Мутагенез

Автор vit, мая 25, 2020, 18:43:18

« назад - далее »

vit

Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:50:46
vit, до прямых оскорблений я не опускался.
С тем Вы дали мне основание обратиться к администрации форума для того, чтобы обратить внимание на использованное Вами выражение.
у вас вообще то тут бан на этой теме от меня как тса, а вы продолжаете тролить >:D

А вообщем похоже на капитуляцию по основному вопросу дискуссии, обычно только в таких случаях бегут стучать начальству.

Evol

Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:00:28
Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:50:46
vit, до прямых оскорблений я не опускался.
С тем Вы дали мне основание обратиться к администрации форума для того, чтобы обратить внимание на использованное Вами выражение.
у вас вообще то тут бан на этой теме от меня как тса.

А вообщем похоже на капитуляцию по основному вопросу дискуссии, обычно только в таких случаях бегут стучать начальству.

Да, справедливо отмечено, я повторно ошибся, за что приношу искренние извинения оппоненту.
Однако, это не повод продолжать оскорблять собеседника.

vit

троль, тролинг это не оскорбление, а запрещенная манера поведения в сети, которую вы демонстрируете.

можете жаловаться сколько угодно, в этой теме пишите по сути дискуссии, желательно с ссылками на научные работы, без троллинга!!!

Питер

Цитата: vit от августа 13, 2020, 11:14:19А 500 на 5000 или др. - это не важно:
1. цифры могут быть неправильные
2. 500 на1 сломаный промотор хватит. Всего похоже 700 оперонов есть, значит 700 промоторов, не все из них сломаны. 3.транспозазы тоже специфичны - циттранспозаза тащит ис3 на цитоперон. 

1.   Ну   докажите  их  неправильность.   Не  просто  "могут  быть"   -    а  ссылками  на  то,   что E.   соli    в  геноме   ХХХ  транспозонов  и вы  все  КАААЗЛЫ    считать  не  умеете.   Барабан  на  шею,    палочки в  руки  ...
2.   Там  нет  "сломанного   промотора"   Там  нужен   ДРУГОЙ      промотор.   Который  может  быть  и  не  из  траспозона.
3.   Как   говаривалось в  известной   книге,  товариц    совравши.   Что   за  такая   циттранспозаза  ?    Есть  ИС3   -  но  она  не    ЦИТ.  Она      и  по  другим  местам  генома  прыгает.   В    транспозазе     нет   ничего    привязанного  именно  к   этому   гену.
Если    по  вашему  мнению   есть  -    пруф  в  студию,  что  он   может  встраиваться  только  туда.
ну  а   догмой     у  вас  опять  просто  цирк  ... Она   не   об  этом,  она    о    матричной  передаче  информации  между   ДНК,  РНК  и  белком. 
А  оно  вам  надо  ?

vit

Цитата: Питер от августа 13, 2020, 13:18:15

1.   Ну   докажите  их  неправильность.   Не  просто  "могут  быть"   -    а  ссылками  на  то,   что E.   соli    в  геноме   ХХХ  транспозонов  и вы  все  КАААЗЛЫ    считать  не  умеете.   Барабан  на  шею,    палочки в руки  ...
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1040841X.2017.1303661

More than 4500 IS belonging to 29 families have been identified to date (Siguier et al. 2006, 2014).это пару страниц до этого было. есть статьи о открытии новых ис и мэ. У вас цифры не понятно откуда, вчера было 44, сегодня 500...

Не забывайте про гпг, там исов можно взять сколько коля ни пожелает. Поэтому арифметический аргумент здесь не катит.




Цитировать2.   Там  нет  "сломанного   промотора"   Там  нужен   ДРУГОЙ      промотор.   Который  может  быть  и  не  из  траспозона.
похоже коля его воспринимает как сломанный, оператор свободен, а экспрессии нет.
ЦитироватьЧто   за  такая   циттранспозаза  ?    Есть  ИС3   -  но  она  не    ЦИТ.  Она      и  по  другим  местам  генома  прыгает.   В    транспозазе     нет   ничего    привязанного  именно  к   этому   гену.
в ис3 есть, а в транспозазе, которая его находит и активирует нет?

