Латеральная геномика

[Питер]

Про  ОЧЕНЬ   тоненькую  струйку  -  это  важно. Реально    это  даже  и  не  струйка,  а  капли.  Видимо,  их  разме  у  прокариот  достаточно   большой.  У  растений -  маленький.   А  у  многоклеточных  животных -  совсем   маленький.
Латеральный  перенос   генов  и  геномов  мог  играть  важную  роль  в  раннней  эволюции  - но  чем  дальше.  тем  меньше  его роль.

[DNAoidea]

меньше - согласен, но всё же некая "циркуляия" по всей биосфере включая всех её организмов, есть. У кого-то, больше, у кого-то меньше...

[feralis]

<И сохраняют собственную идентичность, несмотря ни на что.>

Ну это просто
Есть экологическая ниша и к ней соответственно фенотип а что в нишу не вписывается то вырубается методом прокруста
т е естественного отбора

<Эукариоты многое могут получить от прокариот>

Если я не ошибаюсь вид если он не вымер то значить благоденствует в этой своей нише
и вот получает некая особь ген который позволяет понятно нечто более
Это уже выход из ниши и для прокариот пожалуй видообразование
Надо лишь правильный перенос сделать но у природы и времени и особей вдосталь
а вот у эукариот да еще многоклеточных?
Генная инженерия переносит гены без регуляторных участков
В этой регуляции похоже и секрет редкости переноса
Геному сия новация в виде нового гена незачем да и управлять геном как?
Думаю тут первым делом за дело берется естественный отбор
А вот симбиозы у эукариот дело обычное как и сообщества
Кстати сотрудничество зверей и кишечной палочки это скорее сообщество
а те прокариоты что живут в рубце коровы они еще и перевариваются сама корова
травой лишь кормит квартирантов точно домашних....прокариот
А тут на форуме поражались муравьям кормящих грибы нарезаными листьями

Да структурные гены приходится синтезировать для инженерии либо получать как ДНК копии с и-РНК
Не могут эти гены сами функционировать без регуляторных участков и функциональность рек-ДНК дает вектор где все и записано

Питер
перед мной 3 тома Вирусологии
Вирус не только может захватывать кусок днк хозяина но и на 100 процентов быть заполненыего днк его
Это псевдовирионы
Вирус часто и кажется все вирусы образуют дефектные частици с недостатком до более чем 90 процентов нук-пар вируса
а что до размеров оболочки то она как я понял резиновая в смысле размера
Бывает два вируса одновременно в одной клетке и при капсуляции образуют гибриды генные
а иногда содержимое одного вируса одевается оболочкой другово
и только при повторном заражении новое поколение получает свою оболочку
Дефектные вирусы не тужат и делать их дело помогают например вирусы-помошники у которых набор  полный

[DNAoidea]

"а что до размеров оболочки то она как я понял резиновая в смысле размера"
Это как? Ведь у тех, у кого она белковая - так отдельные её субъединицы так подогнаны друг ко другу, что ни прибвать ни убавить. А вообще конечно - думается это не так редко бывает, что вирус хватает не своё. Вирусов-то много из одной клетки образуется...
а это как ген без руляторной области? Что толку с того? Обычно пихают его под заданный промотор - а то затея потеряет смысл. Порой, конечно, без тонкостей типа там энхансеров или только с так называемым кор-промотором (то есть только тем, что позволяет инициировать транскрипцию), но бывает и что и с "прибабахами".
конечно, чем более сложна регуляция, тем меньше вероятность того, что принесённый ген придётся "ко двору", но всё же не факт что никогда... кроме тоо, он может стать псевдогеном, а там вдруг чего произойдёт (к примеру из-за "фокусов" транспозонов) и нужный энхансер на месте окажется. На счёт отбора согласен - он и является "стражем идентичности".
Кстати, у коров, всё-таки в основном не бактерии, а жгутиконосцы. А чем занимательны муравьи с грибами и листьями? Та же агрикультура...
Да, Фералис, где эта ссылка на ген, очень отличающийся у человека и шимпанзе. Не могу вспомнить где это было... (а надо)

[feralis]

DNAoidea
Снимите с полки БЭС и прочтите статью генная инженерия
Там очень кратко а то у меня книга 650 страниц-долго пересказывать
Да и мой пересказ выше вы видно не прочли внимательно

Как я понял костюмчик подгоняется по крайней мере иногда по содержимому хотя у некоторый вирусов капсула готовиться за полчаса до содержимого
Да кирпичики оболочки плотненько подогнаны вот только домик размером разный почему-то
А уж проэктов оболочек у вирусов не менее чем содержимого разнообразие

Вообще советую прочесть первый том вирусологии-там общий обзор а далее уже детальный разбор вирусов в 2-3 томах
конечно пора переписывать уже тома но я смотрел недавние книги с названием вирусология
Нет не тянут до уровня этого трехтомника

[DNAoidea]

У каждого 2вида" вирусов капсид опредлённого и размера и формы. А в генной инженерии вставляют ген в плазмид, обычно вовнутрь гена, имеющегося на этом плазмиде, но ген этот имеет и промотор тоже на плазмиде. Если пихать голую рамку считывания то эффект будет нулевым - ведь даже РНК не получится.

[feralis]

о вирусах

[feralis]

применение агробактерий для генной инженерии

[feralis]

окончание

[DNAoidea]

feralis - но ведь на тех страницах, которые вы отсканировали не говорится о том, что именно вставляют в плазмиду, там идёт речь о том как устроен сам векторо, но не что именно он несёт. Что он несёт - это другая тема.
Насчёт вирусов - вполне может быть что не у всех вирусов размер строго опредлён.

