Биологическая эволюция - вечный двигатель?

[Evol]

Работу нетрудно будет посчитать, если окажутся известными потенциалы подсистем и напряжение между ними. Как разность между ними.
Здесь напряжение определяется, также, довольно просто. Его можно представить как отношение коллектива работников к отдельным лоботрясам. Или - как отношение множества к величине переносимого отдельным из лоботрясов.

[Evol]

Что бы агент знал, что ему делать, нужен четкий, т.е. кодированный, сигнал от самой ДНК.
  Предположение, что в кодированный сигнал срывается волновой пакет, от избыточного, но самой ДНК структурированного, белого шума

Белый шум - ропот недовольства действиями лентяя, можно так сказать? Или это тот самый волновой пакет?

[Evol]

Мне, лично, вот что интересно - ну, снимем мы величину напряжения с очередной шумовой осцилляции, привяжем ее к конкретной функции времени.
Будет ли эта величина случайной, если вероятностная мера, задаваемая на множестве ропщущих, не окажется связанной со множеством значений этой величины? Для подтверждения случайности процесса необходимо знать все - подчеркиваю, - возможные его реализации и частоту появления этих реализаций. Такой, по сути, бесконечный набор генераторов шума и соответствующих им реализаций процесса является бесконечным статистическим ансамблем.

Вы же, уважаемый василий андреевич, желаете обнаружить в этом ансамбле частоты, безусловным образом направляющих процесс к единственному решению, я правильно понял? 

[Evol]

в кодированный сигнал срывается волновой пакет, от избыточного, но самой ДНК структурированного, белого шума - это тот выход из затруднительного положения, который вижу я.

Вот то предложение, которое меня смущает.
Из него выходит, что информация порождается самой молекулой нуклеиновой кислоты, что лишает так названный белый шум свойств, присущих статистическому ансамблю, а, следовательно, этот шум не является белым. Поскольку не будет, получается, маскировать кодированный сигнал в ограниченном пространстве внутриядерного компартмента.

[Evol]

То есть, моделируемый нами процесс не следует рассматривать как случайный, да, уважаемый василий андреевич?

[Evol]

Понимаете, чтобы он был случайным, необходимо следующее условие - нечто должно воспринять данный волновой пакет, провести необходимое исследование, увязать его результаты с возникшим дефектом, например, разрывом нити молекулы ДНК и само  с т р у к т у р и р о в а т ь  соответствующее сообщение исполнителям. Не ДНК структурирует информационный посыл, а подсистема, акцептирующая порожденный ДНК сигнал. 

[Evol]

Правда, есть обстоятельство, которое может примирить меня с выдвинутым Вами утверждением.
Если окажется, что одна из комплементарных нитей молекулы нуклеиновой кислоты может выступать в роли подобной подсистемы.

[Evol]

Если не ошибаюсь, уважаемый василий андреевич, однажды Вы представляли аудитории форума график амплитудно-фазовой частотной характеристики, см., пожалуйста, https://ru.wikipedia.org/wiki/Амплитудно-фазовая_частотная_характеристика. В общем определении это есть комплексная частотная характеристика линейной системы, которая выглядит как упомянутое выше поведение подсистемы, акцептирущей волновой пакет. И являющейся, в математическом выражении,  отношением  п р е о б р а з о в а н и я  Ф у р ь е  выходного сигнала к преобразованию Фурье входного сигнала. 

[Evol]

Мне, лично, преобразования Фурье нравятся своей обратимостью, поскольку доказанная применимость модели, основанной на них, к описанию рассматриваемых нами процессов позволяют рассматривать, например, транскрипцию и трансляцию как части  м е х а н и ч е с к о г о  действа, в отличии от отбора, результаты которого необратимы. 

Тут можно почитать о преобразованиях Фурье поподробнее, см., пожалуйста, и статью, и комментарии, https://habr.com/ru/post/196374/.

[Evol]

В общем, уважаемый василий андреевич, я бы хотел, чтобы в столь развернутом дебюте темы и мы, и оппоненты поняли, что генетическая система - это механизм, машина, моделирование которой позволяет представить устройство для преобразования аналогичной картинки в последовательный набор цифровых данных (типа транскрипта). Затем осуществить обработку (сплайсинг) отцифрованного сигнала и на его основе выстроить картину согласованной работы кучи молекул, построенных из комплекта одинаковых элементов.

Неразумной машины.

[василий андреевич]

Цитата: василий андреевич от Август 31, 2020, 16:03:15
хотя прогрессирование напряженности средовых связей мы констатировать можем, как факт.

Можем ли?

