Гидрогеологическая система – колыбель жизни?

Автор ArefievPV, августа 28, 2017, 15:05:34

« назад - далее »

Питер

Почему    два    случайно    синтезированных     олига  и  протобелка  вообще   будут  между  собой   взаимодейстовать ?
Про    болтания в  пруду.   
1.   Олиг   должен   быть  фиксирован     в  пруду.  На  дне,  на  стенке.
2.   Мимом  плывут   нуклеотиды  и  АК.  Какие-то  образуют   комплекс  с  олигом  и  достраивают  олиг.     Какие-то  АК  отжигаются    на  олиг. И
дают     протобелок. Достаточно  прочный  и  не    денатурирующий  из  комплекса с    олигом.

Плюс    этого   -     олиг    стоится  постепенно.  И  постепенно  по  олигу  собирается   белок.
А  оно  вам  надо  ?

ArefievPV

Цитата: Питер от ноября 05, 2019, 19:25:53
Почему    два    случайно    синтезированных     олига  и  протобелка  вообще   будут  между  собой   взаимодейстовать ?
Они не обязаны, но могут - случайно, если много тех и других. Кроме того, часть таких "сладких парочек" синтезировалась в комплексе, как Вы и предлагаете. Одно другому не мешает. 

Цитата: Питер от ноября 05, 2019, 19:25:53
Про    болтания в  пруду.   
1.   Олиг   должен   быть  фиксирован     в  пруду.  На  дне,  на  стенке.
А вот теперь - внимание. Олиг может быть зафиксирован в пене (в полупроницаемых пузырьках), которая омывается восходящими конвективными потоками и/или теченим в пруду. И такая фиксаци может оказаться даже лучше, чем предложенная Вами - на дне олиг засыпет продуктами реакций (и он перейдёт в ил, что тоже с моей гипотезой согласуется), а на стенке ему тоже нужен омывающий поток.

Питер, оцените непредвзято способ фиксации в пене. Ведь он не хуже предложенного Вами.

Цитата: Питер от ноября 05, 2019, 19:25:53
2.   Мимом  плывут   нуклеотиды  и  АК.  Какие-то  образуют   комплекс  с  олигом  и  достраивают  олиг.     Какие-то  АК  отжигаются    на  олиг. И
дают     протобелок. Достаточно  прочный  и  не    денатурирующий  из  комплекса с    олигом.

Плюс    этого   -     олиг    стоится  постепенно.  И  постепенно  по  олигу  собирается   белок.
Не вопрос - так и могло происходить. Причём, при всех трёх вариантах фиксации - в пене, на стенке, на дне. Вполне могла победить пена, не допускаете?

По поводу синтеза всякого разного (приведу картинку по той ссылке):
https://elementy.ru/novosti_nauki/432438/Tsianosulfidnyy_protometabolizm_vernyy_put_k_zemnoy_zhizni

Рис. 2. Схема реакций, в которой взаимоувязан синтез пиримидинов, аминокислот и липидов. Синтез цитидинов и уридинов показан синими стрелками в голубом блоке (a), зелеными стрелками в голубом блоке показан синтез сахаров (гликольальдегида) из цианистого водорода; розовым и бежевым блоками (c и d) показана часть реакций, в которых при участии Cu (I) или сероводорода и Cu (II) идет синтез аминокислот; зеленый блок (b) показывает часть реакций, в ходе которых синтезируются предшественники липидов и аминокислоты. Схема из обсуждаемой статьи в Nature Chemistry

Alexeyy

Цитата: ArefievPV от ноября 05, 2019, 17:49:27А она и была системой уже на стадии протоплазмы. Мало того, она была живой системой. Живой безо всяких РНК/ДНК и белков. Я приводил уже определение жизни, живой системы, биосферы.
Эко Вы заносчивы: Вы не "пуп Земли" и не божественнее проведение и если Вы его приводили, то это ещё не значит, что оно верно и на самом деле :(

Питер

Цитата: ArefievPV от ноября 05, 2019, 19:39:18
Цитата: Питер от Ноябрь 05, 2019, 18:25:53
2.   Мимом  плывут   нуклеотиды  и  АК.  Какие-то  образуют   комплекс  с  олигом  и  достраивают  олиг.     Какие-то  АК  отжигаются    на  олиг. И
 дают     протобелок. Достаточно  прочный  и  не    денатурирующий  из  комплекса с    олигом.

