Ранняя жизнь и её возникновение.

Автор Alexeyy, ноября 08, 2020, 11:51:48

« назад - далее »

АrefievPV

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 13:58:11Под текстом Павла вообще очень хочется подписаться, двумя руками. Единственный момент - вроде бы в этой фразе
 
Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 11:24:47Или, архея захватила бактерию, но не съела её, а включила в себя и стала существовать с ней совместно – это тоже «слипание»
речь идет о том как митохондрия стала органеллой клетки. Но не сталкивалась с тем что там речь идет именно об архее
Возможно, вы ещё не добрались до этого сообщения (на стр. №8, темы, которую вы, вроде, хотели прочитать):
Цитата: АrefievPV от марта 25, 2021, 14:18:04Кроме того, формирование эукариот было много этапным (типа, куча разных маленьких революций):
https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg250401.html#msg250401
Цитировать12:49 – слайд «Origin of the eukaryotic cell». Далее она поясняет возникновение мембран на примере этого рисунка. Поскольку она говорит, что, возможно, органеллы возникали не посредством поглощения, а в результате «обнимания», то дополню сразу ссылками (по последней наиболее интересная информация, на мой взгляд):

Описан новый надтип архей, к которому относятся предки эукариот
https://elementy.ru/novosti_nauki/432910/Opisan_novyy_nadtip_arkhey_k_kotoromu_o

Обнаружен живой представитель асгардархей
https://elementy.ru/novosti_nauki/433521/Obnaruzhen_zhivoy_predstavitel_asgardar

Подсчитан вклад архейных и бактериальных генов в эукариотные геномы
https://elementy.ru/novosti_nauki/433633/Podschitan_vklad_arkheynykh_i_bakterial

Предложена новая гипотеза происхождения эукариот
https://elementy.ru/novosti_nauki/433648/Predlozhena_novaya_gipoteza_proiskhozhdeniya_eukariot

15:16 – слайд со схемой формирования эукариотической клетки. Было много этапов слияний (аутогенез, симбиогенез). Предоставленные выше ссылки – в тему.
По ссылкам можно пройтись, статьи интересные.

P.S. Немного оффтоп: у меня сложилось впечатление, что вы тему так и не прочитали (то ли времени на всё не хватало, то ли желание пропало – не знаю). Я прав?

Шаройко Лилия

#61
Цитата: Alexeyy от июля 29, 2022, 14:46:45Тогда, видимо, Вы имели в виду другую проблему (я, наверно, невнимательно прочитал) - проблему белков, возникающую в рамках гипотезы первичности РНК-мира (но если эта гипотеза не верна, то и проблемы нет). Тогда проблема - не решена, но есть сильный экспериментальный ход на пути её решения (самими же РНК-кашниками). Который, по суди, означает отворот от этой гипотезы.

И как выглядит последовательность событий, в которой возникновение белков не имеет значения?

Шаройко Лилия

#62
Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 14:48:59Немного оффтоп: у меня сложилось впечатление, что вы тему так и не прочитали (то ли времени на всё не хватало, то ли желание пропало – не знаю). Я прав?
Я тогда до нее не доросла просто, не осилила скорее всего, и у меня начался именно в это время в (марте 21 года) сплошной личный ад
 эпидемии длинной почти год,  худшее время за все предыдущее с момента рождения, с пиком именно в том марте-мае, я читала только медицинскую литературу и ее было очень много, на уровне грацы возможности восприятия.

Сейчас вроде бы все нормально, и меньше нагрузка на мозг, есть шансы понять
:)
тогда я наверное здесь не буду слишком активно маячить, лучше почитаю. Саму тему, точнее обе на которые ссылки в Вашем тексте  я открывала неоднократно, часть сообщений читала, но конечно, не все.
Что за сообщение №8 и о какой теме идет речь  мне не понятно. Я много чего собираюсь, не всегда удается. Хочешь насмешить мироздание -сообщи ему про свои планы(с)

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 14:53:37
Цитата: Alexeyy от июля 29, 2022, 14:46:45Тогда, видимо, Вы имели в виду другую проблему (я, наверно, невнимательно прочитал) - проблему белков, возникающую в рамках гипотезы первичности РНК-мира (но если эта гипотеза не верна, то и проблемы нет). Тогда проблема - не решена, но есть сильный экспериментальный ход на пути её решения (самими же РНК-кашниками). Который, по суди, означает отворот от этой гипотезы.

