Мутагенез

Автор vit, мая 25, 2020, 18:43:18

« назад - далее »

Питер

Цитата: vit от августа 12, 2020, 14:23:46Цитата: Питер от Сегодня в 12:59:40

Здесь  есть  хоть  слово  о    правилах  места     выбора   для   транспозиции  ? 
описано точное подобие кас12: днк-транспозаза-днк для чего такое еще может понадобиться кроме точной вставки ис?

Какие     особенности  структуры   ДНК   обеспечивают встраивание  ИС  в    область  цитТ ?    Что    делает  эту  область  уникальной ?   У    вас    много-много    гигабайт   ДНК  из 4       простых  букв.   Там  что,    буквы   другие  ?  Уникальный   знак  препинания  ?
А  оно  вам  надо  ?

vit

каждый оперон и оператор уникален, из 4 букв сложен весь геном, дело в комбинациях - вот эти спецкомбинации тф и узнают.

В 2007 году биологи из Гарвардского университета сообщили о первом прямом наблюдении за деятельностью транскрипционного фактора в живой клетке (Elf et al., 2007). Ученые использовали классический объект — кишечную палочку E. coli и ее вдоль и поперек изученный lac-оперон (опероном называют группу из нескольких соседних генов, регулируемых и транскрибируемых совместно и обычно участвующих в выполнении общей функции).

lac-оперон состоит из трех генов, необходимых для усвоения лактозы. Непосредственно перед опероном располагается ген транскрипционного фактора — репрессора lacI. Когда в клетке нет лактозы, lacI прикрепляется к своему сайту (оператору O1), тем самым блокируя транскрипцию lac-оперона. Когда в клетке появляется лактоза, ее производное (аллолактоза) присоединяется к белку lacI. В результате белок меняет свою трехмерную структуру и отсоединяется от оператора. Это позволяет РНК-полимеразе приступить к прочтению lac-оперона, и клетка начинает производить ферменты, требующиеся для утилизации лактозы.



Чтобы понять, каким образом lacI ищет свой оператор, исследователи фотографировали клетки с разным временем выдержки. Результаты подтвердили гипотезу, согласно которой ТФ должен сначала связаться с ДНК неспецифически, т. е. в произвольном месте, а затем «ползать» вдоль ДНК, пока не наткнется на свой сайт (такое ползание называется одномерной диффузией). Анализируя снимки, ученые обнаружили, что молекулы lacI, не закрепленные на своих сайтах, могут находиться в одном из двух состояний, соответствующих одномерной и трехмерной диффузии. В первом случае они движутся примерно на порядок медленнее.

Выяснилось, что в процессе поиска своего сайта lacI проводит 87 % времени, будучи неспецифически связанным с ДНК и ползая вдоль нее (одномерная диффузия). Остальное время уходит на свободное перемещение по цитоплазме (трехмерная диффузия). Каждый сеанс ползания занимает не более 5 мс. За это время ТФ успевает «просмотреть» около 85 нуклеотидов. Размер генома кишечной палочки — около 5 млн нуклеотидов, поэтому в целом на поиск уходит несколько минут.https://bio.wikireading.ru/5155

Питер

У  вас   что, в  ДНК   встраивается   транскрипционный   фактор ?   Который   87%    времени    ползает  по   ДНК,  не  зная  куда  приткнуться  ?
Вроде  как   нет  -  ИС.   У  которой   сайтов  встраивания  в  геноме   более  одного.   И  который     способен  менять  места   локализации.
Что вы  все  время  путаете     круглое   с  мягким  -    в  citT   встраивается   ИС.    Почему   он,  по-вашему,    может   встраиваться   только  туда   -  если     все  не  случайно ?
А  оно  вам  надо  ?

vit

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:48:13
    И  выживают  только  удачные. 
удачные те у кого ис встроился по-месту, этот механизм закрепляется и совершенствуется

vit

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 15:09:33
Что вы  все  время  путаете     круглое   с  мягким  -    в  citT   встраивается   ИС.    Почему   он,  по-вашему,    может   встраиваться   только  туда   -  если     все  не  случайно ?
принцип распознавания точного места в днк тот же что и у тф

