Мутагенез

[Alexeyy]

А каков порядок цифр не помните?

[Питер]

У человека мутации с изменением числа
Простых повторов имеют частоту примерно на два три порядка выше частоты точковых мутаций

[vit]

Я   вам  написал   конкретный    пример  -  вероятность  ошибок   на  гомополимерных  трактах  (типа  олигоП, олигоА)   выше.    веброятность  ошибок  на  простых  повторах  типа   СА    выше.  Вероятность  мутирования  CpG   динуклеотидов  выше.

статистическая вероятность выше?

Во  время  репликации  и  репарации   структура   ДНК   все  равно   есть  -  и  она  определяется   взаимодействием   ДНК  в  области со   всеми  компонентами  репарационно-репликационного  комплекса.

первичная структура есть, но не вторичная или третичная и она определяется хеликазой

[Alexeyy]

Вы правы: я не правильно выразился и это - не вторичная структура, а первичная.

[Питер]

Да,  статистическая   -    но  определяется  проскальзыванием    ДНК  полимеразы   на  гомополимерных  матрицах.

[vit]

Да,  статистическая 

статистической вероятностью называется возможное появление случайного события при большом числе повторений. скажем кубик с вероятностью 1/6 выпадает на одну из его 6 сторон, а в опытах Лански, вероятность мутаций цит+  равна 1/4500 генов у коли.
Любой событие происходящее чаще его стат. вероятности не является случайным.

-    но  определяется  проскальзыванием    ДНК  полимеразы   на  гомополимерных  матрицах.

конечно днк полимераза может ошибаться и проскальзывать, но тогда в месте проскальзывания не будет водородной связи и вторичная структура днк в этом месте будет неправильной и мутС её исправит.Или Вы что то другое имели ввиду?

[Питер]

Раз   исправит,  два  исправит  -   и  пропустит.  Нет  систем,  работающих   без  ошибок   -   но  есть    варианты,  где    вероятность  ошибок  повышено.  Тракты    из  одной     буквы  -   такой   вариант.

[vit]

Раз   исправит,  два  исправит  -   и  пропустит.  Нет  систем,  работающих   без  ошибок   -   но  есть    варианты,  где    вероятность  ошибок  повышено.  Тракты    из  одной     буквы  -   такой   вариант.

это все равно что авто без колеса, на заводе конечно могли сделать ошибку и контроль ее тоже Раз   исправит,  два  исправит  -   и  пропустит. но авто без колеса никак не поедет. так же и днк с пропуском не может "ехать", поэтому или репарируется или брак на помойку.

[Питер]

Почему   не  поедет  ?    Поедет  -   но  не  очень  хорошо.    Если   это    бактерия  -    будет  мутация  в  конкретном  гене.   Если   это  не    необходимый  на  100%  ген  -     будет  жить.    Возможно,  хуже.  Возможно,  лучше    Есди  диплоид  -    будет  гетерозиготная  мутация.  До  гомозиготности  можно     жить.
Было  бы  прекрасно,  если  бы  репарировалось 100%   всех  повреждений    ДНК.   Рака  бы  не  было.    Не    получается.
С  другой   стороны,   без  этого мутагенеза  не    будет  генетического  разнообразия  как   топлива   для   эволюции.

[vit]

   Если   это    бактерия  -    будет  мутация  в  конкретном  гене.   


проскальзыванием    ДНК  полимеразы   на  гомополимерных  матрицах.

под проскальзыванием я понял, что по Вашему, днк полимераза не строит участок напротив  гомополимерных  матриц.

[Питер]

Нет.  Вот  есть  тракт  олиго(Т).  По  нему   ползет   полимераза,  строит  трек  олиго  А.  В    идеале    всегда  есть  дуплекс   -   но  возможно,  что    этот     дуплекс   чуть    подплавится   -    и  образуется   свободный          кончик     олиго(А),  не   связанны  с   Т.  И  этот  кончик    может      при    образовании     дуплекса  по  новой  образовать    дуплекс  не с  правильным  по  счету  Т   -  а  с  другим.    Полимераза  продолжит     строить   олиго(А)   -  и  достроит   до  конца   олиго(Т).  Но  длина    олиго(А)    будет     больше,    чем      блок  олиго(Т).
Рисовать  надо    -  на  словах  сложно.

https://www.researchgate.net/figure/Schematic-illustration-of-the-strand-slippage-replication-at-STR-24_fig1_626558
Тут  повторы,   но с   олигами  все  также.