И как выглядит последовательность событий, в которой возникновение белков не имеет значения?
Это как не имеет значения?

Шаройко Лилия

#64
Алексей, с моей точки зрения ситуация выглядит так

ЦитироватьШаройко Лилия от Сегодня в 00:37:03
Действительно ли сейчас проблема возникновения белков считается решенной?

Alexeyy Сегодня в 09:57:19
Да. Только правильнее сказать пептидов.

Шаройко Лилия от Сегодня в 13:58:11

Меня интересует весь спектр пути превращений от аминокислот к пептидам, потом этапы усложнения на пути к белкам.

Alexeyy Сегодня в 14:46:45
Тогда, видимо, Вы имели в виду другую проблему (я, наверно, невнимательно прочитал) - проблему белков, возникающую в рамках гипотезы первичности РНК-мира (но если эта гипотеза не верна, то и проблемы нет). Тогда проблема - не решена, но есть сильный экспериментальный ход на пути её решения (самими же РНК-кашниками). Который, по суди, означает отворот от этой гипотезы.


Шаройко Лилия Сегодня в 14:53:37
 И как выглядит последовательность событий, в которой возникновение белков не имеет значения?

Я последнее Ваше сообщение в приведенной мной цепи вопросов и ответов воспринимаю так, что положение вещей в нынешних представлениях научного сообщества о возникновении жизни склоняется к отходу от гипотезы РНК мира и заменяет ее какой то другой, о которой я не знаю, и которая делает мои вопросы про отдельное независимое происхождение белков  в процессе их усложнения от первичных коротких пептидов неважными и вопрос возникновения белков неправильным,

А правильным  в вашей системе координат становится в этом контексте
 - вопрос возникновения пептидов. 

Если все вообще не так, то у нас логика отличается и в данном случае мы взаимопонимания как видимо не находим
Тогда  предлагаю это направление свернуть, я все равно еще буду
(точнее собираюсь если ничего очередного не произойдет, что мне помешает )
  читать эту ветку, возможно, сама найду ответы для себя не тратя Ваше время.

АrefievPV

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 15:00:04
Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 14:48:59Немного оффтоп: у меня сложилось впечатление, что вы тему так и не прочитали (то ли времени на всё не хватало, то ли желание пропало – не знаю). Я прав?
Я тогда до нее не доросла просто, не осилила скорее всего, и у меня начался именно в это время в (марте 21 года) сплошной личный ад
 эпидемии длинной почти год,  худшее время за все предыдущее с момента рождения, с пиком именно в том марте-мае, я читала только медицинскую литературу и ее было очень много, на уровне грацы возможности восприятия.
Нет, это было совсем недавно:
Цитата: АrefievPV от июля 05, 2022, 20:24:57
Цитата: Шаройко Лилия от июля 05, 2022, 20:04:47но как переходную форму гелеобразной жизни не могу представить.
Я думаю, что это даже не переходная форма жизни, а исходная форма жизни. Нечто подобное  описывал (в том числе, и в этой теме: https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.0.html).

