влияние полового отбора (в том числе и "моды") на

[augustina]

Цитата в тему:
http://www.medinfo.ru/mednews/11808.html

Исследование, которое будет опубликовано на этой неделе, показывает, что мужчины, которые любят дам, чья фигура напоминает "песочные часы", ценят их за больший ум и то, что они рожают более умных детей, чем женщины плоские или имеющие пропорции "яблока".

[augustina]

2. Не заинтересовать найденного "принца" в степени, достаточной для того, чтобы он согласился выращивать с ней детей совместно.

а он и не будет - у него просто будет одна жена (любимая жена) и куча любовниц (гарем) - я пишу так просто чтобы отобразить культурные различия. и выращивать детей ему будут помогать кто - вполне возможно, что законные мужья любовниц... что это так тяжело представить?

Если "принц" умный - он с помощью своего ума и найдет решение, каким образом не затрачивая своих ресурсов оставить бОлшее потомство    

вообще, поскольку уже аргументы пошли в разнос, то тему можно смело закрыть

Не надо закрывать. А то уж скоро все темы будут закрыты в которых Imperor решил отметиться бредом. А уж женщины давно привыкли не обращать внимания на оскорбления хамов.

[Игорь Антонов]

Готова первая версия программы, моделирующей отбор аллелей в диплоидной популяции. Для успешного запуска программы в системе должен быть установлен NET.Framework 2.0. У большинства он уже есть, если же его нет -  надо скачать по ссылке
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=0856eacb-4362-4b0d-8edd-aab15c5e04f5&displaylang=ru

Программа выкладывается  с исходными текстами (source.zip). Среда реализации - Visual Studio 2008, язык C#.

Интерфейс программы:

Поля ввода

"Размер популяции" - начальный (и среднестатистический в дальнейшем) размер популяции. Допустимые значения  до 2000000.

"Число признаков" - число различных генов,  по  особым аллелям которых отслеживается отбор

"Влияние признака" - вклад признака в % в приспособленность особи. Может быть  и отрицательным (для моделирования вытесняющего отбора)

"Доля признака" - доля в % особей в популяции, имеющих наблюдаемый признак. Когда признаков больше 1, каждый из них присутствует в указанной доле (распределение по особям случайное).

"Доминантность аллеля" - флаг доминантности, действует на все отслеживаемые аллели

"Число потомков пары" - сколько потомков производит одна пара особей

"Поколений на строку" -  шаг в поколениях для строк отчёта

Кнопки

"Старт" - запускает моделирование.

"Стоп" - останавливает.

"Очистить" - стирает прежние результаты. Если их не стирать, отчёт при последовательных запусках и остановках дополняется  новой информацией.

"Сохранить" - позволяет сохранить отчёт в текстовом файле.


В процессе моделирования слева отображаются два столба. Первый показывает долю носителей отслеживаемого признака. Второй - долю (от возможного максимума) аллелей этого признака. Когда отслеживаемый аллель полностью вытесняет альтернативный, моделирование останавливается автоматически.
На диаграмме отслеживается только первый аллель из заданного числа. Но поскольку модель отбора симметрична по отношению ко всем отслеживаемым аллелям, в статистическом смысле их судьба одинакова.

[Юлия]

Я не знаю. На интелектуальных или не интелектуальных, но то, что алкаши прекрасно себя чувствую и не вымирают, а даже умудряються передавать свой алкогольный ген по наследству явно не сведетельствует в выборе в пользу ума.

Почему же не свидетельствует? Как раз таки свидетельствует об отсутствии ума у "выбирающей".
Хотя, здесь видимо, нужно говорить опять пословицей:"Рубит сук по себе"(с) или "Два сапога - пара"(с). Имея такой ум, другого мужа и не заслуживает. Всё просто.

А что кроме будуна других причин придумать слабо?

А что, у алкаша есть еще какие-то причины? Что-то не наблюдала и не слыхала.

А это не Ваша позиция, что отбор идет по уму? И там еще был целый ряд подвтерждений в виде всяких научных достежений.

