Проблема гипотезы РНК-мира и жизнь до него.

Автор Alexeyy, июня 25, 2020, 15:49:57

« назад - далее »

vit

Цитата: василий андреевич от июля 11, 2020, 07:00:37
Цитата: vit от июля 10, 2020, 14:49:10я тоже за оценку по статистической вероятности.
Лаконичность высказывания можно только приветствовать, правда, за ней часто стоит желание отделаться от собеседника...
Ни в коем случае!, просто желая получить ответ на главный вопрос, не нужно его смешивать с др.. .
Напр. в вашем посте как мин. 30 интересных мыслей, а вот какая из них главная?

Цитата: василий андреевич от июля 11, 2020, 07:00:37
  Нам бы ответить/предположить, является ли абиогенез марковским (случайным)? На мой дилетантский взгляд, не является.

По СТЭ мутагенез, действительно, случаен. При этом, публикуются результаты экспериментов, в которых у колей 2,6% одинаковых мутаций происходит в одинаковых генах. Это при 5 млн. генов и бесконечном числе возможных вариантов мутаций :D. Вот в этом случае, статистическая вероятность говорит, что мутации не случайны. Должно быть мин.1/5000000 х случайность, а получается 1/50. Скорее всего здесь мы имеем дело с горизонтальным переносом генов - неслучайным процессом эволюции.

Alexeyy

Правильнее было бы говорить не о том, что мутации - не случайны, а том, что они случайны, но не равновероятны. А то иначе выглядит как будто бы это противоречит СТЭ: СТЭ не говорит, что они должны быть равновероятны.

василий андреевич

Цитата: vit от июля 11, 2020, 11:29:45а вот какая из них главная?
Вы на форме недавно, потому два слова откуда я, надеюсь автор темы не возмутится строго флудом, несмотря на то, что у нас уже были пара-тройка напряженных отношений.
  В конце прошлого века общая напряженка вынудила меня уйти из углегеологии, где был далеко не последним теоретиком и практиком, отказался и в минГео  от должности. Вернуться так и не сложилось, бизнес провалился, заработки горняком на золотых приисках съел черный четверг. Но боль описать эволюцию угленосных формаций осталась. Ее и залечиваю до сих пор на этом форуме. Общие проблемы едины с биологическими.

  Еще лет десять назад меня бы заклевали, употреби я термин цель к не человеку, ныне проходит, потому что подобрать ему заменитель не получается. А ведь цель - это замах на предвидение стечения обстоятельств. Марковский процесс случаен при одном очень важном допущении - какой-либо параметр измеряется/фиксируется в "данный" момент времени. Только при этом можно заявить о независимости эволюции от предыстории. Биологи теоретически фиксируют мутацию, как своеобразный параметр, потому она случайна, как исходная база. Рассудительность о эпигенезе лишь вносит смятение в базовый посыл, не решая кардинально задачи.
  Мутация то, что организм, скажем так, не находит нужным или возможным репарировать. Следовательно, необходимо установить "спектральную ширину и форму" статистического множества мутаций. При этом будет естественным, что крайние значения смертельны, а вот в средней части будет специфический горб. Потому неудивительны Ваши статистические сомнения в мутационной случайности - как единичный параметр это так, но совокупность прогнозируема. А вот в какой координатной сетке строить график, я не берусь говорить - образование не позволяет. По мне, так лучше всего в координатах информация/энтропия, но что такое информация - мы утонем спорить.

  Что бы снова не рубить крысам хвосты, заявляем - феномен не влияет на фенотип, т.е. фенотип (а не отдельно измеряемый организм) развивается по физико-химическим законам, действующим в косном мире. Но в таком случае мы выбираемся за рамки марковского процесса, который становится зависимым не только от предыстории, но и от цели, которая описывается все тем же вероятностным распределением "рамочных случайностей", что и генотип (а не отдельный геном).
  Осталось только вырисовать цель, например, как стазисное (динамически равновесное) состояние экосистемы, в которую популяция или ареал входит в виде частного слагаемого в общую интегративную кривую. Получим, что отбор рулит в рамках все той же кривой, что и мутагенез - загнать особей в закономерную, т.е. прогнозируемую, как целевую, интеграцию.