цель таже что и у тф - экспрессия гена

метод другой - вставка промотера транспозазай как кас12

Питер

То  есть   в  геноме    колей   есть   ОДИН   сайт    встривания  ИС3 ?   Ведь  у  вашего  любимого  лак  оперона   такой    специфический   сайт  1.    А  если  надо      встроить   промотор в  другой   ген   -   то  нужен   другой   транспозон,  не  ИС3  ?  Так   сколько  же    должно   быть    ИС  ?   И   опять  же  почему   он    вырезается   -   на  среде    с  цитратом ?  какой  сигнал  к  специфическому   его  вырезанию  ?

Цитата: vit от августа 12, 2020, 15:11:05Цитата: Питер от Сегодня в 12:48:13
    И  выживают  только  удачные. 
удачные те у кого ис встроился по-месту, этот механизм закрепляется и совершенствуется

Но  все-таки      может   ИС    встроиться  "не  туда" ?  Теоретически  и  случайно  ?
А  оно  вам  надо  ?

vit

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 15:24:52
А  если  надо      встроить   промотор в  другой   ген   -   то  нужен   другой   транспозон,  не  ИС3  ?  Так   сколько  же    должно   быть   ИС  ?
5000 у коли


Цитировать
И   опять  же  почему   он    вырезается   -   на  среде    с  цитратом ?  какой  сигнал  к  специфическому   его  вырезанию  ?
похоже дубльсистемма



ЦитироватьНо  все-таки      может   ИС    встроиться  "не  туда" ?  Теоретически  и  случайно  ?
дуализм . являясь паразитом он распределяется по геному и помогает хозяину выжить

Alexeyy

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:45:30
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:42:56Цитата: Питер от Сегодня в 11:06:55
Ну  и   еще    шире  -  вот  мы   человеки с  интеллектом.   мы  можем   САМОНАПРАВИТЬ          дальнейшую   эволюцию      работы  нашего     кишечника  или  почек ?   Направленно  промутировать  геном,  чтобы   рака  не  было  ?
  Для рака сейчас нет. Но для другого – есть: несколько лет назад в США была организована первая компания, которая специализируется на лечении заболеваний именно с помощью технологии изменения ДНК больного человека (они там реализовали технологию для лечения какого-то врождённого, генентического заболевания).

не  путайте   ЭВОЛЮЦИЮ  и    лечение.     И  я   говорил  не  о  внешнем   воздействии  -   а  именно  о  внутренней    работе  системы.  Вот       знает  человек,  что    он  гетерозиготен  по      плохой  мутации  -   и  раз,  усилием    геномной   воли  ее   репарирует.

А при чём тут это? Конечно, такого нет. А я говорил о внешнем воздействии. Это - всё равно самонаправление эволюции. Неужели не понимаете?

Игорь Антонов

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:59:40Траспозоны  могут  вызвать  -  и  могут  не  вызвать.   То,  что  этот  процесс  жестко  регулируется  -  факт.   Это   ограничение   числа   транспозиций.  Но     это  не  ограничение      возможных  мест  транспозиций     конкретным    сайтом.

Клетки могут адаптивно регулировать активность генов и есть даже работы по адаптивной перестройке регуляции вообще без мутаций, до начала деления.
Но ведь может регулироваться и доступность мишеней для транспозиций. Как, например, в работе Transposon-mediated activation of the Escherichia coli glpFK operon is inhibited by specific DNA-binding proteins.

Alexeyy

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:55:51
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:46:12С чего Вы взяли, что отбор мог создать первое, но не мог второе?

Он    его  создал  ?   Пример  в  студию.
Ну так нынешнее человеческое общество, направляющее свою собственную эволюцию (в первую очередь социально-экономическую и технологическую и уже есть наработки самонаправления и генетической эволюции) возникло именно благодаря отбору.

Питер

По    факту 
E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

То    есть  1   транспозон   примерно  на  100   генов.   И  как   выбрать  нужный   когда  прыгаешь ?