[vit]

Нет.  Вот  есть  тракт  олиго(Т).  По  нему   ползет   полимераза,  строит  трек  олиго  А.  В    идеале    всегда  есть  дуплекс   -   но  возможно,  что    этот     дуплекс   чуть    подплавится   -    и  образуется   свободный          кончик     олиго(А),  не   связанны  с   Т.  И  этот  кончик    может      при    образовании     дуплекса  по  новой  образовать    дуплекс  не с  правильным  по  счету  Т   -  а  с  другим.    Полимераза  продолжит     строить   олиго(А)   -  и  достроит   до  конца   олиго(Т).  Но  длина    олиго(А)    будет     больше,    чем      блок  олиго(Т).
Рисовать  надо    -  на  словах  сложно.

Вы хотите сказать что в а-т не образовалась водородная связь? главное что бы первичная структура была правильной




https://www.researchgate.net/figure/Schematic-illustration-of-the-strand-slippage-replication-at-STR-24_fig1_626558

открывается каталог

[Питер]

Картинку  поищу.   
Образовалась  петля.   У   вас     есть        две  нитки с  одинаковыми   по  числу   узелками.  Вы  сопоставляете     узелки   на  нитках.  Ошибаетесь   -   и  пропускаете  пару  узелков  на  одной  нитке. Эти       узелки   образуют  петлю  -  но  нитка  оказывается   короче.  Но   вам   нужны  нитки  одинаковой   длины   -  и к  более  короткой   довязываете  кусочек  с   новыми     узелками.    Потом     делите   две   эти  нитки   -  и   получаете     две  нитки  с  разным  числом     узелков.

[Питер]

Два  видео.  Увы  -  на    языке.
https://www.youtube.com/watch?v=fAgAU9y3yW8
https://www.youtube.com/watch?v=bdcCkgGkI5E

[vit]

Картинку  поищу.   
Образовалась  петля.   У   вас     есть        две  нитки с  одинаковыми   по  числу   узелками.  Вы  сопоставляете     узелки   на  нитках.  Ошибаетесь   -   и  пропускаете  пару  узелков  на  одной  нитке. Эти       узелки   образуют  петлю  -  но  нитка  оказывается   короче.  Но   вам   нужны  нитки  одинаковой   длины   -  и к  более  короткой   довязываете  кусочек  с   новыми     узелками.    Потом     делите   две   эти  нитки   -  и   получаете     две  нитки  с  разным  числом     узелков.

На первом этапе ДНК-полимераза встречает прямой повтор в процессе репликации.
    Полимеразный комплекс приостанавливает репликацию и временно высвобождается из цепи матрицы.
    Вновь синтезированная цепь затем отделяется от цепи шаблона и соединяется с другим прямым повторением вверх по течению.
    ДНК-полимераза повторно собирает свое положение на цепи матрицы и возобновляет нормальную репликацию, но в ходе повторной сборки комплекс полимеразы возвращается и повторяет вставку дезоксирибонуклеотидов, которые были добавлены ранее. Это приводит к тому, что некоторые повторы, обнаруженные в цепочке шаблонов, дважды реплицируются в дочернюю цепочку. Это расширяет область репликации вновь введенными нуклеотидами. Шаблон и дочерняя нить больше не могут правильно соединяться. [4]
    Белки эксцизионной репарации нуклеотидов мобилизуются в эту область, где одним из вероятных результатов является экспансия нуклеотидов в цепи матрицы, а другой - отсутствие нуклеотидов. Хотя сокращение тринуклеотидов возможно, расширение тринуклеотидов происходит чаще [2].

https://en.wikipedia.org/wiki/Slipped_strand_mispairing

проще понял так: днк полимераза иногда , когда на участках матрицы есть например ААА ААА ААА, она создавая ТТТ ТТТ ТТТ не может, по ошибке, их присоединить к ААА ААА ААА. Получается нарушенная вторичная структура. ТТТ ТТТ ТТТ образуют петлю склеиваясь Т с Т.ДНК полимераза это замечает и достраивает недостающие ТТТ ТТТ ТТТ.  таким образом получается 2 раза ТТТ ТТТ ТТТ. Если мутС не обнаружит ошибку , то будет 2 раза ТТТ ТТТ ТТТ вместо 1 раза.