Происхождение и эволюция мозга

[Питер]

Кстати, любопытно, что типичный размер экзонов (200-250 п.н.) весьма близок к  типичному размеру петель хроматина (около 200 п.н.). Может быть, экзон-интронная структура ДНК эукариот, это просто следствие того, что примерно через 200-250 п.н.  встречаются участки, отвечающие за крепление ДНК к гистонам, на которых  резко возрастает вероятность ошибок при снятии копий мРНК? Соответственно, что бы уменьшить число ошибок, эти потенциально сбойные участки надёжнее при кодировании просто пропускать? Это, в частности, косвенно подтверждается ещё и тем, что экзон-интронная структура ДНК характерна для эукаритот и архей, у которых ДНК фиксируеттся гистонами, и отсутствует у прокариот, у которых для этих же целей используются нуклеоиды.  

Во-первых,    почему  возрастает  число  ошибок ?
Во-вторых, причем  здесь  пропуски  участков ?  Транкрипт   считывается   подряд -  вместе  с  интронами.  И  на  этом  этапе   полимеразе   фиолетово что  она  читает  -  экзон  или  интрон.  А  сплайсинг  к  хроматимну  имеет весьма  косвенное  отношение.

[Комбинатор]

Во-первых,    почему  возрастает  число  ошибок ?

Возможно, физико-химические свойства ДНК в этих участках несколько другие, что может влиять на количество ошибок. Ведь то, что разные участки ДНК мутируют с разной скоростью, вроде бы, уже вполне доказанный факт.

Во-вторых, причем  здесь  пропуски  участков ?  Транкрипт   считывается   подряд -  вместе  с  интронами.  И  на  этом  этапе   полимеразе   фиолетово что  она  читает  -  экзон  или  интрон.

Разве я с этим спорю?

А  сплайсинг  к  хроматимну  имеет весьма  косвенное  отношение.

Почему Вы так думаете? Можете дать какие-нибудь ссылки на работы, где показано, что коэффициент корреляции в данном случае равен нулю?
Конечно, тот факт, что правило "есть хроматин - есть сплайсинг, нет хроматина - нет сплайсинга" выполняется во всех трёх случаях, может быть и случайностью.  Но может случайным и не быть (априорная вероятность этого порядка .875).

[Питер]

Почему Вы так думаете? Можете дать какие-нибудь ссылки на работы, где показано, что коэффициент корреляции в данном случае равен нулю?
Конечно, тот факт, что правило "есть хроматин - есть сплайсинг, нет хроматина - нет сплайсинга" выполняется во всех трёх случаях, может быть и случайностью.  Но может случайным и не быть (априорная вероятность этого порядка .875).

Хроматин  у  эукариот  есть всегда.  Сплайинг  у  эукариот  есть всегда.   Коээфициент корреляции  -  1.  Ну  и  что ?  Это  просто  разные   механизмы,  практически  не  перекрывающиеся  на  молекулярном  уровне.
Если  следовать  логике  петель,   то  и  размер  интрона  должен  быть  кратен   размеру  петли (кстати,   петли  хроматина  имеют  достаточно    разные  размеры.  И  экзоны  тоже. Вплоть  до 3  п.н.). А  они  могуть  быть  и 100  т.п.н.  в  длину.

[pavel]

Питер, помните мое ошибочное утверждение «глия – нейрон».
Как вам оппозиция «нейрон – мышечная клетка», как организующий принцип психики. Это аналог оппозиции «нуклеотид – аминокислота» - организующего принципа жизни.

[Комбинатор]

Хроматин  у  эукариот  есть всегда.  Сплайинг  у  эукариот  есть всегда.   Коээфициент корреляции  -  1.  Ну  и  что ?  Это  просто  разные   механизмы,  практически  не  перекрывающиеся  на  молекулярном  уровне.

Я имел в виду коэффициент корреляции между хроматиновыми петлями и интронными участками.

Если  следовать  логике  петель,   то  и  размер  интрона  должен  быть  кратен   размеру  петли (кстати,   петли  хроматина  имеют  достаточно    разные  размеры.  И  экзоны  тоже. Вплоть  до 3  п.н.). А  они  могуть  быть  и 100  т.п.н.  в  длину.

Я бы сказал, что если следовать логике петель, то размер экзон должен коррелировать с размером петли (большинство экзон должны быть по размеру меньше размера петли). Разброс размеров петель хроматина, в принципе, достаточно небольшой, где то  от 180 до 260 н.о.  А, например, у C. elegans процентов 80 экзон имеют размер меньше, чем  200. То есть, вроде бы, кое-какие зависимости прослеживаются, хотя, конечно, это может быть и чистой случайностью.

