Возникновение науки

Автор Шаройко Лилия, июня 21, 2022, 15:11:31

« назад - далее »

Шаройко Лилия

#30
А треугольник хде абстрагировали и от чего
можно поподробнее -как с нами это произошло
:)
И чем Мать Земля отличается...
Как абстрактное описание свойств плодородия
тоже вот хотелось бы услышать, найдите 10 отличий, пжалста

Почему Мать Земля в системе ваших координат иллюзия, а треугольник абстракт.

Цитироватькачественно неправильное, искажённое восприятие реально существующих предметов и явлений; расстройство восприятия

Это прямо как определение человека звучит после описания окружности и того что злые люди с ней сделали.
:)

Но в целом без ерничества, в какой то степени все так.
Но как у схематического абстракта нашлись такие точные законы, вот что мне так и не ясно.
Все эти натянутые объяснения пока мне ничего не дают.

Я продолжаю видеть забор, на котором написано  нечто, но это забор, на котором что-то написано. никакого нечта там нет.

Может позже я напрягусь и его увижу, пока не получается.  Может мне больше не нужно тратить ваше время, тоже вполне приемлемый вариант.

Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php

василий андреевич

Цитата: Шаройко Лилия от июня 23, 2022, 20:55:40А треугольник хде абстрагировали и от чего
От яблока познания со времен Адама  :) Вначале до шара, потом концептуально до круга, потом до многоугольника, потом до квадрата, который Домокл разрубил.
  А Мать-Земля, что бы с плоскости по ту сторону не падали люди в обморок, уже антиабстрагировали до шара, затем до "грушоида" с выступом на севере, затем дотугодумились назвать геоидом только потому, что измерения становились все точнее. Получаем, не умеешь измерять точно, т.е. согласно цели вкушения плода, как это делают пчелы и муравьи - абстрагируй, глядишь, человеком станешь  >:D

Шаройко Лилия

#32
Вот-вот. Каждый раз как спросишь начинается подобное.
Вместо того чтобы признать происходящее.
Потому что ответить по сути нечего.
А перепады температуры по 30 градусов в сутки и атмосферного давления, выбросы в полтора раза выше естественного фона и потепление есть там у вас в вашей голове?

А то градусник и Яндекс их уже показывает зимой. Но может это кому то не видно. Кто страшно занят, число пи рассчитывает до триллионного знака. И какой процент научных работников занят подобными сверхважными делами, тоже хотелось бы узнать.

Произошли ли эти перепады в результате всех извращений расчетных величин, которые накладываясь одно на другое при создании производств привели реальную землю к такому состоянию. Или это только британские ученые видят, над которыми потешается уже масса людей так как они напечатали больше всех статей из которых большинство смешные очень.

Какой процент землян, постоянно живущий  в состоянии иллюзорного восприятия уже надо знакомить с терминами психиатрии?
Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php

АrefievPV

Цитата: Шаройко Лилия от июня 23, 2022, 20:55:40Но как у схематического абстракта нашлись такие точные законы, вот что мне так и не ясно.
Все эти натянутые объяснения пока мне ничего не дают.
Законы, это ведь тоже абстракты. Мало того, любая наша интерпретация, в конечном счёте, представлена абстрактом.

Понимаю, что эти пояснения для вас являются натянутыми и вы их читали (отметку сделали, что понравилось сообщение), но всё-таки попробуйте ещё разок их перечитать (вдруг картинка сложится):
Цитата: АrefievPV от июня 22, 2022, 18:46:05Цвет, форма, объём, запах, звук и т.д. – это всё наши интерпретации. Эти интерпретации сами основаны на ещё более базовых интерпретациях – интерпретациях нашего сенсорно-аналитического аппарата.