[Юлия]

"Недавно ко мне на улице подошел молодой человек. Пытался познакомиться. И на лицо симпатичный (улыбка красивая, зубы белые), и говорить явно умеет, и достаточно высокий... но очень уж худой.

У него просто не было времени ее обоять. У меня тоже "очень уж худой", но мы работали вместе и у него было море времени и определенное количество желания, что бы уделять мне достаточно внимания, что его худоба перестала меня волновать.

[Imperor]

Готова первая версия программы, моделирующей отбор аллелей в диплоидной популяции.

Отлично! Программа получилась очень наглядная.
Но явно что-то не то. Вот результаты нескольких пар тестов:

1. 10.000 особей; +3% присп; перв. доля особей - 1%. Дом. ал. Отбирается ОДИН аллель. Результат: полная победа на 5200 поколении.
2. 10.000 особей; +3% присп; перв. доля особей - 1%. Дом. ал. Отбирается ДВЕНАДЦАТЬ аллелей. Результат: полная победа на 4000 поколении.

1. +1% присп; 10.000 особей; перв. доля особей - 1%; дом. ал. Отбирается ОДИН аллель. Результат: на 2500 поколении - 95% локусов забиты нужным аллелем.
2. +1% присп; 10.000; перв. доля особей - 1%; дом. ал. Отбирается ДВЕНАДЦАТЬ аллелей. Результат: на 2100 поколении 95% локусов забиты нужным аллелем.

1. +1%; 10.000; доля 1%; рецес. аллель; отбирается 1 аллель. 5200 поколений.
2. +1%; 10.000; доля 1%; рецес. аллель; отбирается 12 аллелей. 4000 поколений.

1. +1%; 10.000; доля 20%; дом. аллель; отбирается 1 аллель. Результат: на 1600 поколении 95% локусов забиты нужным аллелем (19000 аллелей).
2. +1%; 10.000; доля 20%; дом. аллель; отбирается 12 аллелей. Результат: на 1600 поколении 95% локусов забиты нужным аллелем (18994 аллелей).

Таким образом очевидно, что никакой дилеммы Холдейна здесь даже не просматривается - не наблюдается не только замедления времени отбора по экспоненте (с увеличением числа аллелей), но вообще никакого замедления не наблюдается - аллелю совершенно всё равно, один он отбирается, или в компании из еще 11 аллелей.
Очень интересный результат!

Можно сделать три альтернативных предположения:
1. Где-то в программном коде пока есть ошибка и что-то где-то не рекомбинируется.
2. Мы взяли за основу алгоритм, в чем-то некорректный. И надо искать, в чем.
3. Дилемма Холдейна, действительно, представляет собой некий "чисто математический артефакт", не соответствующий реальности.

Если правилен вариант 3, то Вам надо публиковать Вашу модель. Только перед этим всё хорошенько проверить. В общем, надо разбираться. Сейчас почитаю Ваш исходник с комментариями. Лучше, конечно, пошаговое текстовое описание алгоритма, а то тяжело разбираться в чужом программном коде.

P.s.: в строке отчета надо бы давать не только число аллеля, но и его процент, а то из действия программы становится быстро видно, что очень долгое время выбиваются самые последние проценты (кстати, следовательно, хотя бы расчеты Нортона верны). Я останавливал программу на 95% нужного аллеля, но это число приходилось вычислять "на ходу".

[Роман Джиров]

1. Роман, без всякого сарказма (абсолютно серьезно) - советую Вам срочно:
а) резко пересмотреть Вашу оценку собственной сообразительности.
б) резко пересмотреть Вашу оценку сообразительности других людей.
в) пересмотреть собственное поведение, обратив внимание на такое понятие, как "необоснованная недооценка и неуважение собеседника".