Плюс    этого   -     олиг    стоится  постепенно.  И  постепенно  по  олигу  собирается   белок.
Не вопрос - так и могло происходить. Причём, при всех трёх вариантах фиксации - в пене, на стенке, на дне. Вполне могла победить пена, не допускаете?

Какой   шаг    назад  (или  вперед ?)    -  нет   готовых  белков  и олигов,  есть  процесс  сборки. Постепенной.
Про     пену.  Все-таки   скорее  не  пена   -   добавляется  этап  проникновения    через  стенку   пенистого  пузырика.  Фиксация  на  породе   плюс  омывание.   Очень  важный   элемент,  не  доступный  в  пене   -   периодическое   высыхание
А  оно  вам  надо  ?

ArefievPV

Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 09:31:14
Цитата: ArefievPV от ноября 05, 2019, 19:39:18
Цитата: Питер от Ноябрь 05, 2019, 18:25:53
2.   Мимом  плывут   нуклеотиды  и  АК.  Какие-то  образуют   комплекс  с  олигом  и  достраивают  олиг.     Какие-то  АК  отжигаются    на  олиг. И
дают     протобелок. Достаточно  прочный  и  не    денатурирующий  из  комплекса с    олигом.

Плюс    этого   -     олиг    стоится  постепенно.  И  постепенно  по  олигу  собирается   белок.
Не вопрос - так и могло происходить. Причём, при всех трёх вариантах фиксации - в пене, на стенке, на дне. Вполне могла победить пена, не допускаете?
Какой   шаг    назад  (или  вперед ?)    -  нет   готовых  белков  и олигов,  есть  процесс  сборки. Постепенной.
Где Вы там углядели шаги вперёд-назад? И процесс сборки, и процесс распада шёл постоянно в протоплазме - во всех доступных вариантах: на стенке, на дне, на пене, может - в трещинах, полостях, каналах... Это всё относится к прудам гидрогеологической системы.

Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 09:31:14
Про     пену.  Все-таки   скорее  не  пена   -   добавляется  этап  проникновения    через  стенку   пенистого  пузырика.
Тут могло быть по-разному: частично - в самих полупроницаемых пузырьках, частично - между пузырьками (та же "грязь" - оторванные водными потоками от дна и от стенок чешуйки, на которых сидят олиги - вполне могла заносится в пену и накапливаться там). Вы обратите внимание на прибрежные массивы пены у берегов водоёмов - чего в них только нет...
 
Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 09:31:14
Фиксация  на  породе   плюс  омывание.   Очень  важный   элемент,  не  доступный  в  пене   -   периодическое   высыхание
С чего Вы так решили? Прибрежная пена очень даже периодически высыхает. Мало того, для высыхания (и последующего "намокания") прибрежной пены даже не требуется пересыхания водоёма полностью. Наоборот, тут преимущество за массивами эдакой грязной прибрежной пены.

И ещё один фактор, который Вы упустили. Находясь в массиве пены (в пузырьках, между пузырьками), можно легко перейти к клеточной форме - там всё рядом и есть возможность постепенно адаптироваться.

И ещё момент - в массивах прибрежной пены сходятся (граничат) сразу три области агрегатного состояния вещества - газ, жидкость, твёрдая поверхность (плюс - полужидкая грязь). Вот где такую богатую среду обитания (для олигов, нуклеиновых кислот и разных процессов взаимодействия между ними) найдёшь ещё в водоёме? На мой взгляд - самое оно...