Вот здесь Дубынин поясняет, как формируются базовые интерпретации – линии (на их основе затем разные фигуры) объём, цвет:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,8271.msg206736.html#msg206736
https://paleoforum.ru/index.php/topic,8271.msg206737.html#msg206737
https://paleoforum.ru/index.php/topic,8271.msg206738.html#msg206738
https://paleoforum.ru/index.php/topic,8271.msg206739.html#msg206739

Вдумайтесь – все наши высокоуровневые интерпретации (всякие там звёзды, планеты, атомы, молекулы, треугольники и т.д. и т.п.), в конечном счёте, всё равно будут основываться на этих базовых интерпретациях.

Мало того, даже эти базовые интерпретации основываются на чисто химических и физических интерпретациях (то есть, интерпретациях химических и физических систем, как элементов нашего организма) – электронная оболочка атома активного центра белка-рецептора реагирует на фотон определённой энергии. По сути, реакция электронной оболочки на фотон – это и есть интерпретация воздействия фотона (типа, электронная оболочка интерпретирует воздействие фотона). То есть, интерпретация уже начинается уже с электронных оболочек атома активного центра белка-рецептора.

Представляете, что доходит до нашего высшего уровня сознания?! То, что туда доходит не имеет вообще ничего общего с изначальным внешним воздействием (оно не имеет общего и с самой первой интерпретацией (интерпретацией электронной оболочки на воздействие фотона).

В дополнение небольшое замечание в сторону (оно, наверное, не совсем в тему, но, возможно, некоторые задумываются о таких вещах).

Выделение общего лежит в основе выявления закономерности.

Для выделения некоего обобщающего признака/свойства/качества/способности  (или некоего обобщающего набора признаков/свойств/качеств/способностей) задействуется функция абстрагирования.

Понятно, что выделения некоего обобщения необходима большая выборка образов (сенсорных образов, образов-воспоминаний). Но, как бы то ни было, в итоге, возникает новое знание – то есть, формируется абстрактный образ, который сохраняется в памяти.

И в дальнейшем, если при восприятии при текущем распознавании (функция абстрагирования работает на автомате) некоего сенсорного образа был выявлен подобный абстракт, то происходит узнавание (сравнивается/сопоставляется текущий выявленный абстракт с абстрактом хранящимся в памяти).

Однако и для выявления закономерности также используется функция абстрагирования.

Если возможности организма (мозга) позволяют выявить причинно-следственную связь в некоей последовательности событий, то при достаточно большой выборке таких последовательностей, в которых выявлена причинно-следственная связь, можно выявить и то общее, которое характерно для всех (или для большинства) этих выявленных причинно-следственных связей – некий общий алгоритм (типа, что из чего и каким образом происходит). Опять-таки, понятно, что такие возможности есть не у каждого организма (мозга).

Выделение общего – это и есть выделение абстракта. Функция абстрагирования, как раз, и занимается этим – выделяет то общее, которое имеется в предъявляемом множестве (в некоем ряде объектов, в некоей последовательности событий, в некоей совокупности образов и т.д. и т.п.).

василий андреевич

Цитата: Шаройко Лилия от июня 23, 2022, 21:16:50В результате всех извращений расчетных величин,
Еще "другой" великий комбинатор сказал о важности не тех, кто голосует, а тех, кто подсчитывает голоса.
  Почему, дорогая Лилия, Вас перестал беспокоить вопрос о дыре в ионосфере над антарктикой? Да потому, что эта дыра периодическая. А вот сайка за испуг по выбросам фреонов помогла "дюпонам" глобально заработать.
  Берем и считаем..., получая, что повышение содержания кислорода в атмосфере многократно опаснее повышения углекислоты. И окажется, что лишая океаническую водоросль "молока за вред на производстве", мы губим Гольфстримы, которые, как это не раз бывало в антропогене, губят губителей мамонтятины. Грета и Дональд, спят и глаголят поочереди.

  Там ранее я сказал о "потенциале генералиста", но не сказал, что это такое. Может кто спросит? Думаю это важно. Впрочем, кому как.

