Мутагенез

Питер · июля 13, 2020, 10:28:16

VIT
Не знал, что Вы не знакомы с работами Хофвагена: соответствующие мутации произошли у всех штаммов в 12-100 делении.
« Последнее редактирование: Июль 12, 2020, 19:51:46 от vit »

1. Давайте не будем путать ПАССАЖ и ДЕЛЕНИЕ. И речь в стаитье шла именно о ПАССАЖЕ - пересеве культуры с разведением. сколько до этого было делений - вопрос, в богатой среду коли делятся раз в 30 минут. На М9 - медленнее. Но в любом случае прошли сотни делений.
2. Есть задача - начать устваивать цитрат. Самый простой путь - увеличить число копий гена cit+. Вот и получаются мутации по этому гену. и они подхватываются отбором.
3. Такого рода мутации в общем-то не репарируются - реприруются проблемы по концам дупликации, но сама дупликация вполне сбе мирно живет. клетка не умеет считать число генов. Она видит только мисматчи и химические модификации.
4. Горизонтальный перенос тут вообще ни о чем. Это опять же случайный процесс.
5. Любой отбор канализирован всей его предисторией - тем, что существующая биохимия клетки накладывает ограничения. и как бы не хотела коли начать фотосинтезировать - не выйдет в парй-тойку шагов. И придется находить другие пути поступления энергии - из того что есть в среде и геноме.

Alexeyy · июля 13, 2020, 11:04:49

Цитата: vit от июля 13, 2020, 10:02:58
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 23:29:10
при каждом очередном делении они могли произойти, а могли – нет.
Такая гипотеза вроде бы не выдвигалась. Выдвигалась гипотеза, что без ежедневной пересадки, мутация цит+ произойдет быстрее, чем у Лански. Что и произошло...

Да какая же это гипотеза ... это, считай, факт: ожидаемые мутации не происходили обязательно всегда при первом или при втором или при ... делениях. Заранее было неизвестно на каком делении они произойдут. Это и означает случайность мутации.

Цитата: vit от июля 13, 2020, 10:02:58
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 23:29:10
Даже несмотря на то, что вероятность этой мутации много выше, чем у других и всё.
Почему?

Не знаю. Может и действительно в этом есть какой-то адаптивный смысл (выработанный благодаря отбору между случными изменениями в процессе предшествующей эволюции). По крайней мере, от части. Может, от части, это связано с чист техническими сложностями устранения возникновения подобных мутаций и последующего их устранения, которые оказываются не стоящими того, чтобы бороться с этими сложностями. Мутации ведь тоже нужны для эволюции. Может, поэтому, с рассматриваемым типом мутаций эволюция особ и не боролась.
А. может, в этом есть и элемент опережающего отражения (самонаправления эволюции). Но достоверно подтвердить это сейчас, по-моему, не представляется возможным.

vit · июля 13, 2020, 13:07:05

Цитата: Питер от июля 13, 2020, 10:28:16

1. Давайте не будем путать ПАССАЖ и ДЕЛЕНИЕ. И речь в стаитье шла именно о ПАССАЖЕ - пересеве культуры с разведением. сколько до этого было делений - вопрос, в богатой среду коли делятся раз в 30 минут. На М9 - медленнее. Но в любом случае прошли сотни делений.

У лански 31500 у хофвагена 12 делений.
Передковые штаммы секвестрированы: цитТ без амплификации и неактивен.

Цитировать2. Есть задача - начать устваивать цитрат. Самый простой путь - увеличить число копий гена cit+. Вот и получаются мутации по этому гену. и они подхватываются отбором.

Похоже на осмысленное поведение!

Цитировать3. Такого рода мутации в общем-то не репарируются - реприруются проблемы по концам дупликации, но сама дупликация вполне сбе мирно живет. клетка не умеет считать число генов. Она видит только мисматчи и химические модификации.

смелое заявление, для человека знакомого с процессом репликации

Цитировать4. Горизонтальный перенос тут вообще ни о чем. Это опять же случайный процесс.

ГПГ единственное объяснение результатов обоих экспериментов и не только этих. Надеюсь Вы с ними знакомы.

Цитировать5. Любой отбор канализирован всей его предисторией - тем, что существующая биохимия клетки накладывает ограничения. и как бы не хотела коли начать фотосинтезировать - не выйдет в парй-тойку шагов. И придется находить другие пути поступления энергии - из того что есть в среде и геноме.