Цитироватьну а   догмой     у  вас  опять  просто  цирк  ... Она   не   об  этом,  она    о    матричной  передаче информации между   ДНК,  РНК  и  белком.
я и говорю - информации! или плохая мутация это не матричная информация?

Питер

Вы   
Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:38:53https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1040841X.2017.1303661

More than 4500 IS belonging to 29 families have been identified to date (Siguier et al. 2006, 2014).это пару страниц до этого было. есть статьи о открытии новых ис и мэ. У вас цифры не понятно откуда, вчера было 44, сегодня 500...

ВСЕГО   У    ВСЕХ   ПРОКАРИОТ ОПИСАНО   4500  IS.    Вы   правда  думаете,  что  они все  в  E.coli ?
Ну  и  читайте   дальше   Siguier  2014

https://academic.oup.com/femsre/article/38/5/865/496682

Про  44  веселых  чижа.
The genetic instability of E. coli owing to transposable elements is certainly a problem that can be addressed by genomic deletion. E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants. Transposases associated with the transposable elements are induced by stress, such as heat and cold shock, and might be activated by procedures such as electroporation. Genome rearrangements and mutations associated with the activity of transposons are very common in E. coli, including the preponderance of spontaneous null mutations (Kitamura et al. 1995) and inversions.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:38:532.   Там  нет  "сломанного   промотора"   Там  нужен   ДРУГОЙ      промотор.   Который  может  быть  и  не  из  траспозона.
похоже коля его воспринимает как сломанный, оператор свободен, а экспрессии нет.

Он   есть.  Он  просто  не  активен в  присутствии  кислорода.   А    что  там  воспринимает    коля   -   она  вам  лично  рассказала ???


Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:38:53Цитировать (выделенное)
  Что   за  такая   циттранспозаза  ?    Есть  ИС3   -  но  она  не    ЦИТ.  Она      и  по  другим  местам  генома  прыгает.   В    транспозазе     нет   ничего    привязанного  именно  к   этому   гену.
в ис3 есть, а в транспозазе, которая его находит и активирует нет?

Что  они   (ИС3   в  целом  и  транспозаза,  которая    кодируется   ИС3)      КОНКРЕТНО       находит  специфичного в  цит ? 

Это   не   матричная   информация.  Вообще   белок  не  говорит   ДНК,  что  он   плохой.  Нет    передачи  информации  от  белка  к   РНК  и  далее к  ДНК.   Отбирается   ФЕНОТИП  -    хоть  это  вам  понятно  ?
А  оно  вам  надо  ?

Alexeyy

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 16:04:59
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 15:48:45А при чём тут это? Конечно, такого нет. А я говорил о внешнем воздействии. Это - всё равно самонаправление эволюции. Неужели не понимаете?

Идете    вы   по   тротуару.  Тут  вам кто-то  толкает  на  проезжую  часть.   Вы    туда   САМОнаправились   или  вас  внешняя  сила  направила  ?

Смотря по отношению к кому. По отношению  к человеку -внешняя, а по отношению к человеческому сообществу - внутренняя.

vit

#847
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 14:11:25

ВСЕГО   У    ВСЕХ   ПРОКАРИОТ ОПИСАНО   4500  IS.    Вы   правда  думаете,  что  они все  в  E.coli ?
они могут быть у коли по гпг.

