Куда деваются эпидемические вирусы ?

Автор Злата, марта 01, 2020, 22:42:58

« назад - далее »

Шаройко Лилия

#645
Еще про мутации - теперь линий выделяют не три а шесть, но не знаю можно ли обозначить это именно как шесть разных видов

https://nauka.tass.ru/nauka/8683867

Анализ структуры более 10 тысяч образцов коронавируса нового типа из разных регионов мира показал, что сейчас по миру распространяется шесть его разновидностей. Свои выводы ученые опубликовали в электронной научной библиотеке bioRxiv.

"Мы создали алгоритм, с помощью которого можно быстро секвенировать и объединять в группы полные геномы возбудителей быстро распространяющихся эпидемий. Используя эту методику, мы изучили 10,4 тыс. штаммов SARS-CoV-2 и выяснили, что существует шесть клональных групп этого вируса, которые циркулируют по миру", – пишут ученые.

С первых дней появления вспышки коронавирусной инфекции ученые пытаются понять, в какую сторону и как эволюционирует ее возбудитель – вирус SARS-CoV-2. Сейчас известно, что он накапливает мутации примерно с той же скоростью, что и возбудитель гриппа. Однако как эти мутации влияют на заразность и другие свойства вируса, ученые пока достоверно не знают.

Еще в начале марта китайские биологи заявили, что вирус мог разделиться на два подтипа, S и L, которые отличаются остротой симптомов и скоростью распространения. Другие ученые в этом усомнились, отметив, что изменения в общем генофонде вируса могли быть вызваны различными случайными процессами, а не реальными отличиями в заразности этих подтипов SARS-CoV-2. В мае ученые из Британии и Австралии показали, что в человеческой популяции циркулирует сразу три разновидности вируса.

____________________________


статья большая, это примерно треть, дальше обзор про геномы
в конце примечание:

ЦитироватьСледует добавить, что статью ученых не рецензировали независимые эксперты и редакторы научных журналов, как это обычно бывает в подобных случаях. Поэтому к выводам из нее и аналогичных статей следует относиться осторожно.

Шаройко Лилия

#646
Цитата: Micr от июня 09, 2020, 13:50:57https://www.rbc.ru/society/09/06/2020/5e2fe9459a79479d102bada6?from=from_main
по ссылке, во первых спасибо, собиралась уже сама строить этот график "страна без Москвы", как раз что-то именно такое и предполагала рассматривая графики регионов

Еще есть хороший сайт где видно, что динамика активных случаев практически во всех регионах кроме Москвы пока растет
В Москве сегодня самый минимум вообще около 1100, то есть в шесть раз меньше пика максимума, там действительно может уже можно гулять во всех смыслах.

https://coronavirusstat.ru/country/nizhegorodskaya_oblast/

там система такова, что наверху есть карта с кругами областей, в каждом круге при нажатии появляется  короткое описание ситуации и ссылка на страницу региона.
И вот в этой ссылке уже весь пакет графиков по каждому региону.

Ни на одном другом сайте такого развернутого графика динамики именно АКТИВНЫХ случаев РЕГИОНОВ(областей, краев и республик страны) я не находила. Но мне кажется что при таком длительном течении эпидемии именно этот параметр определяет картину динамики эпидемии. В маленькой статистической выборке регионов случаи ежедневного прироста и ежедневного выздоровления слишком широко скачут вообще нет внятной тенденции, эти пляски не дают понять что происходит.

Новое лекарство, судя по описанию это то, которое для средних и среднетяжелых случаев, в Рязанской области доставлено, но не ясно когда, вроде бы несколько дней назад, местные врачи его хвалят

http://www.gtrkoka.ru/news/2020/06/09/v-rjazani-nachali-davat-pacientam-s-covid-19-novye-lekarstva.html

ЦитироватьОпытную партию получили только 5 российских регионов. Эффект препаратов врачи подтверждают.

Пациенты идут на поправку быстрее в 2 раза.

динамика активных случаев в Рязани, за пару последних дней минус двести активных случаев, то есть минус примерно 8-9% их там 1600 было в верхней точке. До этого непрерывный рост

https://coronavirusstat.ru/country/ryazanskaya_oblast/

Но посмотрим что дальше будет.

