Мутагенез

Автор vit, мая 25, 2020, 18:43:18

« назад - далее »

vit

Цитата: Питер от июня 03, 2020, 13:21:25
Vit,    вы   вторую    статью  гляньте.    С  объяснением   таких    различий  в  сроках.

Но  что  главное    - видимо,   есть  только  один    магистральный  путь  -  дупликация Cit.   который   реализуется      быстрее  или  медленнее   от  жесткости условий  отбора.

во второй статье сказано, что долгосрочный эволюционный эксперимент на бактериях E. coli был "неправильно" произведен. Ленски "мешал" колям быстро переключиться на цитрат, что соответствует их природе и не требует evolutionary event.

Питер

Что   такое   "правильно"    -   это    вопрос   сложный.  Важно,  что    в  условиях          полной     жжжж    с  едой       варианты  ищутся  быстрее.    7    дней  голодухи  -    это  не  день  у  Ленски.
НО    ВАРИАНТ  -  ТОТ  ЖЕ.   Детали  мутаций отличаются,  но  глобальное  -    повышение  уровня  одного    ключевого   белка.
А  оно  вам  надо  ?

vit

#62
Цитата: Питер от июня 03, 2020, 13:44:03
Детали  мутаций отличаются,  но  глобальное  -    повышение  уровня  одного    ключевого   белка.





No new genetic information (novel gene function) evolved.

Copyright © 2016, American Society for Microbiology. All Rights Reserved.

Alexeyy

У меня есть такое подозрение, что организм как-то может "понимать" как нужно себя изменить с помощью мутаций, чтобы лучше подстроиться под внешние условия. Причём, делает это не потому, что «знает» какая конкретна мутация для этого нужна, а потому, что может «оценивать» наиболее вероятную область генома, которую нужно как-то изменить для увеличения приспосабливаемости и, поэтому, предполагаю, что в этой области организм и увеличивает вероятность мутаций. Какие-то из них  оказываются «гиблыми», какие-т не очень, а какие-то – успешными и закрепляются. Но, предполагаю, что этот механизм работает очень медленно. Т.к., предполагаю, этот механизм приспосабливаемости – эволюционно очень, очень древний и т.к. в те далёкие времена темпы эволюции были много ниже, то и соответствующий механизм должен быть медленным.  И, предполагаю, что поэтому этот механизм в эксперименте обнаружить относительно непросто. И, на сколько знаю, не обнаружен.

Игорь Антонов

Цитата: Alexeyy от июня 03, 2020, 16:22:11И, предполагаю, что поэтому этот механизм в эксперименте обнаружить относительно непросто. И, на сколько знаю, не обнаружен.

Вот работа по этому направлению:

Induced Mutations in Yeast Cell Populations Adapting to an Unforeseen Challenge

vit

Цитата: Alexeyy от июня 03, 2020, 16:22:11
У меня есть такое подозрение, что организм как-то может "понимать" как нужно себя изменить с помощью мутаций, чтобы лучше подстроиться под внешние условия.

поэтому,было бы не плохо, что бы эволюционисты как-то актуализировали теорию мутагенеза

Alexeyy

Судя, по приведённой Антоном статье, в этом направлении работают (да и я, в некотором теоретическом отношении, немного, исследую этот вопрос).

vit

#67
Цитата: Alexeyy от мая 27, 2020, 13:36:17
Цитата: vit от мая 27, 2020, 13:10:40произошло 12 мутаций, частично одинаковых
Даже частично одинаковых - не может быть: даже при расчёте времён дивергенции разных таксонов вообще считается, что вероятность одинаковых мутаций пренебрежимо мала. Точнее, чисто статистически, не исключено, что могут быть одинаковы, но вероятность столь мала, что, уверен, что в рассматриваемом эксперименте они были разными. То, что происходила дупликация одного и того же гена в некоторых разных вариантах эксперимента - это, автоматически, не значит, что и соответствующие мутации были одинаковы.


https://elementy.ru/novosti_nauki/431746/Parallelnaya_evolyutsiya_izuchena_v_eksperimente_na_bakteriyakh
Эксперимент, в ходе которого 115 линий кишечной палочки независимо друг от друга приспосабливались к высокой температуре, показал, что к одной и той же эволюционной «цели» ведет множество путей. За 2000 поколений в каждой линии закрепилось в среднем по 11 мутаций, из которых около 80% были полезными. Мутации у разных линий были в основном разными: из 634 несинонимичных точечных мутаций лишь 157 обнаружены более чем в одной линии. При этом многие линии приспособились к высокой температуре за счет разных изменений одних и тех же генов: две произвольно выбранные линии имели в среднем лишь 2,6% общих мутаций, но целых 20% общих генов, затронутых мутациями.

Alexeyy

Да... выходит, был не прав на счёт ничтожно малой вероятности одинаковых мутаций в разных линиях.

Питер

Одни  и  те  же  гены   -   не  одни  и  те  же  мутации.   И   повторные  мутации      есть  -  но   они  относительно  редкие.  И  это    обычно    особые  условия  мутирования  -   например,  два  простых  повтора   подряд   повышают  риск  делеции   одного  повтора.  У   млеков  СрG     динуклеотиды    часто  мутируют  через  метилирование.
А  оно  вам  надо  ?

Alexeyy

Что ли почти все повторные мутации это когда какой-то один класс мутации, с большой вероятностью приводит к одной и той же мутации?

Питер

Вот   смотрите   -    есть в  геноме  подряд   два   повтора CAGCAG.   При     ошибке  репликации  один  из   триплетов  может      уйти  -  будет  делеция.     В  итоге      данная  мутация   может  возникать       в  том  же  месте    неоднократно.    Как  пример    мутация  deltaF508  при    муковисцидозе.  Самая   частая   при  этом  заболевании,   ее   неоднократное       возникновение   подтвержденный   факт.   
А  оно  вам  надо  ?

Alexeyy

В общем, получается, что вероятность некоторых мутаций - очень высока по сравнению с другими и, соответственно, относительно высока вероятность и повтора?

vit

Цитата: Питер от июня 15, 2020, 09:58:23
  И   повторные  мутации      есть  -  но   они  относительно  редкие.

2,5% это не так уж и редко

vit

Цитата: Alexeyy от июня 15, 2020, 16:00:31
В общем, получается, что вероятность некоторых мутаций - очень высока по сравнению с другими и, соответственно, относительно высока вероятность и повтора?

мутации у коли происходят за счет ошибок в репарации днк. получается ферменты специально не исправляет какие то ошибки. такое трудно представить