Шаройко Лилия

#35
Вот этот ответ уже понятен - это не обсуждается так как считается враньем. Это можно понять. Наплевать на Грету можно, она вообще понятный проект, но на градусник и на скачки атмосферного давления сложнее. Надеюсь у Вас тенденции к пониженому, остальным многим может придется провести последние пару лет в параличе.
Тем кто сейчас дети. Но может будут другие законы об эвтаназии. Или наоборот, массовый выпуск заменителей участков ЦНС или более тонкая стимуляция запуска блокированных связей. Пока приходится бытовой магией обходиться.

У меня пониженное, но у многих вокруг - нет. Мой свекор, отец мужа  пролежал пять лет. Я видела что с человеком такое делает. Возможно такое восприятие происходящего это личные реакции и их результат.

Цитата: василий андреевич от июня 23, 2022, 21:32:17Там ранее я сказал о "потенциале генералиста", но не сказал, что это такое. Может кто спросит? Думаю это важно. Впрочем, кому как.

Давайте
Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php

Шаройко Лилия

#36
ЦитироватьЗаконы, это ведь тоже абстракты. Мало того, любая наша интерпретация, в конечном счёте, представлена абстрактом.
до
Цитата: АrefievPV от июня 23, 2022, 21:24:40
ЦитироватьОднако и для выявления закономерности также используется функция абстрагирования.

Если возможности организма (мозга) позволяют выявить причинно-следственную связь в некоей последовательности событий, то при достаточно большой выборке таких последовательностей, в которых выявлена причинно-следственная связь, можно выявить и то общее, которое характерно для всех (или для большинства) этих выявленных причинно-следственных связей – некий общий алгоритм (типа, что из чего и каким образом происходит). Опять-таки, понятно, что такие возможности есть не у каждого организма (мозга).

Выделение общего – это и есть выделение абстракта. Функция абстрагирования, как раз, и занимается этим – выделяет то общее, которое имеется в предъявляемом множестве (в некоем ряде объектов, в некоей последовательности событий, в некоей совокупности образов и т.д. и т.п.).

Текст прочла, но без ссылок, все это мне хорошо знакомо, вывод сделаю промежуточный. Если Вы против таких скоропалительных промежуточных выводов можно его не учитывать и затребовать более обдуманный

Я вижу следствия описанных вещей на практике так:
Взаимная подгонка условий эксперимента и ограниченного применения действия закономерностей создают некоторый баланс отражений при котором можно собрать летающий самолет в действительности, после большого количества промежуточных испытаний отдельных его частей и потом многих испытаний всего вместе. Летчик испытатель в последнее время перестал быть профессией камикадзе так как корректируется не так много вещей в каждой новой опции, и есть возможность проверить новые вещи через компьютерные модели имеющие записи предыдущих опытов.

Но так нельзя создать оптимально работающую биосферу. По крайней мере на данном этапе развития цивилизации. Так как слишком много наложений условностей и абстрагирования не позволяют даже примерно оценить происходящее.
Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php

василий андреевич

Цитата: Шаройко Лилия от июня 23, 2022, 21:35:50Но может будут другие законы об эвтаназии.
Пока я предпочитаю "бояться" - нет мнения.
  Экзюпери своим Маленьким Принцем делал большее дело, чем вопиющие - надо убирать за собой свою планету. Потому важен ответ "а какую ношу потянешь Ты"?
  Вот подслушанный разговор двух соседок по даче. - Ты, гадина, выкидываешь мусор за калитку, а я отношу в лес.
  Или. Сделал замечание сынишке - не кидай фантик, а клади в карман, дома выкинешь в мусорное ведро. -Ты че, пап, гляди сколько мусора на дороге. Пришлось говорить о том, что он должен попробовать отвечать за свой мусор. Но сможет ли отвечать за мусор чужой?