Еще вроде как 40 врачей с опытом ковида поехали в 5 регионов этим опытом делиться

https://www.vesti.ru/doc.html?id=3272518&tid=108446

ЦитироватьОколо 40 московских медиков из ведущих больниц города направлены в Северную Осетию, Ингушетию, Дагестан, Забайкальский край, Владимир и Псков для оказания помощи местным врачам в борьбе с коронавирусом COVID-19.
6 бригад сменят своих коллег, которые сейчас оказывают помощь в регионах по поручению мэра столицы. В состав таких команд входят пульмонологи, инфекционисты, анестезиологи-реаниматологи, рентгенологи, врачи других специальностей и медсестры.
В частности, главврач медицинского комплекса в Коммунарке Денис Проценко отправился помогать дагестанским медикам, а главврач московской больницы №52 Марьяна Лысенко направлена в Забайкальский край, сообщается на сайте столичного оперативного штаба по контролю и мониторингу за ситуацией по коронавирусу.

Задача московских медиков — поделиться опытом оказания помощи коронавирусным больным, помочь организовать работу поликлиник по ведению больных, проводить мастер-классы и оказывать консультативно-диагностическую поддержку врачам.



Gilgamesh

https://mosgorzdrav.ru/ru-RU/news/default/card/4122.html

ДЕПЗДРАВ МОСКВЫ ОПУБЛИКОВАЛ ДАННЫЕ О СМЕРТНОСТИ ЗА МАЙ

В двух словах: превышение средней смертности в мае по Нерезиновой на 60%, 5000 прямо или косвенно связанных с ковидом смертей. В общем, допекли здравоохранительных чиновников по поводу занижения цифр. Эту можно рассматривать как верхний порог, который существенно не сдвинется ещё выше за май - количество умерших от всех причин ограничено. Соответственно можно делать прикидки по другим регионам и ждать официальных цифр с учётом такого подхода. Впрочем, по другим регионам и стране в целом не факт что они появятся, остаётся только гадать каких драматических переживаний стоило авторам этого сообщения присоединение "С" к "ОТ".
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Питер

Мне     вот  эти  1100   в  Москве  ОЧЕНЬ  не   нравятся.   Как-то    странно  выглядит      падение  за  два  дня   -  когда  раньше  все   стояло  как    оловянный   солдатик   около  2000. 
Про   Рязань  -    "радуюсь"  выводам,   сделанным    за      максимум      декаду,  об  эффективности  терапии.
А  оно  вам  надо  ?

Шаройко Лилия

По новому препарату -там никто не радуется, там все просто спасаются как могут
и никто не оценивает эффективность терапии -формулировка да, выздоравливают, да быстрее чем обычно

проверяют его с апреля -мая, основная база аналога - препарат Японии, которому годы
https://www.vesti.ru/doc.html?id=3267633#

Раз в карантинах сидеть нельзя больше по соображениям экономики и во избежание пути США, то есть бунта бедных и голодных на фоне дикой смертности, которой как видно даже если писать все в кучу здесь нет (там часть режиссура, но просто так толпу не поднять на пустом месте) то единственный путь прекращения эпидемии - лечение

Ничего не делать в этой ситуации - наверное хуже.
Тут я уже на грани фола поэтому прекращаю в этом направлении идти.

Gilgamesh

Цитата: Питер от июня 10, 2020, 15:45:05Мне     вот  эти  1100   в  Москве  ОЧЕНЬ  не   нравятся
Аналогично.
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

василий андреевич

Цитата: Шаройко Лилия от июня 10, 2020, 16:14:56Тут я уже на грани фола поэтому прекращаю в этом направлении идти.
Побаллансирую чуть на грани. Дело в том, что мне достаются сведения (которые на мне и умрут) почти из серии "одна баба говорила" за тем нюансом, что они из изрядного "института ЗдравОхра", занимающегося распределением потоков циркуляров. Так вот, не будь я ленивым пофигистом, получая такие сведения, подался бы в бунтари.

  Интегративная кривая роста, "платообразования" и снижения заболеваемости определяется всего двумя градиентами (коэффициентами). Первый характеризует число выбывающих из здорового населения региона, второй - число выбывающих из больного (выздоровевшие, плюс, умершие). Потому нет ничего удивительного в крутизне Московской кривой и пологости-растянутости прочеНашенской. Москва питает заболеваемостью регионы больше, нежели регионы "возвращают" в нее. Вся фрактальность (волнообразность) статистики - это прямые и обратные волны все меньших порядков Первой фазы. Вторая (осенне-зимняя) фаза начнется пренепременно, как теоретически обратный поток - это следует из теории сложения "череды несчастных случаев". Мы можем над такой теорией посмеяться, по типу "одна беда не приходит", однако проанализируйте такую статистику, что взлеты удачных стечений обстоятельств единственны в своем роде (Л-образная волна), а следующие в противофазе неудачи всегда подобны латинской W.
  Надо просто быть готовым ко второй впадине. И коли лекарства удастся выявить в наши дни, то эта четрова дабл-ю, обязательно захромает на заднюю лапу.

