Автор Тема: Мутагенез  (Прочитано 3857 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн vit

  • Участник форума
  • Сообщений: 94
Re: Мутагенез
« Ответ #15 : Май 27, 2020, 13:10:40 »
Только, на сколько понимаю (правда, не очень хорошо вник), Cit+ - это же не мутация, а фенотип: он, в разных вариантах появлялся как следствие самых разных мутаций.





На втором этапе («актуализация») изменилась регуляция гена citT, ответственного за поглощение цитрата из внешней среды. В результате ген стал работать в присутствии кислорода, хотя в норме у E. coli он работает только в анаэробных условиях. Это привело к появлению слабо выраженной, «зачаточной» способности использовать в пищу цитрат. Наконец, на этапе «совершенствования» новая функция была многократно усилена благодаря нескольким дупликациям (удвоениям) фрагмента хромосомы, несущего активированный ген citT.

я особо не вчитывался .Прочел жирный штифт вначале


Цитировать
Приобретение фенотипа Cit+ во всех случаях было связано с тем, что ген citT начинал экспрессироваться в аэробных условиях. Но достигался этот результат разными путями. В части повторных опытов, как и в основном долгосрочном эксперименте, произошли тандемные дупликации, благодаря которым citT оказался под управлением аэробного промотора. Но границы дуплицированных участков в разных случаях были разными, а промотор, взявший на себя управление геном citT, не всегда был промотором гена rnk: в одном случае это был промотор гена rna. В нескольких повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.

да вы правы, мутации были разные, но не указано сколько каких. Хотя можно условно считать что и одна, отвечающая за подходящий промотор.

То что один фенотип проявляется при разных мутациях - это тоже очень интересно.

суть моего вопроса не изменилась: как при 4400 генах у коли при случайности мутаций,  в 189 опытах произошло 12 мутаций, частично одинаковых, в одном гене с появлением одинакового фенотипа?

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1989
Re: Мутагенез
« Ответ #16 : Май 27, 2020, 13:26:51 »
Во-первых,    это  все-таки  селективный   отбор   -     на    цитрат.   А   связанных с  обменом  цитрата  генов  много  меньше.
Во-вторых,      время   -   тысячи  поколений.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2801
Re: Мутагенез
« Ответ #17 : Май 27, 2020, 13:36:17 »
произошло 12 мутаций, частично одинаковых
Даже частично одинаковых - не может быть: даже при расчёте времён дивергенции разных таксонов вообще считается, что вероятность одинаковых мутаций пренебрежимо мала. Точнее, чисто статистически, не исключено, что могут быть одинаковы, но вероятность столь мала, что, уверен, что в рассматриваемом эксперименте они были разными. То, что происходила дупликация одного и того же гена в некоторых разных вариантах эксперимента - это, автоматически, не значит, что и соответствующие мутации были одинаковы.

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2801
Re: Мутагенез
« Ответ #18 : Май 27, 2020, 13:39:55 »
Во-первых,    это  все-таки  селективный   отбор   -     на    цитрат.
Так, значит, и промежуточные, нейтральные мутации, увеличивающие вероятность свойства Cit+ - не совсем нейтральны?

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1989
Re: Мутагенез
« Ответ #19 : Май 27, 2020, 13:44:19 »
Не    совсем.   Они   дают  возможность  чуть  лучше   жить  на  цитрате  -  но     их  преимущество  не  велико.  Опять  же    любой  фенотип  можно  реализовать  по  разным  путям  -    но  не  все     они  одинаково    полезны и  эффективны.   Перебор    вариантов    привел  в  конце   концов  к  успеху.   31000    поколений   -  и  цитрат  наш.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2801
Re: Мутагенез
« Ответ #20 : Май 27, 2020, 13:51:38 »
А... тогда, вроде, никаких сенсаций...

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1989
Re: Мутагенез
« Ответ #21 : Май 27, 2020, 14:02:30 »
Никаких.   Вот   если  бы          за   10     поколений  и    100  линий   с  одной  и  той  же  мутацией  ...
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2801
Re: Мутагенез
« Ответ #22 : Май 27, 2020, 14:40:16 »
Или бы если бы почти сразу - в 5-10-м поколениях сразу бы требуемое свойство появилось бы :)

А вот как вот определить – слишком быстро ли эволюционные изменения произошли из-за того, что организм сам себя направлял по «нужному» направлению эволюционных изменений или же этого эффекта не было? Как понять?

Оффлайн vit

  • Участник форума
  • Сообщений: 94
Re: Мутагенез
« Ответ #23 : Май 27, 2020, 15:38:51 »
произошло 12 мутаций, частично одинаковых
Даже частично одинаковых - не может быть: даже при расчёте времён дивергенции разных таксонов вообще считается, что вероятность одинаковых мутаций пренебрежимо мала.
в статье это не указано
мы статью обсуждаем, а так там много чего быть не может по СТЭ.
кстати различие мутаций говорит о отсутствии предварительных изменений

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2801
Re: Мутагенез
« Ответ #24 : Май 27, 2020, 16:42:17 »
в статье это не указано
Это у генетиков - общее место: подразумевается.

