Мутагенез

Автор vit, мая 25, 2020, 18:43:18

« назад - далее »

vit

Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 20:26:45
Но это же, вроде, не положение СТЭ.
Но и, вроде же, это и не противоречит идеи о том, что организм может включать усиленный мутагенез, когда остро требуется поиск новых эволюционных решений: этот мутагенез всё равно может идти через ошибки, но просто вероятность ошибки увеличивается и всё.

можно Вам дать совет?
Вы похоже не биолог, поэтому не делайте безапелляционных заявлений, а старайтесь обходиться цитированием википедии, например, со временем Вы наберетесь знаний и ваши высказывания будут более корректны.

Питер

Почитайте     про  SOS   репарацию,  error  prone  ДНК полимеразы .  Про     рекомбинацию  =     которая   бывает  и  не  гомологичной.
Ну  и  раз  вы  такой    адепт  не   случайности   -    молекулярный    механизм  внесения     a priori  правильных   изменений    в  геном
А  оно  вам  надо  ?

Alexeyy

Цитата: vit от июля 13, 2020, 21:06:30
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 20:26:45
Но это же, вроде, не положение СТЭ.
Но и, вроде же, это и не противоречит идеи о том, что организм может включать усиленный мутагенез, когда остро требуется поиск новых эволюционных решений: этот мутагенез всё равно может идти через ошибки, но просто вероятность ошибки увеличивается и всё.

можно Вам дать совет?
Вы похоже не биолог, поэтому не делайте безапелляционных заявлений, а старайтесь обходиться цитированием Википедии, например, со временем Вы наберетесь знаний и ваши высказывания будут более корректны.
Вы бы вместо того, чтобы перейти на обсуждение личности - лучше бы перешли на обсуждение конкретных вопросов ею делаемых :( Вы же от этого обсуждения просто уходите, переходя на личность и всё. По-моему, это - не прилично.
П.С.: кстати, как видите, в процитированных Вами фразах (которые Вы почему-то умудрились назвать безапелляционными) фигурируют "вроде" и, таким образом, безаппеляционности как раз так и нет.

vit

Цитата: Питер от июля 13, 2020, 21:55:47
Почитайте     про  SOS   репарацию,  error  prone  ДНК полимеразы .  Про     рекомбинацию  =     которая   бывает  и  не  гомологичной.
Ну  и  раз  вы  такой    адепт  не   случайности   -    молекулярный    механизм  внесения     a priori  правильных   изменений    в  геном

спасибо за инфу: про сос почитал - днкпаза делает больше ошибок - ок, рекомбинации у бактерий - что не попалось ничего кроме репарации и гпг, про ссм уже говорили...


Не понимаю, почему не принять гпг? Есть штатные органеллы - плазмиды, которые отвечают за гпг, у колей их до 7 шт..
Вы же не сомневаетесь, что атф производятся в митохондриях и не создаете ненужных, случайных  сущностей для атф.

vit

Цитата: Alexeyy от июля 14, 2020, 06:14:28
Вы бы вместо того, чтобы перейти на обсуждение личности

Извиняюсь, если Вас чем-то обидел!
хотел как лучше...


Alexeyy

  У каких-то очень коротких (по коду) одноклеточных организмов вероятность ошибки при репликации столь высока (на число нуклеотидов), что если бы она была такой же и у многоклеточного организма (да и просто у более сложного одноклеточного), то его линия очень скоро бы умерла из-за слишком сильных генетических нарушений. Поэтому у более сложных организмов возникла более хорошая система защиты от ошибок.
  От того, что она возникла - ошибки репликации, которые всё равно возникали, не перестали быть ошибками. Тогда как у более простых организмов потребности в более хорошей системе защиты от ошибок просто нет. Точнее, у них она (более лучшая защита) того не стоит. Ошибка при репликации – это не обязательно нарушения от которых организм не может защититься: это могут быть и нарушения в защите от которых нет смысла.
  И, поэтому, когда для эволюции требуется более усиленный мутагенёз – ослабление упомянутой системы защиты от ошибок, по-моему, не означает, что возникающие при репликации отличия перестали быть ошибками.

vit

Любая клетка обладает примерно равным набором качеств для выживания, размножения и др.. Поэтому и система репарации примерно одна и та же.

Рекомбинации, дуплекации, амплификации не могут возникать как следствие ошибок, ошибки случайны, а амплификация консервативной последовательности 100и нуклеотидов не может быть случайной.

Питер

Ну   хорошо   -    примем   ГПГ.   Вопрос   -    что  будет  перенесено  и  откуда  для   получения    фенотиа  cit +  ?    Последовательно  и  по  шагам. Каокй   механизм  ?
И    вам  нужна  интеграция    в     основную  ДНК      колей   -   дупликация  именно  там.  А   далеко  не  все  плазмиды      коньюгативные,     засунуть  чужую  ДНК в      коли  не  так  просто   (есть  специальные   методы    шока  для     повышения  эффективности   захвата  чужой   ДНК)
А  оно  вам  надо  ?

Питер

МОГУТ.   И  возникают.  Неравный   кроссинговер  у   высших,       рекомбинация   у   низших.    Гомологичный,  не  гомологичный -    разный.
Система    репарации    ДНК  у   высших    намного  сложнее.  чем у    прокариот.
А  оно  вам  надо  ?