Имперор, не пробовали-ли Вы применить это все к себе? Явно нет. Иначе, как минимум, задались-бы вопросом: "Почему сам Холдейн, автор дилеммы являлся одним из отцов СТЭ, и почему самому ему его собственная дилемма не казалась ниспровержением СТЭ, а Вам кажется?". Мой ответ очень прост- потому что сообразительность Холдейна была на порядок выше ,чем сообразительность Имперора.
Не кажется ли Вам "необоснованной недооценкой и неуважением собеседника" (а именно- самого Холдейна, а вовсе не меня  :lol: ) весь процесс Вашей затянувшейся истерики по поводу того ,что якобы дилемма Холдейна ниспровергает СТЭ, в то время как автору этой самой дилеммы она ничуть не мешала строить эту самую СТЭ, и подобная мысль показалась-бы ему самому наверняка дикой?
Простая мысль о том, что Холдейн, в отличие от Вас прекрасно понимал, что математическая модель- всего лишь инструмент в руках исследователя, а вовсе не реальный процесс, происходящий с реальным видом в реальной окружающей нас природе в голову Вам никогда не приходила ,ессно. То, что в реальности очень многие виды эволюционируют гораздо быстрее ,чем то "предписано" им дилеммой- это факт. При этом Холдейн, как я понимаю , относился к людям, считающим, что если факты противоречат теории, то тем хуже для теории. Поэтому считал необходимым искать причины этого противоречия, и совсем не считал свою собственную дилемму ниспровержением СТЭ. Вы-же явно относитесь к тому сорту людей , которые считают математическую модель более реальной, нежели объект , который она описывает, и отсюда считаете, что если факты противоречат модели- то тем хуже для фактов. Бог, или маленькие зеленые человечки, или во что Вы там верите Вам судья, но от меня сочувствия Вашей позиции Вы не дождетесь.

Последний раз попробую "достучаться до небес", но это, действительно, последний раз, т.к. не имею возможности возиться с откровенными троечниками, которые, мало того, что вообще туго понимают (что-либо), но еще и не ценят, когда с ними возятся и пытаются научить чему-нибудь.

:?:  Да хватит, прекращайте истерику.

Что же имелось на самом деле в моем примере? В моем примере я взял две особи (подходящие для аргументации вопроса "двойной цены") из ПОПУЛЯЦИИ особей, различающихся ДЕСЯТЬЮ локусами. Применив формулы комбинаторики, получаем, что в такой популяции (если, как мы договорились, каждый "+" аллель дает прирост общей приспособленности на 1%), соотношение особей разной приспособленности будет таким:

1 особь     +10% приспособленности
10 особей   +9% приспособленности
45 особей   +8% приспособленности
120 особей +7% приспособленности
210 особей +6% приспособленности
252 особи   +5% приспособленности
210 особей +4% приспособленности
120 особей +3% приспособленности
45 особей   +2% приспособленности
10 особей   +1% приспособленности
1 особь       +0% приспособленности
(ВСЕГО 1024 особей).

Еще раз повторяю - Вы вырвали всего ДВЕ особи  :lol: ,  из примера, в котором по умолчанию фигурировали 1024 особи.

Во-первых, это Вы их вырвали, снабдив при этом  комментарием:

Таким образом, например, фиксация двух положительных левых аллелей в случае размножения особи №2 может произойти ровно с той же вероятностью, с какой вылетят из популяции эти же положительные аллели в случае размножения особи №1

,- который и был опровергнут. И я предложил Вам предоставить на выбор любые комбинации родителей, вместо этих, при которых у потомства не будет наблюдатся различий в фенотипе , достаточных для действия отбора.
Ну и, в чем будет принципиальное отличие от разбора результатов скрещивания предыдущей пары (раз уж они самцы  :lol: ) - части этого массива, от скрещивания любой пары из этого набора? Будет присутствовать такой самый разброс в свойствах генотипа как и у родителей- аж на целых 10%, более чем достаточно для эффективного отбора. А далее- очень просто, далее- уже недостатки самой модели , которая, как всякая модель, не учитывает каких-то факторов. Которые и нужно спокойненько искать , а не бится в креатинистском кураже, лопоча что СТЭ опровергнута. Всего-то.

В силу Ваших ограниченных способностей Вы этого не поняли. Хотя, действительно, трудно понять, если учитель не тыкает пальцем в нужное место. Поэтому я во второй раз уже ткнул Вам пальцем в нужное место, написав, что эти особи, возможно, вообще самцы  :lol: Но Вы даже этого "тычка" не поняли.

Опять истерика. Какой-же Вы любопытный человек.