Gilgamesh

https://esquire.ru/articles/184023-smi-koronavirus-mog-poyavitsya-v-uhane-eshche-v-avguste-proshlogo-goda/?fbclid=IwAR0wxakke__53fPzFUKnyCiU5Pl6BzVRVKEIYGApBGL2L796EVBuIhuGLvY

ЦитироватьСМИ: коронавирус мог появиться в Ухане еще в августе прошлого года
Такие выводы ученые сделали, проанализировав спутниковые снимки парковок больниц за последние два года и поисковые запросы в интернете. Они заметили, что загруженность больниц резко увеличилась в августе 2019 года.

Требует проверки независимыми методами.
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Gilgamesh

https://59.ru/text/health/69312742/#post_1592046646

ЦитироватьС конца мая прикамские власти перестали включать в ежедневную статистику по новым выявленным зараженным COVID-19 бессимптомных носителей — то есть тех зараженных, тест на вирус у которых оказался положительным, но при этом нет признаков заболевания. Такие рекомендации дал федеральный Минздрав. Рассказываем об этом подробней.

О новом подходе к статистике 59.RU сообщил источник в медицинских кругах, по его информации, с учетом бессимптомных носителей число выявленных зараженных за неделю ни в один из дней не было меньше 100. При этом в статистике давали цифры уже без носителей: 67, 65, 93, 74, 72, 74. Собеседник 59.RU в Минздраве Прикамья подтвердил информацию, что с начала этой недели начали выполнять методологические рекомендации федерального министерства по кодированию и выбору основного состояния в статистике заболеваемости.

Если ранее при регистрации и бессимптомные носители, и те, у кого есть симптоматика, обозначались одним кодом, то сейчас первые заносятся отдельным кодом. В новых методических рекомендациях по кодированию и выбору основного состояния в статистике заболеваемости указано: «В случае выявления вируса при отсутствии жалоб, объективной и дополнительной информации данное состояние следует расценивать как носительство вируса и кодировать рубрикой Z22.8. Такие случаи в статистику заболеваемости и смертности не включаются». Также в документе отдельно отмечено: «Вирусоносительство возбудителя COVID-19 (код Z22.8) не может быть причиной смерти».

Отметим, что ранее мы писали о том, что, по данным источника 59.RU, в геронтопсихиатрическом центре в Добрянском районе у 67 из 85 человек подтвердился коронавирус. Однако, по сообщению источника, не все они вошли и войдут в статистику — как раз из-за нового подхода по регистрации случаев заражения
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Шаройко Лилия

#654
Статистика Перми с 17 мая выглядит вот так.


Ну то есть какого -то внезапного падения на 40% я не вижу. Я приводила тут недавно заявление академика который любезно сообщил, что по требованиям ВОЗ бессимтомники с самого начала не включались. Конечно это может быть неверной информацией, но цифры прироста исключают Перми и вообще в стране описанное в цитате. Не было никакого внезапного падения вдвое или даже на треть с последующим продолжением такого течения событий.

Я тут скачала библиотеки для построения графиков и написала скрипты по созданию графиков по базам данных mysql. Точнее скачала готовые решения бесплатной библиотеки pChart2.1.4, написала там по учебнику соединение с таблицами  этих баз данных. Так как скрипты из учебников у меня не заработали, они для других типов графиков написаны, и синтаксис там совершенно другой, то я написала свои. Муж все дописывает свои апокалиптичные прогнозы по течению такой ситуации с медленным уменьшением прироста растянутым на месяцы. Наверное еще несколько дней это продлится и я выложу результаты или в своей ненаучной теме городов или здесь в зависимости от того насколько глючная картина будет вырисовываться.

