Мутагенез

[Alexeyy]

поэтому поддерживаю Кунина:

"При этом вспоминается манифест Юрия Лазебника, в котором он показывает, что пока биологи используют тот описательный язык, на котором они сейчас разговаривают, невозможно не то что в клетке разобраться, но даже в устройстве радиомагнитолы."

Проблемы в познании всегда есть (и не только в биологии); всегда есть что-то не познанное. Никогда не будет такого, чтобы всё познано (поэтому, что это всё - это актуально бесконечное).
  Поэтому, вопрос о том можно или нельзя в чём-то разобраться на основе существующих знаний зависит т степени точности этого разбора: при не очень высокой - можно, при слишком высокой - нельзя. Так было и так будет во все времена и в любой области знания. И в биологии, в частнсти.

[vit]

С этим я согласен, но Кунин говорит о другом, что нет стандарта, напр. для меня 46 из 46 это 100%, а для Вас 0%.

[Alexeyy]

Не уверен.  Как можно так говорить не читав книгу? Я читал ту главу и он, по-моему, там говорит не о стандарте, а  совсем о другом (проблематика гипотезы РНК-жизни).

[Питер]

Если    вы    возьмете     1000   крыс  и   проделаете  некий   опыт с  летальным  исходом   и  получите     50     животных выживших.    При  этом у  всех   50    правильный  ответ (ЖИЗНЬ)   будет  связан с  одним  и тем   же    биологическим  процессом.   У   950     крыс   ответа     не   будет.
Так    как     будет  -  50  из  50   или  50  из  1000 ?     100% ИЛИ 5% ?
Если  вы  даете       таблетку  гипотензивного    средства   и  у  5%    больных  получаете    правильный  ответ  с  снижением      уровня давления   -    это  хорошо  или  плохо ? 

То  же     с   цитТ.    Мы   берем  МИЛЛИОНЫ   клеток в   эксперимент   и  получаем  49    линий   цитТ+.  Что  с  остальными       миллионами  клеток   ?

[vit]

Элементарной единицей эволюции является популяция.

Популяция — совокупность особей одного вида, обладающая общим генофондом, способная к более-менее устойчивому самовоспроизводству (как половому, посредством панмиксии в идеальном случае, так и бесполому), относительно обособленная (географически или репродуктивно) от других групп, с представителями которых (при половой репродукции) потенциально возможен генетический обмен.

У нас 46 популяций колей из 46и смутировали до цит+  = 100%

[vit]

Нужно учесть , что 100% популяционная генетическая  адаптация произошла в ответ на изменение условий среды и способствовала выживанию.

A central tenet of evolutionary theory is that mutation is random with respect to its adaptive consequences for individual organisms; that is, the production of variation precedes and does not cause adaptation. " (e.g. Sniegowski and Lenski, 1995, p. 553). We take this to mean that there is a statistical and/or causal independence between the probability of occurrence of a mutation and its fitness in a given environment. ...

Центральный постулат эволюционной теории состоит в том, что мутация случайна в отношении ее адаптивных последствий для отдельных организмов; то есть производство вариации предшествует адаптации и не вызывает ее. "(например, Sniegowski and Lenski, 1995, стр. 553). Мы понимаем это как то, что существует статистическая и / или причинная независимость между вероятностью возникновения мутации и ее пригодностью в данной среде.

https://www.researchgate.net/publication
/234150681_Mutation_and_Adaptation_The_Directed_Mutation_Controversy_in_Evolutionary_Perspective

А здесь есть зависимость статистическая и причинно-следственная( добавили цитрат - коли за 12 делений научились его потреблять). Соответственно это не мутация по Ленски.

[Питер]

Ну    пусть  Ленски   возьмет  одну   клетку  и  получит сitT+. 
Популяция  именно  потому  и является   единицей   эволюции,  что  она   состоит  из    сонма  генетически    отличающихся  организмов.  И  изменение   среды    ведет к  тому,  что  какие-то  из  них  оказываются    лучше  приспособлены  к  новой    среде.
Так  сколько  все-таки  клеток   брал  Ленски в  каждый   эксперимент   -     одну  или  минимум  10 в  5   клеток  ?  И    сколько  клеток  погибло  за   те 12 пересевов ?
И     даже    изначальная  "популяция" Ленски    была  неоднородна.

