Автор Тема: Естественный отбор “плохой науки"  (Прочитано 23524 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Злата

  • Участник форума
  • Сообщений: 438
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #60 : Ноябрь 27, 2017, 16:13:55 »
Освежила мат.статистику.
Если у нас есть выборка N и К положительных результатов, то, разумеется, оценка p=K/N
При этом STD = sqrt(N*(p-p^2)).
Например при N=10000 и р=0.5
STD=50.

Различие между двумя выборками 10*STD дает такую низкую вероятность нуль-гипотезы, что достаточно при любых "множественных сравнениях" (полногеномный поиск).
Например при выборке 10 тыс шизофреников и 10 тыс здоровых мы нашли у первых - 4000 генов аллели Г1, а у вторых - 3500.
Это надежный результат, которому можно верить.
(На самом деле надо еще учитывать диплоидность).

А если выборка у нас - 85 геев, то STD=5, и никакие надежные результаты невозможны.
Шли по лесу и встретили программистку

Оффлайн kostik

  • Участник форума
  • Сообщений: 747
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #61 : Ноябрь 27, 2017, 16:44:20 »
Что-то тема стала киснуть, подброшу угольку.

В журнале PNAS (импакт-фактор журнала  ~10) за этот год опубликована  статья “Lizards on newly created islands independently and rapidly adapt in morphology and diet” // PNAS. 2017. V. 114. P. 8812–8816.

Изучение ящериц в Бразилии на островах, образовавшихся при создании водохранилища, показало, что предсказываемые в этом случае эволюционной экологией процессы могут происходить очень быстро. Всего за несколько лет часть видов ящериц вымерла, а один из оставшихся, голопалый геккон Gymnodactylus amarali, выйдя из-под пресса конкурентов, стал включать в свой рацион более крупную добычу. При этом у островных гекконов увеличился относительный размер головы, что может быть объяснено отбором на более эффективную охоту на крупных термитов. Эти изменения происходили независимо друг от друга во всех исследованных популяциях изолированных друг от друга островов.

Изложение статьи на русском языке можно найти на Элементах.ру  https://elementy.ru/novosti_nauki/433096/Vsego_za_15_let_zhizni_na_ostrovakh_gekkony_prisposobilis_k_pitaniyu_bolee_krupnoy_dobychey/t25191/Biologiya

Поскольку на Элементах.ру нет информации с какой выборкой работали авторы  привожу цитату из оригинала статьи: 

“We chose head length as the focal morphological variable, because it is functionally expected to relate to prey size and, in fact, was found to do so in many previous studies (22, 35⇓–37). Individuals with larger heads can eat larger prey, and this capability also results in a potentially wider range of prey sizes for larger-headed lizards (18, 23). We used linear mixed models to evaluate differences in head length of G. amarali between islands and mainland sites. Head length was the dependent variable; location (island vs. mainland) and SVL were fixed predictor variables (the latter was included to account for the fact that larger lizards have longer heads); and study site (each of the five islands and five mainland areas) was included as a random effect to account for the nonindependence of lizards collected at the same study site. The analysis of head length featured 49 individuals from the five islands and 43 individuals from the five mainland sites.”

Оффлайн Злата

  • Участник форума
  • Сообщений: 438
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #62 : Ноябрь 27, 2017, 16:51:40 »
Покрутила еще теорему об апостериорной вероятности
https://en.wikipedia.org/wiki/Posterior_probability
Допустим, вероятность того, что случайный прохожий болен шизофренией - 1%.
У Васи найден ген Г1.
Который есть у 40% шизофреников и 35% здоровых.
Тогда вероятность того, что Вася - шизофреник, равна 0.4*0.01/0.35=0.0114=1.14%
Дааа, маловато пользы для диагностики.

Однако, если найден десяток таких влияющих генов - можно уже поизучать, какие белки изменены и что из этого следует.
Шли по лесу и встретили программистку

Оффлайн Злата

  • Участник форума
  • Сообщений: 438
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #63 : Ноябрь 27, 2017, 17:04:41 »
The analysis of head length featured 49 individuals from the five islands and 43 individuals from the five mainland sites.”
Любопытная статья.
Но ящериц - жалко.
Не уверена, что полученная информация стОит того, чтобы искать термитов в желудках.
А вычислять статистику по 43-м случайно поймавшимся ящерицам...
Шли по лесу и встретили программистку

Оффлайн kostik

  • Участник форума
  • Сообщений: 747
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #64 : Ноябрь 27, 2017, 17:30:30 »
Любопытная статья.
Но ящериц - жалко.
Не уверена, что полученная информация стОит того, чтобы искать термитов в желудках.
А вычислять статистику по 43-м случайно поймавшимся ящерицам...