Alexeyy

Цитата: vit от июля 14, 2020, 12:28:25Любая клетка обладает примерно равным набором качеств для выживания, размножения и др.. Поэтому и система репарации примерно одна и та же.
Какое-то время назад изучал вопросы, связанные с созданием РНК-саморепликатора. У них, в некотором смысле, получалось. Но проблема была в том, что при саморепликации получалось столь много ошибок, этот саморепликатор оказывался, по сути, не жизнеспособным. Потом проблему решить удалось. Но где-то там при этом (при рассмотрении этого вопроса) прочитал и про то, каковы бывают ошибки репликации у нынешней жизни. Ну и меня тогда поразила невероятно высокая доля ошибок при репликации у каких-то особенно эволюционно примитивных организмов. Что, косвенно, указывает на то, что в эволюционном прошлом антиошибочная система была много слабее. К сожалению, ссылку на источник этой информации (в котором прочитал её) сходу мне найти не удалось.
  В общем, оказываются, очень сильные различия могут быть в работе антиошибочной системы в современном мире.

Цитата: vit от июля 14, 2020, 12:28:25Рекомбинации, дуплекации, амплификации не могут возникать как следствие ошибок, ошибки случайны, а амплификация консервативной последовательности 100и нуклеотидов не может быть случайной.
Это Вы к чему?
  Чтоб амплификация консервативной последовательности 100 нуклеотидов была случайной – это, конечно, вряд ли. Но на счёт дупликации - совсем не уверен. Хотя и не исключаю влияния на дупликацию не случайных факторов самонаправления эволюции.

Питер

А   какая   разница   между    амплификацией   фрагмента  и  его  дупликацией  ?  Амплификация   -  всего    лишь  ряд  последовательных   дуплдикаций.

Самонаправление   эволюции  -   это   клетка   ЗНАЕТ,  как    надо  поменять  геном,  чтобы  достигнуть  результата  ?  Ну-ну ...
А  оно  вам  надо  ?

vit

Цитата: Питер от июля 14, 2020, 13:12:26
Ну   хорошо   -    примем   ГПГ.   Вопрос   -    что  будет  перенесено  и  откуда  для   получения    фенотиа  cit +  ?    Последовательно  и  по  шагам. Каокй   механизм  ?
И    вам  нужна  интеграция    в     основную  ДНК      колей   -   дупликация  именно  там.  А   далеко  не  все  плазмиды      коньюгативные,     засунуть  чужую  ДНК в      коли  не  так  просто   (есть  специальные   методы    шока  для     повышения  эффективности   захвата  чужой   ДНК)

Там и у Лански и у Хофвагена секвенированы схожие мутация - амплификация гена цитт с захватом его промотора. Сам механизм, как плазмиды вставляют свои участки днк в хромосому, особо не описан, но это реальный факт. геноинженеры используют плазмид в своих целях. Наверно без топоизомеразы там не обходится. Сам цитт есть или в плазмиде или коля его находит в окружающей среде, там же плавают цитт от отмерших предков.

vit

 После попадания в бактериальную клетку одна из нитей ДНК плазмиды расщепляется, одноцепочечный фрагмент физически объединяется с ДНК реципиента[39].

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D1%8B#%D0%9F%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%B0%D1%87%D0%B0

::)

Питер

В    большинстве   своем          генные  инженеры  не   пользуются  топоизомеразами.  Нам   для   жизни   хватает    рестриктаз  и  лигаз.   Плюс   еще   ряд   ферментов   -  например,   достроить  липкие  концы  можно      Кленовым,     можно      убрать  или    нащить   фосфор   на  концы    фрагментов.   Можно  олиги   синтезировать.  можно    сайт  специфичные    мутагенез    заварить.   Много     чего  можно.   И  -  смею  вас  уверить  -   мы    можем      больше,  чем    может     любой   конкретный  микроб  в  плане   сборки     любой    плазмиды.  Причем     мы   это  можем   сделать с  точностью  до  пары  нуклеотидов.  Микроб  -  нет.

Да,  секвенированы  мутации   с  дупликацией  гена  citT.   Вот   только      зачем   для   этого  нужен   ГПГ   -  если    это  просто  дупликация  ?
И    опять  же   -     если  это  ГПГ.  откуда    и чем  перенесен      лишний  ген  citT   с  его  промотором ?   Конкретно      -   ген   был   вырезан    этим  и  этим  ферментом,  потом    был       перенесен в  плазмиду   такую-то и  потом   таким-то  образом   эта  плазмида     попала   в  другую  клетку      коли  и   там     встроилась в  геном.
А  оно  вам  надо  ?

Питер

Цитата: vit от июля 14, 2020, 16:18:13
После попадания в бактериальную клетку одна из нитей ДНК плазмиды расщепляется, одноцепочечный фрагмент физически объединяется с ДНК реципиента[39].

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D1%8B#%D0%9F%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%B0%D1%87%D0%B0

::)


Дело  опять  же   за  малым   -  встроить  нужный   фрагмент  в  нужной  место  клетки-реципиента.   Про    мелочи  типа  систем  рестрикции-модификации  и   CRISPR     забыли.    Про  заряд   бактериальной  стенки  забыли.

А  оно  вам  надо  ?