[vit]

Судя по результатам, если бы он взял 100 пробирок по 1 коли цит- в каждой, то был бы примерно тот же результат, если фон не учитывать( случайную смертность, точечные мутации,ошибки наблюдателя и т.п.. - то что нивелирует популяция ).

По Хофвегену вообще коли жили от 12 до 100 делений без глюкозы на одном цитрате и делились успешно - выходит они с самого начала на цитрате могут жить.

Мне кажется, ваш аргумент с огромным числом клеток в популяции , которое статистически увеличивает вероятность появления цит+, неверно.
Мы имеем дело не с 3000ами точечных мутаций , а с одной 3000ой рекомбинацией - процесс ферментативный, физиологический.

[vit]

  ?  И    сколько  клеток  погибло  за   те 12 пересевов ?

Число клеток в ограниченной популяции и неизменным по кол-ву источником пищи всегда примерно константа.

[Питер]

Если    бы  он   взял  100  пробирок   с  1    клеткой   -   он   получил   бы   дырку.  От   бублика.
У    рекомбинации    тоже  есть  вероятность.   Она  не  равна  100%    для   рекомбинации в   заданном    месте.   И  посему   чем   больше   клеток  -  тем  вероятнее   рекомбинация  в  правильном   сайте.   И   правильная   рекомбинация   -    когда  в  нужную  точку  попадает  промотор,  а  не     просто   не  функциональная    последовательность.
Ну  или    уникальный  механизм,  по  которому    ЕДИНСТВЕННАЯ   правильная   перестройка   переходит в    ЕДИНСТВЕНННОМ  (ПРАВИЛЬНОМ)  в  данных  условиях   месте  генома.

[vit]

Если    бы  он   взял  100  пробирок   с  1    клеткой   -   он   получил   бы   дырку.  От   бублика.

это голословное заявление. При прочих равных одна клетка так же успешна как и в популяции.

У    рекомбинации   тоже  есть  вероятность.   Она  не  равна  100%    для   рекомбинации в   заданном    месте.   И  посему   чем   больше   клеток  -  тем  вероятнее   рекомбинация  в  правильном   сайте

в ферментативном процессе конечно бывают сбои, поэтому 100 пробирок, а не 1.

И  правильная   рекомбинация   -    когда  в  нужную  точку  попадает  промотор,  а  не     просто   не  функциональная    последовательность.
Ну  или    уникальный  механизм,  по  которому    ЕДИНСТВЕННАЯ   правильная   перестройка   переходит в    ЕДИНСТВЕНННОМ  (ПРАВИЛЬНОМ)  в  данных  условиях   месте генома.

месте и времени.

[Питер]

Если    бы  он   взял  100  пробирок   с  1    клеткой   -   он   получил   бы   дырку.  От   бублика.
это голословное заявление. При прочих равных одна клетка так же успешна как и в популяции.

Еще  более  голослвное  утверждение.  Все   клетки одного    вида   -   разные.   По   геному в  том  числе.

[vit]

Еще  более  голослвное  утверждение.  Все   клетки одного    вида   -   разные.   По   геному в  том  числе.

они разные из-за гпг и мобильных элементов - с этим я согласен, но действие регуляторов оперонов у одного вида одинаковое и если одну колю цит- поместить в цитрат, то не исключена вероятность, что из неё разовьется цит+, какова эта вероятность - сказать трудно, из 100, вероятность выше, чем из 1, но это не связанно с биологии, а по сермяжной правде.

Вы лучше скажите, как 100 делений к12 жили на одном цитрате?

[vit]

Не уверен.  Как можно так говорить не читав книгу? Я читал ту главу и он, по-моему, там говорит не о стандарте, а  совсем о другом (проблематика гипотезы РНК-жизни).

я читал это в интервью газете, речь шла о том, что много статей и невозможно понять о чем речь. Пусть даже он не то имел ввиду, проблема остается: как может быть, что один ученый говорит о новом виде, а другой считает возникновение нового свойства прогнозируемым и доказывает это. Вот у нас есть 2 взоимопротивоположенные теории и что, прав тот у кого больше прав?

[Alexeyy]

А что Вы как бы встали в положение униженного и оскорбленного и со мной как бы начинаете спорить будто я какой-то угнетатель прав?
И это - и не тема этой темы: сами просили придерживаться именно этой темы