мы статью обсуждаем, а так там много чего быть не может по СТЭ.
  Например?

Оффлайн vit

  • Участник форума
  • Сообщений: 94
Re: Мутагенез
« Ответ #25 : Май 28, 2020, 12:49:48 »
Это у генетиков - общее место: подразумевается.

а как вы считаете, что более вероятно:случайные  одинаковые мутация в одном гене или случайные разные мутации в одном гене , которые приводят к одному фенотипу?
мне кажется второе менее вероятно.



Цитировать
мы статью обсуждаем, а так там много чего быть не может по СТЭ.
  Например?

в сотнях опытов в долгосрочного эволюционного эксперимента на бактериях E. coli  мутация в гене цитТ возникает в сотни раз чаще , чем её статистическая вероятность.
не говоря уже о том. что все мутации ведут к активации подходящего промотора и как следствие к одному и тому же фенотипу.
« Последнее редактирование: Май 28, 2020, 12:55:24 от vit »

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2801
Re: Мутагенез
« Ответ #26 : Май 28, 2020, 13:53:51 »
а как вы считаете, что более вероятно:случайные  одинаковые мутация в одном гене или случайные разные мутации в одном гене , которые приводят к одному фенотипу?
мне кажется второе менее вероятно.
Нет, нет …. там даже в одном гене столь гигантское количеств возможных мутаций, что вероятность последовательных двух одинаковых мутаций в разных экспериментах просто заоблачно мала по сравнению с вероятностью последовательных двух разных мутаций в том же гене даже приводящих к одному и тому же результату. Если ген является ключевым для заданного свойства, то, по-моему, там, наверняка, будет гигантское число разных мутаций, изменяющих механику работы гена так, чтобы получался один и тот же результат.

в сотнях опытов в долгосрочного эволюционного эксперимента на бактериях E. coli  мутация в гене цитТ возникает в сотни раз чаще , чем её статистическая вероятность.
  Мне бы было это очень интересно, если бы это было так. Можно подробнее?

П.С.: если это и так, то не уверен, что это противоречит СТЭ. Т.к. СТЭ говорит, что мутации – случайны. Но это не значит, что вероятность мутаций в любой части генома одинакова, что она не может меняться со временем, что эта вероятность не может зависеть от внешних факторов. И что эти внешние факторы не могут менять эту вероятность для разных участков генома по-разному. В постулатах СТЭ такого запрета не припомню. Впрочем, это может подразумеваться, но в самих по себе постулатах, по-моему, нет. Но как там не назови – предполагаю, что внешние условия могут влиять на вероятность мутаций в разных участках генома по разному.

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1989
Re: Мутагенез
« Ответ #27 : Май 28, 2020, 14:36:36 »
Вы  помещаете           колей  в   среду,   где     когда   глюкоза  кончается  -  остается   только   цитрат.   У  вас  происходят  мутации  в  разных  бактериях,  разные.   Но   только  если  она    ведет  к  усвоению    цитрата    -   вы  ее  увидите,   клон  начнет   расти  и    давить  все  остальные    бактерии   без  удачной  мутации.   А  мутаций    много   - на    рисунке  их    сотни в  секвенированных  клонах.
Все    мутации  ведут к  одному  и  тому   же     -  к  повышению  уровня   экспресии  гена  citT.  то  есть  результат  достигается  по  сути  одним  путем.   Но,  с  другой  стороны,     в  каждом  случае    мутация    своя   -    разные        дупликации,   использованием как  минимум   двух  промоторов  плюс   встройка  транспозона  со  своим  промотором.
И    вообще    в  мутагенезе          снаряды  в  одну  воронку      падают  редко  -  если  говорить о  конкретном  нуклеотиде  и  конкретной  замене в  этом  положении.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн vit

  • Участник форума
  • Сообщений: 94
Re: Мутагенез
« Ответ #28 : Май 31, 2020, 17:24:38 »
https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva
Повторные эксперименты показали, что вероятность приобретения полезного признака Cit+ постепенно росла в ряду «предковый штамм — клады 1 и 2 — клада 3».


по мнению авторов  цит+ тоже не случайность

Цитировать
Но   только  если  она    ведет  к  усвоению    цитрата    -   вы  ее  увидите,   клон  начнет   расти  и    давить  все  остальные    бактерии   без  удачной  мутации.

какая то однобокая эволюция. мне кажется вариантов там было много и без цитрата.

Оффлайн Alexeyy

  • Участник форума
  • Сообщений: 2801
Re: Мутагенез
« Ответ #29 : Май 31, 2020, 17:57:46 »
Это же это просто исследователи остальные, многочисленные мутации особо не видели: они не выживали и, естественно, не попадали в поле зрения.

по мнению авторов  цит+ тоже не случайность
 

Ну предковые мутации возникли благодаря отбору. И, естественно, что и потомковая мутация имеет гораздо более высокую вероятность по сравнению с вариантом без наличия предковых.