Я никогда раньше не работала с такими формулами, поэтому на вообще попытки въехать с чем это едят ушло три дня, плюс непрерывно меня что-то отвлекало, то арендаторы, начавшие платить, то семейные проблемы с зубным здоровьем мамы, уже решенные, но съели довольно много времени.
Пока я на такой стадии



То есть скрипт написан, как пример подключена условная таблица, и условные надписи, теперь нужно избавляться от отдельных точек так как их будут сотни. Еще тут выведен коэффициент разброса значений при которых эпидемия затухает, он может быть привязан как к начальному случаю на пике так и к ежедневному количеству прироста, в общем нужно еще кучу семиэтажных формул перевести в php, но это уже ерунда, так как практически вся математика если это не дифференциалы интегралы или возведение в степени там работает, а в этих вычислениях этих трех вещей нет.

Я это делаю так как это открывает широкое поле для загрузки данных роспотребнадзора по ежедневным изменениям, которые отображены в таблицах, но пока не нашла их по регионам, не искала.
Я хочу отображать активные случаи и загружать их в mysql через екселовский csv.  Думаю основной муляж лежит не в области смертей, там примерно вдвое цифры увеличиваются если судить по Москве (2700 ОТ ковида плюс 2500 вроде С ковидом). Это по стране вместо 7 тысяч будет 14. Но это никак не 120 тысяч как в США. Основная проблема на мой взгляд в затягивании процесса.

Но как ее можно решать в данной ситуации мне не ясно. Новые карантины могут привести к массовым беспорядкам. Эффекта лекарства высланного 11 июня в 7 регионов пока не видно, правда обещанные 4 дня истекли сегодня. Но там изначальное течение острой стадии в 8-9 дней это что-то среднее. Даже если такой эффект есть нужно массовое производство.

Питер

Не   может  быть  эффекта  от фуфломицина  ...
А  оно  вам  надо  ?

Шаройко Лилия

Может его и нет. А что было при испытаниях тогда?
Парады надо отменять и голосования. Уж на что я патриотически настроенная ультрарусофильная личность и то на мой вкус это безумие при непрерывном росте активных случаев в большинстве регионов.
Может конечно военные без парадов страдают как гражданские без шопинга и салонов красоты.
Мне трудно понять и тех и других.
Я буду все это игнорить просто. Главное не проснуться однажды в городе, где люди бегают по улицам с плакатами и кидают бутылки с зажигательной смесью в витрины.
Поэтому я буду продолжать дописывать и оптимизировать скрипты графиков чтобы самостоятельно ориентироваться что происходит в динамике.
В городе все бродят без масок в магазинах одевают, примерно половина с открытым носом, примерно 10% на подбородке. Солнце, ветер вид у большинства почему-то празднично-радостный.
В вегетарианском магазине цены выросли на 30%, и там народу прибавилось.

василий андреевич

  А в принципе, в какую "точку" вируса должно бить лекарство? Ну так, что бы заодно не бить столь же сильно по нашим клеткам.
  Ведь подавляющая масса до сих пор думает, что антибиотики действенны и на вирусы.

Шаройко Лилия

Я приводила ссылку, правда государственных СМИ, механизм действия там описан как препятствие размножению вируса,

Японский исходник
https://ru.wikipedia.org/wiki/Фавипиравир

Авифавир по описанию таков:исходный сайт как то плохо отображается, они дают ссылку на госреестр, но там я этого препарата пока не вижу

https://grls.rosminzdrav.ru/Default.aspx

Данный лекарственный препарат зарегистрирован по процедуре регистрации препаратов, предназначенных для применения в условиях угрозы возникновения, возникновения и ликвидации чрезвычайных ситуаций. Инструкция подготовлена на основании ограниченного объема клинических данных по применению препарата и будет дополняться по мере поступления новых данных. Применение препарата возможно только в условиях стационарной медицинской помощи.

Регистрационный номер:

ЛП-006225-290520

Торговое наименование:

АВИФАВИР

Международное непатентованное или группировочное наименование:

фавипиравир

Лекарственная форма:

таблетки, покрытые пленочной оболочкой

Состав:

1 таблетка содержит:

действующее вещество: фавипиравир 200,0 мг;

вспомогательные вещества: целлюлоза микрокристаллическая 102, кроскармеллоза натрия, повидон К-30, магния стеарат, кремния диоксид коллоидный;

пленочная оболочка опадрай II 85F38J83 желтый: поливиниловый спирт, макрогол, краситель железа оксид желтый, тальк, титана диоксид.

Описание:

Круглые двояковыпуклые таблетки, покрытые пленочной оболочкой коричнево-желтого цвета. На поперечном разрезе ядро таблетки белого или почти белого цвета с желтоватым оттенком.