ArefievPV

#65
Цитата: ArefievPV от ноября 06, 2019, 09:54:04
Тут могло быть по-разному: частично - в самих полупроницаемых пузырьках, частично - между пузырьками (та же "грязь" - оторванные водными потоками от дна и от стенок чешуйки, на которых сидят олиги - вполне могла заносится в пену и накапливаться там).
Ещё и про эрлифт не забудьте - химические реакции синтеза могли идти с выделением газообразных продуктов (в том числе, и около мест, где олиги занимаются своим делом), которые собирались в пузырьки и всплывали, а затем прибивались к массивам пены. Такой воздушный пузырёк вполне мог захватывать и реагенты, и продукты реакций, и пептиды (олиги, полипептиды) и прочую "шелупонь".

Да и подземный газ также по трещинам мог просачиваться сквозь дно водоёмов. Этот газ тоже как эрлифт мог работать. Гидрогеологическая система ведь включает в себя и всякие разные гидротермальные источники. А значит, и выходы подземных газов и паров там имеют место быть.

Evol

К сведению - гипотеза о зарождении жизни в "пузырьках" - порах - некоторой шлакообразной породы, https://www.popmech.ru/science/11376-tyazhelyy-metall-biogeneza-istoki/#part0.
Художественная проза, в которой прямо указывается на зарождение жизни в океанской пене, http://lib.ru/PROZA/KRIWIN/kriv07.txt.
Столь же художественное возражение "пенной" гипотезе, https://www.proza.ru/2012/03/01/1314.
Это - ссылка на уже вполне научную статью, в которой высказывается мысль о зарождении жизни в пене, http://www.ipgg.sbras.ru/ru/science/publications/publ-paradoksalnost-teorii-evolyutsii-organicheskogo-mira-2009-029712.

Alexeyy

Цитата: ArefievPV от ноября 06, 2019, 09:54:04И ещё момент - в массивах прибрежной пены сходятся (граничат) сразу три области агрегатного состояния вещества - газ, жидкость, твёрдая поверхность (плюс - полужидкая грязь). Вот где такую богатую среду обитания (для олигов, нуклеиновых кислот и разных процессов взаимодействия между ними) найдёшь ещё в водоёме? На мой взгляд - самое оно...
Очень верно сказано: принципиально новое, как правило, возникает на стыках экологических ниш.

Evol

#68
Что касается статьи, опубликованной в журнале ИНГГ СО РАН, для сравнения с деталями излагаемого ArefievPV механизма зарождения можно почитать, например, на стр. 19-20 предлагаемой вниманию копии.

Питер

1.   Высохшая     пена   -  уже  не  пена.   Пузырьков  нет.
2.  Про    вперед-назад.     Смотрите,  у вас  есть  как-то  синтезировавшиеся    олиги  и  пептиды.  Они  синтезированы   поврозь   -  и  потом  вдруг    вместе  с   пузырьками  образуют  дружную     советскую  семью.   У  меня    есть  процесс   взаимодействия в  процессе  синтеза   -  олиг  направляет  синтез  пептида    определенной  структурой  олига  структуры.  А  пептид в  свою  очередь  стимулирует  рост  олига  и  его  репликацию.
А  оно  вам  надо  ?

ArefievPV

Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 12:39:30
1.   Высохшая     пена   -  уже  не  пена.   Пузырьков  нет.
Продукты реакции остались (в том числе и вещества образующие мембрану пузырьков).
И эти продукты не разбодяжились сразу, а сохранились (частично, разумеется) до следующего мокрого сезона. Таким образом и накапливаются различные вещества (концентрация становится такой большой, которая в толще водоёма не достижима) на берегу около самой воды...

А пузырьки легко образуются снова (вещества мембран-то остались) - добавь воды и слегка взбаламуть - пена опять появится.

Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 12:39:30
2.  Про    вперед-назад.     Смотрите,  у вас  есть  как-то  синтезировавшиеся    олиги  и  пептиды.  Они  синтезированы   поврозь   -  и  потом  вдруг    вместе  с   пузырьками  образуют  дружную     советскую  семью.
Вы со своей квартирой тоже семью образуете?

Пузырьки (и между пузырьками) - это многоэтажный дом с квартирами. То, что туда попало не обязательно образует семьи, но ему приходится жить вместе - "притираться" (чаще - умирать или убегать).
   
Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 12:39:30
У  меня    есть  процесс   взаимодействия в  процессе  синтеза   -  олиг  направляет  синтез  пептида    определенной  структурой  олига  структуры.  А  пептид в  свою  очередь  стимулирует  рост  олига  и  его  репликацию.
И что? Как это противоречит моей гипотезе? Возможно, Вам так хочется думать - что противоречит.

Я по-прежнему считаю живой протоплазму, заполняющую пруды гидрогеологической системы. Массивы пены не являются местом зарождения жизни на нашей планете – они являются только местом зарождения жизни клеточной формы. То есть, там просто осуществился переход жизни в клеточную форму.

Очень многое происходило и вне массивов пены – в толще водоёмов, на дне и на стенках водоёмов, в приповерхностных слоях водоёмов – эти процессы в совокупности и обеспечивали выживание протоплазмы. В массивах пены только состоялся переход протоплазмы в клеточную форму.

Обратите внимание, что живой мы считаем всю клетку целиком, а не отдельные её части или отдельные её внутренние структуры. Типа, вот эти структуры (молекулярные комплексы) – живые, а вот эти – нет. Так можно до бреда вообще дойти и начать считать в «живых» внутриклеточных частях/структурах одни атомы «живыми», а другие – нет. Только совокупность взаимодействующих частей/структур, которая проявляет стремление к самосохранению, может считаться живой.

Почему же, Вы относитесь по-другому к протоплазме? Что-то там внутри протоплазмы считаете живым, что-то другое внутри протоплазмы - считаете неживым...

А то, что не все процессы, не все структуры смогли перейти и укоренится в массивах пены, то такова природа вещей. Сколько было вымираний (больших и маленьких) в эволюции – не счесть. И каждый раз из всего многообразия оставалась только малая часть. Можете, считать переход жизни в клеточную форму тоже великим вымиранием – кто не смог спрятаться и освоится в пене, тот вымер, а кто освоился, тот стал существовать в клеточной форме.

Питер

И  в  итоге  у  вас    протоплазмой   становится все.  Абсолютно  все.   И   даже    когда  простые  химические  соединения  (типа   метана)  растворены  в  воде   -  это  тоже  протоплазма  ?   
Где    граница   жизнь\не   жизнь  ?    Для  меня   - в  процессе  репликации,  воспроизведении   себя   любимого.    Тогда  однажды   возникшая   структура  не    распадается  на  мономеры  (=умирает  как  структура),  а  устойчиво  воспроизводится  и  даже     растет   в  численности.   А  эта  репликация     для  чистого  олига    возможна   -  за  счет  чистой  химии.    Ее  эффективность    зависит  от   структуры   олига ,  наличия  в  среде  мономеров  и   катализатора   реакции   образования   фосфодиэфирной  связи.   В  качестве  которого       может  быть  пептид.
Про    притирание.    Как   вы  считаете,  где   шансов   больше   -  если  100   случайным  мужикам    дадут  100    случайных   женщин   и  расселят  в  100    квартир   -  или если   они  сначала    пойдут в  кино  и   на  танцы  и  сами  сформируют  пары  ?
А  оно  вам  надо  ?

Alexeyy

#72
Думаю, что, действительно, клеточная жизнь могла, впервые, возникнуть в пене. Но не потому, что там условия для жизни были самыми хорошими, а наоборот: постоянная болтанка перемешивала "бульон", мешая оптимальному протеканию химических процессов. И в таких условиях клеточная мембрана была бы более эффективна, чем где-нибудь в более стабильных, благоприятных условиях на каких-то естественных порах, где нет такого сильного, постоянного перемешивания.
Т.е. в пене был экотон. Как и с млекопитающими: первые млекопитающие занимали всякие промежуточные экологические ниши, наименее удобные для жизни (именно в них "млекопитающность" и позволяла выживать), а всё лучшее доставалось рептилиям.  Лишь много позже, когда век рептилий подошёл к концу - млекопитающие вышли из экотонов и массово расселились по Земле. Так, предполагаю, могло быть и с клеточной жизнью в пене.