ЦитироватьThe genetic instability of E. coli owing to transposable elements is certainly a problem that can be addressed by genomic deletion. E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants. Transposases associated with the transposable elements are induced by stress, such as heat and cold shock, and might be activated by procedures such as electroporation. Genome rearrangements and mutations associated with the activity of transposons are very common in E. coli, including the preponderance of spontaneous null mutations (Kitamura et al. 1995) and inversions.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

Генетическая нестабильность E. coli из-за мобильных элементов, безусловно, является проблемой, которую можно решить с помощью делеции генома. E. coli MG1655 включает 44 мобильных элемента 10 видов и 6 копий Rhs, повторяющуюся последовательность, которая напоминает транспозон, но для которой нет данных, указывающих, что он может перемещаться. Геном также содержит 8 остатков профага или фага. Транспозазы, связанные с мобильными элементами, индуцируются стрессом, например тепловым или холодовым шоком, и могут быть активированы такими процедурами, как электропорация. Перестройки генома и мутации, связанные с активностью транспозонов, очень распространены у E. coli, включая преобладание спонтанных нулевых мутаций (Kitamura et al. 1995) и инверсий.



E. coli MG1655 включает 44 мобильных элемента 10 видов.   где про 500?

Всего у коли 56 видов ис и много мэ..

у коли столько ис и др. сколько ей нужно для конкуренции, если у неё их 40 значит этого достаточно, приобрести еще не проблема.




ЦитироватьОн   есть.  Он  просто  не  активен в  присутствии  кислорода.   А    что  там  воспринимает    коля   -   она  вам  лично  рассказала ???
коля воспринимает стресс который активизирует Транспозазы, связанные с мобильными элементами, индуцируются стрессом, например тепловым или холодовым шоком, и могут быть активированы такими процедурами, как электропорация. Перестройки генома и мутации, связанные с активностью транспозонов, очень распространены у E. coli, включая преобладание спонтанных нулевых мутаций (Kitamura et al. 1995) и инверсий.




ЦитироватьЧто  они   (ИС3   в  целом  и  транспозаза,  которая    кодируется   ИС3)      КОНКРЕТНО      находит  специфичного в  цит ? 
специфичную для цит днкпоследовательность + возможно дополнительные метки типа цинковых пальцев и др..
ЦитироватьЭто   не   матричная   информация.  Вообще   белок  не  говорит   ДНК,  что  он   плохой.  Нет    передачи  информации  от  белка  к   РНК  и  далее к  ДНК.   Отбирается   ФЕНОТИП  -    хоть  это  вам  понятно  ?
а фенотип не имеет отношения к генотипу!

это в МБ догма днк-рнк-белок, а в ЭБ догма отбора. Вместе с плохими фенотипами, отбор удаляет и плохие генотипы и плохую матричную информацию из популяции -  хоть  это  вам  понятно  ?

vit

пс. Фенотип - это белок.

василий андреевич

Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:07:06Вместе с плохими фенотипами, отбор удаляет и плохие генотипы и плохую матричную информацию из популяции
Ну это в русле сермяжного отбора, как отрицательная обратная связь. С натяжкой, через высвобождение пространства и информация к выжившим геномам. Вы же отстаиваете весьма нетривиальное, а именно: при рутинной работе генома в нем копится полезная информация о действии, предваряющем его деление так, что бы минимизировать вероятное число "вредных мутаций". Это принципиально не нарушает стешных утверждений (догм - это плохо).
  Если так, то необходимо очерчивать границы применимости. Пусть они будут касаться только шоковых ситуаций, когда геном готов к делению, но копит напряжения прежде чем разворачиваться для атак связанных с нарушениями. Это физически объяснимо на молекулярных протяженностях квазикристаллов.
  А вот далее надо бы понять "чудо", когда геном достигает момента "икс", что бы подставить себя под удачное SOS-нарушение. Вернее сказать не "удачное", а адаптационно необходимое. Такое впечатление, что геном уже тренировался "на кошечках" своей предшествовавшей эволюцией.

Питер

Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:07:06они могут быть у коли по гпг.
И

В  мире     циркулирует   ТРИЛЛИАРД     долларов.    Они  могут   быть все  у  меня, но  увы ...
Между  могут  и есть    маленькая  разница  ...
Но  есть   факт  по  конкретному   штамму.
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:40:46пс. Фенотип - это белок.

Фенотип   -    не   белок.   Фенотип  имеет  отношение  только к   целостному  организму.
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:07:06специфичную для цит днкпоследовательность + возможно дополнительные метки типа цинковых пальцев и др..