  Наука говорит, что потенциал равен работе, затраченной на его разведение от точки отсчета. Вопрос о том, кто/что произвел эту работу, открыт. В соседней теме Савелий сказал о непонятном для меня термине зачаток, как эрзац-потенциале, как бы от Божьей Воли или Большого Взрыва (от эволюции или отбора - не оправдание).
  Адаптационный потенциал - это энергетическая разница между уровнем генералиста и экологической нишей. Теперь спросим себя, мы эволюционируем, падая адаптацией в нишу, или изыскивая способы не адаптироваться к собственным "отложениям" в этой потенциальной яме-нише?
  Бифуркация-дивергенция. Одни адаптируются, другие противятся. И эмоционально сложнее: в праве ли мы упрекать адаптирующихся, за то, что позволяют нам противиться?

Шаройко Лилия

#38
Небольшое замечание хочу сделать по предыдущим дискуссиям о рибозимах и белках, в нескольких темах,
начавшееся примерно здесь, там постепенно разговор сконцентрировался на первых репликаторах, точное начало фиксировать не удалось


https://paleoforum.ru/index.php?msg=260458

закончившихся здесь, с
https://paleoforum.ru/index.php?msg=260809

по

https://paleoforum.ru/index.php?msg=260841
 вероятно временно, скорее всего через какое-то время это будет продолжено


https://paleoforum.ru/index.php?msg=260836

Мой промежуточный вывод - классификация белков, которую я нашла попытавшись немного покопать в корень проблемы с возникновением жизни на уровне физических свойств связей аминокислот привела меня к следующему.
Белки имеют настолько широкий спектр свойств, мало прогнозируемый учеными в связи с тем что


Цитировать5.5. Предсказание и дизайн белковых структур
Поскольку считается, что аминокислотная последовательность белковой цепи
определяет ее пространственную структуру, возникает проблема предсказания этой
структуры по последовательности аминокислотных остатков в белковой цепи.
Экспериментально пространственную структуру белка определить куда труднее, чем его
аминокислотную последовательность. А понимание механизма действия белка, подбор
искусственных ингибиторов или активаторов к нему — и часто даже просто определение
того, чем он занимается в клетке, — настоятельно требуют знания его пространственной
структуры. Если установленных первичных структур белков сейчас насчитывается почти
полмиллиона, то пространственных структур белков - только около 5 тысяч (даже если
считать вместе с близкородственными белками – не более 15 тысяч).
Для установления пространственной структуры неизвестного белка часто
используется метод гомологии. Использование этого метода основано на постулате: если
первичные структуры похожи, то будут сходны и пространственные структуры. Однако
надежно данный метод работает на достаточно близких последовательностях. Хуже
обстоит дело, когда первичные последовательности сильно варьируют.
Как поступать при предсказании пространственной структуры новых белков, не
имеющих видимой гомологии с уже расшифрованными белками? К такой группе
относится подавляющее число новых последовательностей. Абсолютно надежных и
точных методов предсказания белковых структур сейчас нет. Это связано с тем, что
расчеты делаются с использованием принципа "минимальной энергии" для
пространственной структуры, а разница энергетических уровней у белков между
"правильно" и "неверно" уложенными белковыми цепями небольшая.
Однако существующие и разрабатываемые методы дают все более полную и
надежную информацию о возможном строении или о возможных вариантах строения
белка либо его структурных элементов.
Большие успехи достигнуты в предсказании вторичной структуры белков. Такое
предсказание носит вероятностный характер, но тем не менее дает хорошие результаты.
В настоящее время с развитием методов генной инженерии появилась возможность
создавать гены, кодирующие белки с любой последовательностью. Поскольку функции
белков прямо зависят от их пространственной структуры, возникает задача улучшения
пространственной структуры для повышения функциональной эффективности белка. Это
задача – обратна задаче предсказания пространственной структуры белка по первичной
последовательности, здесь нужно найти первичную последовательность по
пространственной структуре


Кроме цитаты - это вообще очень хороший на мой взгляд учебный материал,

Модуль 3
БИОФИЗИКА БЕЛКА И БИОКИНЕТИКА
Учебно-методическая часть
Красноярск 2006
Составители: В.В.Межевикин, И.Е.Суковатая
Биофизика. 10 класс. Модуль 3. Биофизика белка и биокинетика: учебно методическая часть / сост.: В.В.Межевикин, И.Е.Суковатая; Красноярск: РИО
КрасГУ. – 2006. – 50 с.
ISBN 5-7638-0708-1


хотя и 2006 года издания, основная масса представлений, насколько я понимаю, по прочтенным статьям мало изменилась. Иллюстрации на каждой странице, все как я люблю. Насколько понимаю, рассчитано на старшеклассников, нацелившихся получить высшее образование направления биологии, в том числе молекулярной.