  Но если рассуждения верны, то те же закономерности мы установим и в косном мире, на множестве обобщающих примеров. Трудность лишь в оконтуривании системы с признаками замкнутости, с чем, впрочем, сталкиваются и радетели синергетического подхода, оперирующие в рамках системности.
  Потому и полагаю, что бесполезно вводить эренковский или белковсий миры, как однобоко пращурные. Вся геосфера работала на интегративный результат, складывавшийся как закономерный спектр из частных случайностей. (о варитивности случайностей, о том что даже в них выявляется градация, надо читать в той же Вике отдельно).
  Вот и выйдет, что в "пробирку" геосферу запихнуть не получится - только отдельные фрагменты типа органических пленок на глинистых чешуйках. Как по мне, так разборки с глобулой, взвешенной в воде - проще и нагляднее. Получим, скорее всего, эволюцию мембраны случайно-периодически обрушивающуюся в цитоплазму под гнетом нерастворимых в воде поли-соединений, что аминов, что пептидов. Выпроводить такие поли-соединения за пределы глобулы можно только одним способом - окружить их фрагментом самой мембраны, а это уже подобие репликации. Можно под знаменем идеи горизонтального переноса, ведь глобула с подходящей мембраной примет, как своего такой протовирус, который учинит перестройку в приемной мамаше, вплоть до ее вывода в осадок будущей нефти. Но молодой осадок будет продолжать функционировать вкупе с глинистыми минералами, а это отдельная от водной экосистема.

vit

Цитата: Alexeyy от июля 11, 2020, 20:06:36
Правильнее было бы говорить не о том, что мутации - не случайны, а том, что они случайны, но не равновероятны. А то иначе выглядит как будто бы это противоречит СТЭ: СТЭ не говорит, что они должны быть равновероятны.
не знаю что Вы подразумеваете под неравновероятностью,  горизонтальный перенос генов - явление осознанное и целенаправленное, значит неслучайное.

vit

Цитата: василий андреевич от июля 11, 2020, 20:48:24

  Вы на форме недавно, потому два слова откуда я, надеюсь автор темы не возмутится строго флудом, несмотря на то, что у нас уже были пара-тройка напряженных отношений.


это нормально, здесь силой никого не держат.


vit

Цитата: василий андреевич от июля 11, 2020, 20:48:24
Биологи теоретически фиксируют мутацию, как своеобразный параметр, потому она случайна, как исходная база.


Мутация - это любое изменение генотипа, передаваемое  потомству.
Цитата: василий андреевич от июля 11, 2020, 20:48:24
Ваши статистические сомнения в мутационной случайности - как единичный параметр это так, но совокупность прогнозируема. А вот в какой координатной сетке строить график, я не берусь говорить - образование не позволяет.

Интересно было бы составить рейтинг: случайность--закономерность--осмысленность--правило--закон

Alexeyy

Цитата: vit от июля 12, 2020, 10:50:44
Цитата: Alexeyy от июля 11, 2020, 20:06:36
Правильнее было бы говорить не о том, что мутации - не случайны, а том, что они случайны, но не равновероятны. А то иначе выглядит как будто бы это противоречит СТЭ: СТЭ не говорит, что они должны быть равновероятны.
не знаю что Вы подразумеваете под не равновероятностью,  горизонтальный перенос генов - явление осознанное и целенаправленное, значит неслучайное.

На счёт осознанности горизонтального переноса генов, надеюсь, Вы оговорились :) Или Вы и вправду думаете, например, что у микробов есть сознание?

Но не суть как важно: безусловно есть не случайная составляющая. Но это не отменяет того, что, параллельно, есть и случайные факторы. Которые накладываются на случайные и, поэтому, соответствующие мутации всё равно остаются случайными. Хотя из-за не случайной составляющей  шансов произойти одних мутаций больше, чем у других. Но это – всё равно называется случайностью.
  Под не равновероятностью мутаций имел в виду разную вероятность разных мутаций: вы же сами привели эти цифры разной вероятности.

vit

Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 18:18:09

На счёт осознанности горизонтального переноса генов, надеюсь, Вы оговорились :) Или Вы и вправду думаете, например, что у микробов есть сознание?