Какая     последовательность в   цит ?   В  студию,   плиз.  А  Хотя   бы  какой   длины  ....
Про   цинковые   пальцы   ...   Вы   хоть  знаете,        где  они  ?
А  оно  вам  надо  ?

vit

Цитата: Питер от августа 14, 2020, 08:08:15

Но  есть   факт  по  конкретному  штамму.
ну а если бы у штамма 0 исов было?
В биологии инженерно-арифметический метод не применим, здесь действует отбор, напр. есть миллиард зданий разной конструкции и только 1 устояло при землетрясении и его жильцы выжили и стали строить дома только этой конструкции 


Цитировать
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:40:46пс. Фенотип - это белок.

Фенотип   -    не   белок.   Фенотип  имеет  отношение  только к   целостному  организму.
фенотип - это продукт экспрессированного гена, результат реализации генотипа путем трансляции и транскрипции, факторы среды ограниченны генетической модификацией онтогенеза.

Любой белок имеет отношение к фенотипу в популяции, соответственно любая матричная последовательность может исключиться отбором из днк. Соответственно, случайные губительные вставки мэ исключаются отбором, а точные закрепляются.

Вы же не оспариваете, в принципе, существование механизма днкспецифической рекомбинации, которая включает в себя нуклеинопротеиновые комплексы?



ЦитироватьКакая     последовательность в   цит ?   В  студию,   плиз.  А  Хотя   бы  какой   длины  ....
Про   цинковые   пальцы   ...   Вы   хоть  знаете,        где  они  ?
последовательности достаточно, что бы безошибочно находить комплементарный отрезок днк , как это делает лак1тф и цит1тф и 100и др. репрессоров на их операторах.

Цинковый палец (англ. zinc finger) — небольшой структурный мотив белка, стабилизированный одним или двумя ионами цинка, связанными координационными связями с аминокислотными остатками в составе белка. Как правило, цинковый палец включает около 20 аминокислот, ион цинка связывает 2 гистидина и 2 цистеина. Цинковые пальцы являются белковыми модулями, взаимодействующими с ДНК, РНК, другими белками или небольшими молекулами.

Основными группами белков с цинковыми пальцами являются ДНК-связывающие факторы транскрипции, а также искусственные ферменты рестрикции, получаемые слиянием ДНК-связывающего домена цинкового пальца с ДНК-разрезающим доменом нуклеазы. Домен цинкового пальца может быть спроектирован так, чтобы узнавать желаемую последовательность ДНК и связываться с ней. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A6%D0%B8%D0%BD%D0%BA%D0%BE%D0%B2%D1%8B%D0%B9_%D0%BF%D0%B0%D0%BB%D0%B5%D1%86

их много разных для узнавания и манипуляций с днк

vit

Цитата: василий андреевич от августа 13, 2020, 20:36:12
  Ну это в русле сермяжного отбора, как отрицательная обратная связь.
отрицательная является решающей

Питер

Осталось  найти в   транспозазе    домен  цинковых  пальцев.
Да,     и  последовательность  сайта   узнавания   для  транспозазы ИС3 в  области citT   в  студию.

Цитата: vit от августа 14, 2020, 10:38:45Вы же не оспариваете, в принципе, существование механизма днкспецифической рекомбинации, которая включает в себя нуклеинопротеиновые комплексы?

Нет.  Но  тут    ключевое   слово  "специфичность"  и ее   определение   по  уровню  гомологии   между    последовательностями.
А  оно  вам  надо  ?

Питер

Цитата: vit от августа 14, 2020, 10:38:45ну а если бы у штамма 0 исов было?
В биологии инженерно-арифметический метод не применим, здесь действует отбор, напр. есть миллиард зданий разной конструкции и только 1 устояло при землетрясении и его жильцы выжили и стали строить дома только этой конструкции 

Ваши  слова   да   богу  в   уши.   Меняем     слов      зданий  на  слово  мутация   - и  все.

А  оно  вам  надо  ?