Кодирование 3D структуры в ДНК

Kondrakr · декабря 03, 2020, 06:48:03

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 02:38:22Что касается авторства, то я не Марков.

И не Иванников?

Удивительно. Поразительное совпадение образа мысли. Не иначе, как унифицирующее влияние диссипативной системы на человеческие зиготы с разным геномом.

Лаплас · декабря 03, 2020, 13:13:17

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 03:35:22Проблема, насколько можно понять из комментариев, представляется пока не решённой только в англоязычной науке.

Решённая она, решённая. Более или менее в целом, конечно, но для ответа на ваши вопросы этого достаточно. Поэтому фразы типа "информация о будущем организме содержится в ДНК" и тому подобные, надо понимать так, что всё что есть - в ДНК, а не так, что в ДНК есть план будущего организма. Ну, а что же всё-таки содержится в ДНК, написано в детской ссылке. Более точно как это работает и кто открыл - в статье "Самоорганизация в организме и мозге", в главе "Филогенез и морфогенез", начиная с фразы "Механизм самоорганизации многоклеточного организма ...". Из последней будет понятно в том числе и где в морфогенезе диссипативная самоорганизация и почему, например, в Физической энциклопедии в статье про Неравновесные фазовые переходы написано следующее:

ЦитироватьН. ф. п. и в др. системах: физических (образование конвективных ячеек Бенара; возникновение осцилляции напряжённости электрич. поля в диоде Ганна), химических (появление автоколебаний и автоволн при хим. реакциях), биологических (переход в режим ритмич. активности нейтронных ансамблей; образование неоднородных структур при морфогенезе) и т. д.

Неравновесные фазовые переходы - Физическая энциклопедия

Питер · декабря 03, 2020, 13:27:06

А вам не кажется, что "информация закодирована в ДНК" и "план организма закодирован в ДНК " - это разные вещи ?
Для начала можно почитать вот этот обзор по дрозофиле и главным генам, определяющим развитие мухи.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28778878/

Лаплас · декабря 03, 2020, 13:38:35

Цитата: Питер от декабря 03, 2020, 13:27:06А вам не кажется, что "информация закодирована в ДНК" и "план организма закодирован в ДНК " - это разные вещи ?

Мне? Естественно, разные - я так и пишу: "фразы типа "информация о будущем организме содержится в ДНК" и тому подобные, надо понимать так, что всё что есть - в ДНК, а не так, что в ДНК есть план будущего организма". Собственно, об этом и речь, что в ДНК нет плана организма. Собственно, если быть совсем точным, то в ДНК вообще нет никакой информации, но это уже к теме как раз не относится.

***

Kondrakr, вот ещё популярная ссылка, о том, что в ДНК и как это работает:

Дай пять: как математика управляет развитием пальцев - Биомолекула.

Питер · декабря 03, 2020, 13:56:25

Лаплас, получилось странно - я отвечал не Вам, но пока писал и отправлял - появился ваш ответ.
А вот то что в ДНК вообще нет никакой информации - для меня странная позиция.

Kondrakr · декабря 03, 2020, 13:58:50

Я там где-то дал ссылочку на англоязычную дискуссию по данной теме. Господа, обратите внимание, насколько англо-саксы неагрессивно обсуждают вопрос. Я конечно понимаю, что на нашем форуме собрались люди авторитетные (не чета пиндосам), но не стоит доводит интенсивность демонстрации своей маскулинности до уровня советской казармы. Давайте как-нибудь дружелюбнее будем?

Лаплас · декабря 03, 2020, 14:02:14

Цитата: Питер от декабря 03, 2020, 13:56:25А вот то что в ДНК вообще нет никакой информации - для меня странная позиция.

Её нет, только "если быть совсем точным". Дело в том, что если строго, то:

ЦитироватьХотя информация должна обрести некоторую форму представления (то есть превратиться в данные), чтобы ею можно было обмениваться, информация есть в первую очередь интерпретация (смысл) такого представления (ISO/IEC/IEEE 24765:2010)[10]. Поэтому в строгом смысле информация отличается от данных, хотя в неформальном контексте эти два термина очень часто используют как синонимы.

Информация - Википедия

Другими словами, информация как таковая есть только в голове.