[Питер]

Фералис,   я  давно  так  не смеялся.  Вы  пытаетесь  доказать, что в вирус можно  засунуть кусок  чужеродной  ДНК    любой  длины,  эффективно его упаковать  и после  этого   также  эффективно   перенести встроенный материал  в  клетку (организм)-реципиент ?
Слушайте,  сделайте   это -  и вам  дадут Нобеля.
А  если серьезно  -  невозможно  упаковать в  вирусную  облочку    фрагмент  ДНК  произвольной  длины.  Это  во-первых.  Во-вторых,   вектор с чужерожным  материалом (неважно какой -  плазмидный,  космидный,   аденовирусный,  далее везде)  очень  сложно    засунуть в  клетку-мишень.  В-третьих,  очень  сложно  добиться  стабильной  интеграции    введенного  трансгена в    организме  хозяина. В-четвертых,  очень  сложно   обеспечить его  адекватную  экспрессию в  нужном  месте  и в  нужное  время.   Вы  когнда-нибудь  руками    занимались   чем-то  подобным ?  
Если  нет  -  попробуйте,  получите  массу странных   проблем.  И  если  решите  их  и  сделаете   универсальную  простую  систему  доставки - то  точно  получите  Нобеля.

[feralis]

питер
вы своим смехом отвлекаете меня от написания нобелевской лекции\шутка конечно\

Берг в своей книге сразу говарит что все эти описания опытов схематичны и не есть руководство
Вы трижды упомянули слово сложно
А веть верно сложно под лежачий камень и воде......
а Берг свою нобелевскую уже получил и буть просто то ее б и не давали

насчет намериния засунуть в вирус произвольный кусок днк
Берг как раз массу страниц посвящает описанию подготовки плазмид космид  фазмид
описывает почему в одни  носители можно вставлять большие куски а в др малые
и почему в фаг где полный геном 48500 пар нукл днк должна быть от 38000 до 52000 пар н-для упаковки
Что и как вырезают
Кстати вставка произвольной длины безсмысленна

Вы просто сели в лужу разговаривая с DNAoidea о вирусах
А когда я поправил решили спасти репутацию ругая
Я ж никогда отсебятину не несу а что пишу сверяю с серьезным источником

Да попытайтесь решить проблему искуственной регуляции в геноме и Нобель вам обеспечен
А потому изучайте мобильные элементы

DNAoidea
Файлы о генной инженерии предназначались вообще то не вам  просто есть и личная переписка
а подвесия я их тут для всех кому интересно
Для вас логично было б описать вектор на основе вируса

Еще считаю что генную инженерию и горизонтальный перенос надо развести
И потому фотки эти и подвесил

[Питер]

Чего  чего ?  И  где  это я  в лужу сел ?

[Питер]

Насчет  развести  генетическую  инженерию  и горизонтальный  перенос.  Во-первых,  горизонтальный  перенос   и  есть  природная  генетическая  инженерия. Во-вторых,  изучение   возможностей  генетической  инженерии в  лабораторных условиях   как  раз  реально  показывает,   насколько  возможен  процесс  природной  генетической  инженерии.
Мы  опять  приходим все  ктому  же  -  к  примерам   природной  генетической  инженерии с  латеральным  переносом  генов.  У   животных.  Они  есть  или  нет ?  Я  честно  не  знаю  ни  одного.

[feralis]

Когда начались пересадки генов в 70гг здорово боялись что искуственные монстры вызовут экстраординарные последствия
а теперь через 30 лет нашли один лишь случай переноса к дрожжам
Вы отмахнулись тогда от моей ссылки как от надоевшей мухи
А может вам надо перенос от обезьяны к человеку?
я ссылок таких не встречал да и дело вроде наказуемое
Может DNAoidea поможет мне с сылками по переносу от прокариот к эукариотам а то я с ног сбился искать

Я правда полагаю что запрет на перенос генов к эукариотам и среди них имеет причиной сложность регуляторных связей в геноме
Ну как преодолеть эти регуляторы?
Чесно говоря обьяснения Александра как-то притянуты
Надоб обсудить их
Они ж\регуляторы\ и ненужные пластиды выкусывают в клетке или они там в клетке растительной так и остаются на вечно?
поясните
Про выкусывание трансбозонов читал но без подробностей хотя и понятно что как и почему неизвестно

Питер
Так вот вся эта сложная инженерия с подготовкой векторов вставок с их липкими и тупыми концами и показывает что
приходится преодолевать не какие-то препятствия а как шахтерам буравить сплошняк
Это у эукариот
У прокариот как дела -обещали скоро материалы подбросить
Но вроде там проще куда проще
Да Питер
Вы ж сами себе противоречите говоря о лаболаторной генной инженерии  как модели природного переноса
Так где они эти природные переносы?Сами ж говарите что не знаете ни одного
Конечно отдельные гаечки\винтики естественные но машина-то собрана вполне искуственная и в природе такой нет
Питер
у меня к вам вопросы будут раз такой вы знающий но это потом

Александр
Когда вы задавали свои вопросы на теме о транспозонах то проявили такие знания терминологии что я и подумал что вы просто нас экзаменуете
Но это я наверное не понял просто а то листая Берга подумал что тут-то ответы выложены и вроде даже мне понятным языком
Я помолчу на той теме  а на этой сам поспрашиваю