Компактно, напоминает все основные детали, относящиеся к диалогу, ссылки на которые я собрала выше

еще неплохая попавшаяся мне литература лекции Тимин, Олег Алексеевич -

Кандидат медицинских наук, доцент, доцент кафедры биохимии и молекулярной биологии ЛФ.
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова

СТРОЕНИЕ, СВОЙСТВА И
КЛАССИФИКАЦИЯ АМИНОКИСЛОТ И
БЕЛКОВ


все это выводы промежуточные, здесь размещаю так как мне капитально надоело слушать как именно надо корректировать свое поведение в темах Алексея, которому почему-то постоянно кажется, что его поведение это какой то эталон изложения информации и контакта с окружающими.
Мне так не кажется.
При всем уважении к размещаемым им материалам и к нему как к собеседнику. Такой собеседник вполне комфортен для меня в основном в силу того, что меня вообще достать можно, но трудно.
:)
Временно в дискуссии возможно вступать не буду, в силу зашкаливающего цейтнота о котором почему то Алексей решил запретить мне упоминать. В ближайшие недели вероятно просто буду размещать материалы и собственные выводы из них.
Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php

Alexeyy

Ой... а при чём тут возникновение науки? Эти же вопросы касаются возникновения жизни. Опечатка что-ли?

Шаройко Лилия

Я расскажу попозже, если у Вас мозг в связи с практикой общения с подростком в другой теме слегка перестроился на тип мышления "капитан очевидность".

В двух словах - практика науки в отношении возникновения жизни натыкается на такое же примерное понимание биофизики связи в рибозимах и белках как и в отношении самих биологических процессов.
Именно поэтому точно предсказать свойства будущих белков невозможно.

И такова наука вообще с момента своего возникновения. Не очень важно какую именно дату устанавливает общественное мнение ученых-современников как ее возникновение. Эта дата зависит от системы координат таких современников, она непрерывно меняется со временем. Прямые точные доказательства свойств изучаемых вещей невозможны в большинстве случаев. Кроме самых простых и очевидных.

Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php

Питер

Сейчас   у  нас  22  год.  Вполне    приличные  методы  квантомеханического  расчета  структуры   белка   по  последовательности  появились.   Да,  разрешение     5-10    ангстрем   -  хуже  чем   у  кристаллов белковых.  Но  для  большинства   белков  кристаллы   получить    крайне  сложно. И    зачастую  их  просто  нет.
А  оно  вам  надо  ?

Шаройко Лилия

Ну, в общем все эти разочарования,что наука не может определить свойства не к науке относятся, а ко мне лично, не могу разобраться в вопросе и не вижу простых решений.
Потому, что вопрос сложный, если не на уровне кино "строение вселенной за два часа для особо одаренных".
Я все таки сейчас этот учебник для школьников читаю, возможно читателям форума все это известно, я многое или не знала или забыла. Курс биофизики для меня был скачок через голову многих фундаментальных понятий когда детали частных случаев рассматриваются в расчете на знания, которых нет. Так что результат вполне закономерен.