"

Без сомнений убивает" Ваш перл  :lol:
А вот сомнений в "безсомненном" убийстве особей №1,2" - как раз навалом. Если мы возьмем Ваш же собственный пример, то увидим, что между приспособленностью Вашей самой одаренной особи (10 плюсов) и Вашей наименее одаренной особью (6 плюсов) - разница в общей приспособленности - всего ЧЕТЫРЕ ПРОЦЕНТА  :!: Поэтому Ваш перл "без сомнений убивает" без сомнений говорит лишь о Вашей глупости.

"Убийство"- это изъятие особи из процесса размножения. Любым путем. Можно убивать частями, достаточно оставлять на 1% потомства меньше , нежели конкурент, результат тот-же. А если более "удачная" особь размножается в 30 раз, например, интенсивнее, чем менее "удачная"- это приводит нас к совсем другому взгляду на "плату за отбор" по Холдейну , правильно?
Если оставить в стороне мою глупость, то должен сказать ,что 4% это гигантская цифра в приспособленности с точки зрения возможности природного отбора. Огромная глупость- как раз не понимать насколько это огромное отличие. Если некая популяция сокращается в размерах со скоростью 2% в поколение ,а другая увеличивает свою численность на то-же количество, следует быть совсем уж тугодумом, чтоб не понимать чем все закончится.

Кроме того, нельзя не заметить, что и здесь ситуация всё та же - откровенных "талантов" (+10 плюсов) - только одна  :!: особь. И откровенных "лузеров" - тоже только одна особь :!: А подавляющее большинство особей (14 шт.) - это особи, опять-таки, средней общей приспособленности, различающейся в пределах 1 - 3 %. На фоне такого "гигантского" различия в общей приспособленности  :lol: Ваши сентенции про "Боливара, не выносящего двоих" и пр., не могут вызвать ничего, кроме смеха  :lol:

А у меня ничего, кроме смеха, не вызывают измышлизмы человека, не понимающего ,что когда, например, стая трутней гонятся за маткой в брачном вылете, то ценой успеха являются опережение конкурента на пару сантиметров(да хоть и на пару миллиметров) на дистанции в пару сотен метров . Это сколько в процентах будет? Из этой пары сантиметров 5мм может дать, например, чуть лучшее зрение, еще сколько чуть лучшее обоняние ,еще чуток более быстрая нервная система, чуть лучшие ножки , крылья, мускулы и т.д. При этом победитель- получает все, а тот кто был хуже на жалких полпроцента- вообще ничего. 0,5% сплошь и рядом в реальной жизни превращаются в 100%. И такие "дилеммы" перед "дилеммой Холдейна" естественный отбор ставит постоянно. Массой самых различных способов, неучтенных в математической модели, которая есть упрощение реальной системы, а не сама система. Холдейн это явно понимал, Вы- явно нет.  Смейтесь дальше.

Также Холдейн сделал неверное упрощающее допущение, которое отрицало постоянность численности популяции, и также неверно полагал, что продолжительность закрепления двух мутаций займет вдвое большее время, чем одной, так как при половом процессе закрепление обоих мутаций займет приблизительно одинаковое время.

Про "постоянность численности" - это, конечно, круто,

Здесь я ошибку допустил, упустил приставку "не", его упрощение отрицало непостоянность численности популяции. Опять коряво. Словом , его модель не учитывала "волны жизни", "бутылочные горлышки", "эффект основателя", колониальность и все подобные факторы. Модель- она и есть модель, упрощение объекта, а не сам объект.

А относительно "продолжительности закрепления двух мутаций"- то вот цитата отсюда: http://hi-bio.narod.ru/lit/grant/g17.html

Допустим, что отдельные гены, входящие в новое адаптивное сочетание генов, тесно сцеплены между собой и образуют суперген. Гены, входящие в состав этого супергена, могут замещаться с такой же скоростью и при той же цене, что и один менделевский ген. Цена отбора для одного супергена не выше, чем для единичного менделевского гена. Если гены, составляющие суперген, тесно сцеплены между собой, то популяция может приобрести новое адаптивное сочетание генов за сроки, ограниченные такой же платой за отбор, как и при замещении одного гена (Grant, Flake, 1974b*).