Правда, такую исходную бесклеточную (соответственно, и безмембранную) форму жизни я обозвал протоплазменной формой жизни.
И вы начали читать эту тему:
Цитата: Шаройко Лилия от июля 05, 2022, 20:32:32Я сходила, там в первом тексте и втором только ссылок штук двадцать. Это с утра, на свежую голову однозначно
:)
но спасибо, я усомнилась в однозначности невозможности
Цитата: Шаройко Лилия от июля 06, 2022, 15:52:37Я пока что читаю ссылки Арефьева, утро мое началось поздно, я как то в 3-4 часа ночи засыпаю, плюс суеты все еще много посторонней, она затихает постепенно,
Цитата: Шаройко Лилия от июля 06, 2022, 19:57:48Ладно, тогда будем с начала все три ролика.
Но если пойти по всем ссылкам, а там еще  в ссылках будут ссылки, то я вернусь недели через две наверное
:)
вероятно найду какой то компромиссный вариант.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 15:00:04Что за сообщение №8 и о какой теме идет речь  мне не понятно. Я много чего собираюсь, не всегда удается. Хочешь насмешить мироздание -сообщи ему про свои планы(с)
Не сообщение №8, а страница №8:
Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 14:48:59Возможно, вы ещё не добрались до этого сообщения (на стр. №8, темы, которую вы, вроде, хотели прочитать):
Цитата: АrefievPV от марта 25, 2021, 14:18:04Кроме того, формирование эукариот было много этапным (типа, куча разных маленьких революций):
.....
Всю цитату из того сообщения не стал снова приводить, многоточие поставил.

Речь идёт о теме: https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.0.html.
Кроме того, если по ссылке на цитату кликнуть, то на эту тему и переходишь.

P.S. Меня даже удивило, что вы про март 21 года упомянули...

Шаройко Лилия

Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 15:54:21P.S. Меня даже удивило, что вы про март 21 года упомянули...

Потому что я вижу в ссылке эту дату

Цитата: АrefievPV от марта 25, 2021, 14:18:04
и при переходе по ссылке тоже вижу сообщение от АrefievPV марта 25, 2021

а примерно в это время у меня возник бан на год, а вскоре... да ладно, неважно.

В общем сегодня не мой день по взаимопониманию.
:)
Но теперь я думаю сейчас я все про страницу поняла, я уже сижу в первой статье на Элементах. Но если сразу бежать во все стороны ни одного зайца понимания догнать не выйдет. Поэтому я пока не знаю куда лучше плыть, вообще то хочу разобраться с белками и рибозимамии и как образовывались связи коротких фрагментов и как это происходит на уровне физики распределения энергии между орбиталями.
Пока мне кажется это ключ понимания какие варианты соединений могли произойти и какие условия для этих реакций требовались и что из них могло происходить в существовавшем тогда субстрате первых базальтов планеты.

Но археи это тоже одна из моих самых любимых тем, я потеряла их из концентрации внимания несколько лет назад и пропустила новые исследования, так что за ссылки спасибо, сейчас попробую.
В принципе археи и их возникновение это тоже ранние этапы жизни, если в статьях есть новая пища для размышлений и упоминание ранних этапов их возникновения, то интересно.

Просто я и вообще то не могу читать в таких количествах как Вы , а  сейчас еще и пока лето зашкаливает внешнее давление подготовки всей недвижимости к зиме. Сегодня свободный от этого день и я не знаю что важнее - или больше читать или воспользоваться возможностью прямых контактов с собеседниками, пока они со мной вообще разговаривают, не так уж часто это происходит
:)

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 15:42:02Я последнее Ваше сообщение в приведенной мной цепи вопросов и ответов воспринимаю так, что положение вещей в нынешних представлениях научного сообщества о возникновении жизни склоняется к отходу от гипотезы РНК мира и заменяет ее какой то другой, о которой я не знаю, и которая делает мои вопросы про отдельное независимое происхождение белков  в процессе их усложнения от первичных коротких пептидов неважными и вопрос возникновения белков неправильным,

А правильным  в вашей системе координат становится в этом контексте
 - вопрос возникновения пептидов. 
Да как-то так ... потом до белков - уже гораздо проще (просто отбором ...). Выше, на вопрос Питера, какие-то ссылки уже приводил. Вот ещё раз - (немного, старенькая) обзорная статья. Прицепляю теперь и её русское огугление (хотя РНК-шники почему-то это направление исследований особо не замечают; но, тем не менее, в рамках своих исследований стали отходить от первичности гипотезы РНК мира в том виде, в каком она была изначально сформулировано и что стало их сближать с пептидщиками).

Maury C. P. J. 2018. Amyloid and the origin of life: self-replicating catalytic amyloids as prebiotic informational and protometabolic entities. Cell Mol Life Sci., 75(9): 1499–1507,  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/ .