[Питер]

Питер, помните мое ошибочное утверждение «глия – нейрон».
Как вам оппозиция «нейрон – мышечная клетка», как организующий принцип психики. Это аналог оппозиции «нуклеотид – аминокислота» - организующего принципа жизни.

Никак.  Хотя  бы  потому,  что   между  нейроном  и  мышечной  клеткой  отсутствует  прямая   обратная  связь -   нейрон   не  знает,  что сделала в   ответ  на  его команду  мышечная  клетка.
Во-вторых,  только  малая  часть  нейронов   головного  мозга  -  мотонейроны.

[Питер]

Хроматин  у  эукариот  есть всегда.  Сплайинг  у  эукариот  есть всегда.   Коээфициент корреляции  -  1.  Ну  и  что ?  Это  просто  разные   механизмы,  практически  не  перекрывающиеся  на  молекулярном  уровне.

Я имел в виду коэффициент корреляции между хроматиновыми петлями и интронными участками.

Если  следовать  логике  петель,   то  и  размер  интрона  должен  быть  кратен   размеру  петли (кстати,   петли  хроматина  имеют  достаточно    разные  размеры.  И  экзоны  тоже. Вплоть  до 3  п.н.). А  они  могуть  быть  и 100  т.п.н.  в  длину.

Я бы сказал, что если следовать логике петель, то размер экзон должен коррелировать с размером петли (большинство экзон должны быть по размеру меньше размера петли). Разброс размеров петель хроматина, в принципе, достаточно небольшой, где то  от 180 до 260 н.о.  А, например, у C. elegans процентов 80 экзон имеют размер меньше, чем  200. То есть, вроде бы, кое-какие зависимости прослеживаются, хотя, конечно, это может быть и чистой случайностью.

На  самом  деле  в  реально  транскрибируемом  гене в  той  области  где  ползет  РНК  полимераза  нет  петли  хроматина  -  там  все  расплетено  перед   полимеразой .  Ну  и  в  самой  полимеразе  расплавлены  нити  ДНК  - и  опять же   все  равно,   транскрибируется  область экзона  или  интрона.

[pavel]

Странно, а почему нейрон должен знать что сделала в ответ мышечная клетка?  В тоже время обратная связь есть! Иначе как возможна скоординированная деятельность вообще по вашему?
А то что только часть в головном мозге – мотонейроны не аргумент, вы не учитываете эволюционное усложнение нервной системы. В простейших нервных системах нет такого нет.

Аналогия с биологическими (генетическими) отношениями очень помогает. Нуклеотиды (триплет) тоже не «знает» какая аминокислота присоединена, а вот сама генетич. система организована таким образом что присоединение осуществляется правильно и вот здесь обратная связь тоже существет.
Аналогично, и геном все более организован в процессе эволюции да и не все нуклеотиды в ДНК кодируют аминокислоты, есть терминирующие кодоны, гены рибосом и т.д. (так же как и не все нейроны – мотонейроны, есть и чувствительные, вставочные и т.д.)

[Питер]

Странно, а почему нейрон должен знать что сделала в ответ мышечная клетка?  В тоже время обратная связь есть! Иначе как возможна скоординированная деятельность вообще по вашему?
А то что только часть в головном мозге – мотонейроны не аргумент, вы не учитываете эволюционное усложнение нервной системы. В простейших нервных системах нет такого нет.

Аналогия с биологическими (генетическими) отношениями очень помогает. Нуклеотиды (триплет) тоже не «знает» какая аминокислота присоединена, а вот сама генетич. система организована таким образом что присоединение осуществляется правильно и вот здесь обратная связь тоже существет.
Аналогично, и геном все более организован в процессе эволюции да и не все нуклеотиды в ДНК кодируют аминокислоты, есть терминирующие кодоны, гены рибосом и т.д. (так же как и не все нейроны – мотонейроны, есть и чувствительные, вставочные и т.д.)

Если  нейрон  не  будет  знать  -  то скоординированная  деятельность  невозможна. Только  вот  информацию  о  том  что  изменилось  он  получает  не  от миофиламента  - а  от  других  нейронов.  Насчет  мотонейронов  -   они  появляются  очень  рано и  уже  у  нематоды  есть   специализированные  мотонейроны.  

А  аналогии вещь  опасная  и  зачастую  они   все  только  путают.

[pavel]

А эти другие нейроны откуда получают? Начальный пункт – миофиламент.
Как то вы напираете на мотонейроны. Я же не утверждаю что существуют только они. Разные функциональные типы нейронов есть. Просто мышечная система (и железы) – это конечный пункт.
Очень похоже на генетическую систему где есть ДНК и синтезируемые на ней полипептиды и здесь подобным конечным пунктом является полипептид.

