Мутагенез

[Игорь Антонов]

И ещё одна работа, где исследуется адаптивная транспозиция:

Environment-directed activation of the Escherichia coli flhDC operon by transposons

[Питер]

Все    то  же  самое   -    отбор   мутаций.   Инсерционных   после  активации   SOS    системы в  стрессовых  условиях.

[Игорь Антонов]

Все    то  же  самое   -    отбор   мутаций.

У них там доля однотипных мутантов продолжает быстро увеличиваться в стационарной фазе, когда колония фактически не растёт. Тем самым они доказывают, что это не отбор мутаций, а массовые параллельные транспозиции в клетках:

When both the wild-type and IS5 strains initially plated approached the stationary phase, the emerging mutant population kept increasing with an apparent doubling time of 56 min. It should be noted that the apparent doubling times for the newly appearing mutants represent a sum of the insertion rate and the doubling rate for these cells alone. Since both the wild-type and initially inoculated IS5 mutant were barely growing, we assume that the increased numbers of newly emerging cells are primarily due to the appearance of new mutants, not to growth.

[василий андреевич]

массовые параллельные транспозиции в клетках

Тогда нужен термин, отличный от "мутация".

[Evol]

А понятие об удельной энтропии в конвергентной эволюции не пойдет? Там очень хорошо проявляется значение мутаций.

[Evol]

Уважаемый топикстартер, прошу прощения за нарушение требования не писать в тему. Впредь в полемику не включусь.

[василий андреевич]

  Вместо "удельная энтропия" для биосистем используют расплывчатое понятие информации.

[vit]

эволюция больше подходит

[vit]

По    факту 
E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

То    есть  1   транспозон   примерно  на  100   генов.   И  как   выбрать  нужный   когда  прыгаешь ?

ис сам прыгать не может, у него ног нет, а прыгает он в комплексе с транспозазай,которая тоже специфична, т.е. мы имеем дело с комплексом белок-днк типа кас12.

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1040841X.2017.1303661

More than 4500 IS belonging to 29 families have been identified to date (Siguier et al. 2006, 2014).

у коли 56 видов и не счесть подвидов исов, открывают новые и старые всегда по необходимости могут дуплиться - не зря их 90% в геноме человека.

"Похоже  дубльсистема"   -    это    ну  совсем  не  ясно.

будем разбираться!Есть статьи на эту тему с участием цамф.

И все-таки  по  всему   геному    -  случайно  или  нет  ?

любое достоверное отличие это уже неслучайно. В принципе Ленскому и Хофвегену хватило того что есть.

В примерах с проезжей частью и др. НЕ использийте, пож.,  участников и членов их семей!

[vit]

массовые параллельные транспозиции в клетках

Тогда нужен термин, отличный от "мутация".

мутация это любое реплицируемое изменение генома, вставки МЭ случайные они или неслучайные, тоже мутации

[vit]

Все    то  же  самое   -    отбор   мутаций.   Инсерционных   после  активации   SOS    системы в  стрессовых  условиях.

отбор есть всегда, но он действует на усовершенствование механизма  безопасной транспозиции.

[Питер]

Дуплиться   -    это  из  домино.
Ну  так   что  -   для  каждого  гена  свой  ИС  ?
И  вы  так  и  не  ответили  про  число   возможных  сайтов   транспозиции в    коротком  моем  кусочке   ДНК.    написанном  просто    из  головы.  Случайный   твист     по     клаве.

[Питер]

Что   такое   "безопасная    траспозиция"   ?    Система вообще       работает  на   блокирование   транспозиции   в  нормальных  условиях  и  активацию      процессау  в  стрессовых  условиях.  Это  про    бактерии.
У  высших  все  вообще  по  другому. 

[vit]

Дуплиться   -    это  из  домино.
Ну  так   что  -   для  каждого  гена  свой  ИС  ?
И  вы  так  и  не  ответили  про  число   возможных  сайтов   транспозиции в    коротком  моем  кусочке   ДНК.    написанном  просто    из  головы.  Случайный   твист     по     клаве.

биология это наука наблюдательно-описательного характера, в клетке нет случайных твистов, из головы. Генкод читаем при трансляции, т.е. каждому кодону соответствует АМК, а неправильные белки отбор устраняет - система работает. Вы же не спрашиваете как лакрепрессор находит лакоператора, факт что находит, тоже самое и с ис, только вместо белка репрессора белок транспозаза.

https://www.youtube.com/watch?v=5pXdnUTn6hc

Ну  так   что  -   для  каждого  гена  свой  ИС  ?

похоже каждому промотору свой МЭ.

[vit]

Что   такое   "безопасная    траспозиция"   ?    Система вообще       работает  на   блокирование   транспозиции   в  нормальных  условиях  и  активацию      процессау  в  стрессовых  условиях.  Это  про    бактерии.
У  высших  все  вообще  по  другому.

правильно! но активация должна иметь смысл, случайные вставки принесут больше вреда чем пользы, правильная вставка 1, все остальные губительны, поэтому по стэ отбор должен работать на точность транспозиции, что он и сделал.