поэтому я и настаиваю на ГПГ.

vit · июля 13, 2020, 13:26:16

Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 11:04:49
Это и означает случайность мутации.

Ознакомьтесь с основами методики оценки результатов биологических исследований!!!

Питер · июля 13, 2020, 13:50:53

Цитата: vit от июля 13, 2020, 13:07:05Цитата: Питер от Сегодня в 09:28:16

1. Давайте не будем путать ПАССАЖ и ДЕЛЕНИЕ. И речь в стаитье шла именно о ПАССАЖЕ - пересеве культуры с разведением. сколько до этого было делений - вопрос, в богатой среду коли делятся раз в 30 минут. На М9 - медленнее. Но в любом случае прошли сотни делений.

У лански 31500 у хофвагена 12 делений.
Передковые штаммы секвестрированы: цитТ без амплификации и неактивен.
ПАССАЖЕЙ.

Цитировать (выделенное)
2. Есть задача - начать устваивать цитрат. Самый простой путь - увеличить число копий гена cit+. Вот и получаются мутации по этому гену. и они подхватываются отбором.

Похоже на осмысленное поведение!

Цитировать (выделенное)
3. Такого рода мутации в общем-то не репарируются - реприруются проблемы по концам дупликации, но сама дупликация вполне сбе мирно живет. клетка не умеет считать число генов. Она видит только мисматчи и химические модификации.
смелое заявление, для человека знакомого с процессом репликации
Цитировать (выделенное)
4. Горизонтальный перенос тут вообще ни о чем. Это опять же случайный процесс.
ГПГ единственное объяснение результатов обоих экспериментов и не только этих. Надеюсь Вы с ними знакомы.
Цитировать (выделенное)
5. Любой отбор канализирован всей его предисторией - тем, что существующая биохимия клетки накладывает ограничения. и как бы не хотела коли начать фотосинтезировать - не выйдет в парй-тойку шагов. И придется находить другие пути поступления энергии - из того что есть в среде и геноме.

поэтому я и настаиваю на ГПГ.

1. И все таки пассажи и поколения - из Вики про Ленски
"Каждый день 0,1 мл содержимого каждой пробирки переносилось в пробирку с 10 мл свежей питательной среды, где размножение бактерий продолжалось. Каждое 500-е поколение (что соответствует интервалу в 75 дней) замораживалось в глицерине при температуре −80 °C"
Т.е. один пересев примерно 7 делений
2. Во-первых, там были не только дупликации. Во-вторых, это самое простое - тем более в условиях голода и с контролем за репликацией есть проблемы. Как только прошла дупликация - все, потомки вытенили всех. Могла ли быть точка ? Да, могла - мутация в промоторе, увеличивающая уровень экспрессии гена.
3. А вы знаете. как клетка считает гены ? Любая - хоть коли, хоть наша с вами клетка ? Я вот нет - а людей с несколькими (вместо одной в норме на гаплоидный геном) копиями того или иного гена вижу периодически. Иногда это с с симптомами, иногда нет.
4. ГПГ есть, но - это событие реально редкое. И самое главное в случае с цитратом и колями - откуда взялся этот самый перенесенный ген в чистой культуре ?

Питер · июля 13, 2020, 14:03:27

Цитата: vit от июля 13, 2020, 13:26:16
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 11:04:49
Это и означает случайность мутации.

Ознакомьтесь с основами методики оценки результатов биологических исследований!!!

Как-то Стьюдент мало пригоден для биологии. Там рулит непараметрическая статистика ...
Но в данном случае вообще с статистикой сложно - что с чем сравнивать будем ? Вот у нас есть эксперимент по отбору на еду - цитрат. Понятно. что в конечном итоге клеток с такими мутациями будет больше. Другие будет расти медленно и их вытеснят.
Контроль на богатой среде ? Но там вообще все не так - бедная среда сильно влияет на весь метаболизм клетки.

vit · июля 13, 2020, 15:34:24

Цитата: Питер от июля 13, 2020, 13:50:53

Т.е. один пересев примерно 7 делений

в день 7 делений, она были в 1.день относительно сыты, у меня получилось 15 лет/33000=2000 в год/365= где то так.

и что?

Цитировать2. Во-первых, там были не только дупликации.

амплификация! т.е. дуплекация полная или частичная - несколько 100 и более нуклеотидов - случайно такого не бывает.

ЦитироватьА вы знаете. как клетка считает гены ?

ирнк?

ЦитироватьГПГ есть, но - это событие реально редкое.