"Похоже  дубльсистема"   -    это    ну  совсем  не  ясно.

И  все-таки  по  всему   геному    -  случайно  или  нет  ?
А  оно  вам  надо  ?

Игорь Антонов

И в другом обзоре
Transposon-mediated directed mutation in bacteria and eukaryotes:

If transposon-mediated mutations are of benefit to E. coli, possibly they are similarily important in the evolution of other bacteria, archaea and eukaryotes. Recent research suggests that this is the case. For example, Jacobs et al (2015) have reported that DNA binding proteins can guide retrotransposons to preferred target sites. The locations of targeting and the efficiency of the translocation events are determined by the DNA-binding activities of the guiding proteins (22). Additionally, Elbarbary et al. have reviewed the evidence that retrotransposons can function as regulators of gene expression by several different mechanisms (55).

И рассуждение там, которое должно порадовать Алексея:

Interestingly, consideration of the concept of transposon-mediated directed mutation allows a synthesis of ideas attributed to Lamarck and Darwin. Thus, the proposed molecular mechanisms are consistent with the phenotypic Lamarckian postulates, but they could have evolved as the result of straightforward Darwinian selection. Others have suggested that recent advances in epigenetic molecular mechanisms similarily warrant a reconsideration of Lamarckism (2, 4, 5). Let the past be the guide to the future, in evolution as in all of life.

Питер

Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 15:48:45А при чём тут это? Конечно, такого нет. А я говорил о внешнем воздействии. Это - всё равно самонаправление эволюции. Неужели не понимаете?

Идете    вы   по   тротуару.  Тут  вам кто-то  толкает  на  проезжую  часть.   Вы    туда   САМОнаправились   или  вас  внешняя  сила  направила  ?
А  оно  вам  надо  ?

Питер

Сссылка  22  -  J. Z. Jacobs, J. D. Rosado-Lugo, S. Cranz-Mileva, K. M. Ciccaglione, V. Tournier and M. Zaratiegui: Arrested replication forks guide retrotransposon integration. Science, 349(6255), 1549-53 (2015)
DOI: 10.1126/science.aaa3810
55. R. A. Elbarbary, B. A. Lucas and L. E. Maquat: Retrotransposons as regulators of gene expression. Science, 351(6274), aac7247 (2016)
DOI: 10.1126/science.aac7247

ну   за   уши к   фразе  "Recent research suggests that this is the case."   их  притянуть  можно.   Если  уши  очень  длинные.
А  оно  вам  надо  ?

василий андреевич

Цитата: vit от августа 12, 2020, 10:37:53Ленский это четко сформулировал: случайные мутации статистически и причинно НЕзависимы от адаптаций.
Понятно.
  Понятна и ущербность данного определения. Адаптация - градуальный процесс к целевому ресурсу, сопровождаемый непредсказуемым сомном тех отклонений, которые по данному определению отбрасываются, как случайные. Остаются, таким образом, только целевые.

  Я уже ставил задачу, которую Вы справедливо отбросили, как дилетантскую: каким образом "низший" организм готов адаптироваться к принципиально непредсказуемому ресурсу? Только способностью перестроиться именно к случайной мутации.
  Поясню. Если на привычном ресурсе организм способен "пережить" мульон принципиально случайных мутаций, то он окажется способен удовлетвориться и непредсказуемым ресурсом. Здесь, как в информатике - сохраняются те сведения, к которым ведет наибольшее число путей получения. Т.е. вероятность "удачной или целевой" мутации прямо пропорциональна приспособленности фенотипа к, так называемым, нейтральным мутациям.

  Человек приспосабливается не то, что бы, обходясь без мутагенеза, но пройдя долгий путь к способности нейтрализовать вредное действие мутаций. Коли Ленски, в таком раскладе - это особи, способные перестройкой цитоплазмы нейтрализовать действие той мутации, которая вредна в привычной среде, но оказывается удачной в среде цитрата. Соответственно получаем неслучайный адаптогенез.