ArefievPV

Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 13:37:33
И  в  итоге  у  вас    протоплазмой   становится все.  Абсолютно  все.   И   даже    когда  простые  химические  соединения  (типа   метана)  растворены  в  воде   -  это  тоже  протоплазма  ?
Не передёргивайте, не абсолютно всё. Локализацию я указал - гидрогеологические системы.
Содержимое прудов, которое в целом и проявляло стремление к самосохранению - то есть, сохраняло свою структуру несмотря на постоянно меняющиеся внешние условия среды ( и при этом: росло, почковалось, умирало, вытесняло и поглощало соседей и т.д.), я обозвал протоплазмой. Это и была первая бесклеточная жизнь.

Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 13:37:33
Где    граница   жизнь\не   жизнь  ?
Я уже только Вам раз десять повторил ( :)). Граница проходит: по стремлению системы к самосохранению и способности реализовать это стремление.
   
Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 13:37:33
Для  меня   - в  процессе  репликации,  воспроизведении   себя   любимого.    Тогда  однажды   возникшая   структура  не    распадается  на  мономеры  (=умирает  как  структура),  а  устойчиво  воспроизводится  и  даже     растет   в  численности.   А  эта  репликация     для  чистого  олига    возможна   -  за  счет  чистой  химии.    Ее  эффективность    зависит  от   структуры   олига ,  наличия  в  среде  мономеров  и   катализатора   реакции   образования   фосфодиэфирной  связи.   В  качестве  которого       может  быть  пептид.
Частные внутренние процессы в живой системе запросто могут включать в себя всё это и ещё многое-многое другое. 

Цитата: Питер от ноября 06, 2019, 13:37:33
Про    притирание.    Как   вы  считаете,  где   шансов   больше   -  если  100   случайным  мужикам    дадут  100    случайных   женщин   и  расселят  в  100    квартир   -  или если   они  сначала    пойдут в  кино  и   на  танцы  и  сами  сформируют  пары  ?
Если у Вас весь город как одно суперздание (эдакий термитник/муравейник), то всё в нём и будет происходить. И в кино они сходят в этом суперздании, и на танцы сходят, и познакомятся, и семью заведет, и будут тасоваться между квартирами подбирая себе пару и т.д. Все 100%! Кто не захочет и выйдет наружу - сдохнет.

Я уже говорил, "вольный город" (но суперздания и тогда уже были, но преимущества их проявятся только в будущем), он был пока первичный океан не стал наступать. Начал наступать и наступил постепенно кирдык этому "вольному городу" (прудам и гидрогеологическим системам). Кто успел, тот переселился в суперздания и вынужден был там уже эволюционировать.

А к условиям существования в океане жизнь адаптировалась уже будучи в клеточной форме. Кстати, состав внутриклеточный отдалённо (очень частично) напоминает состав пруда - состав протоплазмы. Ещё раз подчёркиваю - очень частично! Ведь только малая часть смогла и успела перебраться в пену, ставшую впоследствии протоколонией, а затем колонией, и только потом научилась существовать одиночными клетками...

Питер

1.   Гидрогеологические  системы   -   это  тоже  все,   от  лужи  до  океана.   Вода   есть (гидро),   подложка  скальная  (гео).    Или    вы  сейчас  начнете накладывать  ограничения  ?   Лужа  -  система.  океан  -  не  система ?
2. "Граница проходит: по стремлению системы к самосохранению и способности реализовать это стремление."  Молекулярный     вариант  "стремления" ?   Вы  вносите    в  самую  раннюю  жизнь-не жизнь  понятие   стремления.  то  есть  фактически  вводите   функцию   осознания  того,  что  такое  "самосохранение"
3.    У  вас    пузырьки  пены.  В  каждом  пузырьке   -  своя   химия.  У  вас  нет  суперздания   -    у  вас  много  изолированных  квартирок-пузырьков. Или  у  вас  химия  каждого  пузырька  одинакова ?   Или     пузырьки все  время  лопаются  и  создаются   новые   - с   новым  сочетанием  химии  ?

И  еще  два  слова  о  пузырьках.    Первое  -  состав  стенки  пузырька  ?   Второе    -  проницаемость  этой  самой  стенки  ?
А  оно  вам  надо  ?