Нашла метод кристаллизации белков, до этого ничего о нем не слышала, спасибо.



http://piboc.dvo.ru/structure/ext_labs/met/cristal.php

Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова Дальневосточного Отделения РАН


ЦитироватьКристаллизация белков и установление их структур являются одними из самых перспективных направлений современной биологии. В их основе лежит свойство биомолекул образовывать кристаллы, способныe рассеивать рентгеновские лучи. 3акон Брэгга, описывающий зависимость между углами и фазами падающих и отраженных волн и расстояниями между атомами в кристаллической решетке, позволяет воссоздать трехмерную кристаллическую структуру по картине дифракции кристаллами рентгеновских лучей.
В настоящее время сотни лабораторий в самых разных странах мира занимаются либо исключительно кристаллизацией и установлением структур белков, либо используют этот процесс в качестве дополнения и доказательства правильности тех или иных теорий и моделей, основанных на биохимических данных. Сотни структур публикуются каждый год в самых престижных биологических журналах мира, пополняя компьютерную базу данных GenBank. Эта цифра продолжает расти из года в год. К 1971 году было известно только 7 структур. За последние несколько лет это направление значительно прогрессировало и к 2003 году в базе данных www.pdb.ru насчитывалось более 20000 кристаллических структур молекул белков.
Несмотря на значительный прогресс последних лет, кристаллография остается весьма трудоемким процессом, в котором многое зависит от простой удачи. Универсальных правил и гарантий получения кристаллов, которые будут достаточно хорошо рассеивать проходящие через них рентгеновские лучи, на настоящий момент не существует. Обычно процесс получения третичной структуры белка может занимать, в зависимости от опытности кристаллографа, интенсивности работы и других факторов, от нескольких месяцев до пары лет.
Кристаллизация белков используется:
а) как завершающая стадия очистки,
б) для доказательства гомогенности белка,
в) как метод стабилизации при хранении (многие фирмы продают чистые ферменты в виде суспензии кристаллов, помещенных в раствор сульфата аммония),
г) для определения третичной структуры белков методом рентгеноструктурного анализа.


вероятно тоже текст не менялся давно, поищу потом более свежее описание

Википедия англоязычная методы описывает так

ЦитироватьСпособы кристаллизации белка
Диффузия паров

Три способа получения кристаллов, А: Висячая капля. Б: Сидячая капля. C: микродиализ
Диффузия паров является наиболее часто используемым методом кристаллизации белка. В этом методе каплям, содержащим очищенный белок, буфер и осадитель, дают возможность уравновеситься с большим резервуаром, содержащим аналогичные буферы и осадители в более высоких концентрациях. Первоначально капля белкового раствора содержит сравнительно низкие концентрации осадителя и белка, но по мере того, как капля и резервуар уравновешиваются, концентрации осадителя и белка в капле увеличиваются. Если для данного белка используются соответствующие растворы для кристаллизации, в капле происходит рост кристаллов.[12][13] Этот метод используется, потому что он позволяет мягко и постепенно изменять концентрацию белка и концентрацию осадителя, что способствует росту крупных и упорядоченных кристаллов.

Диффузия паров может выполняться как в режиме висячей капли, так и в режиме сидячей капли. Устройство с подвесным капельным устройством включает в себя каплю раствора белка, помещенную на перевернутый покровный лист, который затем подвешивается над резервуаром. Аппарат для кристаллизации сидячих капель поместите каплю на подставку, которая отделена от резервуара. Оба этих метода требуют герметизации окружающей среды, чтобы могло произойти уравновешивание между каплей и резервуаром.[12][14]

Микрочастица
Микрочастица обычно включает погружение очень небольшого объема капель белка в масло (всего 1 мкл). Причина, по которой требуется масло, заключается в том, что используется такой малый объем раствора белка, и поэтому испарение должно быть подавлено для проведения эксперимента в воде. Хотя существуют различные масла, которые можно использовать, двумя наиболее распространенными герметизирующими веществами являются парафиновые масла (описанные Chayen et al.) и кремниевые масла (описанные D'Arcy). Существуют также другие методы микрочастиц, в которых не используется жидкий герметизирующий агент, а вместо этого требуется, чтобы ученый быстро поместил пленку или какую-либо ленту на пластину с желобом после помещения капли в лунку.

