Биологическая эволюция - вечный двигатель?

[Evol]

Я только "чую", что именно с РНК должна быть связана отрицательная энергетическая функция, как потенциальная ниша для того, что передается при мутации.

Здесь, по моему мнению, и чуять не надо, уважаемый василий андреевич. Вы же предлагали рассматривать молекулу нуклеиновой кислоты как последовательность квантовых осцилляторов, находящихся во взаимодействии. Модельно отдельный осциллятор представлен в виде пятичленного фуранозного цикла, связанного с азотистым основанием. Сам фуранозный цикл может принимать большое количество различных конформаций, причем чаще прочих встречается СЗ-эндо-конформация.
В целом такой осциллятор представляет собой колебательную систему со своим набором характерных типов гармонических колебаний или вибрационных мод. В свою очередь, каждое из нормальных колебаний подобной системы (вроде колебаний атомов в молекулах цикла), характеризуется своей частотой.

[Evol]

Набор частот представляет вибрационный или колебательный спектр. Невынужденное - произвольное - колебание системы можно представить в виде суперпозиции различных нормальных колебаний. Ввиду чего отдельная вибрационная мода обретает свойство квазилокальности. Ее частота в фуранозном кольце будет адиабатически зависеть от пары последовательных конформационных состояний цикла. Если предположить, что эти конформационные состояния равновероятны, то появится возможность рассчитать величину потенциальной энергии нелокализованного электрона в фуранозном кольце. Расчет даст картину симметричной двойной потенциальной ямы с двумя минимумами.

[Evol]

Нарушение равновероятности закономерно поляризует минимумы, один из которых окажется отрицательным по знаку в модели.

[Evol]

И постоянно голодна. Возможно, голодна крайними состояниями, тогда как большую часть времени находится в среднем.

Похоже на картинку постоянно "голодной" РНК, картина двойной потенциальной ямы которой напоминает картину периода химических элементов с полярными состояниями и пиком валентности между ними? Как нахождением в среднем состоянии, суперпозиции.

Биофизики давно разобрались с этим.

[Evol]

Очень надеюсь, что самые искушенные из тех, кто читает наши ответы в теме, немедленно догадаются, что диаграммой симметричной потенциальной ямы будет окружность с выделенным центром - точкой - посередине, а ямы с поляризованными минимумами - эллипс с обозначенной точкой в одном из фокусов. Можно будет, без особого труда, сравнить эти диаграммы с моделями известных систем, вроде Солнечной. И подумать, в частности, о том, не приведет ли данное сравнение к мысли о наличии рекурсии во всей ее наглядной очевидности.

[василий андреевич]

  Последовательность окружность-эллипс-гантеля - это модель клонирования. Другое дело, предположить, что у материнской клетки появляется виртуальный двойник, еще до начала процесса деления - это и будет соответствовать состоянию "эллипс". Далее придется фантазировать, каким образом материнская окружность оценивает потенциальные изменения в среде при внедрении в нее будущей дочки.
  Но что невозможно в макромире, то на микроуровне - реалистичность. Если РНК представить, как ретранслятора "сумасбродств" от ДНК к множественности белковых соединений, то виртуальность потенциальной дочки в образе складывающихся и рассыпающихся белковых комбинаций - вполне усваиваемый образ. Это как "три зама" улавливают мысль начальника еще до того, как эта мысль пришла ему в голову.
  Тогда ключевым становится положение о разных сроках "жизни" белков в зависимости от их кобинаторики. Остается только разработать теорию ЕО для них. Но думаю, как и общая теория ЕО, она не сможет опереться на четкий расчет, и где-то обязательно проскользнет Целеполагание.

  А вот с белым шумом все много туманнее. Но уж больно хочется увидеть эволюционное усложнение не от БВ, а к нему.

[Evol]

и где-то обязательно проскользнет Целеполагание.

Не лучше ли сказать - равновесие?
Обсудив, например, переходы от потенциальной энергии к кинетической.

[Evol]

хочется увидеть эволюционное усложнение не от БВ, а к нему.

Предложу рассматривать БВ как фрагмент некоторого фазового портрета. Пусть состояние, предшествующее ему, представится нами в качестве аттрактора. Как устойчивая стационарная точка или устойчивый предельный цикл.

[Evol]

А вот с белым шумом все много туманнее.

Вот не знаю. Возможно, в процессе моделирования придется проверить гипотезу о следующем: нет ли в структуре биологических макромолекул подобия водородного генератора, что может быть использован в качестве сверхстабильного квантового стандарта частоты? Грубо говоря, помехозащищенного канала сканирования окружения в поисках нужного сигнала из внешней среды...

[Evol]

ключевым становится положение о разных сроках "жизни" белков в зависимости от их кобинаторики. Остается только разработать теорию ЕО для них.