Палеонтологически, каждый новый тип строения начинает действовать в среде старых связей и, соответственно, часть старых связей рушит-активирует, принимая на себя эту активизацию. По мере взросления каждый организм внедряется во все более агрессивную среду, адаптируясь к ней. Клетка мутант - это инородец для устаканенной среды, ее работа, по любому, рушит сложившийся порядок вещей в природе.
  Теперь ДНК-РНК-белок. Чем принципиально они отличаются? Предлагаю: количеством "свобод", а лучше количеством фиксированных состояний равновесия (гомеостаза), у ДНК их много, у РНК меньше, а у белка можно сократить до двух. Потому и упрощенную химическую модель можно доводить хоть до разной величины полипептидов. И вопрос будет все тот же - почему полипептид не распадается до пептида.
  Есть кинетическое равновесие, когда скорость реакции синтеза равна скорости реакции распада - обратимые реакции. При распаде энергия связи выделяется, при синтезе поглощается. То же самое со степенями, скажем так, структурной свободы - энергетический квант при перестройке в "одну сторону" выделяется, в другую - поглощается. Наделяем: пептид-2 обладает двумя свободами, пептид-3 тремя, пептид-4 четырьмя. Получаем, что у П4 вероятность прибывания в энергетически низком состоянии выше, чем уП3, и тем более П2. Последний и будет искать пути избавления от энергии "на стороне". Получаем тройственную модель, в которой П3 выполняет роль перераспределяющей среды, П4 - роль источника, а П2 - роль приемника, пока не информации, а энергии.
  И возвращаемся вопросом к началу - откуда у П4 эта энергия. И так же возвратно отвечаем - из теплового шума, в котором всегда есть сверх среднестатистические флуктуации. Избавляясь от этих флуктуаций не распадом, а переходом на энергетически нижнюю "свободу", П4 обеспечивает себе условия выживания. Но выживание только в присутствии П3 и П2. Если П2 много больше, чем П4, и больше, чем П3 получаем картину, в которую следует добавлять понятие передачи информации от П4 к П2, через посредство услуг П3.
  Напряженность будет копиться в П3, т.к. она атакуется квантами с обеих сторон, т.к. избавление П2 от энергии затруднено поиском, условно П2 "задумывается" куда лишний квант сбросить, ведь зачастую легче в П3. А П3 не может сбросить в П4, т.к. именно в ней, как самой "длинной" молекуле копятся "тепловые флуктуации".
  Получаем, что бы добиться однонаправленного тока энергии от П4 к П2 понятие кода необходимо. Именно код обеспечит такую ситуацию, когда П4 находится на самом нижнем уровне, а П2 будет требовать (!) свою энергетическую порцию, которую ему "обещали" тем сигналом, над которым он "задумался".

  Теперь представьте, дорогой Эвол, что произойдет, если П4 "отыщет" дополнительную низкую свободу? Это будет его состоянием с "потенциальной дыркой", которая может быть заполнена подходящей по форме SOS-репарацией.

[Evol]

Как бы между прочим, любопытный материал, см., пожалуйста, https://nplus1.ru/news/2020/09/01/ordersup.

[Evol]

Уважаемый василий андреевич, предположу, что в предыдущем своем ответе Вы описали сообщество бактерий, организованных в маты и представленных в основании хемосинтетиками, на среднем уровне - пурпурными бактериями и цианобактериями в наружных слоях. В качестве дополнительных - к 2-ум - степеням свободы, тут, выступают бескислородный и аэробный фотосинтез, способность к частичной или полной фотоорганогетеротрофии.

[Evol]

Это так?

[василий андреевич]

Предлагаю, все-таки, рассмотреть какие-нибудь модели.

Ваша жена со скалкой в руках готовит пирог. А кошка пищит рядом. Эвол, кричит жена, покорми наконец кошку - у меня руки заняты.  Черт побери, думаете Вы, неужели мне больше делать нечего? Но идете кормить кошку, потому что скалка в руках жены - это та степень свободы, которой нет у Вас. Но куда деть свое раздражение, если не удается ударить кулаком по столу? Только на кошку, дескать, на жри, неблагодарная животина. Однако кошка всегда найдет способ подлизаться к тому, у кого мясо, и при случае выразит Вам свое фи. И Вам придется снова и снова искать способ стукнуть кулаком по столу.
  Получаем, что если кошка, как среда в данной ситуации между Вами и женой, не будет в "напряженном" состоянии, то и энергия не будет передана от жены через Вас к внешнему столу. И в чем измерять кошкину напрягу? Ведь кодированный сигнал поступил к Вам от жены, минуя кошку. И кошка получила свое, заодно забрав Ваше раздражение, при этом недвусмысленно выразив свое призрение к руке дающего попросту не обратив на эту руку внимание.
  У нашего П3 промежуточное число степеней свободы (вариантов гомеостаза). Но как и кошка, она должна быть ближе к П4. И постоянно голодна. Возможно, голодна крайними состояниями, тогда как большую часть времени находится в среднем. И тут уже нужны знания не моего уровня. Перевести на язык РНК этот голод крайними состояниями я не смогу.
  ...А ведь Вы еще предлагаете заняться кодами через преобразования Фурье. Но код не несет энергии, как не несет ее сам волновой пакет. Энергия "под" кодом - это импульсы или частоты закодированных частиц. Модель крайне усложняется, а за сложностью уже трудно разглядеть простоту сути. Тем более, что коды на молекулярном уровне будут теоретические, практически их измерить вряд ли возможно. Я только "чую", что именно с РНК должна быть связана отрицательная энергетическая функция, как потенциальная ниша для того, что передается при мутации.
  ПП. На сегодня все.