Некоторые типы взаимодействий между генами также, очевидно, снижают цену замещения многих генов. Так, вероятно, обстоит дело в тех случаях, когда селективные преимущества или недостатки отдельных генов, подвергающихся отбору одновременно, связаны между собой. Различные аллели, которым благоприятствует отбор, могут иногда встречаться вместе в одном генотипе; и наоборот, различные аллели, которым отбор не благоприятствует, могут встречаться также вместе в одном альтернативном генотипе. В таком случае генетическая гибель, обусловленная многочисленными отдельными генами, сведется к гибели сравнительно небольшого числа особей. Это в свою очередь сделает возможной более высокую скорость эволюции для признака, контролируемого множественными генами (Mayr, 1963; Maynard Smith, 1968; Mettler, Gregg, 1969*). К таким же выводам пришли некоторые другие авторы, использующие другие модели и терминологию (King, 1966; Crow, 1970; Felsenstein, 1971*).

Устраивает Вас это мнение Вернона Гранта?

но еще раз (снова без сарказма) - Роман, НЕ ВАМ судить о дилемме Холдейна - лучше займитесь каким-нибудь физическим видом деятельности.

О физической деятельности- Ваша правда , как-раз пора занятся.
Вам-же могу предложить впервые в жизни заняться умственной деятельностью, и перечитать вышенаведенный учебник Гранта, и еще вот- любопытная концепция, разбирающая дилемму Холдейна, тоже очень рекомендую:

http://afonin-59-bio.narod.ru/4_evolution/4_evolution_individual/ev_ind_16.htm

Так вот позанимаетесь умственой деятельностью, и, глядишь, и развеется в Вашем воспаленном креационизьмом воображении "кошмар дилеммы храповика"  :lol:

[Игорь Антонов]

Но явно что-то не то. Вот результаты нескольких пар тестов:

1. 10.000 особей; +3% присп; перв. доля особей - 1%. Дом. ал. Отбирается ОДИН аллель. Результат: полная победа на 5200 поколении.
2. 10.000 особей; +3% присп; перв. доля особей - 1%. Дом. ал. Отбирается ДВЕНАДЦАТЬ аллелей. Результат: полная победа на 4000 поколении...

...Таким образом очевидно, что никакой дилеммы Холдейна здесь даже не просматривается - не наблюдается не только замедления времени отбора по экспоненте (с увеличением числа аллелей), но вообще никакого замедления не наблюдается - аллелю совершенно всё равно, один он отбирается, или в компании из еще 11 аллелей.

В моих пробах закономерное замедление отбора с ростом числа одновременно отбираемых аллелей наблюдалось.  Когда признаков много, уровень аллелей  на последних процентах фактически перестаёт увеличиваться, стабилизируется на неопределённо долгий срок. Скорее всего, Ваши противоречивые исходы на тысячах поколений - проявление флуктуации, а не закономерности. Вот у меня при Ваших первых настройках победа на поколении 7217, а не на 5200, а до этого  был долгий период застоя.

Сейчас почитаю Ваш исходник с комментариями. Лучше, конечно, пошаговое текстовое описание алгоритма, а то тяжело разбираться в чужом программном коде.

Там всё ядро сосредоточено  в 20 строчках  одного метода - Reproduction(). Он с комментариями. И я, конечно, отвечу на вопросы, если они останутся.

[DNAoidea]

Таким образом очевидно, что никакой дилеммы Холдейна здесь даже не просматривается - не наблюдается не только замедления времени отбора по экспоненте (с увеличением числа аллелей), но вообще никакого замедления не наблюдается - аллелю совершенно всё равно, один он отбирается, или в компании из еще 11 аллелей.
Очень интересный результат!

хм, вообще-то я этот результат предсказал вам с самого начала... :roll:

[Игорь Антонов]

P.s.: в строке отчета надо бы давать не только число аллеля, но и его процент, а то из действия программы становится быстро видно, что очень долгое время выбиваются самые последние проценты (кстати, следовательно, хотя бы расчеты Нортона верны). Я останавливал программу на 95% нужного аллеля, но это число приходилось вычислять "на ходу".