у прокариот это основной механизм эволюции, у них даже штатная плазмида/ы для этого имеются.

Цитировать
И самое главное в случае с цитратом и колями - откуда взялся этот самый перенесенный ген в чистой культуре ?

плазмида 1. днк от умерших колей 2.. Вам что больше нравиться?

ЦитироватьКак-то Стьюдент мало пригоден для биологии.

зачет по биометрии вроде бы на 2 семестре биофака, ну а при написании отчетов и статей было нельзя без подсчета достоверных отличий . Я думал, хоть Вы здесь биолог...

vit · июля 13, 2020, 15:46:43

мутация цит+ была обратима, это возможно только при гпг.

Alexeyy · июля 13, 2020, 15:56:00

Цитата: vit от июля 13, 2020, 13:26:16
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 11:04:49
Это и означает случайность мутации.

Ознакомьтесь с основами методики оценки результатов биологических исследований!!!

Я, в целом, знаком (когда-то изучал подробно). Это тут ни при чём

Питер · июля 13, 2020, 16:28:00

Vit, я статистику мало того что учил - но и применяю много и часто. Именно в биологии. И могу сравнить разные варианты стат. обработки для разных типов признаков. И даже знаю, что такое Бонферрони, FDR и т.д. и т.п. И знаю, что мир статистики - это не только Стьюдент и далеко не только Стьюдент. Так что кто из нас лучше знает Коран ....

Случайно бывает все. Например, вряд ли кто в здравом уме и твердой памяти хочет амплификации гена альфа-синуклеина у человека ... А она бывает.

Ну хорошо, из ДНК мертвой коли какой-то плазмидой переносится ген cit в другую колю. Но - как (и какая) плазмида выбирает в большом геноме нужный ген. правильно вырезает и вставляет в геном новой коли в строго нужном месте ? Вам не кажется, что тут многовато случчайностей - при просто дупликации в результате случайностей меньше ?

vit · июля 13, 2020, 16:29:41

Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 15:56:00

Я, в целом, знаком (когда-то изучал подробно).

Ваши высказывания это опровергают.

Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 15:56:00
Это тут ни при чём

Это "при чем" в любом биоэксперименте, для этого его и проводят.

Питер · июля 13, 2020, 16:30:02

Да, и как все-таки клетка считает, сколько у нее генов - сколько нужно, больше или меньше ? И почему не может посчитать и выключить лишние гены ?

vit · июля 13, 2020, 16:37:41

Цитата: Питер от июля 13, 2020, 16:28:00
Vit, я статистику мало того что учил - но и применяю много и часто. Именно в биологии.

Ну хорошо, из ДНК мертвой коли какой-то плазмидой переносится ген cit в другую колю. Но - как (и какая) плазмида выбирает в большом геноме нужный ген. правильно вырезает и вставляет в геном новой коли в строго нужном месте ? Вам не кажется, что тут многовато случчайностей - при просто дупликации в результате случайностей меньше ?

не правильная постановка вопроса, особенно учитывая, что Вы можете мыслить математически( по-вашему же заявлению).
Смотрите на результат! В 49 опытах 49 попаданий - это говорит о разумном механизме действия гпг, плазмиды же для чего то нужны клетке, митохондрии тоже по -вашему случайно атф производят?

vit · июля 13, 2020, 16:43:42

Цитата: Питер от июля 13, 2020, 16:30:02
Да, и как все-таки клетка считает, сколько у нее генов - сколько нужно, больше или меньше ? И почему не может посчитать и выключить лишние гены ?

Клетка не считает сколько у неё генов, механизм репликации и репарации производит копию и исправляет ошибки. Ошибки практически исключены по причине принципов полуконсервативности и комплиментарности.

Питер · июля 13, 2020, 16:51:16

Да не говорит 49 из 49 о ППГ. Это вообще не говорит о механизме. Это говорит о том, что в варианте данного опыта такой вариант выигрывает у остальных - надо повысить экспрессию гена citT. Причем все-таки там разные варианты - посмотрите на рис. 6В и 6С в статье, а не только одна лишь дупликация.
Rapid Evolution of Citrate Utilization by Escherichia coli by Direct Selection Requires citT and dctA
Dustin J. Van Hofwegen,a Carolyn J. Hovde,b and Scott A. Minnichcorresponding authorb

Плазмиды - нужны. Митохондрии - нужны. Но при чем здесь ГПГ ?

Кстати. там вообще нет статистики