоторый код. Без этого кода аминокислот и абиотически могут соединяться. Тогда как по механизму из рассматриваемой работы колдирования ещё нет.
  Марков, где-то в видео, в связи с этой новостью говорил, что, возможно, первые белки (пептиды) создавалась молекулами РНК случайно (но с некоторым вероятностным распределением, что воспроизводило спектр синтезируемых пептидов).
  Если так, то отсюда уже рукой подать до отказа от гипотезы первичности РНК-мира по отношению к белковому. Т.к., аналогично, случайно могли бы синтезироваться пептиды и амилоидами (пептидными комплексами) и такой синтез проще т.к. молекулы РНК - гораздо более энергозатратны (как минимум, на порядок).
  И если мне не изменяет память, Марков даже, на "секунду" и обмолвился о том, что, возможно, пептиды и РНК коэволюционировали с самого "начала"...