Помимо очень ограниченного количества необходимого образца, этот метод также имеет дополнительное преимущество в том, что образцы защищены от загрязнения воздухом, поскольку они никогда не подвергаются воздействию воздуха во время эксперимента.

Микродиализ

Микродиализ использует полупроницаемую мембрану, через которую могут проходить небольшие молекулы и ионы, в то время как белки и крупные полимеры не могут проходить. Устанавливая градиент концентрации растворенного вещества через мембрану и позволяя системе двигаться к равновесию, система может медленно двигаться к перенасыщению, в этот момент могут образовываться кристаллы белка.

Микродиализ может привести к образованию кристаллов путем высаливания, с использованием высоких концентраций соли или других небольших проницаемых для мембран соединений, которые снижают растворимость белка. Очень редко некоторые белки могут быть кристаллизованы путем диализного посола, диализа против чистой воды, удаления растворенных веществ, самоассоциации и кристаллизации.

Диффузия по свободной поверхности раздела

Этот метод объединяет растворы белка и осадка без предварительного смешивания, а вместо этого вводит их через обе стороны канала, обеспечивая равновесие посредством диффузии. Два раствора вступают в контакт в камере с реагентами при их максимальных концентрациях, инициируя спонтанное образование зародышей. Когда система приходит в равновесие, уровень пересыщения уменьшается, способствуя росту кристаллов.


квантовые методы нашла здесь

https://www.crys.ras.ru/dissertations/pending/D'iakova_Iuliia_dissertation.pdf


Дьякова Юлия Алексеевна
САМООРГАНИЗАЦИЯ БЕЛКОВЫХ МОЛЕКУЛ ПРИ ФОРМИРОВАНИИ
КРИСТАЛЛОВ И ПЛЕНОК
01.04.18 – кристаллография, физика кристаллов
ДИССЕРТАЦИЯ
на соискание ученой степени
доктора физико-математических наук
Научный консультант:
член-корреспондент РАН, профессор,
доктор физико-математических наук Ковальчук Михаил Валентинович
Москва – 2021


ЦитироватьВ настоящее время наиболее эффективным методом определения
трехмерной структуры биомолекул с высоким разрешением является метод
рентгеноструктурного анализа (РСА) - более 85% структур в международной
базе данных. При этом доля белков, для которых определена трехмерная
структура, составляет проценты от количества известных белков.
Метод РСА основан на получении дифракционной картины от кристалла
белка. С развитием технологий генерации синхротронного излучения -
появлением источников 4-ого поколения и рентгеновских лазеров на
свободных электронах, требования к размеру кристалла снижаются. Для
определения структуры макоромолекулы с атомарным разрешением
достаточно получить кристаллы субмикронного размера.
Основным «узким» местом определения структуры белков методом РСА
остается поиск условий кристаллизации, необходимый даже для получения
нанокисталлов, который сегодня производится методом проб и ошибок. При
этом для оценки результата - образования кристалла может потребоваться от
нескольких часов до нескольких месяцев. Нерешенным также остается вопрос
соответствия структуры белков и их комплексов с молекулами субстрата в
физиологических условиях функционирования, структуре белков в кристалле.
Решение вышеуказанных проблем требует разработки новых методов и
подходов к исследованию взаимодействия белковых молекул и механизмов их
самоорганизации в упорядоченные системы.
Такие подходы и методы должны обеспечить определение с высоким
пространственным разрешением структуры не только кристаллов, но и
9
слабоупорядоченных систем, включая растворы, в условиях, максимально
приближенных к естественным.
Для эффективного решения данной задачи необходимо применение
комплекса взаимодополняющих современных экспериментальных методик
определения структуры белков и их комплексов в нативном состоянии с
атомарной точностью – синхротронные и нейтронные методы исследования
структуры, молекулярное моделирование и пр

Цитироватьбелков при кристаллизации, но и описать механизм кристаллизации с использованием квантово-механической модели. Это позволит целенаправленно и осознанно разработать принципиально новые методы получения упорядоченных белковых систем. ... В [152] излагаются оценка качества белка, условия и методы кристаллизации, защита кристалла от мгновенного охлаждения, основанные на многолетнем опыте, особенно в отношении кристаллизации белков, проведенной в условиях микрогравитации (JAXA PCG, Japan Aerospace Exploration Agency's High-Quality Protein Crystal Growth Experiment).