Фармакотерапевтическая группа:

противовирусное средство

Код ATX:

J05AX27

Фармакологические свойства

Фармакодинамика

Противовирусная активность in vitro

Фавипиравир обладает противовирусной активностью против лабораторных штаммов вирусов гриппа А и В (половинная максимальная эффективная концентрация (ЕС50) 0,014-0,55 мкг/мл).

Для штаммов вирусов гриппа А и В, резистентных к адамантану (амантадину и римантадину), осельтамивиру или занамивиру, ЕС50 составляет 0,03-0,94 мкг/мл и 0,09-0,83 мкг/мл, соответственно. Для штаммов вируса гриппа А (включая штаммы, резистентные к адамантану, осельтамивиру и занамивиру), таких как свиной грипп типа А и птичий грипп типа А, включая высокопатогенные штаммы (в том числе, H5N1 и H7N9), EC50 составляет 0,06-3,53 мкг/мл.

Для штаммов вирусов гриппа А и В, резистентных к адамантану, осельтамивиру и занамивиру, EC50 составляет 0,09-0,47 мкг/мл; перекрестная резистентность не наблюдается.

Фавипиравир ингибирует вирус SARS-CoV-2, вызывающий новую коронавирусную инфекцию (COVID-19). EC50 в клетках Vero Е6 составляет 61,88 мкмоль, что соответствует 9,72 мкг/мл.

Механизм действия

Фавипиравир метаболизируется в клетках до рибозилтрифосфата фавипиравира (РТФ фавипиравира) и избирательно ингибирует РНК-зависимую РНК полимеразу, участвующую в репликации вируса гриппа. РТФ фавипиравира (1000 мкмоль/л) не показала ингибирующего действия на α ДНК человека, но показала ингибирующее действие в диапазоне от 9,1 до 13,5% на β и в диапазоне от 11,7 до 41,2% на γ ДНК человека. Ингибирующая концентрация (IC50) РТФ фавипиравира для полимеразы II РНК человека составила 905 мкмоль/л.

Резистентность

После 30 пересевов в присутствии фавипиравира не наблюдалось изменений в восприимчивости вирусов гриппа типа А к фавипиравиру, резистентных штаммов также не наблюдалось. В проведенных клинических исследованиях не обнаружено появление вирусов гриппа, резистентных к фавипиравиру.

Фармакокинетика

Всасывание

Фавипиравир легко всасывается в желудочно-кишечном тракте. Время достижения максимальной концентрации (Tmax) 1,5 ч.

Распределение

Связывание с белками плазмы составляет около 54%.

Метаболизм

Фавипиравир в основном метаболизируется альдегидоксидазой и частично метаболизируется до гидроксилированной формы ксантиноксидазой. В клетках метаболизируется РТФ фавипиравира. Из других метаболитов, кроме гидроксилата, в плазме крови и моче человека регистрировали также конъюгат глюкуроната.

Выведение

В основном фавипиравир выводится почками в виде активного метаболита гидроксилата, небольшое количество в неизменном виде. Период полувыведения (Т1/2) около 5 ч.

Пациенты с нарушением функции печени

При приеме фавипиравира пациентами с печеночной недостаточностью легкой и средней степени тяжести (класс А и В по классификации Чайлд-Пью) увеличения Сmax и AUC составили 1,5 раза и 1,8 раз, соответственно, по сравнению со здоровыми добровольцами. Данные увеличения Сmax и AUC для пациентов с печеночной недостаточностью тяжелой степени тяжести (класс С по классификации Чайлд-Пью) составляли 2,1 раз и 6,3 раза, соответственно.

Пациенты с нарушением функции почек

У пациентов с почечной недостаточностью средней степени тяжести (СКФ <60 мл/мин и ≥30 мл/мин) остаточная концентрация фавипиравира (Ctrough) увеличивалась в 1,5 раза по сравнению с пациентами без нарушения функции почек. У пациентов с почечной недостаточностью тяжелой и терминальной степени тяжести (СКФ <30 мл/мин) препарат не изучался.

Показания к применению

Лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19).

Шаройко Лилия

Там еще в Вестях было сообщение, что в открытой продаже его не будет в ближайшее время, он распределяется по госпрограмме по гос больницам. И количество, требуемое для 60 тыс обещанных курсов будет до конца июня произведено и доставлено в больницы.
Так что если кто его видит в такой свободной продаже, то это скорее всего мошенничество