Kondrakr · декабря 03, 2020, 14:03:34

Цитата: Питер от декабря 03, 2020, 13:56:25я отвечал не Вам

Вообще, мой вопрос звучал как "Известно ли достоверно, как в геноме многоклеточных эукариот кодируется трёхмерная структура целого организма и порядок эмбриогенеза?". Про ""план организма закодирован в ДНК [Господом нашим Иисусом Христом]" я не писал. Давайте не доводить аргументы друг друга до абсурда.

Питер · декабря 03, 2020, 14:13:20

Ответ на этот вопрос звучит как "В целом да". Известные основные морфогены и морфогенетические пути, но деталей не ясных масса.

Питер · декабря 03, 2020, 14:15:05

Цитата: Kondrakr от ноября 30, 2020, 05:03:21Ну, вообще говоря, должен быть закодирован и этот сигнал и полная схема того, где расположенная клетка и в какой момент должна этот сигнал подавать. То есть всё равно, без "прошитого" полного "чертежа", фенотипически стандартный для данного вида трехмерный организм не сформируется.

Но вот этого в геноме нет.

Лаплас · декабря 03, 2020, 14:21:03

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 14:03:34"Известно ли достоверно, как в геноме многоклеточных эукариот кодируется трёхмерная структура целого организма и порядок эмбриогенеза?"

Так и известно. В виде набора правил локального взаимодействия. Тьюринг строго математически доказал, что чтобы получить структурную организацию всей системы, необязательно иметь план системы, а можно ограничиться исключительно заданием правил близкого взаимодействия образующих систему элементов. Как всё это в целом в организме происходит, написано в ссылках. Вы только что об этом узнали, естественно, в голове ещё не укладывается. Я поэтому вам сразу написал - обратите внимание на фразу Маркова, о сложности восприятия подобных процессов.

Alexeyy · декабря 03, 2020, 14:36:39

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 14:21:03
Тьюринг строго математически доказал, что чтобы получить структурную организацию всей системы, необязательно иметь план системы, а можно ограничиться исключительно заданием правил близкого взаимодействия образующих систему элементов.

А как бы выглядил план такой системы как организм в ДНК, если бы в ДНК он был?
Чтобы утверждать, что этого нет надо же представлять себе что это такое ... не так ли?

Лаплас · декабря 03, 2020, 14:56:25

Цитата: Alexeyy от декабря 03, 2020, 14:36:39Чтобы утверждать, что этого нет надо же представлять себе что это такое ... не так ли?

Это не сложно представить. Наличие в ДНК плана организма означает, что в ДНК зашифрован алгоритм его построения. Однако ничего такого, что могло бы его шифровать, в ДНК не заметно. Тем не менее если говорить в принципиальном смысле - а вы, видимо, именно так вопрос и ставите, то в ДНК может что угодно быть - мир же ещё не до конца понятен. Но для объяснения морфогенеза вполне достаточно вот того, о чём речь выше.

Kondrakr · декабря 03, 2020, 15:06:26

Цитата: Питер от декабря 03, 2020, 14:15:05Но вот этого в геноме нет.

Стоит ли это утверждать настолько категорично, коль скоро все признают, что "белых пятен" в механизмах онтогенеза полно. Возможно, Вам будет любопытна вот эта свежая статья, в которой описаны буквально десятки существующих интерпретаций и подходов:
https://www.google.com.au/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=&ved=2ahUKEwj1koL01rHtAhX6ILcAHVE-ArcQFjADegQIDRAC&url=https%3A%2F%2Fwww.mdpi.com%2F2409-9287%2F5%2F4%2F35%2Fpdf&usg=AOvVaw27iobirrpiIBHmfBXrHh3e
Я не говорю, что Вы не правы, но мне кажется, можно делать допущение допустимости и иных интерпретаций.

АrefievPV · декабря 03, 2020, 15:17:26

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 14:56:25
Наличие в ДНК плана организма означает, что в ДНК зашифрован алгоритм его построения.

А что «расшифровывает»? Среда, которая непосредственно окружает ДНК?

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 14:56:25
Однако ничего такого, что могло бы его шифровать, в ДНК не заметно.

Если среда является «рашифровщиком», то, может, она является и «шифрователем»?,
Тогда, соответственно, этого «шифрователя/расшивровщика» (ничего такого, по вашему выражению) в самом ДНК и не будет...