Еще более любопытно выслушивать людей далеких от биологии с кем, зачем и как проводить биологические исследования. Это все равно что выслушивать рекомендации от бездетных людей как воспитывать детей.

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1780
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #65 : Ноябрь 27, 2017, 17:37:40 »
Святая  правда   -  в  выборке   10000\10000  при  разнице  в  частоте   аллеля в 2.5%   вполне     достаточна    для   достижения     порогового  уровня   в  0.05.  Если   уменьшим  выборку    до 1000\1000   -  пролезем.  Если  500\500   -   уже  нет.  И   пользы    для   диагностики  нет  -   при  столь   малых   различиях.
Комбинаторика  с      десятком  генов    тоже   проблемна.     Простой   вариант    двух  генов   -  у   клиента  есть    рисковый   вариант  и  благоприятный   вариант  по    генам  1  и 2.   Каков   будет  суммарный  риск  ? 
А   какие   белки  изменены  и  что  из   этого  следует   -    это  уже  не  к статистике ...

Про   ящериц.    49   -   вполне   себе   ничего.  Ну  и авторы  в   статье      ходят  на  грани   достоверности и в   некоторых   случаях   чуть   за  гранью.   Но  и    правда   -   если у  вас  р    около  0.05 с  большей   стороны   - то  скорее  всего   различия   достоверны.
 Поймайте    еще   с  10   ящериц   -  и  будет  ОК.  Если  р   уходит    за  0.09-0.1  -  труба   ело,    можно   больше   не   ловить  -))) Это    чисто  из  опыта    игр  в  выборки ...

 
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Злата

  • Участник форума
  • Сообщений: 438
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #66 : Ноябрь 27, 2017, 19:28:18 »
Про ящериц.
Я же - о математике, а не о биологии.
А для биологии - думаю, что зависит от важности применения.
Если просто написать статью про ящериц - нормальная достоверность.
Хотя если честно - мне не очень верится в такую скорость эволюции.
Ящерицы - не микробы.
А вот если это лекарство...
Не хотелось бы мне исследования с такой "статистической достоверностью".

Если   уменьшим  выборку    до 1000\1000   -  пролезем.
Сигма - 15.
1,5%.
При "полногеномном исследовании" -точно, что не пролезем.
Получим пару процентов "подозрительных" генов.

По-моему, даже без множественных гипотез - очень слабо.
Шли по лесу и встретили программистку

Оффлайн Vladimirkox

  • только палео
  • Участник форума
  • Сообщений: 1111
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #67 : Ноябрь 27, 2017, 21:36:41 »
Schizophrenia risk from complex variation of complement component 4
 Nature, January 2016

Оффлайн Злата

  • Участник форума
  • Сообщений: 438
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #68 : Ноябрь 28, 2017, 09:57:16 »
Господа биологи !
Прошу на меня не сердиться.
Я подхожу - как инженер.
Если мне пришла в голову новая красивая схела (для какой-то цели) - я в первую очередь ищу "почему она не будет работать". Если не вижу - спрашиваю на форуме electroix.ru. А там пинаются - гораздо сильнее, чем здесь.

И когда я читаю про такие исследования - у меня иногда возникают идеи простых экспериментов, для которых не нужно знать биологию.

Например, про ящериц.
Допустим, мы считаем статистически значимым - изменение размера ящериц на островах.
Что дальше ?
Есть гипотеза, что происходит эволюция за счет естественного отбора.
Альтернативная гипотеза - они просто лучше питаются.

Контрольный эксперимент:
Берем яйца ящериц - с островов и с материка.
Выводим в инкубаторе.
Держим детенышей раздельно, но кормим одинаково.
Интересно - что получится ?

Шли по лесу и встретили программистку

Оффлайн Vladimirkox

  • только палео
  • Участник форума
  • Сообщений: 1111
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #69 : Ноябрь 28, 2017, 18:14:24 »
"Это навело на мысли об эпигенетической регулировке веса, передающейся на следующее поколение." https://ru.wikipedia.org/wiki/Голодная_зима_1944_года_(Нидерланды)

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1780
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #70 : Ноябрь 28, 2017, 20:57:39 »
При свободном доступе к пище  ?
Так и будут разноразмерные группы.
Это как такс и пуделей держать отдельно.