Что, если перепад высот, организуемых на этапе викариации - от подножия, например, гор до их вершин - уподобить вертикальной оси? На ее левой стороне расположится популяция-аттрактор с установленным, в результате дрейфа, составом аллелей, на правой - точка бифуркации, обозначающая начало радиации потомков этой популяции в ниши по всей длине оси.

[Evol]

Разумеется, будет необходимо определиться с функцией, связывающей производные этой функции с некоторой зависимой переменной. Скажем, уровень адаптации к нише организмов исходной популяции и ее потомков. Дифференцирование проведем только по одной свободной переменной. По мнению специалистов, как я понял, при описании заметного количества физических и биологических процессов такой переменной является время t. Таким образом, кажущуюся сложность рассуждений, порожденную необходимостью учета многих данных, сведя к очевидному решению обыкновенного дифференциального уравнения.

[василий андреевич]

  Классика незатухающего колебания, когда осциллирующая энергия стяжает из среды ровно то, что теряет в ту же среду, как налог на энтропию. Как модель фотона рассеивающегося в бесконечность и самим процессом рассеяния вынуждающего среду "конденсироваться" на удалении длины волны. Но решают по другому - рассеивается электрическая волна, вынуждающая конденсироваться магнитную.
  Колебание мама-дочка или цепь клонирования разворачивается за счет обесценивания средового ресурса так, что "шумовое/мутационное" отклонение клона хоть и статистически, но предвосхищает новый ресурс, в гротеске, до того, как этот ресурс состоялся. То есть в ядерной части организма должны в потенции бытовать процессы, скажем громко, имеющие "память о будущем".

  В квантовом мире к подобному уже привыкли - в двущелевом эксперименте частица попадет на мишень статистически туда же, где окажется ее товарка, символизируя тем самым "знание" о потенциальном ресурсе. Следовательно, с позиции КМ, принципы формирования средового ресурса те же, что и принципы формирования потребителя этого ресурса. И становится нормальным, что случайные отклонения индивидов оказываются рядом со случайными средовыми отклонениями. А т.к. среда состоит, зачастую, из подобных же организмов, то вообще ладушки. Жили себе ЛЮКи, а сохранились потомки только единственного.

  Но такая философия не дает ничего практического. Ведь у нас есть центральная молекула, беспорядочные сигналы от которой доводятся свитой до воплощения в фенотип, который имеет хоть и ограниченную, но свободу выбора. Вплоть до свободы самопожертвования, на высшей стадии называемой альтруизмом.
  И нам надо довести тот же альтруизм до банальностей физики, как вынужденное, т.е. продиктованное средой колебание. Как только произнесем отбор, то попадем в ловушку постановки Отбора на пьедестал Целеполагания.

  Сумма пот. и кин. энергии в волновом пакете нулевая. Потому различаются пакеты по математической огибающей. Эта огибающая и есть код. Кто код декодирует, тот и сможет сигнал "скушать". Если ДНК посылает сигналы "наудачу", то уже дело свиты подыскивать декодеры, что бы "покушать" кинетику волнового пакета. Получаем банальную концентрацию энергии свитой за счет снижения частотной характеристики сигналов. Перпетумный мобиль в том, что количество квантов остается то же, но поглощенный свитой квант перерабатывается в длинноволновой. Часть длинных квантов так и покинет организм, а часть пойдет на интерференционное созидание ниш для молекул фенотипа.
  Как раз и получаем два параллельных процесса обесценивания, один чисто метаболический от ресурса к отходам, другой уже частично виртуальный - от белого шума к его интерференции на молекуле ДНК с последующей модификацией на РНК и белках. Если белок признать постепенно вымирающим строй материалом, то получаем полноту ответственности за поставку разсходников на РНК. Потому и предположил, что роль РНК это не только ретранслятор, но координатор - эдакий каб.мин. при тупом премьере.

[василий андреевич]

Грубо говоря, помехозащищенного канала сканирования окружения в поисках нужного сигнала из внешней среды...

А вот это излишне. Как раз из среды не надо допускать сигнала к ДНК. Представьте натянутую струну с нулевыми биениями. Любой "подвес", случайно севший на струну будет вынужден принять на себя ту частотку, которую он способен излучить в энтропию, не разрушившись при этом сам. Получим, что из струны вычли одну из степеней "нулевых свобод", и она, таким образом, приобрела "ненулевой облик".

[Evol]

огибающая и есть код

Позиция, на которой стоят многие из разрабов (программистов).
Мол, учтете полученные пики, значит, получите огибающие. Ради интереса, познакомьтесь со следующим материалом, см., пожалуйста, https://uk.mathworks.com/help/signal/ref/findpeaks.html.

[Evol]

Мой старший, потому, убежден, что мы, тут, ерундой тешимся. Никакой загадки в мироустройстве нет. Мир - это комплексное число, в составе которого реальность есть подобие вещественного числа, аналог классики. Мнимая половинка - нечто вроде квантовой физики, релятивизм сойдет за подобие сепаратрисы, на которой скорость будет предельной, как раз, на границе между вещественной и мнимой частями.