Аналогии конечно вещь опасная, как и вообще выдвижение гипотез. Мало ли  не подтвердиться и т.п. – так можно и репутацию потерять. Так что же тогда можно вообще ничего не выдвигать.

Как раз в этом случае аналогия вполне уместная. Это же не аналогия ради самой аналогии,  а основана на вполне реальной проблеме.

[Питер]

А эти другие нейроны откуда получают? Начальный пункт – миофиламент.
Как то вы напираете на мотонейроны. Я же не утверждаю что существуют только они. Разные функциональные типы нейронов есть. Просто мышечная система (и железы) – это конечный пункт.
Очень похоже на генетическую систему где есть ДНК и синтезируемые на ней полипептиды и здесь подобным конечным пунктом является полипептид.

Аналогии конечно вещь опасная, как и вообще выдвижение гипотез. Мало ли  не подтвердиться и т.п. – так можно и репутацию потерять. Так что же тогда можно вообще ничего не выдвигать.

Как раз в этом случае аналогия вполне уместная. Это же не аналогия ради самой аналогии,  а основана на вполне реальной проблеме.

Да  весь  организм  конечный  пункт.  И  мышцы.  и   железы и  пр. и  пр.  Но  тогда  нет именно  вот  этой  пары  нейроны-мышцы. Или вы  видите в  мышцах  нечто такое,  что  принципиально  отличает  их  от  других  тканей в обеспечении  обратной  связи  между  мышцами  и  нервной  тканью ?
И какой  конечный   полипетид  имеет  место  быть в   взаимодействии  нейрон-мышцы ?

[pavel]

Уже не в первый раз я вижу что отрицание основано на недоразумении.
Ни о каком «конечном полипептиде» в «взаимодействии нейрон-мышца» речи вообще не идет!  :!:  :!:  :!:

Идет речь о СРАВНЕНИИ и АНАЛОГИИ отношений «ДНК-полипептид» и «нервная система-мышечная система». Они выполняют АНАЛОГИЧНУЮ роль, соотвественно, отношения «ДНК-полипептид» - в рамках вируса и клетки, а отношения «нервная система-мышечная система» в рамках многоклеточного животного организма.
Если в рамках ЛЮБОГО живого организма есть «поляризация» отношений «ДНК-полипептид», что и служит организующим принципом этого организма (без этих отношений – это был бы просто набор химических веществ). Так и в рамках многоклеточного животного организма существует АНАЛОГИЧНАЯ поляризация, только уже ТКАНЕВЫХ структур, которая служит организующим принципом феномена который носит название ПСИХИКА.
Эта организация (психика) имеет уже надбиологический характер, то есть включает в себя биологические отношения (=отношения «ДНК-полипептид»), но не сводится полностью к ним. Психика возникает как новый принцип организации – организации тканевых структур.

При этом естественно что существуют и другие, «вспомогательные» тканевые структуры, не являющиеся мышечными и нервными. Если брать аналогию с биологическими (генетическими) системами то и там все содержимое не ограничивается только ДНК и белками, но есть и углеводы и жиры и т.д. – такие же «вспомогательные» молекулы.

[DNAoidea]

Павел, что-то я тоже не пойму вашу мысль: вы имеете в виду ступенчатую передачу сигналов с накладывающейся на это иерархией? Или что?

[pavel]

Я имею ввиду классическое понятие уровней организации материи, которое существует веками. Никакой Америки я не открываю в этом смысле.
Понять очень просто:
физический уровень – элементарные частицы
химический уровень – атомы, молекулы - то есть организация элементарных частиц
биологический уровень – вирусы, клетки, многоклеточные (донервные) – то есть организация молекул
психологический – все эуметазоо (животные с нервной системой) – то есть тканевая организация (организация клеток).

То есть образуется взаимоподчиненная иерархическая лестница материальных организаций, где объекты  каждой последующей организации в качестве своих «элементов» содержат объекты предыдущей организации. В частности в рассматриваемом случае, психологическая организация – это отношения тканевых структур: нервной и мышечной систем, в которой «элементами» являются объекты предыдущего биологического уровня организации – клетки.
Все просто.

[Питер]

Павел , честно  -  все  это       аналоговая  заумь.  
Вы  почему-то выбираете    два  типа     клеток  как  аналог  пары ДНК-белок. Уже  на  этом  уровне  возникает  куча вопросв в выборе исходника. А  почему  не  РНК-белок ?  
Все  остальное  объвляется  вспомогательным.  А  почему ?
В  плане  организма все  еще  веселее.  Почему неврная  ткань  -  понятно. А почему  мышцы ? Только  на  основании   того,  что это  также   клетки с  генерацией   потенциала ?