А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Злата

  • Участник форума
  • Сообщений: 438
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #71 : Ноябрь 29, 2017, 12:43:00 »
При свободном доступе к пище  ?
Так и будут разноразмерные группы.
Если это УЖЕ генетически разные группы, как таксы и пудели - то ДА.
А если ящерицы на острове выросли крупнее просто из-за лучших условий питания, то нет.
Именно это - любопытно узнать.
Шли по лесу и встретили программистку

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1780
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #72 : Ноябрь 29, 2017, 16:43:48 »
А  почему   зверь  будет  крупнее,  если    питается   лучше ?   Крупнее  именно  по    размеру   -  не  по  массе.   Я  думаю,  что    реально  есть   две  генетически  разные   группы.  Или  отбор,  или  эффект  основателя   -   но  скорее    первое,  все-таки     несколько  островных   изолятов  с  сходными  условиями  по   величине     пищи.

А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн kostik

  • Участник форума
  • Сообщений: 747
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #73 : Ноябрь 29, 2017, 16:55:21 »
Если это УЖЕ генетически разные группы, как таксы и пудели - то ДА.
А если ящерицы на острове выросли крупнее просто из-за лучших условий питания, то нет.
Именно это - любопытно узнать.

Вы невнимательно восприняли статейную информацию.  Ключевой вопрос исследования вынесен в абстракт:
“Всего за несколько лет часть видов ящериц вымерла, а один из оставшихся, голопалый геккон Gymnodactylus amarali, выйдя из-под пресса конкурентов, стал включать в свой рацион более крупную добычу. При этом у островных гекконов увеличился относительный размер головы, что может быть объяснено отбором на более эффективную охоту на крупных термитов.”

Размер головы у островных гекконов увеличился не потому, что они стали лучше питаться.  А потому, что в их рацион были включены термиты бОльших размеров.  Вот как авторы объясняют изменение размера головы с сохранением общего размера пресмыкающегося:
“Согласно гипотезе авторов, после ослабления конкуренции эти ящерицы должны были расширить спектр питания за счет более крупных термитов, что должно было повлечь увеличение размера их голов. Переход на другую пищу у этих специализированных животных авторы сочли маловероятным (все виды голопалых гекконов питаются почти исключительно термитами), а вот включение в рацион более крупной добычи должно было поддерживаться отбором, так как это способствует быстрому получению нужных питательных веществ и энергии. Увеличение же головы, а не всего тела позволило бы нарастить потребление энергии без существенного увеличения потребностей — иначе никакого выигрыша от потребления крупных насекомых могло и не быть.

То, что Вы предлагаете сделать в следующем эксперименте называется “топтанием на месте”.  Ваше любопытство будет стоить неоправданных временных и финансовых затрат.

Оффлайн Злата

  • Участник форума
  • Сообщений: 438
    • Просмотр профиля
Re: Естественный отбор “плохой науки"
« Ответ #74 : Ноябрь 29, 2017, 18:00:37 »
А  почему   зверь  будет  крупнее,  если    питается   лучше ? 
А почему нет ? Если в детстве.
За те 20 лет, которые я живу в маленькой солнечной стране, уличные кошки сильно подросли, распушились и похорошели.
Можно просто стоять и любоваться.
Потому что на улицах завелись добрые тётеньки, которые их кормят.
И уж точно, что домашние коты при хорошей кормежке - вырастают большие и мордастые.


При этом у островных гекконов увеличился относительный размер головы, что может быть объяснено отбором на более эффективную охоту на крупных термитов.”
Хорошая формулировка: "может быть объяснено".

Цитировать
Ваше любопытство будет стоить неоправданных временных и финансовых затрат.
Вовсе нет. Года хватит. Деньги небольшие.  Это же не полногеномное исследование на выборке в 100 тыс.
А то вдруг - выводы не верны ?
Если оправданы затраты на отлов и потрошение ящериц - почему бы не попробовать их и вырастить ?
Ну правда, тут ДВЕ гипотезы: влияние отбора и влияние питания.
Шли по лесу и встретили программистку