В общем этот текст я не уверена что осилю, попробую без фанатизма, сколько получиться понять
Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php

Питер

О  какая   вещь  -  докторская   Юли.  В  четверг с  ней     участвовал  в   рабочем   совещании  по    КИСИ  ( Курчатовский  источник   синхротронного  излучения).  У  нас  там  время  в  сентябре   -  но   скорее  всего   его  не  будет, ремонт  КИСИ   затягивается.   А   крысы  уже   заказаны ...

Про  кристаллизацию.  ВСе  вроде  как  известно,  методичек   море  написано.  Но      белки  они  такие   милашки   -   не     хотят   работать  по  учебнику.  У  нас  соседняя  лаба   лет  пять  бьется  над  одним  белочком   -  и  пока     нет   хотя  бы   плохонькой   структуры. Нет    хороших  кристаллов.
А  оно  вам  надо  ?

Шаройко Лилия

#44
То, что белки не хотят работать по учебнику мне как раз понятно (хотя запросто я могу понимать это неправильно). Их работа основана на физических параметрах, а все эти закономерности известны как модели, вычислены с приближениями и вообще весь слоеный пирог физика-химия-биология и все промежуточные шаги структуры так же известен примерно, в общих чертах.

Крыс давно пора заменять на препараты. Скоро законодательство защиты животных начнет наконец наступать на пятки. За последний год принято пару законов про кошек и собак и домашних животных ужесточающее ответственность хозяев за причинение им вреда. Параллельно расширяются исследования по разумности всех зверушек.
Думаю дальше все будет нарастать в ту же сторону пошагово.
 Кстати препараты могут лежать? В смысле консервироваться? Крыс заказали - исследование отложено немного или вообще перенесено на год.  Заменено другим. Что с ними делают? Препараты не точное название, забыла терминологию, как то было обсуждение примерно года два назад - выращенные клеточные структуры, Вы говорили, что с ними тоже работаете иногда вместо крыс, но их мало или дорого или импортно, точно не помню. Как сейчас- еще хуже или наоборот?

И про диссертацию не совсем понятно - это ирония была или наоборот? Можно на нее(эту работу) примерно ориентироваться по вопросу методик исследования? Она в начале там делает короткий обзор того как это происходит в мире.

Продолжаю думать, что в этой теме -возникновения науки методология не только не является офтопом, но играет роль красной нити для понимания того, что такое наука и следовательно как можно определять ее возникновение.
Ладно, пускай по дате она продолжает быть в вики формулировке

ЦитироватьНаука в современном понимании начала складываться с XVI—XVII веков. В ходе исторического развития её влияние вышло за рамки развития техники и технологии. Наука превратилась в важнейший социальный, гуманитарный институт, оказывающий значительное влияние на все сферы общества и культуру. Объём научной деятельности с XVII века удваивается примерно каждые 10—15 лет (рост открытий, научной информации, числа научных работников)[5]

Слово «учёный» в современном понимании (scientist), сменившее словосочетание «философ, изучающий природу» (natural philosopher), появилось в середине XIX века[6].
.

и ее свойства по тому же источнику

ЦитироватьПо мнению историка науки И. Н. Веселовского, «Современная наука, по существу, опирается на следующие три основы: 1) применение эксперимента, наблюдения и опыта при изучении природы; 2) логические доказательства выводов, полученных из основных предпосылок; 3) возможность математического представления природных процессов»

Но что она такое по отношению к действительности определят на мой взгляд методология конкретных вещей. В частности есть описание методик и есть настоящие белки, которые им соответствуют примерно.
Это не отменяет того, что технологии существуют и работают.
Лекции ученых с навигаторами http://arefiev.k156.ru/lekt.php