Я добавил вывод процентов в отчёт и на панель. И ещё - иногда в процессе отбора аллели исчезают из популяции, поэтому в конец отчёта теперь добавляется финальное количество контролируемых признаков.

[Imperor]

хм, вообще-то я этот результат предсказал вам с самого начала... :roll:

Ага Но этого не может быть  :wink:

[Imperor]

Я добавил вывод процентов в отчёт и на панель. И ещё - иногда в процессе отбора аллели исчезают из популяции, поэтому в конец отчёта теперь добавляется финальное количество контролируемых признаков.

Спасибо, теперь стало совсем удобно.
Но, собственно, дилеммы Холдейна по-прежнему не наблюдается. Очень хорошо виден "эффект Нортона", хорошо видно влияние дрейфа генов... а вот эффект Холдейна - отсутствует.
К сожалению, сейчас должен бежать. Вечером приду, выложу соответствующие таблицы тестов.

[Imperor]

Результаты тестов программы:

На рисунке №1 показано, что нет никакой разницы в одновременном отборе двух аллелей или двадцати аллелей - соответствующие коэффициенты корреляции недостоверны на каждом этапе отбора (50, 75, 85, 95 и 100%). Таким образом тестируемая программа не выявляет никаких эффектов дилеммы Холдейна. Если бы "эффект Холдейна" имел место, то число необходимых поколений для одновременного отбора 20 признаков росло бы в экспоненциальной зависимости в сравнении с одновременным отбором 2 признаков. Мы же не видим не только экспоненциальной, но и вообще никакой зависимости числа необходимых поколений от числа одновременного отбираемых аллелей. И среднее число необходимых поколений (см. рисунок) тоже примерно одинаково для обоих случаев.

Таким образом, либо:
1. Где-то в программном коде пока что-то не так.
2. Либо мы что-то некорректное приняли в алгоритме.
3. Либо дилемма Холдейна, действительно, математический артефакт, в природе не встречающийся (и даже не моделирующийся на компьютере).

[Imperor]

2. Программа очень наглядно демонстрирует справедливость расчетов Нортона (о которых я прочитал у Чайковского). А именно, последние проценты "плохих аллелей" чрезвычайно тяжело выбиваются из популяции (см. прикрепленный рисунок 2), причем тем тяжелее, чем больше популяция.
На этом основании (в том числе) Чайковский в своей монографии критикует идею естественного отбора, т.к. получается, что вредные аллели совсем  удалить из популяции не получается.

[Imperor]

Однако, тестирование программы на маленьких популяциях ясно показывает, что "эффект Нортона" достаточно легко обойти. А именно, в популяциях малой численности начинает действовать дрейф генов, который и "добивает" плохие аллели.

Программа очень хорошо демонстрирует дрейф генов (см. прикрепленный рисунок 3). В малых популяциях подавляющая часть появляющихся аллелей тут же удаляется из популяции (просто в силу случайности).
И это я еще тестировал с параметром входящего аллеля 1%  :!: А если бы аллель "входил" в популяцию так же, как в природе (т.е. в одной особи), то тогда я даже не знаю, с какой попытки естественный отбор бы его "отловил" и "закрепил" в популяции.
(кстати, было бы интересно посмотреть, но программа долю меньше 1% пока задавать не позволяет).

Таким образом, дрейф генов в малых популяциях может, с одной стороны, мешать естественному отбору (препятствуя "закреплению" хороших аллелей в самом начале), но с другой стороны, помогать естественному отбору "добивать" плохие аллели.

Итак, приходится констатировать, что если с программой всё ОК, то естественный отбор вполне может идти в природе хоть по сотням признаков одновременно - например, на подъеме "волны жизни" (при увеличении численности популяции) в популяции закрепляются разные аллели (в том числе, допустим, и полезные), затем, на спаде "волны жизни" (когда численность популяции станет малой) дрейф генов "добивает" вредные аллели, окончательно удаляя их из популяции, а пресловутого замедления отбора при одновременном отборе множества аллелей (дилемма Холдейна) в природе просто нет.