достоверный выбор альтернативы является осознанным поведением
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 18:18:09
Но не суть как важно: безусловно есть не случайная составляющая. Но это не отменяет того, что, параллельно, есть и случайные факторы. Которые накладываются на случайные и, поэтому, соответствующие мутации всё равно остаются случайными. Хотя из-за не случайной составляющей  шансов произойти одних мутаций больше, чем у других. Но это – всё равно называется случайностью.

Конечно экспансии гена ситТ путем ампликации с захватом соответствующего промотора, в силу случайной мутации, могло и не привести к появлению фенотипа сит+ в 49 опытах из 49 проведенных. Но в известном эксперименте такой случайной мутации не состоялось, поэтому все коли мутировали и  научились кушать цитрат.

Alexeyy

Конечно, если много раз кидать монету, то, почти наверняка, рано или поздно «орёл» выпадет хоть раз. Однако каждое выпадение будет всё-таки случайным событием.

Цитата: vit от июля 12, 2020, 19:53:24
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 18:18:09

На счёт осознанности горизонтального переноса генов, надеюсь, Вы оговорились :) Или Вы и вправду думаете, например, что у микробов есть сознание?

достоверный выбор альтернативы является осознанным поведением
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 18:18:09

И так: микробы делают осознанный выбор?
Да, и вообще-то даже осознанное поведение не гарантирует достоверности выбора.
Кроме того, достоверный выбор может быть сделан инстинктивным поведением, которое не является осознанным.
  И даже если горизонтальный генетический дрейф – инстинктивное поведение, то оно всё равно реализуется при сопутствии множества случайностей из-за чего зараннее невозможно точно предсказать какие именно вставки даст горизонтальный генетический дрейф.

vit

О ГПГ мы можем судить по результатам, 49 попаданий из 49 возможных.

василий андреевич

Цитата: vit от июля 12, 2020, 11:25:12Интересно было бы составить рейтинг: случайность--закономерность--осмысленность--правило--закон
Рейтинг - совсем не интересно. Зачем мнения, если есть исчерпывающие формулировки. Закон, как предписывающий знак, предназначенный для оговоренных средств. Обязательно несет запретительную суть. "Разрешено, что не запрещено".
  Единичная мутация случайна, потому что принципиально не предсказуема в пространственно-временной координате. Как принципиально не предсказуем момент распада радиоактивного ядра. Но примените математику от Содди-Резерфорда - получите исчерпывающий расчет поведения множества, что ядер, что мутаций. И это уже закон, потому как не терпит исключений.

Alexeyy

Цитата: vit от июля 12, 2020, 20:17:49
О ГПГ мы можем судить по результатам, 49 попаданий из 49 возможных.
49 - это же число экспериментов, а при каждом акте размножения (коих в одном эксперименте было много) всякий раз одной и той же мутации не происходило: она могла произойти, а могла нет. Это и называется случайностью. Конечно даже любая мутация рано или поздно произойдёт, если произвести достаточно много актов размножения. Само по себе это же не значит, что в каждом акте мутации не были случайными.

vit

амплификация это диплекация участка днк, повторение гена или его части, возможно правильной последовательность тысячи  и более нуклеотидов - случайно произойти не может.

vit

Цитата: василий андреевич от июля 12, 2020, 20:30:52

  Единичная мутация случайна, потому что принципиально не предсказуема в пространственно-временной координате.

это заблуждение, случайные мутации практически исключены. Механизм репликации и репарации исправляет 10 в 15 степени ошибок, а в геноме человека 10 в 5 степени генов, 25000.

vit

#194
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 20:33:50
Цитата: vit от июля 12, 2020, 20:17:49
О ГПГ мы можем судить по результатам, 49 попаданий из 49 возможных.
49 - это же число экспериментов, а при каждом акте размножения (коих в одном эксперименте было много) всякий раз одной и той же мутации не происходило: она могла произойти, а могла нет. Это и называется случайностью. Конечно даже любая мутация рано или поздно произойдёт, если произвести достаточно много актов размножения. Само по себе это же не значит, что в каждом акте мутации не были случайными.

Не знал, что Вы не знакомы с работами Хофвагена: соответствующие мутации произошли у всех штаммов в 12-100 делении.