Шаройко Лилия

Пока не вижу тут "просто отбора" в отношении белков, вроде как похоже на приведенную мной статью, где белки  создаются на базе РНК, только здесь их создают реакции

ЦитироватьРешающим этапом в происхождении жизни стало появление первой молекулярной сущности, способной к репликации, передаче информации и эволюции на ранней Земле. Гипотеза амилоидного мира утверждает, что в эпоху до РНК обработка информации была основана на каталитических амилоидах. Самосборка коротких пептидов в β-листовые амилоидные конформеры приводит к необычайной структурной стабильности и новой многофункциональности, которые не могут быть достигнуты соответствующими неагрегированными пептидами. Новые функции включают саморепликацию, каталитическую активность и передачу информации.

Экологически чувствительные циклы репликации с помощью шаблонов генерируют множество полиморфов амилоида, на которые могут воздействовать эволюционные силы, а фибриллярные сборки могут служить каркасами для самих амилоидов и для рибонуклеотидов, белков и липидов. Роль амилоида в предполагаемом процессе перехода от амилоидного мира к амилоидно-РНК–белковому миру не ограничивается строительством и защитой: взаимодействия между амилоидом, РНК и белком являются сложными и совместными, и амилоидные сборки могут функционировать как протометаболические образования, катализирующие образование простых предшественников метаболитов.

Появление первичной, основанной на амилоидах, чувствительной, хироселективной и исправляющей ошибки системы обработки информации и развитие мутуалистических сетей, возможно, сыграли важную роль в динамических процессах, которые привели к усложнению, организации, разделению и, в конечном итоге, к возникновению жизни.

статья, где белки  создаются на базе РНК
Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Еще статья

Как возникла жизнь на Земле: раскрыт секрет появления белков в мире РНК
Андрей Жуков  4
16.05.2022

ЦитироватьРанее мы рассказывали, что у истоков возникновения жизни на Земле существовал так называемый мир РНК. Ученые предполагают, что составляющие РНК могли быть занесены на нашу планету с метеоритами. Напомним, что рибонуклеиновые кислоты способны хранить информацию и копировать ее, то есть они могут самовоспроизводиться. При этом в процессе копирования возможны мутации, которые могут быть как вредными, так и полезными. Причем в отличие от ДНК, РНК может самовоспроизводиться самостоятельно, без помощи белков-ферментов. Но остается открытым вопрос, как возникли белки? Ведь информация о белках закодирована в ДНК, но в мире РНК дезоксирибонуклеиновой кислоты еще не было. Ответ на этот вопрос дали сотрудники Мюнхенского университета....

...Теперь же, в новом исследовании, опубликованном в издании Nature, ученые показали как модифицированные РНК способны сами по себе создавать небольшие белки из аминокислот. Для этого авторы работы синтезировали РНК с модифицированными буквами и поместили в раствор с аминокислотами.

Исходя из того что статья 2022 года на четыре года позже чем публикация

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/

Опубликовано онлайн 17 марта 2018 года

окончательное мнение всего научного сообщества не сформировалось окончательно.

Может вообще все закончится тем, что будут признаны все открытые пути как или возможные варианты или возможно существовавшие параллельно.

Шаройко Лилия

#69
Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 16:19:54Но теперь я думаю сейчас я все про страницу поняла, я уже сижу в первой статье на Элементах.
Прочла первую статью, там пока уверенного утверждения внутреннего ядра, капитально отличающего археи и прокариоты от эукариот вроде нет. И  других органел, отделенных мембраной еще у описываемых архей не вижу, там такие формулировки в этом отношении

ЦитироватьCудя по набору генов, клетки асгардархей могут иметь весьма сложную организацию. Они почти наверняка обладают подвижными мембранами; с большой вероятностью у них есть внутриклеточные мембранные структуры, аналогичные эндоплазматическому ретикулуму и аппарату Гольджи.

Может быть, у них даже есть какое-то подобие ядра (ведь ядерная оболочка, как известно, образует единое целое с эндоплазматическим ретикулумом, а у асгардархей могут присутствовать сложные транспортные системы, способные обеспечить транспорт молекул между протоядром и цитоплазмой). Не исключено также наличие у асгардархей способности к фагоцитозу. Это могло бы сильно облегчить захват бактериальных симбионтов — предков митохондрий.

Наличие компонентов убиквитин-зависимой системы деградации белков свидетельствует в пользу того, что у асгардархей, как и у эукариот, белки подвергаются регулярному ресайклингу: отслужившие молекулы разбираются на запчасти, а вместо них синтезируются новые. Это позволяет оперативно регулировать состояние клетки в зависимости от меняющихся условий (у эукариот такая регуляция развита гораздо сильнее, чем у типичных прокариот). Наличие везикулярного транспорта и убиквитиновой системы косвенно свидетельствует в пользу того, что клетки асгардархей, возможно, имеют не только сложное строение, но и весьма крупные (по прокариотическим меркам) размеры.

То есть воспринимаю описание как вероятность существования внутренних органел с мембранами среди которых теоретически могли быть и митохондрии и другие слияния. Но это пока 2017 года статья, вероятно следующие ссылки еще новее и там ситуация может разворачиваться.

Википедия и приведенное мной определение архей, конечно, это просто ориентировочный источник, там запросто может быть информация устаревшая или наоборот исправленная "по бырому", не отражающая ситуацию.
Читаю дальше следующие статьи Элементов
беседу этого направления пока не пытаюсь перенести в тему из которой ссылки, не знаю поступать ли так и осилю ли я обе темы одновременно.

Если Алексей скажет что тут это офтоп или Павел, Вы скажете что это удобнее, то перенесу туда продолжение

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 17:05:47Пока не вижу тут "просто отбора" в отношении белков, вроде как похоже на приведенную мной статью, где белки  создаются на базе РНК, только здесь их создают реакции
"Тут" - это где?

Шаройко Лилия

В приведенной Вами ссылке, и как вывод из нее. Но я еще не закончила и открыла ссылки Павла с Элементов. Я думаю решительно притормозить прямо сейчас и перестать бегать по перону в попытках вскочить в оба поезда сразу, или лучше во все пять, они как то все таки в разные стороны едут, хотя общее понимание ранней жизни могут дать в более объемной картине.

И неторопять читать все по порядку, включая Ваш разговор с Питером, я не по всем ссылкам прошла
Поэтому я уже поздним свои вечером печатать следующее сяду после 12-ти, я засыпаю примерно в 3-4 ночи.
Как раз можно спокойно изложить свои мысли пока остальные бродят по беспричинным лабиринтам подсознания
:)

Alexeyy

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 18:17:49В приведенной Вами ссылке, и как вывод из нее.
Так Вы же её содержимое ещё не смотрели. Какой вывод?

Шаройко Лилия

Я вообще-то процитировала фрагмент из Вашей ссылки.
Я вечером вероятно покину Вашу тему и буду печатать в своей.
Мне беседа в которой собеседнику вообще наплевать на обсуждаемый предмет, а главное победить нафиг не нужна
ЯСНО?

Alexeyy

#74
К сожалению, не заметил, что Вы привели фрагмент из перевода статьи по моей ссылке: у меня почему-то отображается, что число скачиваний перевода файла статьи =0 (наверно, глюк сайта) и я подумал, что этот текст не из ссылки (поэтому, удивился, когда Вы сказали, что там не видите и, поэтому, решил уточнить ... ).
 
Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 17:05:47Пока не вижу тут "просто отбора" в отношении белков, вроде как похоже на приведенную мной статью, где белки  создаются на базе РНК, только здесь их создают реакции
Да: там вопрос о том, как появились белки из пептидов - не рассматривается.
 Но думаю, что если это - уже живой организм, то отбор как-то потом вырулит, если в них будет необходимость (что и имел в виду). Хотя, не уверен, что тут не обошлось без РНК (или ПНК). Да: тут - не ясно. В этом смысле вопрос о том, как появились белки, да, открыт.